熙宁二年（1069）九月，实施青苗法，引起朝廷内外一片反对的浪潮。
青苗法是用政府籴常平米的本钱，春散秋敛，借与农户，出息二分，本意在于青黄不接时，救济农民的困乏。不料付诸执行，官吏竟将此一优良的社会融资政策，变作政府放债取息，增加库收的工具。二分利息，本已不轻，照韩琦说：“春贷十千，半年之内，便令纳利二千；秋再放十千，至岁终又令纳利二千。则是贷万钱者，不论远近，岁令出息四千。”则政府竟自成了盘剥重利的高利贷，难怪范镇要说：“物议纷纷，皆云自古来未有天子开课场者。”
宋代老百姓的租税负担，已经非常沉重，韩琦论青苗，又说：“今天下田税已重……更有农具、牛皮、盐钱、曲钱、鞋钱之类，凡十余目，谓之杂钱。每于夏秋起纳，官中更加细绢斛斗，低估价例，令民将此杂钱折纳。……诸如此类，不可悉举，取利已厚，伤农已深，奈何更引《周礼》，谓放青苗取利，乃周公太平已试之法。”
欧阳修说：“田野之民，安知周公泉府为何物？但见官中放债，每钱一百文，要二十文利耳。若使天下晓然，知非为利，只乞除去二分息，但纳本钱。”
青苗法不但重利盘剥，实行后，产生一个最大的流弊，就是“抑配”，即强迫摊配。原来诏令规定青苗钱的贷放是“取民情愿”则与之，不许追呼、均配和抑勒。而提举使务以多散（放）为功，订立各郡的定额，州郡要达到定额，只能不分贫富，像配给一样强迫借与，又使贫富相保，终于致使贫者还不出钱流散逃亡，富者为之破产。韩琦疏言：“今所立条约，乃自乡户一等而下，皆立借钱贯陌，三等以上，更许增借。借钱一千，纳一千三百，是官自放钱取息，与初诏相违。又条约虽禁抑勒，然不抑散，上户必不愿请；下户虽愿请，请时甚易，纳时甚难，将来必有督索、同保均赔之患。”所以苏轼说：“青苗不许抑配之说，亦是空文。果不抑配，其间愿请人户，必皆孤贫不济之人。家若自有赢余，何至与官交易？此等鞭挞已急，则继之逃亡，逃亡之余，则均之邻保。”
从此以后，全国各地的地方政府，每日忙于逮捕积欠官钱的贫户，官厅里则日夜鞭打这些穷人，很多人“因欠青苗，至卖田产、鬻妻女，投水自缢者，不可胜数”。
顾名思义，贷放青苗钱，当然只以农户为限，但官吏为欲邀功，竞争贷放的实绩，城市里本无青苗，也强迫市人接受放款。事闻于帝，神宗便问安石道：“坊郭安得青苗，而使者亦强与之。”安石勃然进曰：“苟从其所欲，虽坊郭何害。”
其性情的固执，不惜强辞夺理来卫护己见，实已到了不讲道理的程度。如三朝老臣富弼，看到皇帝如此专任安石，自忖无法争得过他，只好称疾求退。神宗问他：“卿即去，谁可代卿者？”弼荐文彦博，帝默然。良久，帝问：“王安石如何？”富弼也默不作声。
张方平极言新法之害，不忍亲见这样的朝局，力求外放。神宗多方挽留，而方平去意甚坚，遂出知陈州。陛辞时，神宗还问：“能复稍留乎？”对曰：“退即行矣。”
方平辟苏辙为陈州学官，二月，辙亦离京，苏轼更是孤单，后作《次韵子由初到陈州见寄》诗，有曰：
旧隐三年别，杉松好在不？
吾今尚眷眷，此意恐悠悠。
闭户时寻梦，无人可说愁。
还来送别处，双泪寄南州。
苏轼是个最不能忍事的人，面对如此的政事，不堪满怀失望，但也无处诉说，就又常常怀念故乡的祖宗坟墓，不知何年何月，才能实现还乡之梦。
其时，神宗欲用司马光为枢密副使，光固辞不拜。
神宗将这事就商于王安石，安石说：“司马光外托劘上之名，内怀附下之实。所言尽害政之事，所与尽害政之人。而欲置之左右，使与国论，此消长之机也。”
司马光是反对派的领袖人物，王安石不欢迎他，是当然之事，所以更进一层说：“光才岂能害政，但在高位，则异论之人，倚以为重。”
