嘉靖四十五年十二月，裕王载垕即位，这是后来的穆宗。他即位的时候，年三十岁。
世宗是一位干练的君主。他崇信道教，从事斋醮，然而他永远没有忘去他是君主。杨廷和、杨一清、张孚敬、夏言、严嵩、徐阶——这一群有名的首辅，固然曾经掌握政权，但是威柄，依然在世宗手里。穆宗和他的父亲不同，他是完全另外一个范畴的人物。世宗在位的时候，他只是一味地谨慎小心，甚至连父亲都不敢看一面。世宗逝世了，他自己做君主，但是君主的威权，在他简直是一种痛苦的经验。朝会的时候，他照例是不发一言。如此一年一年地过去。起初还不妨说是什么“高宗谅阴，三年不言”，但是一直到第四年，他还没有感觉到说话的必要。这确有些骇人了。隆庆三年，尚宝丞郑履淳上疏：
陛下御极三祀矣，曾召问一大臣，面质一讲官，赏纳一谏士，以共画思患豫防之策乎？高亢睽孤，乾坤否隔，忠言重折槛之罚，儒臣虚纳牖之功，宫闱违脱珥之规，朝陛拂同舟之义。回奏蒙谴，补牍奚从？内批径出，封还何自？
隆庆四年刑部主事陆树德上言：“上下交为泰，今暌隔若此，何以劘君德，训万几？”但是一切的规诤，对于穆宗，没有发生什么影响。
当然，穆宗不是白痴，他只是对于实际政治发生厌倦。在宫廷里面，他有他的爱和憎。他爱女人，爱喝酒，爱和内监们一起游玩，爱鳌山，爱宫苑，爱秋千，爱龙凤舰，爱金匮玉盆：一切消闲的娱乐他都爱，一切实际的政治他都憎。事实上，实际的政治，用不到他自己操心。他有徐阶、高拱、张居正，这些干练的政治家；他也有李春芳、陈以勤、郭朴，这些忠谠的大臣。政权交给他们好了，穆宗自己想。不幸他连驾驭大臣的威柄，也一齐放手，因此穆宗一朝，内阁里面只见到不断的混斗。
穆宗是一个宽厚的君主，这是他和世宗绝对不同的地方。他即位的初年，诏令户部购买珠宝，户部尚书马森执奏，不听；给事中、御史们进谏，不听。最后激怒了御史詹仰庇，他上疏说：“陛下玩好之端渐启，弼违之谏恶闻，群小乘隙，百方诱惑，害有不可胜言者。”这是直接攻击皇帝了，穆宗只给他一个不答复。穆宗对陈皇后日渐疏远，皇后迁居别宫，慢慢地郁出病来，仰庇又上疏道：
“先帝慎择贤淑，作配陛下，为宗庙社稷内主，陛下宜遵先帝命，笃宫闱之好。近闻皇后移居别宫，已近一载，抑郁成疾，陛下略不省视。万一不讳，如圣德何！臣下莫不忧惶，徒以事涉宫禁，不敢颂言。臣谓人臣之义，知而不言，当死，言而触讳，亦当死。臣今日固不惜死，愿陛下采听臣言，立复皇后中宫，时加慰问，臣虽死，贤于生。”
这样地切直，在世宗的时候，久已应当受到廷杖的处分了，穆宗只批着，“后无子多病，移居别宫，聊自适以冀却疾。尔何知内廷事，顾妄言！”在明代，这真是难得了，一切看出穆宗是一个平庸的，然而宽厚的君主。
穆宗即位的时候，内阁大学士是徐阶、李春芳、郭朴、高拱四人。徐阶是首辅，内阁中最不平静的分子是高拱。
短短的十二月过去了，第二年便是穆宗隆庆元年。开了新年，居正由翰林院侍读学士，进礼部右侍郎，兼翰林院学士。侍郎是正三品，这已是进官了，但是只是一个阶梯。二月居正晋吏部左传郎兼东阁大学士，入阁。同时入阁的还有他的房师陈以勤。二人入阁，当然都是因为曾为裕邸讲官的原故。
这一年居正四十三岁了，也许他还记得荆州张秀才那两句诗，“凤毛丛劲节，只上尽头竿”。努力，努力！在三十年以后的今日，他已经直上尽头竿了，但是他还得努力，他要一直赶上尽头竿的顶点。
奉诏入阁以后，他有《辞免恩命疏》，这是一篇可以纪念的文章，全录于次：
奏为辞免恩命事，隆庆元年二月初九日，准吏部咨，节奉敕谕：“原讲官、今礼部右侍郎、兼翰林院学士张居正，升吏部左侍郎兼东阁大学士，著入内阁，同徐阶等办事，如敕奉行。钦此。”非常之命，特出宸衷，不次之恩，滥及庸品，臣不胜感激，不胜惶悚。窃以内阁之职，几务是司，以代王言，以熙帝载，必有宏深奥衍之学，蕴经纶康济之才，然后足以协赞皇猷，弼成圣化。臣学不足以造古人之微，识不足以通当世之务，既无才望，又鲜旧劳，徒以东朝劝讲之微勤，幸逢圣主龙飞之景运，因缘机遇，骤被恩慈，擢贰铨衡，晋参密勿，力微于蚊蝝，任重于丘山，退自省循，若为堪受。昔唐李泌、陆贽，遇代、德二主于藩邸；先臣杨溥、刘健，事仁、孝两庙于青宫：咸以旧劳，遂跻台席。然当时不以为幸得，后世咸仰其休声者，盖以四臣闻望素隆，勋庸茂著故也。臣之谫劣，何足以远企前贤，近希先哲，而一旦以后进之士，厕迹于老成耆旧之间，以庸众之流，滥竽于俊乂英贤之列，将何以致物情之允协，昭天鉴之无私？即微人言，能不自愧？况圣明临御之始，正海内观听之时，倘举措不惬于公评，则激劝有亏于国典，隮颠之咎，宁独在臣！伏愿皇上察臣悃诚，非由矫饰，特停成命，改授时贤，俾臣仍以旧官，勉图自效。庶程才量力，在微臣免覆之忧，为官择人，在国家有栋隆之吉。臣无任战栗陨越俟命之至。（注：奏疏十二。）
当然地，这是一篇例行的文章。明代关于大臣的任命，到了中叶以后，演成会推的制度。《明会典》：“阁臣，吏、兵二部尚书，会大九卿、五品以上官及科、道，廷推上二人，或再上三、四人，皆请自上裁。”（注：万历重修本卷五。）就是指的此事。廷推便有些议会选举制的意味了。不过名为会推，其实主持者自有其人，其余的只有承认，未必公开地取决于多数的赞同。所以后来颜继祖论为“会推但六科掌篆者为主，卿贰台臣罕至，且九卿台谏，止选郎传语，有唯诺，无翻异，何名会推！”（注：《明史》卷二四八《颜继祖传》。）这是指的主持之权落在六科都给事中（注：明代六部皆有都给事中掌科印故日掌篆又称科长。）以后的情形。但是万历以来，大权只在吏部尚书和文选司郎中之手，廷推只是一个形式。（注：《明史》卷二二四《陈有年传》。）其实即在西方议会制盛行的国家，选举也只是公开的形式，一切的决定，还是由一、二人主持。所以大体方面，本来有不少的类似。
但是会推的制度以外，还有特简。任用大臣的时候，会推和特简，是两种迭用的方式。有时大臣认为特简是一种偏私的恩典，甚至拒绝皇上的荣命。孝宗用中旨改徐恪为南京工部右侍郎，恪疏称“大臣进用，宜出廷推，未闻有传奉得者。臣生平不敢由他途进，请赐罢黜”（梧桐细雨文学网注：《明史》卷一八五《徐恪传》。）。这是一个好例。可是特简的制度，永远和会推的制度并存。干练的君主，用人行政的时候，甚至大都出于特简。在宽厚平庸的君主手里，特简的大权依然存在，但是简用的大臣，不是出于首辅的推荐，便是出于近幸的引进。居正这次入阁，全是徐阶的力量。居正自言“圣主念甘盘之旧，不弃簪履；元翁垂接引之慈，无遗管蒯”（注：书牍一《答中丞洪芳洲》。），所谓“元翁”，即指徐阶。
