元符二年，岁又将尽，苏轼无聊益甚，夜间做了一个梦。梦中登惠州之合江楼，月色如水，韩魏公（琦）跨鹤来，对他说：“奉命管领天上重要曹事，故来相报，你不久就可以回中原去了。”（本集：《梦登合江楼记》。）
醒来想想，意气用事的皇帝春秋正盛，坚持“独元祐臣僚不赦”的权臣依然在位，实在不能相信会有这种奇迹发生，然而心里又不愿不信。
某日清晨，他对苏过道：“我曾告诉过你，我决不为海外人。近日胸中感觉有一种将还中州的气象。”说毕，洗砚，索纸笔，焚香端坐，续言道：“我写平生所作八赋卜之，果如吾言，当不脱漏一字。”
写毕，自读一过，大喜道：“吾归无疑矣！”（〔宋〕朱弁：《曲洧旧闻》。）
果然，一跨出新年，大局发生剧变，奇迹出现了。
元符三年（1100）庚辰正月初九，哲宗皇帝崩逝，年只二十五岁。上年九月，刘妃生子茂，遂得正位中宫，被立为后。但这皇子生后两三月间即告夭觞。越年，帝崩。
皇太后向氏对宰臣哭道：“国家不幸，大行皇帝无嗣，事须先定。”
“论礼与法，当立母弟简王似。”章惇抗声道。
“老身无子，诸王都是神宗的庶子，莫难如此分别。”
“论长，则申王佖当立。”章惇再说。
“申王眼睛有毛病，依次应立端王佶。”太后说。
“端王轻佻，不可以君天下。”
章惇言犹未毕，曾布叱道：“章惇未曾与臣商议。如皇太后圣谕，甚为得当。”
蔡卞、许将跟着说：“合依圣旨。”
太后又曰：“先帝尝言端王有福寿，且仁孝。”
章惇默不作声。于是论定，即召端王入宫，即位于柩前。群臣请向太后权同处分军国事，太后以帝已年长辞，帝拜泣坚请，太后才答应。端王，哲宗之弟，神宗第十一子，是即徽宗。
二月底、三月初，海南始得皇帝崩逝的消息，苏轼遵制成服，因是罪官，不敢作挽词。
吴复古在广州，听到朝廷叙复元祐臣僚，苏氏兄弟有内迁的消息，又听到司马温公赠太尉，曾布将为右相等等马路新闻，他非常兴奋，即刻再度过海，来报这个喜讯。
宦海升沉，人间富贵，在一个饱经忧患的人看来，毫无真实的意义。只是那些为了巩固权位、无所不为的人，今将安往？苏轼不禁产生一股怜悯之情，作《次韵子由赠吴子野先生二绝句》之一，即云：
江令苍苔围故宅，谢家语燕集华堂。
先生笑说江南事，只有青山绕建康。
苏轼的希望非常卑微，只望能回到惠州白鹤峰去住，于愿已足。他作《和陶始经曲阿》诗：“北郊有大赉，南冠解囚拘。眷言罗浮下，白鹤返故庐。”
秦观自横州谪徙雷州，至本年三四月间始到，开始和老师通问。这时候，他先得到苏轼内迁廉州的消息，立即专差送信来报告。苏轼答书略云：
前所闻，果的否？若信然，得文字后，亦须得半月乃行。自此径乘蜑船至徐闻出路，不知犹及一见否？……
文潜、无咎（张耒、晁补之）得消耗否？鲁直云宣义监鄂酒。廉州若得安居，取小子（苏过）一房来，终焉可也。生如暂寓，亦何所择。果行，冲冒慎重。
徽宗即位，大赦天下。封章惇为申国公，以韩忠彦为尚书右仆射兼中书侍郎，李清臣为门下侍郎，黄履尚书右丞，蒋之奇同知枢密院事。一面则诏求直言，登进邹浩、陈瓘、任伯雨、龚夬、张廷坚、陈祐为台谏官。其次是决定叙复元祐臣僚：范纯仁、刘奉世、吕希纯、吴安诗、韩川等，并任分司；吕希哲希绩兄弟、吕陶等并给宫观；苏轼徙廉州，苏辙徙岳州，刘安世徙衡州；王古、杨畏、晁补之、张耒等并与知州；黄庭坚、贾易等并与监当官的差遣。秦观奉命放还，准备径还衡州，所以苏轼给他信中有“果行，冲冒慎重”的叮咛，不幸他后来竟以跋涉长途，中暑死于道路。
