苏轼被逮赴狱，苏辙即上书皇帝，乞纳在身官以赎兄罪，通篇文字，非常谨慎，但情实融会，很能使人感动，真是《栾城集》中上乘之作。其大要曰：
……臣窃思念，轼居家在官，无大过恶。惟是赋性愚直，好谈古今得失，前后上章论事，其言不一。陛下圣德广大，不加谴责。轼狂狷寡虑，窃恃天地包含之恩，不自抑畏。顷年通判杭州及知密州日，每遇物托兴，作为歌诗，语或轻发，向者曾经臣僚缴进，陛下置而不问。轼感荷恩贷，自此深自悔咎，不敢复有所为，但其旧诗，已自传播，不可救止。
轼之将就逮也，使谓臣曰：轼早衰多病，必死于牢狱，死固分也。然所恨者，少抱有为之志，而遇不世出之主，虽龃龉于当年，终欲效尺寸于晚节。今遇此祸，虽欲改过自新，洗心以事明主，其道无由。况立朝最孤，左右亲近，必无为言者。惟兄弟之亲，试求哀于陛下而已。
臣不胜手足之情，欲乞纳在身官，以赎兄轼，但得免下狱死，为幸。
在京的朋友，以吏部侍郎致仕的范镇，得讯最早，御史台也知道他和苏轼之间关系非常亲密，以为必可从他那里得到许多资料，首先向他索取往来文字。来势汹汹，急如星火，景仁不顾一切，上书皇帝论救，他家子弟怕这老人会被连累，竭力劝止，他都不肯，可惜书稿没有留传。
以太子少师致仕的张方平，于苏轼被解送过南都后，也立即上疏皇帝，虽“僭越上言，自甘鼎钺”，也要老不忘国，论救苏轼，其辞略曰：
……早尝识其为人，起自远方孤生，遭遇圣明之世。然其文学，实天下之奇才。向举制策高等，而犹碌碌无以异于流辈。陛下振拔，特加眷奖，由是材誉益著。轼自谓见知明主，亦慨然有报上之心。但其性资疏率，缺于审重，出位多言，以速尤悔。顷年以来，闻轼屡有封章，特为陛下优容，四方闻之，莫不感叹圣明宽大之德。而尤轼狂易轻发之性，今其得罪，必缘故态。但陛下于天下生灵，如天覆地载，无不化育，于一苏轼，岂所好恶。……
今轼但以文辞为罪，非大过恶，臣恐付之狴牢，罪有不测。惟陛下圣度，免其禁系，以全始终之赐。虽重加谴谪，敢不甘心。……
方平撰写此疏，原欲附在京递的公文中一并进呈，而府官不敢承受，就叫他的儿子张恕亲赴京城向登闻鼓院投进。不料这位相公，愚而且懦，到得鼓院门前，徘徊瞻顾，畏缩不前，终于未曾呈进。后来，马永卿传其事曰：
子弟固欲其佳，然不佳者亦未必无用处。元丰二年东坡下御史狱，天下之士痛之，环视而不敢救。张安道在南京，愤然上疏，欲附南京递，府官不敢受，乃遣其子恕持至登闻鼓院投进。恕素愚懦，徘徊不敢投。东坡出狱，见其副本，因吐舌色动久之。问其故，东坡不答。后子由亦见之云：宜吾兄之吐舌也，此事正得张恕力。或问其故，子由曰：独不见郑崇之救盖宽饶乎？其疏有云：上无许史之属，下无金张之托，此语正是激宣帝怒耳，且宽饶正以犯许史辈有此祸，今乃再讦之，是益其怒也。且东坡何罪，独以名太高，与朝廷争胜耳。今安道之疏乃云：其文学实天下之奇才也，独不激人主之怒乎？但一时急欲救之，故为此言耳。
仆（永卿）曰：然则，是时救东坡，宜为何说？先生（安世）曰：但言本朝未尝杀士大夫，今乃开端，则是杀士大夫自陛下始。神宗好名而畏义，疑可以止之。（〔宋〕马永卿：《元城语录》。）
当时的情势是言官代表舆论，媒孽于下，皇上要做个尊重舆论的明主，不敢置之不理，只好诏令勘问。案狱既兴，就险不可测，凡与苏轼平日交好的朋友，个个都怀着“株连入案”的恐惧。除了退休的范镇、张方平外，谁还敢出头讲话？但是，公道自在人心，士大夫中到底还有“仗义执言”的少数，当朝的左相吴充，即是其一。
据传，有一天，吴充问皇上说：“魏武帝何如人？”
皇上曰：“何足道。”
