嘉靖二十六年，居正为庶吉士，从此踏上了政治生活的大道。这时政治的大权，一切都在世宗手里。世宗是一个“英明”的君主，十六岁的时候，他只是兴王，武宗死了，遗诏召他嗣位。他自安陆兴王府入京。到了城外，礼部尚书请用皇太子即位礼，世宗立即拒绝，坚持着遗诏只是嗣皇帝，不是嗣皇子。十六岁的青年，这样地坚决，确实是一个英主的举动。即位以后，为了追尊父亲兴献王的事情，和大臣发生许多的争执，但是在大体上，我们毕竟不能不承认世宗称兴献王为皇考，伯父孝宗为皇伯考，是一种合理的主张。此外还有许多兴礼作乐的事，也许现代的我们不感到很大的兴趣，但是如废除孔子文宣王的尊号，只称先师，撤除塑像，只设木主，究竟不失为开明的举动。
然而嘉靖二十六年，世宗已经老了。他只是四十一岁，但是皇帝的年龄，和一般人不同。崇高的位置，使他的生活失去了上进的诱惑，于是他开始感觉到厌倦，再由厌倦感觉到衰迈了。从嘉靖十八年起，世宗已经不视朝，二十年以后，便一直在西苑万寿宫，连宫内也不去。一切的政务，都在因循和颓废中间消磨了。嘉靖二年起，世宗在宫中开始修醮，至此更是无日不在修醮的当中。当时还有前朝、后朝的分别：前朝百官的章奏，是给世宗皇帝看的；后朝便是道士的章奏，也是给世宗看的，但是后朝的世宗，只是道士的领袖。可是世宗对于整个的政治，仍然把持着，一步不会放松。他是洞内的虎豹，发怒的时候，会从洞内跳出来，打死些獐猫鹿兔，打得厌倦了，便仍回洞内，度那优裕懒散的生活。二十六年以后，世宗杀夏言，杀曾铣，杀丁汝夔、杨选、杨守谦、王忬，乃至杀杨继盛，杀严世蕃，都是同一心理作用。然而世宗毕竟厌倦而衰迈了，整个的政权慢慢地从手里落下，严嵩、严世蕃父子就乘此盗弄君权，显赫一时。可是大柄仍然在世宗手里，当他从斋醮中清醒过来的时候，严嵩不免奉命回籍，严世蕃竟至身首异处。假如这是当时政治的轨道，那么居正入仕的那一年，明代的政治正在这样的轨道上面。
明代自成祖以来，政治的枢纽全在内阁。这是和现代资本主义国家的内阁近似、然而完全不同的组织。现代西方的内阁，是议会政治的产物；它的权力相当庞大，有时甚至成为国家的统治者，除了偶然受到议会制裁以外，不受任何的限制；整个的内阁，人员常在六七人以上，有时多至二三十人；全体阁员，不是出于一个政党，便出于几个政见不甚悬殊的政党；内阁总理，纵使不一定能够操纵全部的政治，但是他在内阁的领导权，任何阁员都不能加以否认。明代的内阁便完全两样了。整个的内阁只是皇帝的秘书厅，内阁大学士只是皇帝的秘书：内阁的权力有时竟是非常渺小，即使在相当庞大的时候，仍旧受到君权的限制；任何权重的大学士，在皇帝下诏斥逐以后，当日即须出京，不得逗留片刻；内阁的人员，有时多至八人，但是通常只有四五人，有时仅有一人；因为阁员的来源，出于皇帝的任命，而不出于任何的政党，所以阁中的意见，时常分歧，偶有志同道合的同僚，意见一致，这只是和衷共济，而不是政见的协调；在四五人的内阁中间，正在逐渐演成一种领袖制度，这便是所谓首辅，现代的术语，称为秘书主任，皇帝的一切诏谕，都由首辅一人拟稿，称为票拟；在首辅执笔的时候，其余的人只有束手旁观，没有斟酌的余地，即有代为执笔的时候，也难免再经过首辅的删定；首辅的产生，常常是论资格，所以往往身任首辅数年，忽然来了一个资格较深的大学士，便只能退任次辅；首辅、次辅职权的分限，一切没有明文规定，只有习惯，因此首辅和其余的阁员，时常会有不断的斗争；政治的波涛，永远发生在内阁以内，次辅因为觊觎首辅的大权，便要攻击首辅，首辅因为感受次辅的威胁，也要驱逐次辅；同时因为维持内阁的尊严，所以他们的斗争，常是暗斗而不是明争；又因为内阁阁员，或多或少地都得到皇帝的信任，所以斗争的第一步，便是破坏皇帝对他的信任，以致加以贬斥或降调，而此种斗争的后面，常常潜伏着诬蔑、谗毁甚至杀机。这样的政争，永远是充满血腥，而居正参加政治的时代，血腥正在内阁中荡漾。
