六月十五日，苏轼坐船循运河航赴常州。这几日，体气已稍恢复，苏颂的外孙李敒从河岸看到他，头戴小冠，身披一件半臂（背心），坐在船舱里。运河两岸挤满了当地老百姓，希望一瞻这位大名士的风采，苏轼顾谓坐客道：“莫看杀轼否！”（〔宋〕邵博：《闻见后录》。）
船到奔牛埭，钱世雄等在那里迎接。苏轼独自卧在榻上，慢慢坐起身来，对世雄道：
“万里生还，不料要以后事托你了。只是我与子由，自从贬往海南，就不得再见一面。倘若从此永诀，此痛难堪，其余都无所谓。”
停了好一阵子，舒过一口气来后，续道：
“我前在海外，写得《易》《书》《论语》三部书稿，今天想要全部托付给你，希望不要拿给别人看。三十年后，会有知者。”
语毕，取出一只箧子，要打开来，却找不到钥匙。钱世雄说：“某现今才得机会随侍先生，不会马上就要谈到这个。”（何薳《春渚纪闻》引钱济明《跋施纯叟藏苏公帖》。）
船到常州，苏轼等就直接迁入顾塘桥的孙宅住了。
苏轼遂于这个月内，上表请老（退休），朝廷准以本官致仕。此时，参寥已经回到西湖智果院，派专人前来问安。苏轼作答书中提到请求致仕的原因，如言：
某病甚，几不相见，两日乃微有生意。
书中旨意，一一领，但不能多书历答也。
见知识中病甚垂死，因致仕而得活者，俗情不免效之，其他不恤也。
钱世雄每天都来，来则陪他在病榻边聊天，听他慨然追论往事，谈谈以往的人物，或则检出岭外几年间的诗文稿来给他看。苏轼说得高兴，时发一笑，世雄觉得他笑时“眉宇间秀爽之气，照映坐人”。（何薳《春渚纪闻》引钱济明《跋施纯叟藏苏公帖》。）
七月盛暑，当地久旱不雨，苏轼命家人检出一幅黄筌画的龙，挂在中堂，他每夜亲自上香祷雨。这是他做州郡官时的习惯，现虽致仕家居，且在病中，亦不改关心大众生活的诚心。苏家旧藏的一些画件，多年未加整理，也趁此夏日，叫人拿出来，在阳光里晾曝，自己也还能出来略略检点。
亲友们任何馈赠，苏轼一概不收，只有钱世雄送的“和饮子”与“蒸作”（饮料与点心），都欣然接受了，但作谢片说：“切望止此而已。”
世雄如有一天未来，则派人去催请。来了，就以谈笑为乐。七月十二那天，精神更好一点，有起床来写写字的兴趣，就为世雄写了一幅惠州所作的《江月五首》。第二天，又为在惠州时寄世雄的《小字桂酒颂》写了题跋。
自从初五日起，至十三日这一周间，苏轼病况日见轻减，精神恢复不少；但至十四日病情忽然转剧，夜发高烧；十五日热毒大作，停服一切药物，只以参苓汤代茶。《与钱济明书》云：
某一夜发热，不可言。齿间出血如蚯蚓者无数，迨晓乃止，困惫之甚。
细察疾状，专是热毒，根源不浅，当专用清凉药，已令用人参、茯苓、麦门冬三味煮浓汁，渴即少啜之，余药皆罢也。
庄生闻在宥天下，未闻治天下也。三物可谓在宥矣。如此而不愈，则天也，非吾过矣。
国人论医疗，有“不药为中医”之说。苏轼所用方法，就是停止服食“治”病的药物，只饮参苓汤——人参主安精神，定魂魄，开心益智；茯苓安神；麦门冬疏导心腹结气，暖胃——意在培养元气，以身体自己的抵抗力来“却”病。
病象显示，苏轼患的是痢疾，用这个“不药为中医”的办法来对付细菌性的传染病——阿米巴痢疾，将归失散，几乎是必然的命运。何况这一年来，全在长途跋涉中生活，历尽严寒酷暑、雨露风霜的摧残，体力本已十分亏损，真州再度中暑，就一发不可收拾了。
齿间出血之日，忽又气逆上冲，日夜只好倚坐床头，不能平卧。陆元光将自用的一块懒版送来供苏轼卧用。懒版即古之“交床”，纵横三尺，垫在背后，苏轼觉得舒服多了。
后来他就是靠在这块懒版上过世的。（〔宋〕费衮：《梁溪漫志》。）
钱世雄眼看这病几已无药可治，濒临绝望的情急中，弄来一服“神药”劝他服用。苏轼说：“神药理贯幽明，未可轻议。”但却不吃。
陈辅之来候病，儿子们不敢通报。苏轼听到了，叫他们赶快追上去请他回来，相与道故。
苏轼自知不起，十八日把三个儿子都叫到病榻边来，对他们说道：“吾生无恶，死必不坠（地狱）。”又曰：“至时，慎毋哭泣，让我坦然化去。”这和苏格拉底临命前所说“我要安静地离开人世，请忍耐、镇静”，完全是同样的口吻。