入阁以后，便有入阁以后的措施。无疑地，居正是热恋政权的。自隆庆元年入阁以后，直到万历十年身死为止，在这长长的十六年之中，他没有一天不在积极地巩固他的政权，也没有一天曾经放弃他的政权。政权在手中了，他要有一番作为。隆庆元年，他还只是一个新进，阁中充满他的老师和前辈，只有李春芳是他的同年，但是在他入阁以前，春芳已经是二年大学士了。可是居正既经入阁，便有一番抱负。也许在做翰林学士的时候，他还预备做一个文人，现在事情不同了，一切都看在他的眼里。入阁之初，他有这样的几封信：
仆以浅薄，骤冒非分，日夕惶惶，罔知攸措。思所以酬主恩而慰知己者，唯虚平此心，不敢向人间作好恶耳。至于转旋之机，未免有迹非心是之判，士大夫责望素深，或不能尽如其意，然亦不暇顾矣。（注：书牍一《答南中提学御史耿楚侗》。）
深惟谫薄，任过其才，夙夜念之，若为称塞。唯当坚平生硁硁之节，竭一念缕缕之忠，期不愧于名教，不负于知己耳。（注：书牍一《答中丞洪芳洲》。）
仆以谫薄，获依日月之末光，猥从末阶，骤跻三事，束栌作柱，用荷为梁，庸愚之人犹将嗤之，况高明耆硕如翁者乎？乃辱不鄙，远赐问贺，奖借过情，重增其愧。至勉仆以作者之事，尤不敢当。古人以行谊文章兼显于时者，世不多见。明兴二百余年，名世之辅，专门之彦，凡几作矣，而一代文章，犹未能追踪古昔，乃欲责之于椎鲁人，讵能耶？若使以其硁硁小人之守，倦倦纳诲之心，朝夕俟衮职有缺，时用一缕补之，以仰答隆遇而免于罪戾，或庶几耳。（注：书牍一《答宗伯董浔阳》。）
关于居正入阁之初，还有一段记载，应当辨正的。王世贞《张居正传》，称“当居正之进阁，阁臣凡六人，……居正最后拜，独谓辅相体当尊重，于朝堂倨见九卿，他亦无所延纳；而间出一语，辄中的，人以是愈畏惮之，重于他相矣”。其后《明史》居正本传亦称：“时徐阶以宿老居首辅，与李春芳皆折节礼士，居正最后入，独引相体，倨见九卿，无所延纳，间出一语，辄中肯，人以是严惮之，重于他相。”《明史》本传的记载，完全根据王传，连字句方面，都可以指出雷同的地方。其实两传都是错误的。
这段记载的错误，是时间的错误。居正倨见九卿，为众严惮的时候，是有的，但是这是万历以后的事了。万历元年九月，吏部尚书杨博致仕，十二月礼部尚书陆树声致仕，三年六月左都御史葛守礼致仕，老成人退休了，九卿之中，不是居正所汲引，便是他的亲戚，居正身为首辅，连带阁中的吕调阳、张四维，都几乎成为他的僚属，何况九卿！“倨”是诚然有的，“惮”也理有固然。但是隆庆元年，居正入阁之初，杨博为吏部尚书，葛守礼为户部尚书，都是居正平时严惮的人物，在官阶方面，都在居正之上，本来谈不到“倨”。隆庆六年六月，神宗即位，居正当国，七月用陆树声为礼部尚书。树声是嘉靖二十年进士，比居正前两科，居正见树声，用后辈见先辈礼。有一次树声到内阁拜访居正，因为客坐稍偏，简直不肯入座，直待居正亲自改正席次以后，方肯接谈。这里固然看到树声的严正，但是同样也看出居正的礼遇。居正当然有居正的气魄，但是要说入阁之初“倨见九卿”，这是时间的错误。
隆庆元年四月，居正进礼部尚书，兼武英殿大学士。据《文忠公行实》，这次进官，因为“永乐大典成”的原故，当然这是指重修《永乐大典》的故事。
就在这短短的时期里，内阁里发生一次阁潮。隆庆初年的内阁，实际是三个名臣的内阁，——徐阶、高拱、张居正。居正和徐阶、高拱，都有相当的关系，现在还没有到他出露头角的时机，但是徐阶、高拱的对立，正在逐日地尖锐。
第一个攻击高拱的，是吏科给事中胡应嘉。世宗病重的时候，高拱从直庐里，偷偷地回去，准备搬家。应嘉知道了，提出弹劾，世宗在昏眩的当中，一切不问，但是高拱认为胡应嘉和徐阶同乡，一定受了徐阶的指使，事态便扩大了。高拱有仇必报，本来谈不上容忍，一切正在等待机会。隆庆元年，吏部尚书杨博主持京察。京察是明代的制度，宪宗成化四年，奏准，京官五品以下，吏部会同都察院及各堂上掌印官共同考察。孝宗弘治十七年奏准，每六年一次举行。六年京察的制度确定了，但是万历以前，有时还来一个特别考察，这便是所谓“闰察”。本来明朝的文官制度，是终身制，像那些“改组”“裁员”，以及“手谕”开除这一类的制度，都还没有发明。在大臣手里的威柄，只是“京察”。这个威柄，照理握在礼部尚书手中，除了都御史可以随时过问外，不受任何的干涉。现在权柄在杨博手中了，这一次的京察，连御史、给事中都降黜了，算得雷厉风行。偏偏杨博的同乡，山西人没有一个降黜的。这一来动了御史和给事中的公愤。第一个攻击杨博的，又是胡应嘉。
应嘉弹劾杨博挟私愤，庇乡里，错是没有说错，可是恰恰错在应嘉的吏科给事中上面。在吏部办理京察的时候，吏科给事中应当参加，事前没有提出异议，事后偏要提出弹劾。连宽厚的穆宗也认为抵牾，下令内阁商量处罚。这一来高拱报复的机会到了。
内阁当中，郭朴和高拱同乡，这一次首先发言的是郭朴。他毅然地说：“胡应嘉出尔反尔，全不是人臣事君的道理，应当革职。”
“应当革职为民。”高拱也说。
徐阶看了郭朴，再看高拱，两位阁老都紧张的了不得，没奈何，只得点点头。胡应嘉的革职，算是革定了。
明朝的言官，真是了不得。他们是一窝胡蜂，你动了一个，他们会来一群。都察院有的是御史，六科里有的是给事中，你瞧吧！京察的时候，吏部尚书对于言官，照例谈不到降黜。偏偏杨博给他们一次降黜，偏偏郭朴、高拱又主张胡应嘉革职为民，胡蜂窝惊动了，兵科给事中欧阳一敬先劾高拱“奸险横恶，无异蔡京”。给事中辛自修、御史陈联芳上疏再劾高拱，御史郝杰直攻高拱“无宰辅器”。事态更加严重了。一切的责任都在徐阶身上。徐阶拟旨调胡应嘉为建宁推官，处分减轻了，但是一般的言官们还不满意。欧阳一敬再劾高拱“威制朝绅，专柄擅国，亟宜罢”。高拱当然不能承认，便来一次答辩。事情又到徐阶手里了。徐阶拟旨一边慰留高拱，一边斥责言官：他满心以为从此结束了一件公案。
