放逐苏轼，不是神宗皇帝的本意，神宗渐悟苏轼并没有“讥讪君上”的意思，不过是执政们给异己者扣上去的一顶高帽子而已。然而宋朝传统的台谏制度，皇帝有必须接纳谏言的义务，而新政是国家的既定政策，也不容反对议论肆行流布，基于这两个政治之现实的情势，神宗不得不暂时牺牲苏轼。
苏轼得于百日内从御史台狱释出，完全出自神宗的宸断，责降处分又将他放在黄州，距离中原，并不甚远。从整个事件的发展看，应该不会很久就有逐步起复的后命，然而这个阶段，却一拖四年有余，这中间就必然有许多周折存在。
神宗非常欣赏苏轼的文采，并且记得祖父仁宗皇帝得此英才时的喜悦；祖母光献曹太后病榻上的遗言，更常常在他耳边回荡。苏轼在黄州，神宗没有遗忘过他，要等到一个适当的起复机会，才能按照程序，重新起用这位皇家重视的大臣。他的母亲宣仁太后，于元祐间特地面谕苏轼，将他从谪籍中重新起用，不次升擢的人，不是她，而是先帝（神宗）的遗意。又说：“先帝每诵卿文章，必叹曰：奇才，奇才！但未及进用卿耳。”（《宋史》本传）
苏轼在知徐州任时，有一件“失察妖贼”的旧案，不曾了结，到他已贬黄州，才得圣旨“放罪”（免罪），苏轼照例上《谢失察妖贼放罪表》。本来这种例行公事，日理万机的皇帝可以不必看，大约因是苏轼所写，故亦取来一读，当读到“……况兹沟渎之中，重遇雷霆之谴。无官可削，抚已知危。……”这几句时，不禁笑道：“畏吃棒耶？”（〔宋〕徐度：《却扫编》。）
虽是戏言，但也见得苏轼虽被放逐，但是他的文字，仍被皇上所喜爱。
神宗是个英明有为的君王，为增进行政效率，几年来反复研讨，计划改定官制。
宋朝的行政组织，一直沿用五代旧制，以平章事为真宰相，大多是两个席位，别设参知政事，称执政官，则为宰相的副手。
现在，神宗决意改用唐朝的三省制。三省本置侍中、中书令、尚书令，分别统率群僚。但元丰当时，元老耆旧多因反对新法而去，而新政的首领王安石也已退休，剩着一批挂新政招牌，而以招揽政权为实的政客，实在不配当“真相”。所以新定官制，将侍中、中书令、尚书令这三个相位说是官高暂不除人，而以尚书令之副——左右仆射行宰相之事。左仆射兼门下侍郎，行侍中之责；右仆射兼中书侍郎，行中书令之职。废参知政事，置门下、中书二侍郎、尚书左右丞，以代其位。
改定官制这桩大事，于元丰三年九月间定议。神宗自安石去位后，深感继起无人，事事都不成功，非常烦恼，踌躇再三，决意起用司马光，附带起复苏轼。
一日，神宗召集宰辅，举行御前会议。皇帝取出一幅先已准备好的“图子”，交给时在相位的蔡确和王珪。
这“图子”中，御史中丞执政位牌上，贴上“司马光”名；中书舍人翰林学士位牌上，贴名“苏轼”。另有几个因议新政不合而离开中枢的旧臣，各有安置。
神宗皇帝随即论曰：“这几个人，前此立朝，议论虽有不同，然而都是各本所学，忠于朝廷的人，不可永远废弃。现在新官制将付实施，应该新旧人两用。”
并且手指御史中丞衔位上，以坚决的口气说：“这个位置，非司马光不可。”
王珪、蔡确相顾失色，一时无辞可解，只得高声应道：“领德音！”
蔡确退下殿来，兀自喃喃自语道：“这事如何使得。总要想个办法，死马当活马医才好。”（〔宋〕朱弁：《曲洧旧闻》。）
蔡确的诡计是，“皇上久欲收复灵武，倘然有办法使西边的军事扩大，深入敌人巢穴，假使这事情成功，则皇上转移注意西事，必不再召君实，君实也不会应诏”。
这是一个非常巧妙的阴谋，却是误国的诡计。神宗久苦西夏诛求无厌，不断的骚扰和掠夺，使宋朝民穷财尽，国力日弱，久欲一振天威，以解救沉重的财政负担，确保国家的疆圉。司马光老成持重，决不会赞成发动边衅，进行冒险的战争。所以说，只要迎合上意，挑起这场大火，神宗便不会召司马光，司马光也不会来了。
后来果然如此，蔡确授意知庆州俞充上了一个“平西夏策”，加上西夏内乱有机可乘的借口，第二年四月，神宗就诏熙河经制李宪等各路军马进讨西夏了。司马光未召，苏轼等人也都被搁下来了。
苏辙《龙川别志》记述此事甚详，所下的结论则是：“自是西师入讨，夷夏被害，死者无算，新州之命（蔡确流放新州），则此报也。”（〔宋〕苏辙：《龙川别志》。）
至元丰四年（1081）十月间，改定官制即将颁布施行，神宗召集执政重臣至天章阁，商议“官制除目”的大事。先由执政进呈三省印，神宗说：“从前是由金铸的，现在御宝金铸，这可用镀金的。”继由执政进呈预先拟好的“除目”（任官名单），请求核定。