至二十一日，自觉稍有生气，命迨、过二子来扶他起床，试行数步。
二十三日，睡醒过来，看到径山寺长老维琳的名刺，知他冒暑远来探病，惊叹久之，备书邀他晚上来对榻卧谈：
某卧病五十日，日以增剧，已颓然待尽矣。两日始微有生意，亦未可必也。
适睡觉，忽见刺字，惊叹久之。暑毒如此，岂耆年者出山旅次时耶！不审比来眠食何似？某扶行不过数步，亦不能久坐，老师能相对卧谈少顷否？晚凉更一访。惫甚。
二十五日疾革，又手书与维琳道别：
某岭海万里不死，而归宿田里，遂有不起之忧，岂非命也！夫然，死生亦细故尔，无足道者。惟为佛为法为众生自重。
苏轼作此书时，虽已自知不起，但他心里非常平静，觉得一个人，怎么样个死法都无所谓，重要者是活着的时候，究竟是怎么个活法，此即庄子所说的“善吾生，所以善吾死也”。苏轼一生，仰不愧于天，俯不怍于地，且已竭尽一切，善事其生，所以今日，他能坦然写道：“死生亦细故尔！”
维琳是苏轼帅杭州时，聘来主持径山寺的长老，至今已历十年。苏轼再贬海南的消息传到东南时，很多浙僧每日为他祈祷佛祖保佑，无恙早愈，维琳是其中之一。
二十六日，维琳来对苏轼说偈曰：
扁舟驾兰陵，目换旧风物。
君家有天人，雌雄维摩诘。
我口答文殊，千里来问疾。
若以偈相答，露柱皆笑出。（〔宋〕赵彦卫：《云麓漫钞》。）
苏轼神志清明，口答一偈：
与君皆丙子，各已三万日（梧桐细雨文学网注：东坡生于景祐三年丙子，至是年辛巳卒，以日数计之，仅得二万三千四百余日。云三万日者，举成数也。）。
一日一千偈，电往那能诘？
大患缘有身，无身则无疾。
平生笑罗什，神咒真浪出。
维琳不懂“神咒”的典故，苏轼说话似已不甚利落，故索笔书曰：“昔鸠摩罗什病急，出西域神咒三番，令弟子诵以免难，不及事而终，后二日属纩。”这三十一字，是苏轼一生中的绝笔。（〔宋〕傅藻：《东坡纪年录》。属纩：人濒死时置绵于口鼻之上以为候。）
二十七日，病况更加恶化，上体热燥，下身寒冷，时有气息不支的现象。（〔宋〕苏辙：《栾城集·祭兄文》。）
二十八日，临危，听觉先失，然而神明丝毫不乱。维琳在他耳边大声道：
“端明勿忘西方。”
“西方不是没有，但个里着力不得。”苏轼回答。钱世雄在旁，也凑近耳畔大声道：
“至此更须着力。”
苏轼答曰：“着力即差。”（〔宋〕周煇：《清波杂志》。）
世雄还要再问：“端明平生学佛，此日如何？”
轼曰：“此语亦不受。”（〔宋〕释德洪：《石门题跋》。）
迈趋前问后事，不答。
苏轼遂此湛然而逝。时为建中靖国元年（1101）七月二十八日。
三子——迈、迨、过；六孙——大房的箪（楚老）、符（仲虎），二房的箕、筌、筹（其中一个乳名叫普儿，一个叫淮德），三房当时还只有一子，曰籥，都在寝前送终，承衾痛哭，遵礼盛敛。
明年，改元崇宁，闰六月二十日葬于汝州郏城县钓台乡上瑞里嵩阳之峨眉山，即今河南省之郏县。
苏家祖茔，原在眉县老泉山。关山阻隔，路途遥远，势已不能归葬。苏辙买田临汝，子孙安居许昌，几已不作他迁之想。所以生前兄弟计议已定，在郏城县自有地上辟设一个流寓在外的苏氏族墓，墓地有山，名曰峨眉，亦是巧合。所以苏辙迎柩文说：“地虽郏鄏，山曰峨嵋，天实命之，岂人也哉！”
苏轼继室同安郡君王氏的灵柩，自始即厝于京师道院，至今已历九年。此时，迈等先赴郏城营墓，然后回到常州奉丧；苏辙先期已将亡嫂的灵榇，自京师迁至墓地附近的精舍等待，然后夫妇合葬于此，也是遵照苏轼生前的遗意办理的。
苏辙遵遗命撰墓志铭。
苏轼最后的仕历是端明殿学士兼翰林侍读学士、守礼部尚书；谪后，复朝奉郎、提举成都玉局观。墓志说：“公自元祐以来，未尝以岁课乞迁，故官止于此。”勋上轻车都尉，封武功县开国伯，食邑九百户。
著作有《易传》九卷、《书传》十三卷、《论语说》五卷，《东坡集》四十卷、《后集》二十卷，《奏议》十五卷、《内制》十卷、《外制》三卷，《和陶诗》四卷。