元祐三年（1088）五月间，进御史中丞胡宗愈为尚书右丞。宗愈是一个不主党派的人物，洛蜀交争时期，他曾撰进《君子无党论》一篇，大意说：“君子指小人为奸，则小人指君子为党。陛下能择中立之士而用之，则党祸熄矣。”他这建议，太后印象很深，所以这次吕公著病辞，她就起用戆直无党的吕大防，公正无私的范纯仁为相，并以胡宗愈为尚书右丞，参与执政。从这一次改组政府的人选，看出太后对于党争的厌恶，已经非常明显。
谏议大夫王觌正是一个专搞朋党的言官，对于胡宗愈的议论甚是不满，于是他就疏论宗愈不可执政，言：“胡宗愈自为御史中丞，论事建言，多出私意，与苏轼、孔文仲各以亲旧，相为比朋。”甚且指元老文彦博是他们的后台，这正是太后最憎恶的党同伐异，立刻由宫中内批出来：“王觌论议不当，落职，与外任差遣。”
后二日，范纯仁、吕公著、文彦博三人辩于太后帘前。公著说：“王觌若只为论列宗愈，便行责降，不协众情。”纯仁说：“朝臣本无党，但善恶邪正各以类分而已。彦博、公著都是累朝旧臣，决不会共同罔上的。”他又极言庆历党祸的经过，并录欧阳修所作《朋党论》进上。然而太后之怒，终不可解，宣仁太后认为谏官必须超然，如谏官与执政勾结，参与党争，后果不堪设想，她坚持出王觌知润州。
自从太皇太后和皇帝便殿召见之后，苏轼认定朝廷既以国士待我，此身已非己有，一念只在如何报答知遇，心中不再有丝毫安危祸福的顾忌，下定决心，要把内外臣工联合起来蒙骗朝廷的几件弊案，揭发出来。元祐三年（1088）九月五日乘迩英进读时，上《述灾沴论赏罚及修河事缴进欧阳修议状札子》。他说：“近四年来，水旱天灾迭见，阴阳失和，由于朝廷赏罚不明，举措不当之咎。”如：
一、去年，熙河诸将生擒鬼章，这是一件奇功，加官赐金，理所当然；但是泾原诸将，闭门自守，使贼寇大掠而去，如入无人之境，他们也一样加官赐金，赏罚不公，至于如此。二、广东妖贼岑探造反，兵围新州，差将官童政往救，他却贼杀平民数千，朝廷派江西提刑傅燮往查，燮畏避权势，归罪于新州官吏。但是又言新州官吏却有守城之功，乞以功过相抵，愚弄上下，有同儿戏。三、蔡州捕盗，吏卒杀平民一家五六口，皆是无辜的妇人，却屠割尸体，冒充男子首级请赏，守倅不按，监司不问。等到臣僚上言，行下本路彻查，却说杀时男女不可辨认。苏轼论曰：“白日杀人，不辨男女，岂有此理！”似此纪纲颓弛，偷惰成风，则天下之乱，可坐而待。
关于河事，他说，黄河故道淤塞，水决向西北行者为时已久，岂能以人力筑堤堵塞？现在一个都水使者王孝先，偏要兴工堵塞北京南开孙村河，妄求河复故道。内自工部侍郎、都水属官，外至安抚转运使及外监丞，大家知道黄河故道高仰，势如登屋，水性向下，堤工必然无功，而且祸患不测。如能赶快停工，损失还小，假使再听任他搞下去，后患不堪设想。朝廷又“何苦徇一夫之私计，逆万人之公论，以兴必不可行之役”。苏轼所指“一夫私计”这四个字，里面包括许多文章。
这次回河东流的主意，表面上是知枢密院的安焘所奏请，幕后却是元老文彦博和宰相吕大防所同意支持的。苏辙已先往谒左相公吕公著建言：
“河决而北，先帝不能回，而诸公回之，是自谓过先帝也。元丰河决，导之北流，何不一仍其旧，修其未备即可。”
