熙宁四年（1071）正月，神宗欲用张琬直舍人院，枢密副使冯京举荐刘攽、曾巩、苏轼三人，同备采择，上不答。
王安石主张改科举，兴学校。
经学家的安石，以为国家设科取士，应以经世之学为主，诗赋无裨实用。他说今之取士，“记不必强，诵不必博，略通于文辞，而又尝学诗赋，则谓之进士。……然而不肖者苟能雕虫篆刻之学，以此进至乎公卿；才之可以为公卿者，困于无补之学，而以此绌死于岩野，盖十八九矣”。故欲更改贡举法，并且罢废明经等科。进士科免试诗赋，专考经义论策，以通经有文采者为合格。群经中废《春秋》与《仪礼》，又设新科曰“明法”，试律令、刑统大义等，以待不能应试进士的士子。
神宗并不反对经学，但对此议不能无疑，乃诏下两制、两省、待制以上官，御史、三司、三馆杂议。
苏轼以为“得人之道，在于知人。知人之法，在于责实”。假使君相无知人之明，朝廷无责实之政，则变更贡举，徒滋纷乱而已，上《议学校贡举状》。
关于立学，苏轼以为自昔庆历年间，朝廷固已诏令各州县立学，而至今惟有空名仅存，如今何必变更，徒费民力，“今之学校，特可因循旧制，使先王之旧物，不废于吾世足矣”。苏轼认为取士的准则，最重要的只是德行与文章两项，“德行”不是试场考得出来的，“欲兴德行，在人君者，修身以格物，审好恶以表俗”。如从设科立名以取之，则是教天下相率为伪而已。
就文章来说，确是策论为有用，诗赋为无益。但从政事来说，则诗赋、策论，两皆无用。然自祖宗以来，莫之废者，以为设科取士，不过如是，而且自唐至今，以诗赋为名臣者，不可胜数，“何负于天下而欲废之”。再说，经传子史，即使真的读通，也无益于从政，何能寄望于粗识大义之人。他说：“今进士日夜治经传子史，贯穿驰鹜，可谓博矣。至于临政，曷尝用其一二。顾视旧学，已为虚器，而欲使此等分别注疏，粗识大义，而望其才能增长，亦已疏矣。”
奏上，神宗悟曰：“吾于此议，本亦有疑，读了苏轼这番议论，意为释然了。”即日召见。
帝问：“方今政令得失安在？即使是朕个人的过失，都可坦白指陈。”
苏轼对曰：“陛下生知之性，天纵文武，不患不明，不患不勤，不患不断，但患求治太急，听言太广，进人太锐。愿镇以安静，待物之来，然后应之。”
神宗听了，不禁为之悚然。
苏轼所对，与他所上议状中言对照来看，更加明白：“夫时有可否，物有废兴。方其所安，虽暴君不能废；及其既厌，虽圣人不能复。故风俗之变，法制随之。譬如江河之徙移，强而复之，则难为力。”盖他认为变革是一定要有的，但不能急求有功，揠苗助长。
苏轼的理论是，一切政治和法律制度的变更，都须因应时势的需要而逐渐推行，社会的生活和风俗因时变化于先，法律制度跟着革新于后。假如以为法令代表政治权力，六七少年关门制作出来白纸黑字的公文，竟是一帖万应灵丹，足以一笔抹杀宋代百年的积弊，足以强迫改变社会的风俗，这是过分的迷信。人类均有惰性，未必能于旦夕之间信任新制之利，甚或发生疑惧，则就产生顽强的阻力，而至于完全的失败。
神宗求治太急，所以才听言太广。范纯仁也劝谏过不要随便延见小臣，至安石陷于孤立，而事又急需人为时，就引用急功近利之徒，而进人太锐，使整个政治的人事结构，一两年间，面目全非。不但法令滋彰，朝局动荡，且使一向稳定的经济社会，为之骚扰和紊乱。