可是高拱没有满意。高拱希望徐阶拟旨，给言官们一次廷杖。杖，杖，杖！高拱记得世宗的时候，言官们弹劾大学士以后，通常是一次廷杖，说不定还有更坏的在后面，杖一下，算什么？徐阶也记得这是严嵩掌握政权的故事；他知道穆宗不是世宗，自己也不是严嵩，至于为了高拱，再和言官们结怨，那更犯不着；他再三考虑，只是摇摇头。徐阶决定不和言官们结怨，但是高拱却决定和徐阶结怨了。“你手下有言官，”高拱想，“我手下也有一两个。”
高拱手下的御史是齐康。在应嘉事后不久，齐康便对徐阶提出一次弹劾。可是这一次却犯了言官们的众怒，大众聚齐了，痛痛快快地先给他一次唾骂。一敬劾齐康，齐康也劾一敬。“你说我是高党，我便说你是徐党。”北京城里有的是纸张，弹劾，弹劾！但是齐康这一边人数太少了，究竟抵不上欧阳一敬的气势。从此高拱成为众矢之的。但是最后的一枝箭，却从南京放过来。
京察的大权操在吏部和都察院手里，在京察的时候，得到贬黜处分的，连皇帝也留不得，神宗万历以后，偶然还留几个，这真是偶然了。隆庆以前，京察是无上的威权，五品以下的官吏，一经“察典”，便是终身的耻辱。这是“上剋下”。但是明朝的制度，一切都有个平衡，有了“上剋下”，当然便有“下剋上”。四品以上的官，是京察管不了的，他们在京察这一年，每人照例“遵诏自陈”。自陈便是陈述个人的阙失，听候皇帝的处分。当然这是一种形式，自己不妨来一个“学疏才浅”，用不到直抉隐微，自行攻击。但是给事中、御史们，可以提出“京察拾遗”；经过“京察拾遗”的，没有幸免的机会。这一次高拱和北京的言官闹翻了，因为要顾全身分，北京的言官到底不好提出拾遗。拾遗的责任，落在南京的给事中和御史肩上。就在隆庆元年五月，高拱致仕。高拱去了以后，言官对于郭朴还是不断地攻击，到九月间，郭朴也致仕。这一次阁潮里，徐阶又得了决定性的胜利。
当然这是一个严重的阁潮，然而居正毕竟度过了，在左右为难的当中，总算没有得罪老师，也没有得罪朋友，但是他对于言官们的嚣张，留下一个不可磨灭的印象。他认为“士习人情，渐落晚宋窠臼”（注：书牍一《答少司马杨二山》。），正在计较怎样地给他们一个处分。言官们得到徐阶的保障，议论逐日地激昂起来，穆宗感觉厌倦，吩咐徐阶惩诫，徐阶只是传谕言官，自行省改，事情又平息下去了。这样度过隆庆元年。
二年正月，居正加少保兼太子太保。
这一年的上半年，政局又发生了一些波浪。内阁里面，除了徐阶、居正，只有李春芳、陈以勤，都是忠厚长者，本来不会有什么波浪的。波浪却发生在皇帝的宫中。穆宗是一个宽厚的人，但是他爱玩好，爱游幸。这算得什么呢？但是古代的大臣，对于皇上私人的行为，负有政治上的责任。徐阶一再谏阻，免不了皇帝左右的厌恶。六月间，穆宗又要幸南海子，而徐阶再来一次切谏。也许穆宗委实有些厌倦了，也许他还不十分清楚，他毕竟往南海子去了。七月间，给事中张齐又给徐阶提出一次弹劾。终于徐阶也致仕了，十七年的大学士，七年的首辅，就在隆庆二年七月间舍弃了北京的政治生活，回到江南的故乡。临行的时候，徐阶把朝廷大事和个人家事，一切都托付给居正。朝廷大事，居正当然应当担当的。徐家的事，也许还有一些曲折。徐阶三个儿子，当徐阶在朝的时候，在家乡委实有些作威作福。尽管父亲在那里高讲心性之学，但是儿子们所爱的只是钱财。亲戚陆家的家长死了，孩子还小，巨万的家财，都到了徐家。家乡的怨，正在那里滋长，连在北京城里，也成了公开的消息。齐康不曾为此提出弹劾吗？高拱致仕了，但是会不会长在林下，谁都不能说。徐阶知道自己是林下的人了，处处都得提防。他只有吩咐居正，他知道唯有居正，是自己一手提拔的人，也唯有居正，可以替自己担当这些大事。（注：参书牍三《答上师相徐存斋十八》。）
和徐阶分别以后，居正给他一封信：
不肖受知于老师也，天下莫不闻；老师以家国之事，托之于不肖也，天下亦莫不闻。丙寅之事，老师手扶日月，照临寰宇，沈几密谋，相与图议于帷幄者，不肖一人而已。既而获被末光，滥蒙援拔，不肖亦自以为不世之遇，日夜思所以报主思、酬知己者。后悟人事不齐，世局屡变，使老师经纶匡济之业，未获尽纾；不肖感激图报之心，竟成隔阂。故昨都门一别，泪簌簌而不能止，非为别也，叹始图之弗就，慨鄙意之未伸也。天实为之，谓之何哉！大丈夫既以身许国家，许知己，惟鞠躬尽瘁而已，他复何言。（注：书牍十四《答上师相徐存斋一》。）
“丙寅之事”，指立穆宗、发遗诏的事。这一书看出徐阶和居正中间的密切关系。其后隆庆四年，居正又有一书，述及在两度政潮中自己的立场：
捧读台翰，涕泗交零。以不肖之浅薄，猥辱老师甄陶引拔，致有今日，恩重于丘山，报微于毫末。元年之事，选愞自立，不能昌言，以树正帜，一罪也。及谗言外哄，中人内构，不能剖心以明老师之诚节，二罪也。公旦远避流言，于今三年，不能以一语寤主，使金縢久闭，郊礼不行，三罪也。今日之事，惟以逭积慝而释大惭耳，其视古人所以报知己，何如哉！翰教远贻，弥以为媿。计自今以往，世局又当一新矣。冥鸿迹远，缯缴安施？唯强饭自持，以慰耿耿。（注：书牍十四《答上师相徐存斋七》。）
此书大致作于隆庆四年，最迟不出五年。三年十二月高拱召还，兼掌吏部。所谓“世局又当一新”者，自指高拱复政事。“冥鸿迹远”两句，给徐阶一些安慰。大致高拱复政以后，徐阶寒心，所谓“台翰”，当然又是一番吩咐，所以居正再与安慰。此书又可见出隆庆二年徐阶的失败，完全是因为内监们的攻击，所谓“中人内构”者指此。明白了徐阶失败的原因，便可以明白高拱复政的原因。一个宽厚的皇帝，自己不能亲政，和士大夫间失去了应有的联系，一切的耳目，寄在内监身上，政治上的波澜，都从宫廷中发出，这是穆宗的失策。明史责备穆宗“柄臣相轧，门户渐开，而帝未能振肃乾纲，矫除积习”（注：《明史》卷一九《穆宗本纪赞》。），只是一个平庸的论断。
徐阶去位，李春芳代为首辅，政权应当是春芳的了，但是春芳只是一个好好先生，谈不上什么作为。到八月间，居正上陈六事疏。六事是：（一）省议论；（二）振纪纲；（三）重诏令；（四）核名实；（五）固邦本；（六）饬武备。这是居正的大政方针。有什么远大的政见？没有的，这里只有平凡的见地，没有高超的理论。居正不是政论家，他只是一个现实的大臣。一切的主张，都针对当时的需要。省议论，核名实，饬武备三事，对于现代的国家都有相当的价值，移录如次：