嘉靖二十六年，内阁大学士只有夏言、严嵩二人。在二十三年以后，严嵩曾经当过一年有余的首辅，但是因为二十四年九月起用夏言，这是曾经当过三年首辅、资格较深的人物，所以退为次辅。夏言贵溪人，严嵩分宜人，他们虽然同是来自江西，却是属于两个范畴的人物。夏言是一味的高亢，严嵩便是一味的柔佞。夏言有时甚至和世宗反抗。世宗在醮天的时候，自己戴着香叶冠，一时高兴，制了几顶香叶冠，分赐大臣。第二天严嵩把轻纱笼着香叶冠，颤巍巍地戴进西苑来。夏言竟没有戴，世宗问起来，他只说大臣朝天子，用不着道士的衣冠。在他们同在内阁的时候，有一次严嵩跪在皇帝面前，泪水像雨一样地落下，说夏言欺负他，世宗想起夙恨，把夏言斥逐了，这是夏言第一次落职。以后便是严嵩的专权；贪污放恣成为政治的风气，所以世宗才想起重用夏言。夏言再入内阁以后，他们两人仍把以前的作风再行表演。世宗派小内监到他们家里去的时候，夏言只是坐着，把他们当奴才看待；严嵩却拉小内监并坐，数长数短地问着，等到小内监告辞的时候，更是满把的金钱塞到他们袖管里。世宗醮天，要有一道上给玉皇大帝的表章，——因为写在青纸上，当时称为青词，——便吩咐夏言、严嵩拟上来，夏言只是潦草塞责，严嵩便聚精会神，把他的文学天才，完全灌注到青词上面。这是第二次夏言、严嵩在阁内的斗争，但是这次夏言的失败，却失败在内阁之外。
自从明代开国起，直到神宗中世，国家的边患，只有北方的一面。元代的后裔都在北边，在他们分散的时候，对于国家，本来不成为多大的问题；但是一旦团结起来，常会给予国家一种严重的威胁。最初鞑靼骑士，未入河套，所以国家西边还比较安静。英宗天顺六年，鞑靼开始侵入河套，以后逐渐视为他们的给养地，不时再从河套出击，国家西边遂感觉不安。孝宗弘治十年，设总制陕西三边军务，所谓三边，便是指陕西省甘肃、延绥、宁夏三边，一切的布置，都是对付河套的鞑靼，以后称为“套寇”。第一任三边总制王越曾经主张以十五万大军穷搜河套，事未得行。武宗正德三年三边总制杨一清主张夺回河套，上言：“兹欲复守东胜，因河为固，东接大同，西接宁夏，使河套千里之地归我耕牧，开屯田数百里，用省内运，则陕西犹可息肩也。”但是杨一清的计划，也没有贯彻。到嘉靖年间，盘踞河套的吉囊更加猖獗了。河套不清，三边永无宁日。夏言当政以后，二十五年夏间用曾铣总督（注：嘉靖十九年，改总制为总督。）陕西三边军务。
曾铣，江都人，虽然出生在风华绩靡的地方，但是充满报国的热情。到任不久，十余万套寇冲入边墙，大掠延安、庆阳，曾铣一面以几千兵抵住套寇，一面却另派大军，直捣套寇的根据地，才算解了目前之急。但是曾铣认定最切实的办法，只有把鞑靼逐出河套。他上疏言：
贼据河套侵扰边鄙将百年，孝宗欲复而不能，武宗欲征而不果，使吉囊据为巢穴，出套则寇宣大三关，以震畿辅，入套则寇延、宁、甘、固，以扰关中，深山大川，势顾在敌而不在我。封疆之臣曾无有以收复为陛下言者。盖军兴重务也，小有挫失，媒孽踵至，鼎镬刀锯，面背森然。臣非不知兵凶战危，而枕戈汗马，切齿痛心有日矣。窃尝计之：秋高马肥，弓矢劲利，彼聚而攻，我散而守，则彼胜；冬深水枯，马无宿蒿，春寒阴雨，壤无燥土，彼势渐弱，我乘其弊，则中国胜。臣请以锐卒六万，益以山东枪手二千，每当春夏交，携五十日饷，水陆交进，直捣其巢，材官驺发，雷火炮击，则寇不能支。此一劳永逸之策，万世社稷所赖也。
这是嘉靖二十五年秋间曾铣的计划。他主张一面修筑边墙，一面收复河套，他又说：“夫臣方议筑边，又议复套者，以筑边不过数十年计耳，复套则驱斥凶残，临河作阵，乃国家万年久远之计，惟陛下裁之。”世宗把曾铣的奏疏交兵部议复。经过相当时期以后，兵部尚书陈经议复，认为筑边、复套，都不容易，比较起来，复套更是困难。他说：“夫欲率数万之众，赉五十日之粮，深入险远艰阻之域，以驱数十年盘据之兵，谈何容易。”这是审慎，但是审慎之中，只看到因循。世宗下诏斥责兵部，同时策励曾铣道：“寇据河套，为中国患久矣，连岁关隘横被荼毒，朕宵旰念之，而边臣无分主忧者。今铣能倡复套之谋，甚见壮猷，本兵乃久之始复，迄无定见，何也？其令铣更与诸边臣悉心图议，务求长算。若边境千里沙漠，与宣大地异，但可就要害修筑，兵部其发银三十万两与铣，听其修边饷兵造器，便宜调度支用，备明年防御计。”这一道诏书，正是夏言的手拟。
夏言的岳父苏纲，也是江都人，因此常在夏言那里，称道曾铣，首辅与边臣同心，要立千载一时之功。嘉靖二十六年五月，正在张居正中进士两个月以后，曾铣再在陕西发动战事，这只是一个小小的接触，一切正在做大举的准备。十一月曾铣连同陕西巡抚、延绥巡抚、宁夏巡抚，以及三边总兵上疏，决定收复河套。世宗还是说“卿等既已详酌，即会同多官，协忠抒谋，以图廓清”。夏言、曾铣都准备立功。
但是暴风雨来了。严嵩痛恨夏言，正在伺候机会，忽然一天世宗手诏辅臣：“今逐套贼，师果有名否？兵食果有余，成功可必否？一铣何足言，如生民荼毒何？”这是犹豫，犹豫的后面便是动摇。机会毕竟来了。严嵩是不会放过机会的，他立刻说河套决不可复。夏言质问严嵩为什么不早说，要是有异议，就不应当迟到现在。在夏言盛气凌人的习惯里，这是常事。但是世宗的个性，比夏言还要强，于是从夏言和严嵩的对立，突变为世宗和夏言的对立。严嵩再上疏认为曾铣开边启衅，误国大计；夏言表里雷同，淆乱国事。皇帝的暴怒，是没有限制的。二十七年正月夏言罢职，一面逮捕曾铣入京，政府官吏主张复套者一概罚俸。最后曾铣竟因交结近侍的罪名弃市，夏言则因为苏纲和曾铣同乡的关系，被诬为由苏纲居间，受曾铣赃贿，也在十月间弃市。从此河套永远受着鞑靼骑士的蹂躏，却葬送了一个内阁大学士，一个总督陕西三边军务。严嵩复为首辅，再在那半清客、半权臣的局面下，维持十五年的政权。