理想主义的人，常常看不起保守人物，认为他连害政的本事都没有，皆是他身边那些异论之徒在掀风作浪，意指苏轼、刘攽等人。
参知政事赵抃，为反对派遣青苗提举官，四出扰民，恳求去位，又出知杭州。
熙宁三年（1070），改诸路更戍法，立保甲法、募役法。
保甲法的目的，是为解决兵制问题，实施兵农合一的制度，籍乡村之民，二丁取一，十家为保，保丁授以弓弩，教以战阵，是即改“募”为“征”，恢复唐代的府兵旧制而已。
但是宋至仁宗朝时，国家承平已久，势官富户，占地无限，土地渐次集中。失去土地的农民，变成大量的游民。政府将这些游民，收编为军队，资以衣食，才不致扰乱社会。所以宋代的佣兵，国防意义少，救济意义多。
保甲法则放弃了这许多过剩的劳动力，使到处充斥的游民，失掉出路，饥寒所迫，必然流为盗贼。河东、陕西、京西一带，寇贼成群，白昼行劫，则是实施保甲以后，不久就发生的现象。另一方面，征召有业的农民，训练为兵，不得尽力田地，妨碍生产，甚至有不能维持生计，弃家逃亡者。更不应该的是，保甲需要武器（弓弩），政府也不供给，责成他们自购。百姓买一弓，要花千五百钱，买十支箭，要六七百钱，城里有人典当了衣物买弓箭的。保甲五日一教，实在也教不出什么战阵能力来，后来又改为一月教练三天，则更是有名无实了。
宋代原来采用佣兵制，所以人民须服力役，而徭役的负担非常沉重。役别有“衙前”，主官物之供给或运输，以里正、户长、乡书手课督赋税，负催征与偿逋的责任，以耆长、弓手、壮丁逐捕盗贼，以承符、人力、手力、散从给官使奔走，县曹司至押录，州曹司至孔目官，下至杂职、虞候、拣掏等，各以等第差充。
民户分九等，上四等须给役，下五等可免。役使频仍，生赀不给，老百姓为逃避徭役，土地不敢多耕，骨肉不敢相聚，以免提高户等，即须差役。
募役法又称免役，得据家赀高下，各令出钱雇人代役，合于“有钱出钱，有力出力”的原则，在熙宁新法中，可以算是最适合社会需要的便民良法。可惜执行的官吏，务求役钱增羡，变成聚敛之具。单丁女户，原无力役义务，现在则要担负助役钱，另又在役钱上平添百分之二十的免役宽剩钱，说是备以应付水旱之灾的需要，实是分外的搜括。
唐改租庸调为两税，宋承之，两税中既已包括“庸”（免役钱）在内，再征役钱，不啻庸外增庸。苏轼道：“今两税如故，奈何复欲取庸。”又说：“女户单丁，盖天民之穷者也，古之王者，首务恤此。”而欲致君于尧舜的新政，却“忍不加恤”。至于从役钱再加征二分的宽剩钱，则更是明目张胆的搜括了。
还有一个最大的漏洞，每人出钱多寡，既随家赀高下而定，而家赀高下，又随官吏审定，漫无标准，不但人民巧避失实，而吏缘为奸，或指富为贫，或指贫为富，颠倒混淆，任意敲榨，老百姓真是没有命了。
神宗胸怀隐痛，亟求富国强兵，以御外侮。王安石虽然明知变法大事，决不能速求成效于年岁之间，但至一旦负起实际责任来时，他却不能控制。新制日下，法令滋彰，一法尚未成功，另一法已经颁布，使奉行的官吏都茫然不能省记，老百姓在新政暴风下，只有惶惑或恐惧的份儿，人心浮动，谣言四起。更糟糕的是安石用刑赏来压迫地方官，促令积极推行新政，地方官怕推行的成绩不好，时间落后，自身要遭罪谴，只好不择手段，加倍压迫到老百姓身上去，如再加上胥吏的浑水摸鱼，从中舞弊，则纷扰苛刻，任何良法美意，都会变成残民之具。
新政之来，势如暴风，老臣的反对无用，言官的诤谏不听，“道不同，不相为谋”，他们只好纷纷求退，朝中就换了一批新人进来，如赵抃罢，以韩绛为参知政事；吕公弼罢，以冯京为枢密副使；曾公亮罢，冯京升参知政事、以吴充为枢密副使。至熙宁三年十二月，王安石与韩绛并同中书门下平章事，拜真相之职。