公著说：“我们来想办法。”但是后来就无下文。
苏轼性不忍事，就直截了当上了这样的札子，而且语气还那么锋利。兄弟二人，一样以知识良心报国，而临事的态度与方法完全不同。虽然结果一样无法挽回大老的决计，但苏辙不招怨，苏轼则因此议，为当局所痛恶。
后来，苏辙在论河事章奏中，还追述此事说：“臣兄轼前在经筵，因论河事，为众人所疾，迹不自安，遂求隐遁。”即指此事。
苏轼在此札中，还连带缴进欧阳修旧作《修河议状》两篇，以加重他的论据。札尾又“贴黄”言：
臣为衰病眼昏，所言机密，又不敢令别人写录，书字不谨，伏望圣慈，特赐宽赦。
苏轼的眼病，始于黄州，此后时发时愈，至今年十二月主馆职试时，目昏更甚，至今未愈。而黄州看田沙湖道中，淋了冷雨，左手肿痛的毛病，现已转成慢性的麻痹不仁，终不脱体。
自程颐罢去，洛党解体后，朔派指使言路，一力攻讦苏轼，太后知道苏轼说话，有时不免疏忽和夸张，但却本于谋国的忠诚，从不听纳间言。朔派愤无所泄，就使出别一战略：要斫大树，先去枝叶；要杀鹰隼，先除羽翼。所以这两年来，凡是苏轼所引荐的人，如黄庭坚、欧阳棐、秦观等，都被台谏弹劾过，几乎无一幸免。如元祐元年八月，苏轼荐举王巩，台谏便论巩本奸邪，离间宗室，因能谄事苏轼，所以获荐。苏轼大为愤怒，十一月上章力辩。他说：“如王巩固是奸邪，则司马光生前擢升他为宗正寺丞时，台谏何不论奏？王巩疏论‘疏远宗室，不当称皇叔皇伯’，意在尊君，何名离间？此议当时原有多人并不赞成，独司马光深然其说，所以行下有司，台谏官也无一人说话。只因现在司马光死了，王巩就变成了奸邪，就被戴上了‘离间宗室’的罪名。至于臣与王巩，自幼相知，从我为学，何名‘谄事’？总而言之，台谏要攻击的本来是我，王巩被我连累而已，‘诬罔之渐，惧者甚众’。”反驳虽然激烈，而王巩依然被攻出京，初除西京通判。元祐二年秋间，自西京改调扬州通判，在任不到一年，又被攻了下来。后因苏辙之荐，除知宿州，便掀起绝大风波，未能莅职。王巩则因与苏氏兄弟交好之故，终元祐之世，始终不得抬头，蹭蹬不堪。
苏轼特立独行，非但议论不肯苟与人同，做事也我行我素，绝不迁就别人，所以，在朝一向孤立，很少有政治上声应气求的朋友。真正和他往来密熟，互相关顾者，只有几个门生而已，如被蔡京以蜀党列入党籍碑的，只有王巩、黄庭坚、秦观、晁补之、张耒、陈师道、毕仲游、李之仪、廖正一、李昭玘等十人。除了王巩的遭遇，已如前述，其余诸人，只因出自苏门，便逃不过被“剿治”的命运，没有一人在宦途上得意过。
如黄庭坚至元祐三年（1088）五月，始得除命为著作郎，便被赵挺之攻击得体无完肤，诋为“操行邪秽，罪恶尤大”，降归原职，一度为起居郎，旋又被攻责降。秦观得一秘书省正字的任命，马上遭贾易的严劾，狼狈出京；毕仲游被列为五鬼之一，为刘安世、孔文仲所攻；晁补之、廖正一、李昭玘竟至不能安于馆职，并出为吏；张耒“苜蓿自甘”，在馆八年，一无进展；李之仪在枢密院沉浮下吏；陈师道不保一个地方学官的职位。他们之中，没有一人能够跻身言路，也没有一人能获得有为的地位，尽是冠盖京华里，坐冷板凳的广文先生；而且因为沾上了苏门的色彩，稍一活动，便被痛击。虽然这些人对师门的敬爱依旧，而老师心里的遗憾与痛苦，则更甚于自己之遭遇侮辱与损害。