一、省议论 臣闻天下之事，虑之贵详，行之贵力，谋在于众，断在于独。汉臣申公云，“为治不在多言，顾力行何如耳。”臣窃见顷年以来，朝廷之间，议论太多，或一事而甲可乙否，或一人而朝由暮跖，或前后不觉背驰，或毁誉自为矛盾，是非淆于唇吻，用舍决于爱憎，政多纷更，事无统纪。又每见督抚等官，初到地方，即例有条陈一疏，或漫言数事，或更置数官。文藻竞工，览者每为所眩，不曰“此人有才”，即曰“此人任事”。其实莅任之始，地方利病，岂尽周知？属官贤否，岂能洞察？不过采听于众口耳。读其辞藻，虽若烂然，究其指归，茫未有效，比其久也，或并其自言者而忘之矣。即如昨年，皇上以虏贼内犯，特敕廷臣，集议防虏之策，当其时，众言盈庭，群策毕举，今又将一年矣，其所言者，果尽举行否乎？其所行者，果有实效否乎？又如蓟镇之事，初建议者曰，“吾欲云云”，当事者亦曰，“吾欲云云”，曾无几何，而将不相能，士哗于伍，异论繁兴，讹言隆至，于是议罢练兵者，又纷纷矣。臣窃以为事无全利，亦无全害，人有所长，亦有所短，要在权利害之多寡，酌长短之所宜，委任责成，庶克有济。今始则计虑未详，既以人言而速行，终则执守靡定，又以人言而遽止，加之爱恶交攻，意见横出，谗言微中，飞语流传，寻之莫究其端，听之不胜其眩，是以人怀疑贰，动见诪张，虚旷岁时，成功难睹。语曰：“多指乱视，多言乱听！”此最当今大患也。伏望皇上自今以后，励精治理，主宰化机，扫无用之虚词，求躬行之实效。欲为一事，须审之于初，务求停当，及计虑已审，即断而行之，如唐宪宗之讨淮蔡，虽百方阻之，而终不为之摇。欲用一人，须慎之于始，务求相应，既得其人，则信而任之，如魏文侯之用乐羊，虽谤书盈筐，而终不为之动。再乞天语，丁宁部院等衙门，今后各宜仰体朝廷省事尚实之意，一切章奏，务从简切，是非可否，明白直陈，毋得彼此推诿，徒托空言。其大小臣工，亦各宜秉公持正，以诚行直道相与，以勉修职业为务，反薄归厚，尚质省文，庶治理可兴，而风俗可变也，伏乞圣裁。
一、核名实 臣闻人主之所以驭其臣者，赏罚用舍而已。欲用舍赏罚之当，在于综核名实而已。臣每见朝廷欲用一人，当事者辄有乏才之叹，窃以为古今人材，不甚相远，人主操用舍予夺之权，以奔走天下之士，何求而不得，而曰“世无才焉”！臣不信也。惟名实之不核，拣择之不精，所用非其所急，所取非其所求，则士之爵禄不重，而人怀侥幸之心，牛骥以并驾而俱疲，工拙以混吹而莫辨，才恶得而不乏，事恶得而有济哉！臣请略言其概。夫器必试而后知其利钝，马必驾而后知其驽良，今用人则不然。称人之才，不必试之以事，任之以事，不必更考其成，及至偾事之时，又未必明正其罪。椎鲁少文者，以无用见讥；而大言无当者，以虚声窃誉；倜傥伉直者，以忤时难合；而脂韦逢迎者，以巧宦易容。其才虽可用也，或以卑微而轻忽之；其才本无取也，或以名高而尊礼之；或因一事之善，而终身借之以为资；或以一动之差，而众口告之以为病。加以官不久任，事不责成，更调太繁，迁转太骤，资格太拘，毁誉失实。且近来又有一种风尚，士大夫务为声称，舍其职业，而出位是思，建白条陈，连篇累牍，至核其本等职业，反属茫昧。主钱谷者，不对出纳之数，司刑名者，未谙律例之文。官守既失，事何由举？凡此皆所谓名与实爽者也。如此则真才实能之士，何由得进？而百官有司之职，何由得举哉？故臣妄以为世不患无才，患无用之道。如得其道，则举天下之士，唯上之所欲为，无不应者。臣愿皇上慎重名器，爱惜爵赏，用人必考其终，授人必求其当，有功于国家，即千金之赏，通侯之印，亦不宜吝；无功国家，虽笑之微，敝绔之贱，亦勿轻予。仍乞敕下吏部，严考课之法，审名实之归，遵照祖宗旧制，凡京官及外官，三、六年考满，毋得概引复职，滥给恩典，须明白开具“称职”，“平常”，“不称职”，以为殿最。若其功过未大显著，未可遽行黜陟者，乞将诰册、勋阶等项，酌量裁与，稍加差等，以示激劝。至于用舍进退，一以功实为准，毋徒眩于声名，毋尽拘于资格，毋摇之以毁誉，毋杂之以爱憎，毋以一事概其平生，毋以一眚掩其大节。在京各衙门佐贰官，须量其才器之所宜者授之，平居则使之讲究职业，赞佐长官。如长官有缺，即以佐贰代之，不必另索。其属官有谙练故事、尽心官守，九年任满者，亦照吏部升授官职，高者即转本衙门堂上官。小九卿堂官品级相同者，不必更相调用。各处巡抚官，果于地方相宜，久者或就彼加秩，不必又迁他省。布、按二司官，如参议久者，即可升参政，佥事久者，即可升副使：不必互转数易，以滋劳扰。如此则人有专职，事可责成，而人材亦不患其缺乏矣。此外如臣言有未尽者，亦乞敕下该部，悉心讲求，条列具奏。伏乞圣裁。
一、饬武备 臣惟当今之事，其可虑者，莫重于边防；庙堂之上，所当日夜图画者，亦莫急于边防。选年以来，虏患日深，边事久废。比者屡蒙圣谕，严饬边臣，人心思奋，一时督抚将领等官，颇称得人，目前守御，似亦略备矣。然臣以为虏如禽兽然，不一创之，其患不止，但战乃危事，未可易言，须从容审图，以计胜之耳。今之上策，莫如自治，而其机要所在，莫如皇上赫然奋发，先定圣志。圣志定，而怀忠蕴谋之士，得效于前矣。今谭者皆曰：“吾兵不多，食不足，将帅不得其人。”臣以为此三者皆不足患也。夫兵不患少而患弱。今军伍虽缺，而粮籍具存，若能按籍征求，清查隐占，随宜募补，着实训练，何患无兵？捐无用不急之费，并其财力，以抚养战斗之士，何患无财？悬重赏以劝有功，宽文法以伸将权，则忠勇之夫，孰不思奋，又何患于无将？臣之所患，独患中国无奋励激发之志，因循怠玩，姑务偷安，则虽有兵食良将，亦恐不能有为耳。故臣愿皇上急先自治之图，坚定必为之志，属任谋臣，修举实政，不求近功，不忘有事，熟计而审行之，不出五年，虏可图矣。至于目前自守之策，莫要于选择边吏，团练乡兵，并守墩堡，令民收保，时简精锐，出其空虚以制之，虏即入犯，亦可不至大失。此数者昨虽已经阁、部议行，臣愚犹恐人心玩揭日久，尚以虚文塞责。伏乞敕下兵部，申饬各边督抚，务将边事，著实举行。候秋防毕日，严查有无实效，大行赏罚，庶沿边诸郡，在在有备，而虏不敢窥也。再照祖宗时，京营之兵数十万，今虽不足，尚可得八九万人，若使训练有方，亦岂尽皆无用，但士习骄惰，法令难行，虽春秋操练，徒具文耳。臣考之古礼，及我祖宗故事，俱有大阅之礼，以习武事，而戒不虞。今京城内外，守备单弱，臣常以为忧。伏乞敕下戎政大臣，申严军政，设法训练。每岁或间岁，季冬农隙之时，恭请圣驾，亲临校阅，一以试将官之能否，一以观军士之勇怯，有技艺精熟者，分别赏赉，老弱不堪者，即行汰易。如此，不惟使辇毂之下，常有数万精兵，得居重驭轻之道，且此一举动，传之远近，皆知皇上加意武备，整饬戎事，亦足以伐狂虏之谋，销未萌之患，诚转弱为强之一机也。伏乞圣裁。
