提举杭州洞霄宫的章惇，既相天下，接替了吕大防的地位，他这一帮人物，便竞先报怨，其中以张商英的表现最为凶悍。初被召为右正言，立即上疏言：
元祐诸臣，一切所为，无非翦除陛下羽翼于内，击逐股肱于外，天下之势，岌岌殆矣。今天日清明，诛赏未正，乞下禁省，检索前后章牍，付臣等看详，签揭以上。
商英是个热衷利禄的小人，但也颇有才干。元祐以来，极不得意，他要报复，遂定下了“一网打尽”的毒计。倘如照他疏述办理，就档存章牍来寻资料，则在当时尽废新法的国策之下，一切语言文字，皆是有凭有据的罪证，元祐臣工，还有谁能逃过这天罗地网？
哲宗朝绍述之祸的惨烈，从张商英言，“类编元祐群臣章疏及更改事条”一节，是肆毒缙绅、衣冠涂炭的一大始机。
五月间，章惇又把出名的凶手黄履引进朝来。秋七月，台谏官们便交章论司马光等变更先朝之法，为叛道逆理。竟然主张掘司马光、吕公著的坟墓，断棺暴尸。幸而哲宗将此问于许将，将对曰“此非盛德事”，才未实现，改为追夺赠谥，将墓上所立的神道碑，统统扑毁。
其时，朝中还留着一个铁面无私、刚正敢言的监察御史常安民，是他首先揭发蔡京之奸，又说：“今大臣为绍述之说，皆借此名以报复私怨。”指斥道：“张商英求官于吕公著，谀佞无耻，近乃乞毁司马光、吕公著神道碑；周秩为博士，亲定光谥为文正，近乃乞斫棺鞭尸。陛下察此辈之言，出于公论乎？”章疏前后至数十百上，皆不报。
新政派人人弹冠相庆，唯有资格最老的吕惠卿顶不得意，盖因他在政治舞台上演惯了戏，做工太好，一旦被人揭穿，便变得一文不值了。冬十月，诏以吕惠卿知大名府时，常安民进言于帝曰：“北都重镇，而除惠卿？惠卿赋性深险，背王安石者，其事君可知？今将过阙，必言先帝而泣，感动陛下，希望留京矣。”皇上很注意他这句话，决定试试看。吕惠卿至京，请面对，见了哲宗，一说到先皇帝时，果然伏地大哭。皇上厌恶极了，正色不答，惠卿之计不售。
常安民再论章惇颛国植党，乞收主柄，而抑其权。终被论为“党于苏轼兄弟”，出为滁州监酒税。
章惇党既已整肃死人，当然不会放过活口。虞策再攻苏辙以汉武帝比先朝，止守近郡，罪大责轻，请远谪以惩其咎。哲宗说：“已谪矣，可止也。”但右正言上官均又并攻吕大防和苏辙，说他二人“擅权欺君，窃弄威福，朋邪诬罔，同恶相济”，列举六大罪状，同时牵入李之纯和现在一力投靠的杨畏、虞策、来之邵等，说他们以前都是大防、苏辙的党羽，现在皆应同时清算。
于是，苏辙被特降为左朝议大夫知袁州。
这篇谪词，也出于林希的手笔，开头就说：“太中大夫知汝州苏辙，父子兄弟，挟机权变诈之学，惊愚惑众。……”
苏辙读到时，双手捧着告词，哭了。他说：“某兄弟固无足言，先人何罪耶！”（〔宋〕王楙：《野老记闻》。）
这篇告词中，说到宣仁太皇太后之任用苏辙，则曰：“垂帘之初，老奸擅国，置在言路，使诋先朝。”林希代皇上撰文，竟使孙儿大骂祖母为“老奸”，陷哲宗于忤逆不道。利令智昏，连他自己想想也良心不安，据说某日，草制罢，掷笔于地曰：“坏了名节矣！”（〔宋〕王称：《东都事略》。）
言官有言，三省同议，认为吕大防、刘挚、苏辙三人，所受处分，不过落职降官，黜知小郡，实在“罪重谪轻，情法相违”，请求更加详酌；而监察御史周秩则说：“挚与辙讥斥先朝，不减于轼，大防又用轼之所谋所言，而得罪轻于苏轼，天下必以为非。”章惇等又编了一张黑名单，列文彦博以次三十人，拟全部窜逐岭外。李清臣为反对章惇，所以进言：“更先帝法度，不能无过，然皆累朝先臣，若从惇言，必大骇物听。”皇上乃下诏曰：“大臣朋党，司马光以下各以轻重议罚，其布告天下。”这张黑名单中的元祐大臣，才得暂时幸免远谪，改为：