明代的翰林院，是政治演进的结果，对于整个政治，发生重大的影响。翰林院的新科进士，对于实际的政治，不负任何职任，只是在悠闲的岁月里，给自己以充分的修养。这里大部分人士，是在研讨诗文，但是也有一部分人士，在那里研讨朝章国故。文学的人才，政治的人才，都在翰林院培养。假使我们对于明代的文学，给以一种正确的估价，我们不能不承认翰林院的成绩。同样地，假使我们对于明代的政治，要是仔细考察为什么在许多昏君庸主下面，还能维持二百七十余年的存在，我们对于明代的翰林院，也不能不寄以同情。在张居正入翰林院的时候，多数的进士们，正在讨论怎样做西汉的文章和盛唐的诗句，但是居正的注意力，却集中到实用上面。居正的目光，似已远远地看到二十年以后的将来。
在夏言和严嵩的斗争里，一个新科进士是没有地位的，等到居正对于当时的时局有了些微的认识，夏言已经失败了。居正和严嵩的关系怎样，我们没有切实的把握；但是内阁大学士，是翰林院的长官，在翰林院设内阁公座，而且一切公务行移，皆用翰林院印；所以内阁、翰林称为同官，事实上居正和严嵩是不会不发生关系的。文集中《圣寿无疆颂》《得道长生颂》，以及奏疏中《代谢赐御制答辅臣贺雪吟疏》，这一类的文章，固然是代严嵩做的，没有疑问；就是在严嵩失败以后，分宜县知县替他经营葬事，居正给他说：“闻故相严公已葬，公阴德及于枯骨矣；使死而知也，当何如其为报哉？”（注：书牍一《与分宜尹》。）可见居正和严嵩，是有相当的感情。不断的政治斗争里，居正在那里揣摹着：他知道在怎样的环境里，应当怎样维护自己。他也知道，在学习的期间，应当怎样地从容缓进。他和蜗牛一样，正在或左或右地，伸出触角，寻觅政治上的支援。
在吉囊盘踞河套、随时领导鞑靼骑士向陕西出击的时候，他的兄弟俺答也正在北部和东北部不断地进攻。嘉靖二十七年八月，俺答进犯大同，九月进犯宣府，深入永宁、怀来。这时夏言、曾铣久已罢职了，严嵩在世宗面前，指出俺答的进攻，完全是夏言、曾铣计划收复河套的结果，再给与世宗以一种新的刺激。其后二人的被杀，便在九月间决定了。二十八年二月，俺答大举入侵，进略大同，直抵怀来。总兵周尚文率兵万人，和俺答大战；宣大总督翁万达也向敌人进攻，居然杀了五十五个鞑靼骑士：算是数十年未有之大捷！
嘉靖二十六年，居正授庶吉士。名义上，庶吉士只是一种学习的官员，在翰林院中称为馆选，三年期满，称为散馆，凡是二甲进士及第的，例赐编修。所以二十八年居正是翰林院编修了，还是一个清衔，没有实际的政务。这一年，他有《论时政疏》（注：奏疏十二。），首指臃肿痿痹之病五，继陈血气壅阏之病一。他说：
其大者曰宗室骄恣，曰庶官瘝旷，曰吏治因循，曰边备未修，曰财用大亏，其他为圣明之累者，不可以悉举，而五者乃其尤大较著者也。臣闻今之宗室，古之侯王，其所好尚，皆百姓之观瞻，风俗之移易所系。臣伏睹祖训，观国朝之所以待宗室者，亲礼甚隆，而防范亦密。乃今一二宗藩，不思师法祖训，制节谨度，以承天休，而舍侯王之尊，竞求真人之号，招集方术逋逃之人，惑民耳目。斯皆外求亲媚于主上，以张其势，而内实奸贪淫虐，凌轹有司，朘刻小民，以纵其欲。今河南抚臣又见告矣。不早少创之，使屡得志，臣恐四方守臣无复能行其志。而尾大之势成，臣愚以为非细故也。所谓宗室骄恣者此也。臣闻才者材也，养之贵素，使之贵器。养之素则不乏，使之器则得宜。古者一官必有数人堪此任者，是以代匮承乏，不旷天工。今国家于人材，素未尝留意以蓄养之，而使之又不当其器，一言议及，辄见逐去，及至缺乏，又不得已，轮资逐格而叙进之，所进或颇不逮所去。今朝廷济济，虽不可谓无人，然亦岂无抱异才而隐伏者乎，亦岂无罹玷用而永废者乎？臣愚以为诸非贪婪至无行者，尽可随才任使，效一节之用。况又有卓卓可录者，而皆使之槁项黄馘，以终其身，甚可惜也，吏安得不乏！所谓庶官瘝旷者此也。守令者，亲民之吏也，守令之贤否，监司廉之，监司之取舍，铨衡参之，国朝之制，不可谓不周悉矣。迩来考课不严，名实不核，守令之于监司，奔走承顺而已，簿书期会为急务，承望风旨为精敏，监司以是课其贤否，上之铨衡，铨衡又不深察，惟监司之为据，至或举劾参差，毁誉不定，贿多者阶崇，巧宦者秩进。