三条以外，振纪纲条则言：“伏望皇上奋乾刚之断，普离照之明，张法纪以肃群工，揽权纲而贞百度；刑赏予夺，一归之公道而不必曲徇乎私情，政教号令，必断于高衷而毋致纷更于浮议。法所当加，虽贵近不宥，事有所枉，虽疏贱必申。”重诏令条则言：“伏望敕下部、院等衙门，凡大小事务，既奉明旨，须数日之内，即行题覆，若事理了然，明白易见者，即宜据理剖断，毋但诿之抚、按议处，以致耽延。其有合行议勘问奏者，亦要酌量事情缓急，道里远近，严立限期，责令上紧奏报，该部置立号簿，发记注销。如有违限不行奏报者，从实查参，坐以违制之罪，吏部即以此考其勤惰，以为贤否。然后人思尽职而事无壅滞也。”固邦本一条，从国家经费的立场立论。本来居正对于嘉靖以来，民穷财尽的情形，目睹心伤，所以一面言“伏望皇上轸念民穷，加惠邦本，于凡不急工程，无益征办，一切停免，敦尚俭素，以为天下先”；一面又说“今风俗侈靡，官民服舍，俱无限制。外之豪强兼并，赋役不均，花分诡寄，恃顽不纳田粮，偏累小民。内之官府造作，侵欺冒破，奸徒罔利，有名无实。各衙门在官钱粮，漫无稽查，假公济私，官吏滋弊，凡此皆耗财病民之大者，若求其害财者而去之，则亦何必索之于穷困之民，以自耗天下之元气乎？”
居正二十五岁有《论时政疏》；上《陈六事疏》的时候，他已经四十四岁了。二十年的当中，固然有许多前后一贯的地方，但是二十年的经验，在他的主张里，发生不可磨灭的变化。他的议论，已经摆脱少年文士的习气，一切扼着要点，他所陈的六事，我们不妨分为两大项：第一是论政本；第二是论急务。
第一条到第四条是论政本。他希望穆宗有主张，有决断，一切的诏令要实现，一切的政策要贯彻，一切的议论要控制。用现代的术语，他希望穆宗实行独裁政治。不明白君主政治内容的人，也许以为君主政治都是独裁的，其实这是观念的错误。君主政治只能加强独裁的地位，不一定是独裁政治。在一个优柔寡断的君主手里，整个的政局，常有多头政治的倾向，这不是独裁。居正的主张，是希望穆宗独裁。振纪纲，崇诏令两条，增进君主的地位；省议论一条，取缔一般的言论；核名实一条，完成独裁的机构。独裁，独裁，唯有独裁，才是居正的理想。他歌颂成汤，歌颂秦始皇，歌颂明太祖。他曾说过：
三代至秦，浑沌之再辟者也，其创制立法，至今守之以为利。史称其得圣人之威。使始皇有贤子，守其法而益振之，积至数十年，继宗世族，芟夷已尽，老师宿儒，闻见悉去，民之复起者，皆改心易虑，以听上之令，即有刘项百辈，何能为哉！惜乎扶苏仁懦，胡亥稚蒙，奸宄内发，六国余孽尚存，因天下之怨而以秦为招，再传而蹙，此始皇之不幸也。假令扶苏不死继立，必取始皇之法纷更之，以求复三代之旧，至于国势微弱，强宗复起，亦必乱亡。后世儒者，苟见扶苏之谏焚书坑儒，遂以为贤，而不知乱秦者扶苏也。高皇帝以神武定天下，其治主于威强，前代繁文苛礼，乱政弊习，刬削殆尽，其所芟除夷灭，秦法不严于此矣。又浑沌之再辟也。懿文仁柔，建文误用齐、黄诸人，踵衰宋之陋习，日取高皇帝约束纷更之，亦秦之扶苏也。建文不早自败，亦必亡国。幸赖成祖神武，起而振之。历仁、宣、英、宪、孝，皆以刚明英断，总揽乾纲，独运威福，兢兢守高皇帝之法，不敢失坠，故人心大定，而势有常尊。至于世庙，承正德群奸乱政之后，又用威以振之，恢皇纲，饬法纪，而国家神气，为之再扬。盖人心久则难变，法之行，不可虑始，即有不便于人者，彼久而习之，长而安焉，亦自无不宜矣。三代惟商之规模法度，最为整肃，成汤、伊尹，以圣哲勇智，创造基业，其后贤圣之君六七作，故国势常强，纣虽无道，而周取之甚难。以文、武、周公之圣，世历三纪，始得帖然顺服，盖天下之归殷久矣。余尝谓本朝立国规模，大略似商，周以下远不及也。列圣相承，纲维丕振，虽历年二百有余，累经大故，而海内人心，晏然不摇，斯用威之效也。腐儒不达时变，动称三代云云，及言“革除”事，以非议我二祖法令者，皆宋时奸臣卖国之余习。老儒臭腐之迂谈，必不可用也。（注：文集十一《杂著》。）
《杂著》不知是哪一年度著作，从太祖洪武元年，到穆宗隆庆元年，恰恰二百年，所以这一段是隆庆二年以后写的了，或许是和《陈六事疏》同时或略后。在这一段时间里，居正希望穆宗做成汤，他自己也准备做伊尹。但是居正的《陈六事疏》和《论政事疏》一样，没有达到应有的希望。事情再简单没有，穆宗不是成汤，不是秦始皇，不是明太祖、成祖，连带不是世宗，他只是一个宽厚的君主，谈不上“总揽乾纲，独运威福”。当然，居正显然地憧憬到景帝任用于谦的故事。那时只要有一个负责的大臣，国家一样地可以转危为安，但是隆庆二年，整个的国家，在粉饰太平的当中，皇帝对于居正，未必像景帝那样的信任，而且内阁还有李春芳、陈以勤这几位大臣，一切的大权也轮不到居正。等待，等待，居正还得等待。他所得的只有朱批“览卿奏，俱深切时务，具见谋国忠恳，该部、院看议行”二十个字。
成效不能说是没有的。都御史王廷复振纪纲，重诏令二事，分为八条。户部尚书马森议固邦本事，言财用之当经理者十条。兵部尚书霍冀议饬武备事，一议兵，二议将，三议团练乡兵，四议守城堡，五议整饬京营；又奏请亲临大阅。一切都是空文。
但是毕竟还有一些成绩，这便是省议论。隆庆二年八月以后，议论少得多了。居正自己屡次说过：
近来士习人情，似觉稍异于昔，浮议渐省，实意渐孚。鄙人疏发其端，而太宰公力助之。太平之休，庶几可望，但不知后来何如耳。（注：书牍一《答中丞梁鸣泉》。）
近来士习人情，似觉稍异于昔。李石翁宽和沉静，斡握机衡，仆亦竭其驽钝，以共相疏附，诗所谓“伯氏吹埙，仲氏吹篪”者，或庶几焉。（注：书牍一《答御史顾公曰唯》。）
近来士习人情，纪纲法度，似觉稍异于昔，实自小疏发之，然忌我者，亦自此始矣。念既已深荷重任，义当直道正言，期上不负天子，下不负所学，遑恤其他。（注：书牍一《答奉常罗月岩》。）