降授知随州的吕大防行秘书监，分司南京，郢州居住；降授知黄州的刘挚，试光禄卿，分司南京，蕲州居住；降授知袁州的苏辙，试少府监，分司南京，筠州居住。在苏轼到达惠州之前，辙已回到元丰年间曾监酒税的江西高安去了。
章惇与苏轼之间，为何有这样的深仇大恨，文献无征，不甚明白。
哲宗绍述熙丰新政的这个时代，刚一揭幕，那些见风转舵的言官们，放下在京朝的执政大臣不论，第一个拿来开刀的，即是远在定州的苏轼，这情形甚不可解，有人解释为：其时哲宗已有召章惇为相之意，朝中做官的，都想拿打垮苏轼来作晋见新相的见面礼。果然如此，则章惇对苏轼“欲得之而甘心”的毒念，在当时的官僚社会里，必是尽人皆知的常识了。
苏轼被责知英州为闰四月初三，后二十余日，章惇才到京任职。他一登上相位，果有重议苏轼讪谤罪责之论，续有责授建昌军司马、惠州安置的后命，则章惇对苏轼的恶意，果是事实。
苏轼与章惇交识甚早，同游仙游潭时，苏轼不敢走两谷间的独木桥，章惇平步而过，毫不畏惧。苏轼说笑道：“子厚他日必能杀人。”
元祐初，同在京师，又一类似的故事：
章子厚与苏子瞻少为莫逆交。一日，子厚坦腹而卧，适子瞻自外来，摩其腹以问子瞻曰：“公道此中何所有？”子瞻曰：“都是谋反的家事。”（佚名：《道山清话》。）
当时戏言，殊不知章惇今日，所要谋反的，所要杀的，却是苏轼。
有人说熙宁八年（1075），章惇知湖州，苏作《和章七出守湖州二首》诗，有“方丈仙人”一联，使章惇疑在讥嘲他的出身，因此结怨。
这话有个故事的背景：章惇的父亲章俞，少年时，行为很不检点，与他早寡的岳母杨氏私通，生了章惇。原想将这私生儿溺毙算了，幸得杨氏之母不忍，劝她留了一手，用一大盒，将这新生儿缄封在内，送与章俞。
章俞推算这孩子的五行（八字）很好，断定将来可以光大门楣，所以雇用乳母，将他养大了。后来登第做官，与苏轼相交，苏作《送章七出守湖州》诗，首联：“方丈仙人出渺茫，高情犹爱水云乡。”章惇疑心是在嘲笑他这不大体面的出身，因此怀恨在心。至绍圣开元，得相天下，遂逼令苏轼渡海，意在报复云云。（〔宋〕王明清：《挥麈余话》。）此说流传甚广，人云亦云，其实不确。
章惇出知湖州后五年，苏轼因诗狱一案，被谪黄州。那时候，忧谗畏讥，非至亲知交，不敢以文字与人，独与章子厚书，坦述自己和弟辙经济窘迫的情况，娓娓详道黄州的生活；可见他们之间的交情依然深切。宰相王珪在神宗面前谗害苏轼，章惇代抱不平，苏轼贻书有“子厚平居遗我药石，及困急，又有以救恤之”的话，两人交谊何尝有所芥蒂？
元祐初，章惇知枢密院事，与司马光时时发生摩擦，司马不堪虐侮，幸赖苏轼居中调护和疏通，才得稍解。
这许多事实，皆足证明章惇于元祐元年春出知汶州，退出中枢政府之前，与苏轼的交谊还是非常完满的，并无嫌怨。可是，章惇这次离京以后，惇轼之间，确也再无往来形迹。
当然，元祐时期，苏章二人的政治立场不同，内外有别，使他们疏远了，这是非常自然的情势，不足以发生深仇大恨。所以，章惇相天下，首欲除掉并不在朝的苏轼，后又千方百计，非欲置之死地不可，恐怕私怨的成分不大，而是政治夺权的情势下，严重的猜疑所造成的祸患。
问题的症结，恐怕还是在于苏轼与哲宗的关系。
哲宗皇帝生性仁厚，少时有“不践蝼蚁”的美德，所以绝对不是一个毫无人性的帝王，只因年少识浅，感情冲动，心理不太正常，便被小人利用而已。