语曰：“何以礼义为？才多而光荣；何以谨慎为？勇猛而临官。”以此成风，正直之道塞，势利之俗成，民之利病，俗之污隆，孰有留意于此者乎？所谓吏治因循者此也。夷狄之患，虽自古有之，然守备素具，外侮不能侵也。今“虏”骄日久，还来尤甚，或当宣大，或入内地，小入则小利，大入则大利。边圉之臣皆务一切，幸而不为大害，则欣然而喜，无复有为万世之利，建难胜之策者。顷者陛下赫然发奋，激励将士，云中之战，遂大克捷，此振作之效也。然法曰：“无恃其不来，恃吾有以待之。”乘战胜之气，预防之图，在此时矣，而迄于无闻。所谓边备未修者此也。天地生财，自有定数，取之有制，用之有节，则裕；取之无制，用之不节，则乏。今国赋所出，仰给东南，然民力有限，应办无穷，而王朝之费，又数十倍于国初之时，大官之供，岁累巨万，中贵征索，溪壑难盈，司农屡屡告乏。夫以天下奉一人之身，虽至过费，何遂空乏乎？则所以耗之者，非一端故也。语曰：“三寸之管而无当，不可满也。”今天下非特三寸而已。所谓财用大匮者此也。五者之弊非一日矣，然臣以为此特臃肿痿痹之病耳，非大患也，如使一身之中，血气升降而流通，则此数者可以一治而愈。夫唯有所壅闭而不通，则虽有针石药物无所用。伏愿陛下览否泰之原，通上下之志，广开献纳之门，亲近辅弼之臣，使群臣百寮皆得一望清光而通其思虑，君臣之际晓然无所关格，然后以此五者分职而责成之，则人人思效其所长，而积弊除矣，何五者之足患乎？
在居正奏疏中，这是初次，也许在世宗一朝，除了例行章疏以外，居正上疏，也只有这一次。这里充分地表现了居正的政治才能。他看定当时政治的症结，应当说的已经说了，然而没有得罪世宗，也没有得罪严嵩。这便和杨继盛、海瑞不同。杨继盛攻击仇鸾，攻击严嵩；海瑞攻击世宗：从直言极谏的立场看来，当然没有丝毫的遗憾，但是在事实方面，继盛所得的是弃市，海瑞所得的是下狱，这是居正所不愿为的事。蜗牛的触角伸出了，但是觉得空气不利，终于还是收回，居正只是再埋头于朝章国故的探索，对于时政，便不更置一辞。
嘉靖二十八年居正上疏的时候，才二十五岁，我们因此遥想到汉文帝时一个二十余岁的洛阳少年。然而居正究竟不如贾谊。贾谊《治安策》论众建诸侯以遏乱萌，这是汉代政局的对策，但是在明世宗的时候，要说宗室骄恣，真是太可怜了。武宗的时候，亲藩造反确有两次，但是即以宁王宸濠那样的声势，也是不久即灭，亲藩的威力，已经过去了，其实没有什么尾大不掉之势。在这个时期里，世宗正在崇奉道教，于是徽王厚爝也奉道，世宗封他太清辅元宣化真人；辽王宪也奉道，世宗封他清微忠教真人。这只是讨皇帝欢喜的一种可怜相，还有什么远大的志趣呢？也许居正念念不忘宪，在这个机会里，给他放一枝冷箭，但是他却忘去关于宗藩的一个大问题。明代宗藩的问题是宗禄。太祖二十六子，除懿文太子外，其余皆封王，王的长子当然也是王，其余便封郡王，如是一代一代地递降，除长子袭封以外，便有镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉。王和郡王的女儿是公主、郡主，递降还有县主、郡君、县君、乡君。公主的丈夫是驸马，郡主以至乡君的丈夫是仪宾。这一切人都有岁禄，从王的一万石到乡君及仪宾的二百石，单单一个王府的岁禄，已经是非常骇人。而自成祖以后，每经过一个皇帝，当然又要添若干王府。在宗室媵妾没有限制的时候，他们的子女，也没有限制。太祖二十六子、十六女，已经是很大的数目，但是晋府庆成王奇浈便有子七十人，虽然没有打破田常七十余男的多子记录，比太祖已经多出三倍。一切王、郡王、将军、中尉，真把整个的国家吃穷了。直到嘉靖四十一年，御史林润才指出“天下之事极弊而大可虑者，莫甚于宗藩禄廪。天下岁供京师粮四百万石，而诸府禄米凡八百五十三万石。以山西言，存留百五十二万石，而宗禄二百十二万。以河南言，存留八十四万三千石，而宗禄百九十二万。是二省之粮，借令全输，不足供禄米之半，况吏禄、军饷皆出其中乎？故自郡王以上，犹得厚享，将军以上（注：上字应作下，《明史·食货志》引作上。），多不能自存。饥寒困辱，势所必至，常号呼道路，聚诟有司，守土之臣，每惧生变。夫赋不可增，而宗室日益蕃衍，可不为寒心？宜令大臣科道集议于朝，且谕诸王以势穷弊极，不得不通变之意，令户部会计赋额，以十年为率，通计兵荒蠲免存留及王府增封之数，共陈善后良策，断自宸衷，以垂万世不易之规。”林润的见地，便比居正中肯了。以后神宗万历六年，居正奏定宗藩事例，在这方面，才建立了一些规模。