苏轼对于现实政治的丑恶，几已到了绝望的地步。他的老朋友，权知开封府尹的钱勰（穆父），以奏报狱空不实的罪名，被人检举，出知越州（今浙江绍兴）。苏轼表示非常羡慕，而且劝他千万不要回来。作《送钱穆父出守越州》诗曰：
若耶溪水云门寺，贺监荷花空自开。
我恨今犹在泥滓，劝君莫棹酒船回。
钱勰出知越州，右正言刘安世还认为罪重责轻，譊譊不已，苏轼与他力争，所以后来两次和穆父诗中，一曰：“年来齿颊生荆棘，习气因君又一言。”一曰：“欲息波澜须引去，吾侪岂独坐多言。”政坛上敌对的形势一经造成，即使能效金人三缄其口，对方也不会放松你一步的。
苏轼实在再也不堪在这泥淖里受罪，至十月十七日，他便以左臂不仁、两目昏暗的理由，上章坚乞一郡。
这次，他决心将自己遭遇的前因后果，统统说个明白，从他还朝以来，怎样与司马光因争役法而结怨台谏；范百禄与韩维争议刑名，韩维又怎样把他牵扯进去，称他们为川党；又将与赵挺之结怨的缘由，坦白陈告，所以如最近草一麻词，用了《诗经》上一句“民亦劳止”的话，便被赵挺之指责比神宗为周厉王，举为诽谤先帝，其心狠毒，甚于李定、舒亶；王觌论胡宗愈，又指他与孙觉为党，说丁骘是他的亲家。他说：“二年之中，四遭口语，发策草麻，皆谓之诽谤。未出省榜，先言其失士。以至臣所荐士，例加诬蔑。”动辄得咎，他已断然不见容于侪辈了。
苏轼引用汉宣帝杀盖宽饶，唐太宗杀刘洎为例，说明谗言积毁的可怕，请求太皇太后体谅他的处境，给他一个“不争之地”。
上了这个陈情乞郡札后，即便告了病假，在家静候朝廷发落。
这次病假，拖延竟达一月之久，太皇太后只是三日两头地遣使问疾，赐药赐膳，督促苏轼定个朝参的日子，最后才将他的乞郡札，朱批下来，依然不准。
苏轼无奈，只得销假复值玉堂。十一月一日锁院，宫中又赐出官烛、法酒，苏轼不能不为之感动，书呈同院诗：
微霰疏疏点玉堂，词头夜下揽衣忙。
分光御烛星辰烂，拜赐宫壶雨露香。
醉眼有花书字大，老人无睡漏声长。
何时却逐桑榆暖，社酒寒灯乐未央。
吕公著辞相后，前时罢废在外的熙丰旧臣，分别对执政和台谏两方面，积极活动起来。朝廷确也渐启藩篱，不太能够坚持原则如初，如李宪乞于近地居住，王安礼抗拒恩诏，蔡确请求放还其弟，等等，这些不该准的逾分要求，都批准了。崔台符、王孝先、杨汲之流，都已进用了。熙丰罪魁吕惠卿冷眼旁观，看出朝廷日趋软弱，才敢乞居苏州。适于此时，苏轼前所举荐的郓州州学教授周穜，竟然上疏乞以故相王安石配享神宗皇帝。苏轼认为周穜草芥微臣，何敢创此重议，背后一定有人策动，目的在于试探朝廷，渐进邪说。此人是他荐举的，他应该负责，立即两上章自劾，并说：此事关系国家治乱之本，不可“薄臣之责而宽穜之罪”，否则是“私臣之身而废天下之法，臣之愧耻，若挞于市”。像这样严正是非的精神，充分表现元祐大臣的风裁。
有一天，在迩英阁进读“宝训”，讲到太宗听说各州牧监所养的马，被人克扣刍秣，多病且死，便命取十数槽来，置于殿庭下，亲自照顾，以资示范。苏轼从这个马的故事，联想到老百姓下情不能上达的痛苦，上札言：
民之于马，轻重不同，若官吏不得其人，人虽能言，上下隔绝，不能自诉，无异于马。