哲宗的仁厚，从下面的事例可以看得出来。苏辙当廷顶撞，皇帝已经盛怒；但于出知汝州，侍御史虞策以为罪重责轻，乞加远戍时，哲宗便说：“已谪矣，可止也。”吕大防既谪安州，他的哥哥大忠自泾原入朝，哲宗还问：“大防安否？”而且说：“执政欲迁诸岭南，朕独令处安陆（湖北），为朕寄声问之。大防朴直，为人所卖，二三年可复见也。”
可见这青年皇帝，还算是个非常念旧的人。
哲宗之与苏轼，关系更不平常，自他十岁登位以来，苏轼即是侍从的近臣；经筵讲读，师生之间，相处融洽，又与程颐说书不同。翰林学士，职司天子的侍从兼顾问，天子任何行动，翰林学士皆预坐，几乎时时不离左右；至为翰林承旨，更独承天子的密旨，论君臣关系之近密，更无逾于此职者。任何人都会想到，哲宗对这旧臣，不会永远弃置的。即如苏轼已经出知杭州，宫中有派使者赴杭之便，哲宗还悄悄地亲自缄封一包茶叶，密赐苏轼。
更可察知皇上对苏轼的感情，与一般臣工不同。
皇上对于苏轼这种潜在而又深厚的感情，植根于少年时期的信赖心，可以被强烈的报复冲动所迷乱，蒙混于一时，使苏轼在那一阵政治风暴的锐势上，做了第一号牺牲品；但风波总有平静的一日，皇上一旦醒悟，说不定哪一天忽又念及这“八年经筵之旧”的师傅，谁能保证他不使出无上的君权，径以中旨给予召还呢？宋代的相权有限，到那时候，章惇无论怎么蛮横，也没有办法了。何况，自欧阳、司马谢世以后，苏轼名满天下，人望鼎鼎，绝非章惇可及，万一哲宗付以政柄，则章惇辈好不容易攫到的政权，岂不天摇地动，大势去矣！
基于这个理由，为了他们整个集团的利益，章惇未到之前，要想投靠他的人，已先对准苏轼，开了第一刀；而章惇上台之后，觉得这一号大敌，单是流放岭外、不得叙复等平常措施，还不足以杜绝后患，因此发展出后来种种非欲置之死地不可的毒计，皆是政治夺权的狠毒，并非个人私怨。
苏轼被谪的惠州，唐时叫循州，南汉时改名祯州，宋时才称惠州。州治即今广东省惠州市惠阳区，距广州三百里，位于东江之南岸。清时惠州辖属归善、博罗、长宁、永安、海丰、陆丰、龙川、河源、和平等九县及连平州。
惠阳城南有座飞鹅岭，所以又称“鹅城”。山明水秀，风景绝佳，可惜当时尚未开发，还是化外偏鄙之地。忽然来了苏轼这样一个鼎鼎大名的人物，不由得整个社会轰动起来。入境的外乡人少，极易受到注意和被辨认。所以，苏轼随便到哪里走动大家都知道他是谁，对他都很礼貌，一点没有异乡人隔阂的感觉。苏轼很是高兴，写《十月二日初到惠州》诗：
仿佛曾游岂梦中，欣然鸡犬识新丰。
吏民惊怪坐何事，父老相携迎此翁。
苏武岂知还漠北，管宁自欲老辽东。
岭南万户皆春色，（注：岭南万户酒。）会有幽人客寓公。
苏轼初到，地方当局为表示礼遇，特别招待他在合江楼暂住。这合江楼在三司行衙中，是三司按临所居的宾馆，地居龙川江与西江合流之处，朱楼临槛，即是大江。苏轼住在楼上，远眺海山葱茏，云水浩渺，不禁有仙境不远之想。他说：“……江风初凉睡正美，楼上啼鸦呼我起。我今身世两相违，西流白日东流水。楼中老人日清新，天上岂有痴仙人。三山咫尺不归去，一杯付与罗浮春。”
过岭以来，沿途地方官多来求见，如罗阳推官程天侔（全父）途中晋谒，自此订交，苏轼后来再贬海南，得他甚多照顾。惠州太守詹范，字器之，建安人，与已故的黄州太守徐大受（君猷）是非常交好的朋友，因此与苏轼一见投契。他也时时携酒来访，相与共饮，与当时黄州的情形一样。李安正出守苍梧，绕道来访，竟为居留十日。程乡县令侯晋叔及归善主簿谭汲来，陪他同游县西八十里的大云寺，松下野饮，设松黄汤（松黄汤，据《本草图经》：松花上黄粉，名松黄，山人及时拂取，作汤点之。），轼有词记游：