苏轼慷慨陈辞，使神宗为之悚然动容，稍停，温谕曰：“卿三言，朕当熟思之。凡在馆阁，皆当为朕深思治乱，无有所隐。”
苏轼退朝后，兴奋不已，遂将这次召见经过，向朋友同事说了。事闻于安石，安石不悦。
据说，神宗于召见苏轼后，有意欲用为修起居注，此职是接近皇帝身边的侍从近臣，怎能让反对派的苏轼去做？事为安石所格，因而有“权开封府推官”之命。
关于贡举取士的方法，神宗再与安石商量时，安石对曰：
若谓此科尝多得人，自缘仕进别无他路，其间不容无贤。若谓科法已善，则未也。
今以少壮时，正当讲求天下正理，乃闭门学作诗赋。及其入官，世事皆所不习。此科法败坏人才，致不如古。
安石此论，谓人才须从教育扎根，从经义策论甄拔器识之士，原是正论。但他忽略了通明经义，不能期望于急求功名的举子，而经义有无实用价值，更是可疑。历史教育，是直接的经验教育，具有实用价值；诗赋之作，看似无用，但从熟读经史而出。安石的主张，所悬目标太高，往往画虎不成反类犬，此事亦然。
神宗是非常讲究文辞，重视史学的，本意并不以安石的主张为然，朱弁曰：
行中尝与坡言，裕陵晚年深患经术之弊，其时判国子监，因上殿亲得宣谕，令教学者看史。是月，遂以“张子房之智”为论题，上索第一人程文，览之不乐。
坡曰：“予见章子厚（惇），言裕陵元丰末欲复以诗赋取士，及后作相，为蔡卞所持，卒不能明裕陵之志，可恨也。”（〔宋〕朱弁：《曲洧旧闻》。）
由是可见，神宗当看了苏轼的《议学校贡举状》时，所说“意为释然”的话，并非空言，只因安石一再坚持己意，帝才曲从其请。
于是，熙宁四年，诏罢诗赋，罢明经诸科，专以经义论策试进士，同时分置学官，教育州县子弟，次第付诸实施。
其次，安石不当以一家私学，用自所训释的《三经新义》来取士，史言：
初安石训释《诗》《书》《周礼》。既成，颁之学官，天下号曰新义。晚居金陵，又作《字说》，多穿凿附会，其流入于佛老，一时学者无敢不传习。主司纯用以取士，士莫得自名一说。
王氏的《三经新义》，本自有学术上的价值，但不该颁之学官，使科举变成一种统治思想的工具。宋代士风，揣摹已成习惯，考官既不敢不以《三经新义》的解释作衡文的唯一标准，则天下的举子，别的书都不必看，专诵王氏章句，博取功名，但又并不了解其义。正如从前考明经科的学究，死背注疏一样，根本谈不上开明器识，培养人才。举子既以《三经新义》为猎取功名的利器，就不再读史，对于古今人物及时世治乱之迹，漫无知识。元丰初年，举人试卷中竟然有“古有董仲舒，不知何代人”这样荒谬的程文，闻者以为笑。（〔宋〕朱弁：《曲洧旧闻》。）而安石暮年，也自觉悟其失败，叹道：“本欲变学究为秀才，不谓变秀才为学究也。”（〔宋〕陈师道：《后山丛话》。）
安石又有《字说》二十四卷之作，笑话更多。
《字说》成书于元丰年间，但他构思历有多年，自言“平生精力，尽于此书”。安石解释字的形意，概照自己的意思，穿凿附会，强为解人。殊不知中国的字体，经历篆隶等等多少时代的变易，但凭东汉以后所存，以偏旁类次的字形，望形生义，从而取解，就不免笑话百出了。一说：