章惇虽仍在位，但已丧失了权势，如他的内应刘后，虽仍被尊为元符皇后，但已毫无作用，而内侍郝随、刘友端等皆被逐出宫外。
徽宗初即位，确也锐意图治，虚心纳谏，延用忠鲠之士，史家认为颇有一点庆历之治的气象，想不到后来却坏在曾布、蔡京手上。
元符三年（1100）四月丁巳（二十一日）诏范纯仁等复宫观，苏轼等徙内郡。五月，告下儋州，苏轼以琼州别驾、廉州安置，不得签书公事。轼进上谢表，有惊魂复苏、喜出望外之意。如言：
使命远临，初闻丧胆。诏词温厚，亟返惊魂。拜望阙庭，喜溢颜面。否极泰遇，虽物理之常然；昔弃今收，岂罪余之敢望。……
苏辙告授濠州团练副使、岳州居住，即自浈阳峡上溯韶州，度岭，由章贡出九江而赴武昌。苏轼赴廉，兄弟二人，不得越境相会。本来可能是一个最后见面的机会，格于法令，终未能得。
消息传布，邻里来集，向他道贺。经营海舶的许珏首愿载他们从石排渡海。苏轼预算二十五六日间方可登船，沿海岸行一日至石排，渡海亦须一日，但要候风色顺利，才能过渡。苏轼致函秦观，约在徐闻相见，同时托徐闻县令吴君为雇夫役二十人在递角场相候，搬取行李。
苏轼将向姜唐佐借的《烟萝子》《吴志》《会要》等书，作书附还，郑嘉会船运所借诸书，因为他已去官，所以只好海运寄与苏迈，要他访查郑某现在的下落，妥慎归纳。
谪居海南三年，饮咸食腥，陵暴飓雾，苏轼认为如今幸得生还，皆叨山川之神的保佑，所以作《峻灵王庙碑》，西向而辞。
范祖禹殁于化州贬所，其子请求归葬，朝廷未许。苏轼对于这个平生知己流落异乡的殡宫，念念不忘，一再函唁他的儿子，一再痛悼。此次赴廉，又不敢违法越境往吊，最为遗憾。与其子冲（元长）书言：
海外粗闻近事，南来诸人，恐有北辕之渐。而吾友翰林公，独隔幽显，言之痛裂忘生。矧昆仲纯笃之性，感恸摧割，如何可言。奈何，奈何！……惟昆仲深自爱，得归，亦勿亟遽，俟秋稍凉而行为佳。
其深欲一见左右，赴合浦，不惜数舍之迂，但再三思虑，不敢耳。……热甚，万万节哀自重。谨启。
六月，将离昌化，向符、黎诸家辞行。见到黎民表时，为他写了一首别诗：
我本海南民，寄生西蜀州。
忽然跨海去，譬如事远游。
平生生死梦，三者无劣优。
知君不再见，欲去且少留。
轼居与黎家甚近，所以黎民表曾说：“东坡几乎没有一天不来我家，向我讨取园栽的蔬菜。”此来辞行，民表置酒款待，苏轼于诗后缀以跋语曰：
“新酿甚佳，求一具理。临行写此，以折菜钱。”（梧桐细雨文学网注：〔宋〕释惠洪：《冷斋夜话》。又张邦基《墨庄漫录》，以此诗为留别黎子云秀才者，不知孰是。但邦基亲见此帖，记言：“宣和中，余在京相蓝（？），见南州一士人携此帖来，粗厚楮纸，行书，涂抹一二字，类颜鲁公祭侄文，甚奇伟也。具理，南荒人瓶罂。”）
许珏船出航未归，苏轼不及等待，决定仍由琼山出海。当离昌化时，当地土著朋友，皆有馈遗，一概谢辞不受。十数父老携带酒馔，沿途送别，执手涕泣言道：