这次会议中书检正官王震（王巩的六侄）和吴雍均被召与会，担任纪录。神宗看了执政所拟的“除目”，谕曰：
“三省密院官，暂时搁一下。”
于是从吏部以下讨论起，议到太常少卿，帝曰：
“这一职位，必须慎择妥人。”以前执政屡有推荐，都不合上意，所以帝谕如此。续议礼部郎中，神宗说：
“此南宫舍人，非其他曹官可比，可除刘挚。”
论到著作郎，神宗说：“此非苏轼不可。”
众人无言，过了一会儿，神宗打破沉默道：
“想到了，太常少卿可除范纯仁。”
议毕，皇帝面色严重地宣谕道：
“朕与高遵裕约定，当于某日下灵武，等他捷报到来，必须大事庆赏，其时官制可行，除目可下。”
同时告诫在场诸人，绝对保密：“外人如有知此消息，定是卿等几人所泄漏，都须负责。”又命执政严戒王震、吴雍守秘。（注：王巩《闻见近录》引用其侄王震口述，震参与当日御前会议，职司记录之人。）
高遵裕是环庆经略，他在庆州打败了西夏，又与刘昌祚合兵在距灵州百里之地，对来袭的虏军，打过一次胜仗，一路所向无敌，直薄灵州，报称指日可下，所以神宗有此期待。
不料高遵裕灵武之师，久围不下，反被西夏人决黄河之水直灌营地，十几万大军生还者不到万人，几乎是全军覆灭，高遵裕与神宗相约的捷报和神宗预备的庆赏，皆成虚愿。
元丰五年（1082），议修国史，神宗谕示：“国史大事，可命苏轼主编。”王珪面有难色，神宗只得说：“如苏轼不恰当，姑且用曾巩一试。”
曾巩编成《太祖总论》，进呈，不合上意。六年，曾南丰丁忧返籍，不久也去世了。（注：事见《宋史》本传、李焘《续资治通鉴长编》、邵博《闻见后录》。）
派苏轼修国史，既被王珪阻拦了，神宗又降旨要起复苏轼以本官知江州。蔡确和中书侍郎张璪受命，王震当词头。公事送到门下省，尚书左仆射兼门下侍郎的王珪奏以为不可。明日改承议郎，知江州太平观。官僚要反对一件事，先是推，推不掉就拖，一拖再拖，“命格不下”了。
有人很愤慨地说，这都是王禹玉（珪字）出的力。这样推诿拖托，时间过得很快，苏轼被谪黄州，已经四年了。至元丰七年（1084）春，神宗不再与执政的宰辅商量，径以“皇帝手札”，量移苏轼汝州。
用“皇帝手札”是万不得已。这种特殊文件，一曰手诏，常为非常的恩典，如特赦；一曰御札，则为皇帝决意要办的事，一种率直的指示，故不用四六句。这两种特别的文件，一经颁下，臣下只能奉行，不得再议。神宗若不深恶执政的恶意阻挠，也决不轻易打破常制，动用“皇帝手札”。
“量移”为该恩原赦，量移近里州军之意，算不得是起复，这也是神宗顾虑苏轼为当前的执政大臣们所力拒，复官反而容易滋生事端，不如留待到了河南，看情形再说。
起复的第一步，以“皇帝手札”那样特殊的措施，才告成功。元丰七年（1084）四月，告下黄州，特授苏轼检校尚书水部员外郎、汝州团练副使，本州安置。一切都无改变，不过从偏远的黄州移到京畿附近的汝州而已。告词有曰：
苏轼黜居思咎，阅岁滋深；人才实难，不忍终弃。……（注：王巩《闻见近录》引王安礼（和甫）语。《厚德录》亦载其事。）
这几句话使苏轼低徊雒诵，顿生知遇非常的感激，作《谢量移汝州表》，也竭尽哀慕之意。如曰：
旋从册府，出领郡符。既无片善可纪于丝毫，而以重罪当膏于斧钺。虽蒙恩贷，有愧平生。只影自怜，命寄江湖之上；惊魂未定，梦游缧绁之中。憔悴非人，章狂失志。妻孥之所窃笑，亲友至于绝交。疾病连年，人皆相传为已死；饥寒并日，臣亦自厌其余生。……
这份谢表，呈达皇帝御前，神宗读后，顾谓侍臣道：“苏轼堪称奇才！”
但还有人在帝前媒孽道：“观轼表中，犹有怨望之语，如说兄弟并列于贤科，以及惊魂未定，梦游缧绁等语，自以为因诗词被谴，实非其罪，毫无悔悟之意。”
神宗愣了一下，径曰：“朕已灼知苏轼衷心，实无他肠。”言者语塞。（〔宋〕李焘：《续资治通鉴长编》。）
上述皇帝告词中有“人才实难，不忍终弃”这一句话，使苏轼非常感动，后来知道此文出于给事中王震（子发）的手笔，而震是好友王巩的六侄。元祐初，苏轼为翰林学士，与子发做了翰林院里的同僚，次韵赠诗，有“清篇带月来霜夜，妙语先春发病颜”句，即是指此告词，喻为黑漆寒霜之夜里的明月，使枯槁的病人脸上顿时透露了生气，感激之情，溢于言表。