王荆公在熙宁中，作《字说》行之天下。东坡在馆，一日因见而及之，曰：“丞相赜微窅穷制作，某不敢知。独恐每每牵附，学者承风，有不胜其凿者。姑以犇（奔）、麤（粗）二字言之，牛之体壮于鹿，鹿之行速于牛，今积三为字，而其义皆反之，何也？”荆公无以答，迄不为变。（〔宋〕岳珂：《桯史》。）
而好谐谑的刘攽则更当面戏弄王安石道：“三鹿为麤，鹿不如牛；三牛为犇，牛不如鹿。谓宜三牛为麤，三鹿为犇。若难于遽改，欲令各权发遣。”权发遣者，宋时公文用语，小官骤得高缺，资历浅不能正式任命者，皆号“权发遣”，故并谑之。（〔宋〕邵博：《闻见后录》。）
据传，安石曾问苏轼“鸠何以从九”，轼开他玩笑道：“鸤鸠在桑，其子七兮，连娘带爷，恰是九个。”
安石说：“波者，水之皮。”苏轼听了，笑道：“滑者，水之骨。”（〔宋〕罗大经：《鹤林玉露》。）
又一则说，荆公喜说字，客曰：“霸字何以从西？”安石说：“以西在方域主杀伐。”接着说了一大篇理由。其时另一人说：“霸从雨，不从西也。”安石又随口答道：“为时雨之化耳。”其无定论而好强辩也如此。
所以，《东坡志林》有一则记安石想法太多，有好穿凿的毛病，曰：
王介甫多思而喜凿，时出一新说，已而悟其非也，则又出一说以解之，是以其学多说。尝与刘贡父食，辍筋而问曰：“孔子不撤姜食，何也？”贡父曰：“《本草》，生姜多食损智。道非明民，将以愚之。孔子以道教人者也，故不撤姜食，所以愚之也。”介甫欣然而笑，久之，乃悟其戏己也。贡父虽戏言，然王氏之学，实大类此。
庚辰（哲宗元符三年，轼在海南）三月十一日，食姜粥甚美，叹曰：“无怪吾愚，吾食姜多矣。”因并贡父言记之，以为后世君子一笑。
苏轼被任为开封府推官，据说是有人忌他以小官横议国是，欺他缺乏行政经验，故意坑他。这话不是没有因由，宋人矜重馆职，任馆职者，为国家所储养的英才，为未来公卿贤相的后备人选，惯例是“优予廪禄，不责以吏事”。苏轼本官“直史馆”，且是馆职中的高等，而现在却将繁杂无比的首都地方行政事务，套在他的头上，欲以困之，事实显然。
虽然苏轼并不在乎这些，欣然就任，但是此一出处，决定苏轼终神宗之世，流转在地方官的命运里，不能出头。至于能力，他自有足够的聪明，办事迅捷，决断精明，在任声名很好。
熙宁四年（1071）正月，宫中派出中使到开封府来传谕，要买浙江制作的元宵花灯四千余盏。主办单位调查了市价报上去后，续有诏令“减价收购”，于是开封府就将市上浙灯，全部“拘收”，禁止私买。
苏轼忍不住不说话，上《谏买浙灯状》：
……臣始闻之，惊愕不信，咨嗟累日，何者？窃为陛下惜此举动也。……卖灯之民，例非豪户，举债出息，蓄之弥年。衣食之计，望此旬日。陛下为民父母，惟可添价贵买，岂可减价贱酬？此事至小，体则甚大……
他希望朝廷收回前命。目前外面有很多谣言，士人间传说科场要改期，商人说京城将榷酒，吏忧减俸，兵忧减廪，朝廷并无其事而谣诼繁兴，可见“陛下勤恤之德，未信于下，而有司聚敛之意，或形于民”。所以要请皇上凡遇游观、苑囿、宴好、赐予之类的开支，应饬有司务从俭约。
此状奏上，神宗从善如流，立即诏罢购买浙灯的前命。