“陛下动以尧舜为法，薄魏武，固其宜也。然魏武猜忌如此，犹能容祢衡，陛下以尧舜为法，而不能容一苏轼，何也？”
神宗惊曰：“朕无他意，止欲召他对狱，考核是非而已，行将放出也。”（〔宋〕吕本中：《杂说》。）
吴充这番话，说得非常有技巧。名士，代表一个国家知识文化的巅峰，倘如皇帝连一个高级知识分子的放言高论也不能容忍，竟至滥使政治权力而杀士的话，则后世的批评将是如何，不言可喻。这顶帽子比“尊重舆论”还要大，难怪神宗要大吃一惊了。
王安石的几个弟弟，都是很有学问的。安礼，字和甫，为人非常豪爽，也稍有点玩世不恭，从来不怕什么。苏轼祸作时，他为值舍人院同修起居注官，日与皇上接近，李定就怕他说话，先曾警告他道：“苏轼那么锐利地讥议新法，反对的是你家大哥，你可别说话。”安礼根本不理睬他，一日，对神宗非常率直地进谏道：
“自古大度之君，不以言语罪人。苏轼以才自奋，以为爵禄可以立取，但自来碌碌如此，心里不免觖望。今一旦致于理，恐后世谓陛下不能容才。”
帝曰：“朕本来不欲深谴，将为卿赦之。但去，勿泄漏此言，轼方贾怨于众，恐言官们要为此加害于你。”（〔明〕商辂：《续资治通鉴纲目》。）
此外，苏轼的最大救星，是神宗的祖母——光献太皇太后曹氏。
苏轼陷狱之初，太皇太后已在病中，接连几日，看到皇上神色颇不愉快的样子，便问：“官家何事数日不怿？”
“更张数事，皆未能就绪。有苏轼者辄加谤讪，甚至形于文字。”
“莫非就是轼、辙兄弟？吾尝记仁宗皇帝当年策试完毕后，回到宫来，喜道：朕今日为子孙得太平宰相二人，虽我老矣，已不及用，朕将留遗后人。”（〔宋〕方勺：《泊宅篇》。《贵耳集》同。）
太皇太后问这二人现在何处，皇上对以苏轼现方系狱，曹太后说：“以作诗系狱，得非受了小人中伤。攈至于诗，其过甚微，吾已病矣，不可再有冤滥，致伤中和。”说着，这病中的老太太流下泪来。
神宗天性纯孝，事两宫，晨昏定省，必恭必谨。听了太皇太后的话，心中一震，一边恭答道：“谨受教。”一边也流下泪来。
十月间，太皇太后的病势已很沉重，神宗要大赦天下为太皇太后求寿，太后说：“不须赦天下凶恶，但放了苏轼就够了。”（〔宋〕陈鹄：《耆旧续闻》。）
十月十五日，皇上以太皇太后“服药”，降诏：“死罪囚流以下，一律开释。”
在狱中的苏轼听得这个消息，恍如黑室中透进一线曙光，作诗曰：“汉宫自种三生福，楚客还招九死魂。”但是，即使真能生出狱门，“纵有锄犁及田亩，已无面目见丘园”，仍是不知如何是好。
十月二十日，太皇太后光献曹氏崩逝，苏轼以罪人不许服丧，“欲哭则不敢，欲泣则不可”，故作挽词两首，其第二章自维身世，非常沉痛。如曰：
未报山陵国士知，绕林松柏已猗猗。
一声恸哭犹无所，万世酬恩更有时。
梦里天衢隘云仗，人间雨泪变彤帷。
关雎卷耳平生事，白首累臣正坐诗。
勘问已毕，苏轼在狱中，日对四壁枯坐，偶得望见铁窗外杂植的榆树、槐树和竹、柏，默默苦吟，以遣时日。咏榆曰：“谁言霜雪苦，生意殊未足。坐待春风至，飞英覆空屋。”咏竹曰：“萧然风雪意，百折不可辱。风霁竹已回，猗猗散青玉。”诗中对于身受的冤酷，毫无怨怒之意，认为只要立身坚强正直，任何摧残打击，都会过去，他是那么坚忍不拔地坐待春风之至。唯有高槐树上哀鸣的寒鸦，不免给他带来惊心的凄楚，咏槐诗曰：“栖鸦寒不去，哀叫饥啄雪。破巢带空枝，疏影挂残月。岂无两翅羽，伴我此愁绝。”
牢狱，固然有生命被强制停滞的悲哀，但是贫穷本身却是更大的罪恶，破巢之下，一家老幼的饥寒，茫茫来日，不堪设想。夜间，听着树上的饥鸦，声声聒噪，心寒的苏轼，不禁毛骨悚然起来。