“此回与内翰相别后，不知甚时再得相见。”（梧桐细雨文学网注：《遁斋闲览》云：“东坡自海南还，过润州。州牧，故人也，出郊迓之，因问海南风土人情如何？东坡曰‘风土极善，人情不恶，某初离昌化时，有十数父老皆携酒馔直至舟次相送’云云。”但轼与欧阳晦夫书，却其馈赆，有曰：“仁人之馈，固当捧领。但以离海南，儋人争致赡遗，受之则若饕餮然，所以一路皆不受。”是乃苏轼一生清节之表见于细事者。）
苏轼与过及吴复古同行，先抵澄迈。所畜一条土狗名曰“乌嘴”者，非常勇猛，途经长桥，它泅水过河，路人惊喜聚观。过赵梦得家，宿澄迈驿，题通潮阁诗二首。稍后，有人见该地望海亭柱间，有擘窠大字一联：“贪看白鹭横秋浦，不觉青林没晚潮。”即是诗中之语。
赴琼山，学生姜唐佐来见，约与同餐，又再亲访其家。《冷斋夜话》的作者释惠洪后来往游海南，特访姜唐佐，唐佐不在，只见到他的老母。她笑迎这位远来的和尚，请他吃槟榔。惠洪问：“老夫人也曾见过苏公吗？”老夫人说：“认识。这位老先生真好吟诗，尝策杖而来，自己坐到西边那张木凳上，问道：‘秀才哪里去了？’我说：‘到村里去，还未回来。’座边恰有一张包灯心纸，老先生就用手撕开，写满了字，交给我说：‘秀才回来，给他看。’这张纸，现在还在。”惠洪要来看，醉墨欹斜，写的是“张睢阳生犹骂贼，嚼齿空龈；颜平原死不忘君，握拳透爪”。（〔宋〕释惠洪：《冷斋夜话》。）
六月二十日登舟，是夜渡海。
苏轼将三年间，这一番海上来去的感慨，写成一诗：
参横斗转欲三更，苦雨终风也解晴。
云散月明谁点缀，天容海色本澄清。
空余鲁叟乘桴意，粗识轩辕奏乐声。
九死南荒吾不恨，兹游奇绝冠平生。
此诗寄意，平和深远，意为不论怎样的狂风暴雨，总有还晴的时候，云散了，月亮也就重现光明，天和海，本身就是清澄不含渣滓的。虽然在南荒濒临死境，但不如此，也就失此海外奇游的机会。
二十一日登递角场，作《伏波庙祀事碑铭》。徐闻县令代雇的夫役已在岸边等候，苏轼很顺利地到了徐闻，与秦观和观的好友海康令欧阳元老相会。
范冲在雷州等了很久，不及相见，赶回化州去办理扶榇还籍的大事，留书重申为其父撰传之请；但是，范冲实在糊涂，不曾留下任何资料，使苏轼无从着笔，只好托少游与他联络，议其详录。不料这样一个转折，就此失掉了机会。
苏轼在海南，要将所借的书归还郑嘉会，但已不知他的行踪，见到雷守张君俞，始知郑被中央派员刁难，已经罢官，现在到广西去了。
在雷州逗留了四五天，师弟二人谈了个痛快。秦观心里并不稳定，深怕前途还有变化，将行，取出一篇写好的《自挽词》来，请老师看。苏轼认为秦观今已齐死生，了物我，戏作此语，所以并不为怪，手抚其背道：“我常忧少游未尽此理，今复何言！我也自己写就一篇志墓文，将付从者，不使过子知晓。”就那样相与啸咏而别，根本不知此会是永诀。（本集：《书秦少游挽词后》。又何薳《春渚纪闻》。）
但是，苏门四学士中，也只秦观能见上一面。黄庭坚徙戎州时，已起复为监鄂州税，不赴，往游苏轼的故乡眉山去了；张耒先已起复为黄州判官，时方移知衮州；晁补之本在监信州酒税，现已召还，迁官吏部郎中兼国史院编修：这几个人都散在四方，不能与老师再见一面。