苏轼既蒙皇帝殿前温谕，又闻买灯停罢，惊喜过望，北向阙廷，感动得不觉流下泪来。
“为朕深思治乱”这句琅琅玉音，整日盘旋在胸臆间，不能一时或释。自从服满还朝，适逢王安石推行新政，这短短的两年间，政局扰攘，人事剧变，不仅朝局如今面目全非，而雷厉风行的新政，又尽是峻刻的剥削和聚敛，谁都可以预见生民即将遭逢空前的苦难。倘如老百姓的生存权利受到威胁，则后果就不堪设想。西蜀王小波、李顺叛乱的阴影，时时从尘封的记忆中袭上心头，作为一个有良知、有血性的知识分子，怎能不挺身而起、为民请命？
他并非不知道王安石得君之专，以及新政派垄断一切的作风，多少元老重臣，都被迫得相率走避。宋自立国以来，言官向被尊重的传统，也不惜因此破坏。今已台谏一空，苏轼，他只是一个区区八品闲官，怎能拂逆巨龙的鳞甲？倘如不自量力，他将付出何等重大的代价，也是谁都明白的后果。
然而，老百姓自己没有讲话的机会。英明的神宗，求治之心过分激切，不暇冷静思考，九重之内，听不到千家万户的号哭，也看不到老百姓咬牙切齿的冤苦。苏轼则来自田间，原是老百姓中的一分子，彼此血肉相连，痛痒关切，有一种单纯而强烈的感情，对受苦受难的老百姓抱持着情不自禁的同情心，逼得他要挺身出来，“为民请命”。
苏轼内无畏怖，外无所求，皇帝既许建言，他也不能漠视同胞们悲惨的命运，不替天下哀苦无告的老百姓，说出他们的艰难和困穷。假使因此必须要他肝脑涂地，则东汉范滂的影子在他前面，他也有这份道德勇气承受一切，做一个伟大的悲剧英雄，毫不顾虑个人的祸福。
于是，熙宁四年（1071）二月，苏轼撰进长达三千四百余字的《上神宗皇帝书》。略曰：
臣之所欲言者，三言而已。愿陛下结人心，厚风俗，存纪纲。
人主之所恃者，人心而已。陛下不以财用付三司，无故又创制置三司条例一司。使六七少年，日夜讲求于内；使者四十余辈，分行营干于外。以万乘之主而言利，以天子之宰而治财。君臣宵旰几一年矣，而富国之功，茫如捕风，道路皆知其难。……汴水浊流，不以种稻，今欲陂而清之。一岁一淤，三岁而满矣。真谓陛下有意兴作，上糜帑廪，下夺农时，堤防一开，水失故道。虽食议者之肉，何补于民。……自古役人，必用乡户。今者江浙之间，数郡雇役，而欲措之天下。单丁女户，盖天民之穷者也，而陛下首欲役之，富有四海，忍不加恤。……青苗放钱，自昔有禁，今陛下始立成法。愿请之户，必皆孤贫不济之人，鞭挞已急，则继之逃亡，不还，则均及邻保。势有必至，异日天下恨之，国史记之曰：青苗钱自陛下始，岂不惜哉！……议者必谓：民可与乐成，难与虑始。故陛下坚执不顾，期于必行。此乃战国贪功之人，行险侥幸之说。未及乐成，而怨已起。臣之所愿陛下结人心者，此也。
臣愿陛下务从道德而厚风俗，不愿陛下急于有功而贪富强。爱惜风俗，如护元气。仁祖持法至宽，德泽在人，风俗知义，故升遐之日，天下归化。今则招来新进勇锐之人，以图一切速成之效。多开骤进之门，使有意外之得。公卿侍从，跬步可图。俾常调之人，举生非望。欲望风俗之厚，岂可得者？……近岁朴拙之人愈少，巧佞之士益多。惟陛下哀之救之，以简易为法，以清净为心，而民德归厚。臣之所愿陛下厚风俗者，此也。