举一个实例：去年西夏犯边，杀掠至万余人，而边将奏曰：“野无所掠。”朝廷派提刑司勘查，提刑孙路复奏：“被杀者只有十余人，乞朝廷先行免究，然后考查实数。”苏轼论曰：“既行蒙蔽，又乞放罪。”实是侮弄朝廷。马不能言，小民亦不能言，四海之众，无法置之殿庭，亲自照顾，所以，朝廷除广任忠贤以为耳目外，老百姓的疾苦，根本无法上达天听。
元祐四年（1089）二月，司空、同平章军国事吕公著病逝。太皇太后震悼异常，一见到辅臣们，她就哭道：
“邦国不幸，司马相国既亡，吕司空复逝！”
太后与皇帝亲临吕家奠唁，赠太师、申国公，予谥“正献”。
苏轼病假一月后，虽然勉强回到翰林院去工作，但因讲述马的故事，说及边将隐匿败亡、提刑查报不实一节，又开罪了掌握政坛的“巨室”，劾奏不断地飞送进宫，并在酝酿发动一次致命的打击，非把他斗垮不可。苏轼又连上三状求放越州，明白说出：“朝廷若再留他，是非永远不解。”太皇太后终于明白她既没办法控制言官，只得准了苏轼的请求。诰下：“苏轼罢翰林学士兼侍读，除龙图阁学士充两浙西路兵马钤辖、知杭州军州事。”
在此以前，台谏们攻击苏轼的章疏，源源不绝，真已到了“谤书盈箧”的地步，太皇太后一律留中不发，苏轼本人只听到朝列中有人在那样传说，内中说些什么，茫然不知。他是个光明磊落的人，当然不愿如此不明白地一走了之，因此，上疏乞将台谏官章疏降付有司根治。太皇太后认为只要她不相信就是了，何必增加是非，还是“不报”。
苏轼为结束公私事务，继续留在京师一个多月，而在此期间，朝廷却在热烈争论如何窜逐已谪安州的前相蔡确。
原因是蔡确去夏游车盖亭，作诗十章，落入他的仇家知汉阳军的吴处厚手上，吴就一一加以笺注，向朝廷检举。如“何处机心惊白马，谁人怒剑逐青蝇”是讥讪朝政；“叶底出巢黄口闹，波间逐队小鱼忙”是嘲笑新进用事之臣。其中一首用了唐朝郝处俊典故的，被“笺注”为把太皇太后比作武则天。（〔明〕蒋一葵：《尧山堂外纪》。）
诗进于朝，太后并未生气，但说：“执政们自去商量办理。”他们议定，将原诗寄与蔡确，令其自为辨析。然而右正言刘安世说：“蔡确罪状著明，何待具析，此乃大臣曲为之地而已！”其意所指是范纯仁。于是贬蔡确为光禄卿分司南京。但是台谏们仍然议论纷纷，以为太轻。谏议大夫范祖禹说：“蔡确的罪恶，天下皆知。尚以列卿分务留京，未厌众论。”因此，执政议置蔡确于法，范纯仁、王存以为不可；文彦博很生气，主张将蔡确远贬岭南，纯仁听到这个消息，就赶去跟吕大防说：“此路自乾兴以来，荆棘已七十年。吾辈开之，将来恐自不免。”大防就不敢说了。
恰巧这时候，梁焘自潞州召还为谏议大夫，来京时路过河阳，遇到邢恕，邢恕盛称“蔡确有策立之功，社稷臣也”。太皇太后听到这话，才大发脾气，泣谕执政大臣道：
“皇帝是先帝的长子，子继父业，分所当然，当时谁曾有过异议？官家岂不记得，但问太妃就好。蔡确有何策立之勋？”
蔡确这句话，为什么会使太皇太后如此生气，盖因神宗病重，议立皇太子时，蔡确有意拥立岐王赵颢或嘉王赵頵，而岐、嘉二王都是太后的亲生儿子。