嘉靖二十八年三月庄敬太子死了，居正集中有《庄敬太子挽歌》（注：诗三。）。但是这一件事留给居正的不是一首五律而是毕生的事业。世宗八子，五子早夭，成立的只有次子载壑、三子载垕、四子载圳。嘉靖十八年立载壑为太子（注：《明史·庄敬太子传》误作嘉靖八年。）、载垕为裕王、载圳为景王。十年以后，太子死了，谥为庄敬。这时当然是裕王晋封太子了，偏偏世宗认为册立太子是一件不吉利的事，所以无形地耽搁下来。当时得宠的道士陶仲文又提出二龙不能见面之说，皇帝是龙，太子当然是小龙，所以世宗索性不立太子，裕王、景王也看不到他们的父亲，从此裕王们便真真莫睹龙颜了。在太子的地位没有确定以前，裕王、景王成为急切的竞争者，幸亏他们都只是平庸到无可奈何的人物，所以宫廷以内，不曾演出流血的惨剧。这一件事直到嘉靖四十年，景王归藩，四十四年景王死去，才算告一段落。但是从二十八年到四十年的这个段落中，裕王的地位，实在是非常地不安。景王夺嫡的计划，在宫闱中已经是公开的事实。首辅严嵩对于裕王也是相当地冷淡。裕王应得的岁赐，一直拖欠了三年，自己当然不敢和父亲世宗提起，只得由左右先送银一千两给严嵩的儿子严世蕃，才能补发。可是严嵩对于裕王，还是不很放心。一天世蕃对裕王讲官高拱和陈以勤两人说：
“听说裕王殿下对于家大人有些不愿意，是怎样一回事呀？”
这是一个霹雳。在世宗、裕王父子不得见面，严嵩在世宗面前说一听一的时候，要是严嵩感到裕王的威胁，一切的演变都不是意外。高拱正在设法移转世蕃的注意，以勤只是沉静地说：
“国本久已决定了。裕王殿下的讳字，从后从土，明明是土地之主，这是皇上命名的意思。亲王讲官，旧例只有检讨，（注：见《明会典》。）但是裕王讲官，兼用编修，和其余诸府不同，这是宰相的意思。殿下常说唯有首辅才算得社稷之臣，请问不愿意的话从何而来呀？”
这一席话，保全了裕王的地位。其后高拱、以勤入阁，都是因为裕邸讲官的关系。嘉靖四十三年居正为裕邸日讲官，其后隆庆元年，居正入阁，也是因为这个关系。
嘉靖二十九年正月，大学士严嵩七十岁了，这正是他炙手可热的时候，居正有《寿严少师三十韵》（注：诗六。）。从“握斗调元化，持衡佐上玄，声名悬日月，剑履逼星缠，补衮功无匹，垂衣任独专，风云神自合，鱼水契无前”几句，可以看出世宗对于严嵩信任之专。同篇“履盛心逾小，承恩貌益虔，神功归寂若，晚节更怡然”，也指明严嵩那一番谨慎小心的态度。直到这时，居正对于严嵩，还保持相当的好感。
这一年春间，居正曾经请假回江陵一次。《宜都县重修儒学记》（注：文集九。）：“庚戌之春，余用侍从，请告归故郡。”可证。明弘治间规定两京给假官员，除往回水陆程外，许在家两个月。那时北京到江陵，交通困难，所以往回水陆程期再加在家两个月，居正回京的时候，已在秋间，因此有名的庚戌之变，居正大致恰巧看到。
嘉靖二十九年六月间，俺答寇大同，八月入蓟州，攻古北口，同时从黄榆沟溃墙入境。巡按顺天御史王忬出驻通州，调兵死守，一面向北京告急。本来从成祖初年，弃福余、泰宁、朵颜三卫以后，北京已经站在国防第一线了。蓟州失陷以后，敌人再从古北口取道通州进攻，对于北京，完成围攻的形势。北京原是明代第一个要塞，一切都是取的战时体制。成祖设京卫七十二，计军四十万，加以畿内八府军二十八万，中部大宁、山东、河南班军十六万，一共八十余万军队，当然不会感受任何的威胁。但是成祖的规模已经不在了，京军由三大营改为十二团营，再改为东西官厅，额军由三十八万再减为十四万，世宗初年京营额军只剩得十万七千余人。武备是一天一天的废弛了。等到俺答逼到近郊的时候，兵部尚书丁汝夔清查营伍，只有五、六万人。丁汝夔下令出城驻扎，但是这一群残兵，一个个只是愁眉苦脸，长吁短叹。战争没有把握了，世宗才下诏勤王。第一个奉诏的，是大将军咸宁侯仇鸾，从大同带了大军二万入援，以后各地勤王军一共来了五、六万，总算有了一点声势。但是给养方面，没有什么办法，饿死的兵士，正是日常习见的事。俺答到了北京城下，仇鸾不敢开战，派人和他接洽，只要不攻城，什么条件都可以承认。俺答当然有他的要求，但是和清朝中世英国侵略者东来的故事一样，称为要求“入贡”。世宗召大学士严嵩、李本，和礼部尚书徐阶到西苑便殿，手持俺答求贡书，问他们的办法。
“这是一群饿贼，皇上用不着操心。”严嵩说。
徐阶郑重地说：“军队一直驻到北京城外，杀人和切草一样，不仅是饿贼了。”
世宗皇帝只是点首，一面问严嵩看到“求贡书”没有。严嵩也有一份，从衣袖里递出说：“求贡是礼部的事。”
“事是礼部的事，但是一切还请皇上作主。”徐阶说。
“本来是和你们商议的。”世宗说。
“敌人已经到了近郊，要开战，要守城，什么都没有准备，目前只有议和，但是唯恐将来要求无厌，这是困难。”徐阶的话逐渐地具体了。