从雷州海康去廉州（合浦）陆行七百余里，连日大雨，桥梁崩坏，大水一望无际。苏轼投宿于兴廉村净行院，作《雨夜宿净行院》诗：“芒鞋不踏利名场，一叶轻舟寄渺茫。林下对床听夜雨，静无灯火照凄凉。”翌日，自净行院下乘小舟至官寨，听说自此以西，都在涨水，看不见桥，也找不到船。他听别人劝说，改坐蜑船沿海前行，即是白石。舟小浪大，颠簸不堪，这一晚是六月月杪，阴暗无月，小舟碇泊在大海中，天水相连，星河满天，苏轼夜不成睡，起坐回顾，不禁叹息道：
“我何以屡遭险难，幸已平安渡海，到得徐闻，现在却又要厄穷于此！”
苏过在旁边鼾睡，叫他也不醒。苏轼把所撰《易》《书》《论语》稿，带在身边，此书世无他本，手抚原稿，叹道：
“天若不要使此书从此丧亡，吾辈必济！”（〔宋〕傅藻：《东坡纪年录·记渡合浦》。）
果然，七月初四那天，平安到了廉州合浦。廉守张仲修招待在官廨暂住。诗人梅尧臣（圣俞）的门生，现任石康县令的欧阳辟叩门求见。欧阳辟，字晦夫，桂林人。
晦夫检出梅师所赠诗卷来给苏轼看，求他题跋。中有“我家无梧桐，安可久留凤。凤栖在桂林，乌哺不得共”等语，触动苏轼早年的回忆。这位宛陵先生，是老苏的朋友，他为苏洵作《老翁泉》诗，中亦有曰：“岁月不知老，家有雏凤凰。百鸟戢羽翼，不敢呈文章。”同样以凤凰来比拟轼、辙兄弟的杰出。
现在，梅圣俞死已四十年，欧阳晦夫也已六十六了，比苏轼还大一岁，须鬓皆已皓白，而处境之穷，两人也大略相似。苏轼不禁与他执手大笑道：
“圣俞之所谓凤凰者，大概都是你我这样的人。天下人都说圣俞以诗而穷，我们两人则比圣俞还要穷，可不大笑吗？”（本集：《书梅圣俞赠欧阳辟诗》。）
汴京城中，陆续发布新政，充盈着一片祥和之气。
陈瓘（莹中）首先上书论国是。徽宗命取《编类臣僚章疏》那一百数十帙的陷人之具进宫，一把火全部焚烧掉。元符二年（1099）以前民欠的官债，完全蠲免。
四月，皇长子生，大赦天下。五月，韩忠彦建言：“元祐臣僚，生者即蒙恩赦，死者亦宜甄复。”于是，诏复文彦博、王珪、司马光、吕公著、吕大防、刘挚、韩维、梁焘、赵瞻、王岩叟、范祖禹、钱勰、顾临、孔文仲、孙觉、朱光庭等三十三人，凡生前官爵致仕，或遗表恩泽，一律追还其旧。
在这次大赦中，苏氏兄弟均蒙恩泽。苏辙先已内迁岳州，由江西九行抵武昌时，途中奉到诰授太中大夫、提举凤翔府上清太平宫，外州军任便居住的诏命。既蒙“任便居住”，他就折回许昌，回家去了。
苏轼于七月初四到廉州合浦，八月二十四日奉到诏告，迁舒州团练副使、量移永州。永州在湖南长沙附近，苏辙如在岳州，本尚邻近，而现在他已回到许昌去了，兄弟两人的距离就又扯远了。
先前，苏轼已令次子迨到岭南来相聚，计算程期，他也将到惠州。苏轼就又通知迈，率领全家人到梧州相会，然后同赴永州。
答郑靖老（嘉会）书中，述其计划行程甚详：
……别来百罹，不可胜言，置之不足道也。……某留此过中秋，或至月末乃行。至北流，作竹筏下水，历容、藤至梧。与迈约，令搬家至梧相会。中子迨亦至惠矣，却雇舟溯贺江而上，水陆数节，方至永。
至八月二十九日，苏轼偕儿子过离开廉州。