罗袜空飞洛浦尘，锦袍不见谪仙人。携壶藉草亦天真。
玉粉轻黄千岁药，雪花浮动万家春。醉归江路野梅新。
苏轼对这侯晋叔印象很好，认为颇有文采气节，实为佳士；所以后来将与程之才联络的重要任务，交给他办。
合江楼是三司行馆，只能暂时招待，不是谪官可以久居之地。月之十八日，苏轼数口便搬到嘉祐寺去住了。
合江楼在惠州府，为水西；嘉祐寺在归善县城内，为水东。县城沿江而筑，一面跨山，寺亦造在山边，山上有松风亭，与寺甚近。苏轼甚爱寺居的幽深窈窕，觉得不比合江楼坏。
岭南气候温和，十月下旬，松风亭下的梅花就已盛开了。苏轼想起当年贬谪黄州，路过麻城县春风岭上看梅的旧事，觉得梅花每与流落的生涯相纠结，不禁感慨万千，作诗曰：“春风岭上淮南村，昔年梅花曾断魂。岂知流落复相见，蛮风蜑雨愁黄昏。……”又作：“罗浮山下梅花村，玉雪为骨冰为魂。纷纷初疑月挂树，耿耿独与参横昏。先生索居江海上，悄如病鹤栖荒园。天香国艳肯相顾，知我酒熟诗清温。……”
虽然同样是在天涯流落中看到梅开，但在去黄州途中的春风岭上，细雨梅花，不免还有穷途失路的悲哀，而现在这栖园病鹤，他的心情却已非常平和。“酒醒梦觉起绕树，妙意有在终无言。”又曰：“酒醒人散山寂寂，惟有落蕊黏空樽。”苏轼的修养境界，便自完全不同了。
苏轼心境的平和，由于他已完全看透了人生。到惠州后数月，答参寥书，有极善譬喻的自述：
……某到贬所半年，凡百粗遣，更不能细说。大略只似灵隐天竺和尚退院后，却在一个小村院子，折足铛中，罨糙米饭吃，便过一生也得。其余，瘴疠病人，北方何尝不病？是病皆死得人，何必瘴气？但苦无医药。京师国医手里死汉尤多。参寥闻此一笑，当不复忧我也。……
岭南地热，春来特早，一过了年，就已百花齐放。大地上缀满了缤纷的彩色。苏轼寓居嘉祐寺，也和在黄州一样，日常以各处闲逛为消遣。绍圣二年正月二十六日，他和几个朋友“野步”走到嘉祐僧舍东南，见有一个本地人家，院子里杂花盛开，色香浓郁，苏轼禁不住扣门求观。
出来应门的林姓老媪，白发青裙，青年守寡，独居已经三十年。苏轼感叹之余，写下一首色彩非常浓艳的名诗：
缥蒂缃枝出绛房，绿阴青子送春忙。
涓涓泣露紫含笑，焰焰烧空红佛桑。
落日孤烟知客恨，短篱破屋为谁香。
主人白发青裙袂，子美诗中黄四娘。
最奇的是兄弟同在如此严重的患难中，他写寄苏辙的万里家书，却只传授在惠州啃羊脊骨的美味，好像一个向来寒素的老饕，道其一饮一啄的喜悦。书言：
惠州市井寥落，然犹日杀一羊。不敢与仕者争，买时嘱屠者，买其脊骨，骨间亦有微肉，热煮漉出（不乘热出，则抱水不干），渍酒中，点薄盐，炙微焦，食之。终日抉剔，得铢两于肯綮之间，意甚喜之，如食蟹螯，率数日辄一食，甚觉有补。子由三年食堂庖，所食刍豢，没齿而不得骨，岂复知此味乎？戏书此纸遗之。虽戏书，实可施用也。然此说行，则众狗不悦矣！
苏轼竭力挣扎，就是要挣脱这三十多年来的邯郸大梦。但是梦虽醒矣，却发现自己已被政治迫害所捆缚，茫茫来日，不知将有怎样的命运来到，仍然不免有心如“挂钩之鱼”那样的痛苦与焦灼。一天，他从嘉祐寺徒步上山往松风亭，山径陡峭，足力不济，坐在路隅休息时，忽然得了彻底的解悟。作《记游松风亭》短文曰：
余尝寓居惠州嘉祐寺，纵步松风亭下。足力疲乏，思欲就林止息。仰望亭宇，尚在木末，意谓如何得到？良久，忽曰：此间有甚么歇不得处？由是，如挂钩之鱼，忽得解脱。
若人悟此，虽兵阵相接，鼓声如雷霆，进则死敌，退则死法，当恁么时，也不妨熟歇。