“只要于国家有利，皮币珠玉都给得。”世宗慨然地说。
“只是皮币珠玉，事情便好办了。”徐阶说，“万一还不满意，怎样处分？”
世宗竦然地说：“卿可谓远虑。”
计划是决定了。徐阶主张，指出俺答的“求贡书”，是用汉文写的，日后不能做讨论的根据，而且也没有临城求贡之理，只要他开出长城，改用鞑靼文写，再由大同守将转达，一切可以商量。当然这是一个缓兵之计。日子拖长了，四方勤王的军队开到北京，朝廷便有决战的实力。日子拖长了，鞑靼的骑士，掳掠已多，俺答也失去决战的热情。终于有一天，俺答整顿辎重，作退却的准备。这时世宗正在接二连三地催促兵部作战。丁汝夔问严嵩，严嵩说北京和边疆不同，在边疆打了败仗，不妨报功，在北京近郊打败了，皇上没有不知道的，那时怎样办？严嵩决定等待俺答掳掠饱了，自己退出，可是世宗也决定趁此大变杀戮大臣，“振作纲纪”！俺答一退，丁汝夔立即下狱。汝夔向严嵩求救，严嵩肯定地说：“我在，你绝对不会死。”然而世宗的决心，没有挽回的余地，严嵩也没有援救汝夔的意志。直到弃市的时候，汝夔才知道被严嵩出卖了。兵部尚书受讯，兵部的参谋长官——职方司郎中王尚学例当连坐，汝夔只说“罪在尚书一人，与郎中无预”，因此尚学免死远戍。汝夔还没有知道，临刑的时候，很关切地问左右道：“王郎中已经免死吗？”广王尚学的儿子王化在旁跪下道：“承尚书大恩，家大人免死了。”汝夔叹了一声道：“你的父亲屡次劝我速战，但是我为内阁所误，以至于此。现在你的父亲免死，我可以安心了。”丁汝夔的冤枉，是当时大众俱知的事，后来到了隆庆初年，才得追复原官。
经过这一次大变，居正认清了兵备是怎样地废弛，边备是怎样地重要，以及应付俺答的对策是怎样地急迫。他认清了严嵩误国卖友，对于严嵩，确是断念了。蜗牛的一个触角及时收回，但是另一个触角就趁此时伸出。他已经发见一个友人，就是他任庶吉士时的翰林院掌院学士，现任礼部尚书的徐阶。在翰林院的名分上，徐阶是居正的老师，但是在政治立场上，他是居正的政友。他们间的友谊，一直维持到万历十年居正身殁为止。
徐阶，松江华亭人，短小，白皙，一个典型的江南人。在政治上，他正是严嵩的敌手。严嵩柔佞，夏言刚愎，柔能克刚，所以夏言失败了。但是一味地柔佞，柔到和水一样，便唤不起信任。大难临头的时候，柔佞的人只是推卸责任，这样最容易引起轻视。徐阶不是这样。他不是钢铁，也不是水，他是一方橡皮。橡皮是柔的，遇到坚强的压力，能屈服，能退让，但是在压力减轻的时候，立即恢复原状。对于外来的力量，他是抵抗，但是永远不采取决裂的态度，即在退让的时候，他也永远不曾忘去撑持。这是政治上的一种风度，以后张居正、张四维，都曾经采取过。申时行维持九年的政权，也是采取这个风度。
这个时代，恰是阳明之学盛行的时代，徐阶不是王守仁的学生，但是他的朋友很多阳明一派的人。他曾和聂豹、欧阳德、程文德等，在北京灵济宫讲学，听讲的人有时多至五千，是北京讲学的盛会，但是他的良知之学，和他的侍从世宗，修治斋醮，好像不曾发生冲突。他讲求经世之学，但是他也精心结撰青词，好像也没有矛盾。他正在准备在政治上和严嵩争斗，然而表面上只有和平。时机还没有来，他正跧伏着。
嘉靖三十年是明代对外关系中可以纪念的一年。二十九年俺答入侵，终于在饱掠以后退出长城了，但是对于北京正是一个随时可发的威胁。大将军仇鸾不敢开战，只有设法避免战争，主张采取马市的办法。马市是由俺答岁进若干马，朝廷岁给若干币帛粟豆。在表面上，是通商，在事实上，俺答所得的是生活必需的资源，明朝所得的是不能作战的马匹。三十年三月，开马市。第一个反对的是兵部员外郎杨继盛。继盛奏言十不可、五谬。世宗召集大臣会议，仇鸾大声地说：“杨继盛没有看过战争，把事情看得这样容易！”最后的决定还是认为既和俺答约定了，无从反悔。继盛也就在这次贬为甘肃狄道典史。继盛是徐阶掌国子监时的门生，但是徐阶看到仇鸾结纳严嵩，正在得宠的时候，一句话没有说。就是居正，也在这个时期为严嵩赋三瑞诗；一篇称颂严家瑞竹、瑞芝、瑞莲三物的诗。最后的几句：
扶植原因造化功，爱护似有神明持。君不见，秋风江畔众芳萎，唯有此种方葳蕤！
这时是夏言已倒，徐阶未起的时候，世宗的力量，正在维持着这一本江西贵溪的瑞莲。