太宰指吏部尚书杨博，李石翁即李春芳，字石麓。本来从嘉靖末年起，内阁里面，种下斗争的种子，许多议论发生了，“或一事而甲可乙否，或一人而朝由暮跖”，这是事实。现在高拱去了，徐阶去了，吏部尚书有老成练达的杨博，内阁首辅有宽和沉静的李春芳。一切的风波平定下来。不过这只是暂时的停止，到隆庆三年的秋天，风波又起，以后波涛汹涌，直到隆庆六年的秋天。隆庆四年，居正曾说：“声容盛而武备衰，议论多而成功少，宋之所以不竞也，不图今日，复见此事。仆不度德量力，欲一起而振之，而力不从心，动见龃龉，茹堇怀冰，有难以言控者，惟当鞠躬尽瘁，以答主知而已。其济与否，诚不可逆睹也。”（注：书牍二《答藩伯施恒斋》。）居正当日的处境，我们由此可以想象。
李春芳、陈以勤这几位大学士，只是太平的宰相，在动乱的当中，他们谈不到干济。相传徐阶致仕以后，春芳长叹一声：
“徐公致仕了，我说不到久留，只有早晚也去。”他说。
“只有这样，才可保全令名。”居正接下说。
据说因此春芳连上三疏，请求致仕。（注：《明史》卷一九三《李春芳传》。）事情也许不一定如此。但是居正对于当时的朝政，委实十分地忧虑。后来他也说：“窃见嘉、隆以来，纪纲颓坠，法度陵夷，骎骎宋、元之弊。”（梧桐细雨文学网注：书牍十《答司空雷古和叙知己》。）他真不料到在这个困难中，“一起而振”的抱负只存在自己的腔子里。当他看到这几位雍容进退的大臣时，他会想起孔子的议论：“危而不持，颠而不扶，则将焉用彼相矣。”孔子不是过激，他只觉得处在有责任的地位，应当把责任切实负起来。孔子又曾经提起质问：“虎兕出于柙，龟玉毁于椟中，是谁之过与？”居正当然记得朱熹《集注》“典守者不得辞其过”。猛兽从笼子里出来，宝贝在柜子里毁掉，这都是负责任者的罪过。居正慨然地感觉到一切都是自己的责任。“鞠躬尽瘁，死而后已”，居正自己看得很明白。
当时第一重责任，便是国防。明朝的制度，完全是战时体制，国家的政治中心，放在第一道战线上，永远脱离不了战争的威胁；忧国的大臣，当然也抱定国防第一的方略。万历三年，北边的大局，已经渐渐地稳定，居正还说：“仆内奉宸扆，外忧边境，一日之内，神驰九塞，盖不啻一再至而已。”（注：书牍七《答吴环洲论边臣任事》。）那么在隆庆初元，他对于边境的忧虑，当然更可知。他的方针，是先行整理边防的布置，随时再作出击的计划。
从明朝初年直到张居正时代，最大的敌人只是北方的鞑靼。明朝对外的策略，第一是修筑北方的边墙，这是有名的万里长城，当时的国防工事。在长城以内设有九镇：辽东、蓟州、宣府、大同、榆林、宁夏、甘肃、太原、固原。用现在的术语，便是九个军区，居正所谓“神游九塞”者指此。河套一带，敌人的势力比较薄弱，因此西部四镇不十分吃重，太原在内长城以内，也还安定。吃紧的是辽东、蓟州、宣化、大同四镇。嘉靖二十九年，设总督蓟辽、保定等处军务一员，总督宣大、山西等处军务一员，简称蓟辽总督，宣大总督。这是北京的左、右两翼，拱卫国家的中心。兵部左、右侍郎出为蓟辽总督、宣大总督；总督入京，便是兵部尚书；有时特任兵部尚书，出为总督。从一切的体制里，都看出对于蓟辽、宣大的重视，四镇之中，最吃紧的还是蓟州。
最初，辽东还没有受到外来的威胁以前，这里距离鞑靼的中心还远，所以不十分吃紧，宣化、大同外面，也有山险可守，所以最危险的还是蓟州。自从放弃三卫以后，北京东北直至山海关，中国和鞑靼的交界，只剩一条边墙，敌人可以随时从喜峰口、黄崖口、古北口入境。等到敌人入境以后，他们可以随时包围北京，蓟辽总督只能在外线挣扎。情势真是最危险了，所以隆庆五年，蓟辽总督刘应节上言：“以今上计，发精兵二十余万，恢复大宁，控制外边，俾畿辅肩臂益厚，宣、辽声援相通，国有重关，庭无近寇，此万年之利也。如其不然，集兵三十万，分屯列戍，使首尾相应，此百年之利也。又不然，则选主客兵十七万，训练有成，不必仰借邻镇，亦目前苟安之计。”应节三计，上策是战略的大成功，恢复大宁以后，东北的国防线缩短，东西声息相通，北京的外围，增加几重的保障。但是自从成祖放弃大宁，整个的明朝就没有恢复三卫的决心。于是一切的重心，落到蓟州。
嘉靖年间，杨博早看到蓟州的重要；三十八年杨博上疏：“今九边蓟镇为重，请饬边臣逐大同寇，使不得近蓟，宣大诸将从独石侦情形，预备黄花、古北诸要害，使一骑不得入关，即首功也。”他看定当时没有大举进攻的可能，所以他主张坚守。隆庆五年，杨博再起，任兵部尚书的时候，他说：“议者以守墙为怯，言可听，实无实效。墙外邀击，害七利三，墙内格斗，利一害九。夫因墙守，所谓‘先处战地而待敌’，名守实战也。臣为总督，尝拒打来孙十万众，以为当守墙无疑。”他和刘应节的议论，都是隆庆五年的议论。那时蓟州已经有一番布置，中国和鞑靼，也暂时维持和平的局势。
隆庆元年九月，俺答寇大同，陷石州，掠交城、文水、烽火照遍山西的中部。同时土蛮进犯蓟镇，掠昌黎、卢龙，直至滦河。整个的北京又陷入战争的恐慌中，直到十月，才能解严。穆宗下诏群臣议战守事宜。居正《陈六事疏》所称“众言盈庭，群策毕举”者指此。这时吴时来已自横州回朝，进工科给事中了；时来上疏荐谭纶、俞大猷、戚继光：他主张用这三位讨破倭寇的大将，练兵蓟州，抵抗北方的敌人。一则时来是徐阶的门生，二则谭纶等也是当日第一等的人材，这个主张终于实现了。谭纶本来总督两广军务，立即召回为兵部左侍郎兼右佥都御史，总督蓟辽、保定军务。大猷老了，仍旧驻扎广西，为广西总兵官，没有动。继光召为神机营副将，隆庆二年五月，奉令总理蓟州、昌平、保定三镇练兵事，总兵官以下，悉受节制。从此谭纶、戚继光都到北边练兵，居正也和他们结下深切的关系。隆庆六年，居正当国，谭纶入为兵部尚书，直到万历五年四月病殁为止；继光镇守蓟州十六年，也直待居正病殁以后，方才调往广东。
谭纶就任蓟辽总督以后，第一着便是练兵，疏称：
蓟昌卒不满十万而老弱居半，分属诸将，散二千里间，敌聚攻，我分守，众寡强弱不侔，故言者亟请练兵，然四难不去，兵终不可练。夫敌之长技在骑，非召募三万人勤习车战，不足以制敌，计三万人月饷五十四万，此一难也。燕赵之士锐气尽于防边，非募吴越习战卒万二千人杂教之，事必无成。臣与继光召之可立至，议者以为不可信，任之不专，此二难也。军事尚严，而燕赵士素骄，骤见军法，必大震骇，且去京师近，流言易生，徒令忠智之士掣肘废功，更酿他患，此三难也。我兵素未当敌，战而胜之，彼不心服，能再破乃终身创，而忌嫉易生，欲再举祸已先至，此四难也。以今之计，请调蓟镇、真定、大名、井陉，及督、抚标兵三万，分为三营，令总兵、参、游分将之，而授继光以总理练兵之职。春秋两防，三营兵各移近边，至则遏之边外，入则决死边内，二者不效，臣无所逃罪。又练兵非旦夕可期，今秋防已近，请速调浙兵三千，以济缓急，三年后边军既练，遣还。
