司马光为门下侍郎，章惇知枢密院，几个月间，两府之间的关系，已经搞得非常不好。司马光的脾气，虽然不如王安石的“拗”，但也十分固执；而章惇则秉性豪强，从不让人，共事未久，摩擦已经很深，几已到了冰炭不能相容的地步。每遇口舌相争的场合，司马光是个恂恂儒者，拙于言辞，而章子厚则躯干修伟，实大声宏，再加口齿锋利，咄咄逼人，弄得司马光真已不堪他的百般虐侮。苏轼与章惇多年老友，现在身当两大之间，义不容辞，应该挺身出来，做这个调人。
于是往见章惇，对他侃侃言道：“司马君实时望甚重。从前许靖因为虚名无实，为蜀主刘备所轻视。法正说：靖有虚名播于四海，若不礼遇，他人以为我们贱视贤者。刘备立即接受他的建议，以许靖为司徒。您想，许靖尚且不可轻侮，何况君实？”章惇认为苏轼的话对，以后对司马的态度，缓和了不少。
苏轼抵京才半个月，朝廷降告命：迁起居舍人。苏轼起于忧患未久，不愿骤然跻登清禁重地，两上章请辞，皆不许，他只得亲往谒见宰相蔡确，恳切面辞。
蔡确说：“公回翔已久，论资望，朝中无人更出公右。”
苏轼坚决辞谢。
“今日谁当在公前者？”蔡确问。
“前与林希同在史馆，他年龄比我长。”他举林希来代替自己。
“林希真的应该在你之先吗？”蔡确略作沉吟，摇头不应。
苏轼举以自代的林希，字子中，福建人，与苏轼、顾临、胡宗愈等，都是开封府举人试的同年。治平三年曾与苏轼在史馆共事，现在外任。苏轼推他自代，虽未获许，不过因此也被执政方面注意到了这个人，不久召回中枢，补了记注官。
宋制：起居郎、起居舍人谓之左右史，职掌宫廷记注和机要政务，俗谓“小侍从”。苏轼既任起居舍人，元祐元年二月以七品服入侍延和殿，蒙恩改赐银绯。
宋朝官员的服式，有严格的规定，文臣自入仕时起，着绿袍，满二十年才赐换绯袍和银鱼袋，换穿绯袍后再过二十年，才能赐换紫袍、佩金鱼袋。苏轼入仕，如以仁宗嘉祐六年（1061）中制科授大理评事起计，至元祐元年（1086），为时则已二十五年，但因中经顿挫，所以直到此时才得换绯挂银，并获诏赐对衣、金带、金镀银鞍辔马。
司马光执政后，一方面大刀阔斧地调整人事，一方面陆续废止熙丰年间实施的新法。元丰八年七月罢保甲法，十一月罢方田法，十二月罢市易法、保马法。元祐元年闰二月，被人反对得最激烈的青苗法，也告罢废。
当司马光、吕公著二人，积极推翻一切新政，彻底清除新政所生的积弊时，新政派的大将韩缜、蔡确和章惇，仍然高踞在原来的相位上，冷眼窥伺得失。蔡确既为公论之所不容，而章惇跋扈如故。
元祐元年二月间，司马光上言：免役法有五害，请求恢复差役。章惇力加驳斥，上章累数千言，笔下一点不为司马稍留余地。这还不算，更在太后帘前与司马光觌面争论起来，态度非常豪横，说得冲动，竟在殿上大声咆哮道：“它日安能奉陪吃剑！”如此狂妄，太皇太后也按捺不住，大怒起来。于是刘挚奏言：“章惇佻薄险悍，谄事王安石，以边事欺妄朝廷。再附吕惠卿，又为蔡确所引，横议害政，请除恶务尽。”
当时，尚书左仆射蔡确已先罢政，出知陈州，旋改亳州，朝廷即以司马光接替蔡确所遗的相位，仍兼门下侍郎原职，所以王岩叟更奏曰：“惇见陛下以司马光做相，躁忿忌嫉，所以如此。”
章惇帘前争论，惹怒太后后不久，因孙觉议论边政，不合其意，他便公然骂道：“议者可斩。”对于任何一个上书言事的人，一律蔑视为“不逞之徒”，于是满朝怨毒，群起而攻，并于同月罢官，以正议大夫知汝州。钱勰（穆夫）时为中书舍人，制行词，有“怏怏非少主之臣，悻悻无大臣之节”句，非常尖刻。（梧桐细雨文学网注：赵令畤《侯鲭录》：“哲宗亲政，章惇当权，时穆父在翰林，章面责前制行词，语太尖刻，不为稍留余地。穆父笑曰：‘官人怒，杂职安敢轻行杖。’卒罢知池州。”）
但是，关于罢废免役法，持反对意见者却不仅是章惇一人。朝列中头脑比较冷静，不太意气用事的人，也都认为从前施行的差役法，流弊很多。改行免役以来，已经十几年，确比差役进步，法无新旧，以良为是，何必一定要恢复旧法。如与司马光非常亲密的范纯仁，便婉转劝他道：“为治之道，去其太甚者即可。差役一事，尤须仔细考虑，不然，徒为民病。”又道：“宰相的职责，在求人才，变法不必太急。愿公虚心以延众论，不必一定要谋自己出。谋自己出，则谄谀逢迎的小人，便得乘虚而入。”司马光默不作声，纯仁无奈，只好退一步说：“假使相公决意要这样做，不妨挑择一路，先作试验，看看恢复之后的利弊如何？”