余如知审官院孙觉奉派视察实施青苗的情况，说了“民实不愿与官相交”的实话，坐奉诏反复之罪，贬知广德军；御史中丞吕公著反对青苗和任用吕惠卿，神宗怒贬知颍州；知制诰宋敏求、苏颂、李大临为反对安石引荐李定为监察御史里行是破坏法制，坐累格诏命而落职，而天下人壮之，称之为“熙宁三舍人”。监察御史里行程颢、张戬，右正言李常及其他言官薛昌朝、林旦、蒋育等皆因论政触怒王安石，都被罢斥，出为外郡。
熙宁三年（1070）三月，吕惠卿知贡举，苏轼被命为编排官。从这一年起，天子御试，不用诗赋，专考策问，而应考的举子则迎合时势，争言成法的缺失。有叶祖洽者，邵武人，对策中竟说：“祖宗法度，苟且因循，陛下当与忠智豪杰之臣，合谋而鼎新之。”考官宋敏求、苏轼都欲将此卷黜落，而主考官吕惠卿却擢为第一。
苏轼大为气愤，以为朝廷今年殿试，专考策论，目的本在咨访治道，而结果则是士登甲科者，多以谄谀得之，而叶祖洽尤其荒谬，诋祖宗以媚时君，竟然大魁天下，何以正风化？退而自作《拟进士对御试策》一题，进呈皇上曰：“臣恐自今以往，相师成风。风俗一变，不可复返。正人衰微，则国随之。”
他以拟作的策论，极言时政。一曰：“今陛下使两府大臣侵三司财利之权，常平使者乱职司守令之治。刑狱旧法，不以付有司，而取决于执政之意；边鄙大虑，不以责帅臣，而听计于小吏之口。百官可谓失其职矣。”二曰：“事有决不可欺者，苟有其实，不敢辞其名。今青苗有二分之息，而不谓之放债取利，可乎？……则使二三臣者，极其巧辩，以解答千万人之口。附会经典，造为文书，以晓告四方之人。四方之人，岂如婴儿鸟兽，而可以美言小数眩之者。”最后，他提出郑重的警告：“近者，青苗之政，助役之法，均输之策，并军搜卒之令，卒然轻发，又甚于前日。虽陛下不恤人言，持之益坚，而势穷事碍，终亦必变。他日虽有良法美政，陛下能复自信乎！”
苏轼向神宗直言，目前正是一个危险而黑暗的时代，形容当前的情况是“盲人骑瞎马，夜半临深池”的危境，他说：“臣愿陛下解辔秣马，以须东方之明，而徐行于九轨之道。”
疏上，神宗仍是取这状文给王安石看。安石说：“轼才亦高，但所学不正，又以不得意之故，其言遂跌荡至此。”（〔明〕薛应旂：《宋元通鉴》。）
苏轼亦自知位微言轻，不足挽救危机，再去求见宰相曾公亮，希望他能挺身出来，救国救民。殊不知安石请置条例司，更张政事，曾公亮初曾大力支持，现在虽已悔恨，也不能说话了，所以御史们每到中书论事，他都俯首无言。苏轼对他满腔热望，只得到公亮一句话：“上与安石如一人，此乃天也。”（〔宋〕王称：《东都事略》。）
在这一片新政排斥的浪潮中，馆阁同人中有很多朋友被放外任。旧例，同舍在饯行席上，通行分韵赋诗为别。苏轼满腹牢骚，无法克制，就不免在那些诗上发泄他的苦闷。
钱藻，字醇老，杭州钱武肃王的后裔，为人清谨寡过，治事简静，人称长者，以秘阁校理出守婺州（今浙江金华）。苏轼很羡慕他得遂所愿，避开这变乱嚣杂的都城，一方面又可惜这么一个品学兼优的人，不在天子左右而远去地方。青苗法行，做州长官的恐怕免不掉要日以敲扑鞭笞老百姓为专职了。诗曰：
子行得所愿，怆恨居者情。
吾君方急贤，日旰坐迩英。
黄金招乐毅，白璧赐虞卿。
子不少自贬，陈义空峥嵘。
古称为郡乐，渐恐烦敲搒。
临分敢不尽，醉语醒还惊。
刘攽，字贡父，与苏轼往来密切，非常交好，时为馆阁校勘。他与安石，本是旧友，而性好谐谑，居常要开安石玩笑，安石对他早已心有芥蒂。