一切的计划都照准，一切的困难都解决，在内阁中主持的全是居正。继光到镇以后上疏备言练兵之害七，士卒不练之失六，虽练无益之弊四。继光又言：“臣官为创设，诸将视臣为缀疣，臣安从展布？”“缀疣”委实是“缀疣”，有了蓟州、昌平、保定三个总兵，又有成继光的总理。总理只能练兵三万，名为总兵官受其节制，其实三镇额兵十余万，总理无从节制。所以继光的地位，正是非常困难。在困难当中，兵部尚书霍冀想到解决的方法。
假如我们认识明代的政治，我们不妨认为当时的政治中心组织，完全是二元制。中叶以后，内阁的地位，渐渐地成为政治中心，但是名义上只是皇帝的秘书处，大学士的责任，在名义上，至多只能“票拟”，他们对于六部，在名义上，也谈不到统制。用人的大权，在吏部尚书手里，国防的大权，在兵部尚书手里，因此吏、兵二部，在六部中的地位特高。吏、兵两部尚书的实权，有时在大学士之上：景帝的时候，国家大政，完全在兵部尚书于谦手里，这是一个实例。吏、兵尚书的实权，有时完全在大学士之下，居正大权独揽的时候，也是一个实例。但是事实上内阁和吏、兵二部，永远在牵制和摩擦的当中。有时还能妥协，有时竟会冲突。在困难的当中，只有赋有政治才能的人，方能安稳地度过。
戚继光的问题来了，恰巧蓟辽总督谭纶对于蓟州镇总兵郭琥有不满意的消息，这是兵部的职权。兵部尚书霍冀看到了，事情再简单没有，他奏明了，郭琥解职，调戚继光补蓟州镇总兵。但是事情偏不这样简单。郭琥是一位得力的将官，谭纶对他没有什么不满意，戚继光由节制三镇的总理，改为一镇的总兵，实权尽管增加，名义上只是降黜。三个人都受到委屈。兵部尚书不管，内阁中的李春芳、陈以勤也不管，调处的责任只得由居正负起。我们看到他给谭纶的几封信，怎能不钦服他的苦心孤诣呢？
前闻道体小违和，无任悬念，今想勿药矣。近日处分戚帅，诚出下策，然非得已也。顷会霍司马云，“公本欲论郭琥”，则属者之举，似亦与高见悬符。且事权归一，法令易行，兵不远索，浮议自省，假之以便宜，需之以岁月，蓟镇之事。亦未必不可振也。但以总理体面，比之镇守为优，今既易衔，则上、下承接，自有常分，用之虽重，而礼则少损矣。昨本兵题复，虑不及此，不知公议疏中，亦可为一处否？如不可处，则于常礼之外，少加优借以鼓舞之。（注：书牍一《与蓟辽总督谭二华》。）
戚帅以总理改总兵，诚为贬损！缘渠当仆以书相问之时，不急以此意告我，而本兵又仓卒题复，故处之未尽其宜，然及今尚可为也，望公于议疏中，委曲为言。不但体面降抑，为下所轻，且督、抚标兵皆欲付之训练，若不兼总理，何以行便？乞特致一书于阁中二公及虞坡、思斋，仆得从中赞之，更易为力也。倘得如意，当于敕书中增之，其关防当改铸矣。（注：书牍一《又与蓟辽总督谭二华》。）
戚帅复总理，不载疏中，谅公有难言者，已据部疏，拟特旨行之，即有言者，无足虑矣。（注：书牍一《与蓟辽总督》。）
向有人告仆云：“戚帅求望太过，志意太奢，虽公亦甚苦之。”故仆以为问。今奉来教，知昔之所以怏怏者，徒以削其总理旧衔耳。今既力为光复，更将何求？近屡得渠禀帖，极为感奋，颇务收拾人心，渐图实事，仍望公时时教督之！虽然，仆何私于戚哉？独以此辈国之爪牙，不少优假，无以得其死力。今西北诸将如赵、马辈，仆亦曲意厚抚之，凡皆以为国家耳。缕缕之忠，惟天可鉴，若此辈不为国家尽力，是负天矣！郭琥之贤，诚如来教，即召至，面谕以公相知之意。嗟乎，人诚难知，知人亦未易也。（注：书牍一《与蓟辽督抚》。）
“阁中二老”指李春芳、陈以勤，虞坡是吏部尚书杨博，思斋是兵部尚书霍冀。蓟镇的事情和吏部无涉，但是因为杨博是中枢的军事专家，当然要听取他的意见。从一切的布置里，看出居正对于继光，是怎样地维护。谭纶不便申请，终于由居正用特旨改蓟州镇总兵官为总理练兵事务，兼镇守。（注：见万历《明会典》卷一二六，《明史·戚继光传》不载。）这是隆庆二年的事。居正与谭纶书，称“但乞谕意戚帅，努力功名以答群望，仆亦与有光焉”（注：书牍一《与蓟辽总督》。）。又说：“戚帅不知近日举动何如？折节以下士夫，省文以期实效，坦怀以合暌贰，正己以振威稜，乃渠今日最切务也。相见幸一勉之。”（注：书牍一《与蓟辽总督》。）其后一般的议论，对于继光，还是认为人地不宜，居正尽力调护，《与凌参政书》又称“戚之声名，虽著于南土，然观其才智，似亦非泥于一局，而不知变者。且既已被镇守之命，有封疆之责，岂宜别有注画乎？今人方以此窥戚之衅，恐不知者又将以为口实也。公如爱戚，惟调适众情，消弭浮议，使之得少展布，即有裨于国家矣”（注：书牍一《答凌参政》。）。凌参政是凌云翼，居正的同年进士。继光镇守蓟州十六年的当中，虽然没有赫赫的战绩，但是整个的北边，从此安静，这是继光的大功，当然也是居正的大功。
居正对于北边的关心，真是无微不至。谭纶提议增筑敌台，居正立即答复：
昨议增筑敌台，实设险守要之长策，本兵即拟复行。但据大疏谓一台须五十人守之，则千台当五万人矣。不知此五万人者，即以摆守者聚而守之乎？抑别有增益乎？聚则乘垣者无人，增则见兵止有此数，不知又当何处也？又四面周广，才一丈二尺，虽是收顶之式，度其根脚，当亦不过倍此数耳。以五十人周旋于内，一切守御之具，与士卒衣粮薪水之类，充牣其中，无乃太狭乎？便中仍望见教。（注：书牍一《又与蓟辽总管谭二华》。）
关于蓟镇军粮之事，他又说过：
仆近访得蓟镇军粮，有关支于一二百里之外者，士卒甚以为苦。夫以数口之家，仰给于一石之粟，支放不时，斗斛不足，而又使之候支于数百里之外，往返道路，雇倩负戴，费将谁出？是名虽一石，其实不过八九斗止矣！况近日又有“抚赏”“采柴”等项名色，颇出其中，如是欲士皆饱食，折冲御侮，能乎？闻旧制，各区随在皆有仓口，该官守支。今各仓廒或颇圮坏，而其制犹有，其官犹在，独不可并廒修理，就近坐派乎？此事不必疏请，但与管粮郎中一计处可也。（注：书牍一《与蓟辽督抚》。）