……祖宗委任台谏，许以风闻。言及乘舆，则天子改容；事关廊庙，则宰相待罪。养其锐气，而借之重权，将以折奸臣之萌也。陛下得不上念祖宗设此官之意，下为子孙立万世之防，朝廷纪纲，孰大于此。
……台谏所言，常随天下公议。今者物论沸腾，怨讟交至，公议所在，亦可知矣，而相顾不发，中外失望。臣恐自兹以往，习惯成风，使台谏尽为执政私人，以致人主孤立，纪纲一废，何事不生！万一有小人居其间，则人主何缘知觉？臣之所愿存纪纲者，此也。
三月，朝廷诏令各路监司实地考察“青苗抑配”情形，又将选择三路试办。苏轼续有《再上皇帝书》，他将立条例司、遣青苗使、敛助役钱、行均输法，四海骚动，行路怨咨的情况，譬喻为医生用人的性命来试验毒药，断言道：“今日之政，小用则小败，大用则大败，若力行不已，则乱亡随之。”他说：
自古以来，国家存亡寄托在四种人的身上：一曰民，二曰军，三曰吏，四曰士。这四种人的人心一失，足以生变，今陛下一举而兼犯之。
一、青苗、助役法成，则农不安；均输之令出，商贾不行。
二、并省诸军，迫逐老病，而军始怨。
三、内则不取谋元臣侍从，而专用新进小生；外则不责成守令监司，而专用青苗使者，多置闲局，以摈老成，而吏解体。
四、今用事者欲消进士，纯取明经，虽未有成法，而小人招权，自以为功，而士始失望。
苏轼毅然直指谄谀之人，但求逢迎，不怕欺罔，所以凡是说军心乐于合并，百姓乐于青苗者，都是谗言，皆不可信。最后，他竟直指神宗“人皆谓陛下圣明神武，必能徙义修慝，以致太平。而近日之事，乃有文过遂非之风，此臣所以愤懑而太息不能已也”。这样的话，在那个时代，杀头尚有余辜，苏轼之奋不顾身，固然可惊，而神宗的宽容，尤不可及。
最后他以汉代末年贾充留朝而成晋氏之乱的史事，申言小人之党难去，讽劝神宗勇决。后来事实证明苏轼的预见，终神宗之世，尽是吕惠卿、韩维、曾布、蔡确之流，把持政柄而不能去，即使王安石亦被排挤。
苏轼此一谏稿真迹，经宋室南渡的战乱，仍为冯氏三代所珍藏，陆放翁题跋东坡谏草云：
天下自有公论，非爱憎异同能夺也。如东坡之论时事，岂独天下服其忠，高其辩，使荆公见之，其有不抚膺太息者乎！……
早在苏轼甫登进士第时，欧阳修介绍他的门人晁端彦（美叔）到兴国浴室来访，由是订交，往来甚熟。这期间，端彦即常劝他言语谨慎，苏轼却说：“我性不忍事，心里有话，如食中有蝇，非吐不可。”
还有一次，又谈到这个问题，苏轼说：“某被昭陵（英宗）擢在贤科，一时魁旧，往往为知己。皇上（神宗）赐对便殿，有所开陈，悉蒙嘉纳，已而章疏屡上，虽甚剀切，亦终不怒。使某不言，谁当言者？某之所虑，不过恐朝廷杀我耳。……”
苏轼停顿一下，等待端彦的反应，而端彦默不作声，苏轼浩叹久之，续曰：“朝廷若果杀我，微命亦何足惜！只是有一件事，杀了我后，好了你。”
两人相与大笑而起。（〔宋〕朱弁：《曲洧旧闻》。）
苏轼两上皇帝书，极论时事，即使日常与人聊天，也常讥诮时事时人。文同极不以为然，替他担忧,每每苦口劝诫，而苏轼不能听从。到被出为杭州通判时，文同作送行诗，还郑重叮咛：
北客若来休问事，西湖虽好莫吟诗。（〔宋〕叶梦得：《石林诗话》。）