安石当政，骤行新法，贡父反对青苗，贻书劝止，书中说：“介甫为政，不能使民家给人足，无称贷之患，而特开称贷之法，以为有益于民，不亦可羞哉。”他又说，历史上皇甫镈、裴延龄之聚敛，商鞅、张汤的变法，没有一个人是有好下场的。安石大怒，斥为泰州（今江苏泰州）通判。苏轼作诗送行，便劝他少说话，多饮酒：
君不见，阮嗣宗，臧否不挂口。
莫夸舌在齿牙牢，是中惟可饮醇酒。
读书不用多，作诗不须工。
海边无事日日醉，梦魂不到蓬莱宫。
……
这首诗，显然是对言论获谴，提出抗议，当时即被众所传诵。苏轼后与刘攽在扬州重遇，作诗曰：“去年送刘郎，醉语已惊众。”殊不知凡此均是祸根。
早几年，有件司法案子引发争议。登州太守许遵（仲涂）上州狱，以该州妇人阿云伤夫一案，照犯杀伤而自首，得免所因之罪判处，请从减论。安石时为翰林学士，帝命与司马光合议。安石主以许遵为是，司马光则持异议，认为妻子伤夫，悖逆伦常，不可轻减。当时的宰相富弼、曾公亮都同意司马光的看法，而审刑院大理寺官齐恢、王师元、蔡冠卿从法的立场，也认为许遵的原判不当，参政唐介与王安石数于帝前争论，相持不下。
至安石参政，催促结案，于是吕公著、韩维等就遵照安石的意思定谳，而大理官齐、王、蔡等，都因该案被贬外放，蔡冠卿知饶州（今江西鄱阳）。
在当时盛行威胁利诱的政风之下，刚强有骨力的士大夫已经罕见，苏轼推重蔡冠卿的风骨，则曰：
怜君独守廷尉法，晚岁却理鄱阳柂。
欧阳修门下的大弟子曾巩（子固），也被出为越州通判。苏轼在此饯行席上，细数师门人物，不禁感慨丛生。王安石向任外官，并无籍籍之名，因曾巩的介绍，始游欧阳之门，借欧阳的大力揄扬，遂致通显，以至今日的纷纭变局。又念欧阳老师平生求才若渴，所以他门下，贤与不肖，难免混杂，如蒋之奇竟然诬告老师帷薄不修，使他精神上遭受莫大的打击，求为外郡，身体很坏，憔悴不堪。而现在新政中大红特紫的吕惠卿，也是欧阳修于嘉祐二年安石为知常州时，推荐给他，与之为友的。
苏轼将这林林总总的感慨，写入《送曾子固倅越，得燕字》诗中，一曰：“醉翁门下士，杂沓难为贤。”又曰：“翁今自憔悴，子去亦宜然。”最后对子固申其同情之意，就说现在当道者，胸襟褊狭，苦无容人之量，而好为大言，故曰：“但苦世论隘，聒耳如蜩蝉。安得万顷池，养此横海鳣。”
苏轼在京师的朋友，虽然很多，但真正气味相投合的，只有文同一人。二人始于凤翔任内，订交岐山，相处的时间甚短；但幸此时，文同被调到京师来做集贤校理，两人同在馆阁，休沐之日，几乎无不相聚一处。
苏轼不随便称赞别人的诗，但对欧阳修诵读文同佳句：“美人却扇坐，羞落庭下花。”欧阳笑道：“与可无此句，与可拾得耳！”
盖谓“文章本天成，妙手偶得之”。（〔宋〕释惠洪：《冷斋夜话》。）
文同是画竹名家，他教苏轼画竹，同游净因院，两人合为这座庙宇里新粉的墙壁，画上丛竹枯木，苏轼又徇住持道臻之请，为作《净因院画记》。与刘攽共看文同作草书，“落笔如风，初不经意”，谈诗论画，十分相得。虽然文同为人，与苏轼完全不同，他非常沉静厚重，不撄世故，那时候，京中议论纷纭，文同从不参与一言，在京不到一年，为议宗室袭封事，坚持要照典礼行事，被夺一官（降一级），他就乘此请还乡郡，出守西蜀的陵州。苏轼送行诗说：“夺官遣去不自觉，晓梳脱发谁能收。”将夺官大事，比作早晨梳头，掉落头发一样，不值得计较，非文同的高操，不足以当此语，也只有苏轼豁达的胸襟，才能道出这样的奇句。
文同去矣，热情奔放的苏轼，却一直怀念着文同的静厚，《题赵屼屏风与可竹》云：
与可所至，诗在口，竹在手。来京师不及岁，请郡还乡，而诗与竹皆西矣。一日不见，使人思之。其面目严冷，可使静险躁，厚鄙薄。今相去数千里，其诗可求，其竹可乞，其所以静厚者不可致，此予所以见竹而叹也。