马市的事实，对于朝廷毕竟是一种侮辱。世宗衰迈了，也许有一些苟且，然而经不起这一刺激。高傲的血液里，激荡着复仇的气息。仇鸾没有知道，还在庆贺自己的成功；俺答也没有知道，还在和平的气氛中，不断地进攻大同、怀仁。战争的呼声又起了，沉没了世宗苟安的杂念。三十一年三月，他一面派仇鸾赴大同巡视边防，一面用礼部尚书徐阶兼东阁大学士，参预机务。徐阶看清世宗对于仇鸾的信任已经起了变化，首先便把仇鸾贻误大局的策略揭破。五月召仇鸾入京，八月收仇鸾大将军印，九月罢马市，朝廷和鞑靼间，恢复作战的体制。世宗对于仇鸾的反感，一切都看在严嵩的眼光里。严嵩本来也感到徐阶的威胁，正在打算借徐阶、仇鸾平时接近的关系，给他们一个一石两鸟之计，却想不到第一个推翻仇鸾的却是徐阶，被他占了先着。于是他把一腔仇怨深深地埋藏下去，再伺候适宜的机会。徐阶也趁此时机，结纳居正。周圣楷《张居正传》称“时少师徐阶在政府，见公沉毅渊重，深相期许”，便是这个时候。《明史·张居正传》称：“严嵩为首辅，忌阶，善阶者皆避匿，居正自如，嵩亦器居正。”徐阶和居正，方在计划推倒严嵩的政权，但是表面上还是平和的。严嵩看到居正在那里做《贺灵雨表》《贺瑞雪表》《贺冬至表》《贺元旦表》那些不痛不痒的文章，有时便吩咐他代拟一道，居正那些“臣等秩首班行，恩深眷遇，涵濡德泽，同万物以生辉，拜舞衣冠，仰九天而称贺”（注：奏疏十三《贺元旦表》二。），“臣等叨尘密勿，夙荷生成，念岁月之既多，感宠恩之愈厚”（注：奏疏十三《贺元旦表》五。），都是在嘉靖三十一、三十二年代辅臣拟作的。在严嵩的眼中，居正只是一个应酬诗文的作家，这又证实严嵩不如徐阶的敏感。
嘉靖三十二年，居正是一个二十九岁的青年，但是他的抱负，已经把他压迫得喘不过气来。诗集《拟西北有织妇》一首，大致是这年作的：
西北有织妇，容华艳朝光，
朝织锦绣段，暮成龙凤章。
投杼忽长吁，惄焉中自伤。
绵绵忆远道，悠悠恨河梁，
远道不可见，泪下何浪浪！
春风卷罗幙，明月照流黄，
山川一何阻，云树一何长。
安得随长风，翩翻来君傍，
愿将云锦丝，为君补华裳。
究竟是少年人，在一首通篇比兴的诗后，透出志在宰辅的抱负。幸而严嵩不会看到此诗，可以不必顾忌，他只在那里等待江南来的长风，把他送进内阁。
二十九年，俺答包围北京的时候，仇鸾不敢开战，是严嵩的同志；马市开了，世宗一意听信仇鸾的话，仇鸾便成为严嵩的威胁，所以杨继盛攻击仇鸾，间接也给予严嵩一种安慰。三十一年，仇鸾失败，继盛便由狄道典史，一升山东诸城知县，再升南京户部主事，三升刑部员外郎，四升兵部武选司；从三十一年到三十二年，一岁四迁，严嵩看清这次继盛一定是感激涕零了，偏偏继盛也看清严嵩只是一个辜恩误国的权奸。到任一个月，他弹劾严嵩十大罪，又说：
嵩有是十罪而又济之以五奸。知左右侍从之能察意旨也，厚贿结纳，凡陛下言动举措，莫不报嵩，是陛下之左右，皆贼嵩之间谍也。以通政司之主出纳也，用赵文华为使，凡有疏至，先送嵩阅，然后入御。王宗茂劾嵩之章，停五日乃上，故嵩得展转遮饰。是陛下之喉舌，乃贼嵩之鹰犬也。畏厂卫之缉访也，令子世蕃，结为婚姻。陛下试诘嵩诸孙之妇，皆谁氏乎？是陛下之爪牙，皆贼嵩之瓜葛也。畏科道之多言也，进士非其私属，不得预中书、行人选；知县非通贿，不得预给事、御史选。既选之后，入则杯酒结欢，出则馈赆相属，所有爱憎，授之论刺，历俸五六年，无所建白，即擢京卿。诸臣忍负国家，不敢忤权臣。是陛下之耳目，皆贼嵩之奴隶也。科道虽入牢笼，而部、寺中或有如徐学诗之辈，亦可惧也，令子世蕃，择其有才望者罗置门下，凡有事欲行者，先令报嵩，预为布置，连络蟠结，深根固蒂。各部堂司，大半皆其羽翼，是陛下之臣工，皆贼嵩之心膂也。陛下奈何爱一贼臣，而忍百万苍生陷于涂炭哉！至如大学士徐阶，蒙陛下特擢，乃亦每事依违，不敢持正，不可不谓之负国也。
继盛上疏之前，斋戒三日，满以为一诚上达，为国除害。但是他却忘去了世宗的存在。世宗任用严嵩，这是世宗的认识；继盛指摘严嵩的奸贼，便是指摘世宗的认识错误。这一点徐阶看得清，但是徐阶对于继盛的上疏，也是无可如何，只有坐看严嵩的挑剔，和刑部尚书何鳌的罗织。继盛经过廷杖一百以后，系刑部狱三年，最后在嘉靖三十四年，附着毫无关系的都御史张经案中弃市，这是后话。
居正是一个深沉的人，从继盛下狱以后，处处感到危机。对于时局，他的愤懑已经达到极点，可是偏偏不许流露。他的抱负是伟大的，可是在这个政局里，只要他做不关痛痒的文章，用不到他的抱负。平生的知己，剩得徐阶，然而徐阶只是那样地小心翼翼，纵使居正有什么主张，他一概不问，永远是静静地待着；而严嵩的政权，正在日新月异地，因为受着世宗的栽培而滋长。
这是作诗的时机吧！居正充分地把一腔哀怨交给他的诗囊。
述怀
岂是东方隐，沈冥金马门？
方同长卿倦，卧病思梁园。
蹇予柄微尚，适俗多忧烦。
侧身谬通籍，抚心愁触藩，
臃肿非世器，缅怀南山原。