大致因为居正和谭纶关系较深，所以对于蓟辽方面的书牍特多；但是对于宣大方面，他并没有忽略，所以又说：
近来边臣，人思奋励，而宣、大二镇，督抚将领，尤为得人。仆以浅薄，谬膺重寄，其于该镇之事，苦心积虑，虽寝食未尝忘也。奈何人心不同，议论不一，如马、赵二帅去岁出塞之功，实数年仅见，即破格优赉，岂足为过？而人犹有议其功微赏厚者！本兵遂慉缩疑畏，而不敢为之主，其掩春防之功，抑王公之请，咸以是耳！一、二年来，言者率云“责实，责实”矣，而又不明赏罚以励之，则人孰肯冒死犯难，为国家用哉？辱教，容与本兵议之。督、抚宽洪持重，王公明达敏练，马之沉勇，赵之才气，皆仆素所敬信者。文武辑睦，事乃克济，不知云中事体，得如宣镇否也？（注：书牍一《与蓟镇巡抚》。）
督、抚指宣大总督陈其学，宣府巡抚王遴，马、赵指宣府总兵马芳，大同总兵赵岢。本兵即兵部尚书霍冀，“慉缩疑畏”，当然是他一贯的作风。隆庆二年以来，国防的重任，都落在居正的肩头。也许他想到几个分担责任的大臣，但是时机还早，一切还得等待。
隆庆二年十二月，废辽王宪。本来隆庆元年，御史陈省弹劾宪，诏令削去清微忠教真人名号，事情还很简单。二年巡按御史郜光先再劾宪十三罪，穆宗派刑部侍郎洪朝选彻查。宪倘是崇信道教的，不妨等待皇天上帝的保佑，但是他来不及等待，也不敢相信洪侍郎的彻查，有什么有利的报告。现在他是四十四岁的人了，但是他还年青，他爱游戏，爱女人，一切的生活，久已戏剧化了，也许他想起《窦娥冤血洒旛竿》这一类的杂剧。“管他呢，”他想，“不妨试一试。”他树起一面白旗，写着“讼冤之纛”四个大字。这一来事情便不简单了。按察副使施笃臣正在江陵，认定辽王造反，立刻调军遣将，五百个兵士，整整把辽王府围住，直待刑部侍郎的光临。“讼冤”不成，惹上造反的大冤，据说笃臣平时和辽王不和，所以趁此陷害。
造反要有造反的气魄，也要有造反的布置。宪只是一个贵族的无赖，他的布置也只有一面白旗，这是什么造反呢？洪朝选一看便明白了，在他的复奏里，他指实宪淫酗暴虐，甚至也指实宪僭拟不法，但是他没有说到宪造反。朝选只把事实奏明，伏候皇上的圣裁。诏书降下了，宪废为庶人，禁锢高墙，同时废辽王，所有辽府诸宗，一概改属楚王管辖，由广元王管理辽府事。这件大案解决以后，大家都指目居正。居正还记得他的祖父张镇的死吧，处分也太严厉了一点。三十一年以前的预言没有错，宪终于给居正牵着鼻子走！但是事情还不止这样。万历十年，居正死了；宪的次妃王氏还在，她看到御史羊可立正在追论居正，于是出面讼冤，指实居正公报私仇，成为居正身后抄家的张本。经过这个挫折以后，议论更多了。有的说居正因为羡慕辽府壮丽，所以陷害辽王。有的又说居正因为洪朝选不肯诬报辽王造反，所以万历八年吩咐福建巡抚劳堪，陷害朝选，朝选下狱，绝了三天饮食，死在狱中。一切只是传说，不可尽信。康熙十二年，居正曾孙同奎进京，请求删正，《明史·张居正传》的记载因此修正了，但是《辽王传》（注：《明史》卷一一七。）《孙玮传》（注：《明史》卷二四一。）还留下不可磨灭的叙述。从嘉靖十六年起到乾隆四年《明史》完成为止，首尾二百零三年，这一件公案还没有确定。倘使毛妃看到这老远的将来，也许她在两个十三岁的孩子中间，不种下这样的祸根。
隆庆三年的几件大事：第一，赵贞吉入阁；第二，大阅；第三，高拱再入阁。
贞吉，内江人，和南充人陈以勤同乡，但是科名却早了两科，他是嘉靖十四年进士，所以不但二十六年的进士李春芳和张居正是他的后辈，连二十年的进士陈以勤也是后辈。他有才具，有气魄。嘉靖二十九年，俺答围困京城，要求“入贡”的时候，大家正在束手无策，第一个反对的是他。这一次贞吉出了名，也因为这一次，受到严嵩的嫉忌，贬为荔波典史。以后他又慢慢地升起来，隆庆初年，他做到礼部左侍郎，廷推南京礼部尚书。明代，南京和北京一样，也有六部，有尚书、侍郎，可是南京官没有实权，只是一种养老的位置。穆宗看到贞吉议论侃侃，把他留下。隆庆三年八月，命为礼部尚书，兼文渊阁大学士。贞吉入阁以后便有一番规模。他谢恩的时候，指出朝纲边务，一概废弛，准备拼此一身，整顿国事。他和兵部尚书霍冀发生冲突，隆庆四年二月，霍冀解职，这是后话。贞吉的才具是有的，热心报国也是真的，但是他是六十以外的人了，眼看内阁里的同僚都是自己的后辈，一切的举措，难免带些傲慢的心理，因此引起一般的怨恨。居正觉得贞吉可厌，同时也难免觉得他可笑。后来万历二年，他和宣府巡抚吴兑说：“因忆前隆庆庚午，宣大忽报西虏犯蓟，蓟人侦探者，因遂称见虏已西行，犯在旦夕。各路之兵，婴墙摆守，京师亦为之戒严。庙堂皇皇，即议守城之策。是时内江方幸虏之来，以信其言，兴化不能主持，举措纷纷，皆极可笑，而虏终无影响，防守一月见吧，费以数十万计。”（梧桐细雨文学网注：书牍六《答蓟镇吴环洲料虏虚报诳赏》按吴兑为蓟辽总督事在万历九年蓟镇二字误题。）庚午为隆庆四年，内江、兴化指赵贞吉、李春芳。从这封信里，我们可以看出春芳的无能，贞吉的专横，以及居正的冷眼。隆庆四年的内阁，正在酝酿另外一个变局。
居正《陈六事疏》，提起大阅之事，以后兵部复奏，认为大阅之礼，宣宗、英宗都行过，仍请亲临校阅。当时穆宗批道：“大阅既有祖宗成宪，允宜修举，其先期整饬，俟明年八月举行。”事情是决定了，隆庆三年，南京刑科给事中骆问礼言：“大阅古礼，非今时所急，不必仰烦圣驾。”居正只得奏称：
原臣本意，止以京营戎务，废弛日久，缓急无备。先年虽屡经言官建白，该部题奉钦依，厘革整饬，迄今数十余年，竟无成效。臣窃以为国之大事在戎，今人心懈惰如此，若非假借天威，亲临阅视，不足以振积弱之气，而励将士之心。又自皇上御极以来，如耕耤以示重农之意，视学以彰崇儒之美，一二大典礼，皆已次第举行，则大阅之礼，亦古者圣王诘兵治戎，安不忘危之意。且辑之列朝实录，在祖宗朝，亦间有行者，遂尔具奏冒昧上请，其意但欲借此以整饬戎务，振扬威武而已。然自臣原疏观之，此不过饬武备中之一事，其惓惓纳忠之意，委不在此，揆之当今时务，委非所急。（注：奏疏一《再乞酌议大阅典礼以明治体疏》。）
居正乞下兵部，再加详议，当然只是一种形式。大阅仍在隆庆三年九月举行，《明史》（注：卷五十七。）留下一篇隆庆大阅的仪注。以后万历九年，神宗再举行一次，当然也是居正的主张。