然而宣仁太后大公无私，认为神宗自有儿子，当然应该以神宗之子为皇储，继承大统，何用“兄终弟及”，所以一面命令岐、嘉二王不要随便入宫，以避嫌疑，一面密谕宦官梁惟简缝一袭黄褙子，十岁孩儿穿得着者，不得令人知。（〔宋〕晁说之：《晁氏客语》。又《曲洧旧闻》亦有类似记载，被委制衣者为小黄门邵成章。）
神宗病危，太后力主神宗第六子延安郡王赵佣（后赐名煦）为太子，既崩，哲宗即位柩前，身上就穿这件早先预备的黄褙子。
一个公正的人，反遭冤诬为“欲帝己子”，假使哲宗信了这个谣言，这份苦心，如何得白？所以，太后会这样震怒而且伤心，力促执政严办谪命。
第二日，执政廷对时，帘内忽论：“蔡确可英州别驾，新州安置。”吕大防说：“蔡确先朝大臣，乞移一近里州郡。”范纯仁说：“圣朝宜务宽厚，不可以语言文字之间，暧昧不明之过，窜逐大臣。”左右二相共同劝阻，但是，帘内曰：“山可移，此不可改！”大家后来推想，九重之内，安知有英州、新州？此必有“博士”——文潞公——在代出主意。（〔宋〕王巩：《随手杂录》。）
蔡确固然是个罪有应得的奸人，但当台谏官们必欲置之死地的时候，苏轼认为蔡确做相时祸害国家的种种大罪，概已不问，现在却以语言文字来入其罪，本末倒置，有伤政府严正的立场。他是身受这种挑剔，厌恨这种作风达于极点的人，为要消灭这股歪风，想出了一个两全的办法。但因除命已颁，身是外官，所以只能以密疏上陈太皇太后，建言略曰：
朝廷若薄确之罪，则天下必谓皇帝陛下见人诽谤圣母，不知愤疾；若深罪之，亦或以谓太皇太后陛下圣量宽大，不能容一小人谤怨之言。臣欲望皇帝陛下降敕，令有司追确根勘，然后太皇太后内出手诏云：确尝为辅臣，当知臣子大义，今所缴进，未必真是确诗，其一切勿问。如此处置，则二圣仁孝之道，实为两得。取进止。（梧桐细雨文学网注：高文虎《蓼花洲闲录》：“蔡确之子懋，宣和末为同知枢密院事，因奏事言及确南迁时事云：‘苏轼有章救先臣确，臣家尝传录。’因袖出章进上。……”所称应即此疏，然此为密件，不知何以有录本落入蔡确儿子之手。）
据说，太皇太后看了苏轼这份密疏，心善其言而怒不解。蔡确终于贬谪新州（今广东新兴）。苏辙则以为蔡确起自小官，每次升迁，都由鞫狱立功，“善恶之报，不可诬也”。（〔宋〕苏辙：《龙川别志》。）
苏轼此行，朝廷给予的礼遇，光宠异常，太皇太后特准用前执政恩例，诏赐衣一对，金腰带一条，金镀银鞍辔一副，马一匹。这都是加殿阁衔的封疆大臣，才能得到的宠赐。
热衷爵禄的给事中赵君锡，在一旁看得眼红心热，见得太皇太后以执政之礼待苏轼，猜想不久召还，一定就是拜相了。为要预先结个缘，立即上状盛称苏轼的道德文章，以为朝廷不能没有此人，“伏望收还苏轼所除新命，复留禁林，仍侍经幄”。
这样一个投机小人，二苏不察，视为朋友，后来果然吃了他的大亏。
苏轼往谒文潞公辞行，潞公再三嘱咐道：“君至杭州，少作诗歌，恐为不喜者诬谤。”
临别，上马时，潞公又再三嘱咐道：
“若还兴也，便有笺云。某虽老悖，愿君不忘鄙言。”
此即引用近事，吴处厚笺注蔡确“车盖亭诗”，蔡因此罹祸的故事，叮咛苏轼务须警惕。（〔宋〕张耒：《明道杂志》。）
苏轼出郊待发，太皇太后又特地派遣内侍来赐龙茶、银盒。
苏轼于元丰八年（1085）十二月自登州来京，至元祐四年（1089）四月离去风雨京华，三年有奇。