幽涧有遗藻，白云漏芳荪，
山中人不归，众卉森以繁。
永愿谢尘累，闲居养营魂，
百年贵有适，贵贱宁足论。（注：诗一。）
适志
有欲苦不足，无欲亦无忧，
羲和振六辔，驹隙无停留，
我志在虚寂，苟得非所求，
虽居一世间，脱若云烟浮。
芙蕖濯清水，沧江漂白鸥。
鲁连志存齐，绮皓亦安刘，
伟哉古人达，千载想徽猷。（注：诗一。）
蒲生野塘中
蒲生野塘中，其叶何离离，
秋风不相惜，靡为泉下泥。
四序代炎凉，光景日夜驰，
荣瘁不自保，倏忽谁能知。
愚暗观目前，达人契真机，
履霜知冰凝，见盛恒虑衰。
种松勿负垣，植兰勿当逵，
临市叹黄犬，但为后世嗤。（注：诗一。）
在那个时代里，政治界的人物，大都是热中的。无疑地，居正的整个政治生活，充满热中的气息。然而这时他居然恬淡了。他没有忘去鲁连存齐、绮皓安刘的伟业，但是眼前正留着种松负垣、植兰当逵的炯戒。归去吧，归去吧，江陵的山水正在向他招手。
据敬修《文忠公行实》，居正元配顾氏，继配王氏。他第一次结婚在那一年，不可考。从诗集编次看，大致嘉靖三十二年，顾氏已经死去一年了。诗题：“余有内人之丧一年矣，偶读韦苏州伤内诗，怆然有感。”这首诗很流露了居正夫妇间的爱恋：“蹇薄遘运屯，中路弃所欢，嬿婉一何促，饮此长恨端”四句，指明他们相处的时期，并不太长，然而已经永别了。“离魂寄空馆，遗婴未能言”，正写出寄榇北京的情形，遗婴是否就是敬修，也不可知。（注：王世贞《首辅传》卷七言居正以妻丧请急归，与居正言不合。）
顾氏死后，不久居正又结婚了，这是王氏。正和一切再娶的情形一样，人生的缺憾是无法弥补的。居正诗集中《朱鸟吟》的最后两句：“仙游诚足娱，故雌安可忘”，是一个证明。
归去吧，归去吧！平生的抱负无法实现，当朝的权奸无法扫除；同年的杨继盛已经下狱，自己的前途毫无保障；少年的伴侣，已被死亡夺去；感情的创痕，又无从弥补。嘉靖三十三年的居正，只是一个三十岁的青年，然而已经认识了人生的痛苦，纵使没有什么大不了的疾病，他已经感觉到衰病缠绵。（诗集《送黎忠池》—首之二：“余有归与兴，抱病淹朝秩”可证。）终于在这一年，他告了病假，仍回江陵。临行的时候，他对徐阶留下一千几百字的一封长信。他说：
相公雅量古心，自在词林即负重望，三十余年；及登揆席，益允物情，内无琐琐姻娅之私，门无交关请谒之衅，此天下士倾心而延仕也。然自爰立以来，今且二稔，中间渊谋默运，固非博识可窥，然纲纪风俗，宏谟巨典，犹未使天下改观而易听者，相公岂欲委顺以俟时乎？语曰：“日中必熭，操刀必割。”窃见向者张文隐公刚直之气，毅然以天下为己任，然不逾年遽以病殁。近欧阳公人伦冠冕，向用方殷，亦奄然长逝。二公者皆自以神智妙用，和光遵养，然二三年间，相继凋谢。何则？方圆之施异用，愠结之怀难堪也。相公于两贤，意气久要，何图一旦奄丧，谁当与相公共功名者？况今荣进之路，险于榛棘，恶直丑正，实繁有徒。相公内抱不群，外欲浑迹。将以俟时，不亦难乎？盍若披腹心，见情素，伸独断之明计，捐流俗之顾虑，慨然一决其平生。若天启其衷，忠能悟主，即竹帛之名可期也。吾道竟阻，休泰无期，即抗浮云之志，遗世独往，亦一快也。孰与郁郁颔而窃叹也？夫宰相者，天子所重也，身不重则言不行，近年以来，主臣之情日隔，朝廷大政，有古匹夫可高论于天子之前者，而今之宰相，不敢出一言。何则？顾忌之情胜也。然其失在豢縻人主之爵禄，不求以道自重，而求言之动人主，必不可几矣。愿相公高视元览，抗志尘埃之外，其于爵禄也，量而后受，宠至不惊，皎然不利之心，上信乎主，下孚于众，则身重于泰山，言信于其蓍龟，进则为龙为光，退则为鸿为冥，岂不绰有余裕哉！（注：书牍十五《谢病别徐存斋相公》。）
究竟经验是跟着年龄来的。三十岁的翰林编修，已经迫不及待，拂衣而去了；五十二岁的内阁大学士，却认清楚还得忍耐，还得忍耐。“披腹心，见情素”，固然是一个办法，但是在固执己见、阿护前非的世宗面前，指摘严嵩，便是激怒皇上。杨继盛的例子在那里，这个使不得。“抗志浮云，遗世独往”，也很好，可是在和严嵩决裂以后，要想退居林下，安然自得，这是不可能的事——这是事实，不是徐阶的过虑；徐阶去位以后，遇到高拱当国，高拱去位以后，遇到张居正当国，都经过很大的危难，何况严嵩是一个比高拱更有办法，比张居正更无顾忌的人呢？不错，为了国家的安全，为了自己的安全，徐阶一步造次不得，他终于还是跧伏着，一切还是和平。他想到居正信中最后的几句，简直有些讽刺自己固位希宠了，他只是深切地沉吟：青年人不知道自己的苦衷，临去的时候，连辞行的礼貌都没有，那么，就让他去吧。徐阶依旧是“内抱不群，外欲浑迹”。