司马光为人，有强烈的自尊心和执拗的责任感，坚持已定的主张，不肯接受任何人的建议。范纯仁出来叹道：“凭这个样子的态度，只是使人不再说话而已。我如只欲媚公以取容悦，不如少年时迎合王安石，早就既富且贵了。”
当王安石变差役为免役时，苏氏弟兄都是激烈的反对论者。苏辙当时曾说：“役人之不可不用乡户，犹官吏之不可不用士人。”苏轼更曾坚持差役决不可变，但是后在地方上亲经历练，有了实际的体认，便完全改变了原来的观点，认为王安石新法中，免役确是比差役进步的一个良法。
熙宁初年，苏轼到底还只是一个得意太早的书生，缺乏实际的政务经验，只因读书较多，才气充沛，率然放言高论，不免未尽事实。等他有了几年地方政务的实际经验，才明白从前所行的差役法，积弊很深。主要的原因是应差服役的老百姓，不懂官府衙门的规矩，遂被胥吏们颠倒捉弄，很多人因此破产亡家。原先认为“无可取代”的差役，事实上是便利胥吏为害百姓的恶法。
免役法比较简单，按照老百姓的户产高下，分等出钱雇役，颇合“有钱出钱，有力出力”的原则，可以断绝胥吏勒索的机会，只须把该收的实费之外，另有许多滥加名目的苛杂严格禁革，这已经实行了十六年的办法，没有改回差役的必要。
司马光尽罢熙丰新法，罢到差役法时，最不为朝列所同情。范纯仁诤劝无效，苏轼便贾勇往见，向司马相公说道：
“相公所要施行的，都是上应天心、下合人望的事，唯有役法一节，不可轻议。差役免役，各有利害。免役之害，在于掊敛民财。在上的人聚敛，在下的老百姓便有钱荒之患。差役之害，在于民常在官，不得专力农事，而胥吏从中作奸。……两害相权，轻重略等，现在要以彼易此，人民未必欢迎。……”
苏轼很婉转地说开了一个头，还没提出正面的意见，司马光便愕然问道：“那么，如你所说，计将安出？”
“法相因则事易成，事有渐则民不惊。”苏轼先举原则，然后以兵役作例来做说明：“三代之法，兵农合一，到秦时才分而为二；唐朝中叶，把府兵废为长征卒，从此民不知兵，兵不知农，农人拿出谷帛来养兵，兵用性命来保卫老百姓的身家，天下称便。我想，即使圣人复出，怕也不能变易。现行的免役法，与此相同。公欲骤罢免役，改行差役，恰如要罢佣兵而恢复民兵一样，恐怕不很容易。……”
苏轼稍稍停顿，看司马光不开口，接续说道：
“先帝本意，按民户大小出钱雇役，使老百姓可以专力农作，虽有贪吏滑胥，无所施其暴虐。坊场河渡，官自出卖，用这笔钱来雇用衙前，则人民可免仓库、纲运等破家之患。此万世之利，决不可变。
“不过，其中也有两项弊端，一是把这笔钱移作别用，二是拿宽剩役钱来争购坊场河渡，想赚不实在的涨价利益。这是王安石、吕惠卿的办法，并非先帝本意。
“相公如能彻底消灭这两项流弊，不必变法，则老百姓必然拥护相公，事亦易成。
“至于宽剩役钱，名为十中取二，事实上却已加半征收。相公如能把这额外的浮收全部豁免，同时准许老百姓用布帛谷米折纳役钱，各从其便，那么钱荒的毛病也就没有了。……”
司马光听后，默不作声，苏轼只得讪讪说道：“若照这样去做，天下称便，相公尚有何求。如其认为现在还不是时候，那么慢慢再斟酌，也不嫌迟。”
司马光成见很深，仍无言语。
苏轼后来调换话题，和他谈熙宁年间曾经实施过的给田募役法，那是用官田及宽剩役钱买民田来募役人，大略如边郡雇用弓箭手的办法一样。苏轼说他曾在密州推行过，人民称便。所以劝司马光恢复先帝曾行的此一办法，不过必须请发内帑，补足全国宽剩钱斛至三千万贯石，用以推行此法于河北、河东、陕西三路。数年之后，三路役人，可以减少一大半，如此培养民力，可备边境缓急之用。
司马光听了，尤不赞成。
这天谈话没有结果，但是苏轼不肯死心，第二天直接找到政事堂去，再向司马相公公开陈述他的反对意见。司马光心里不耐烦，脸上就不免忿然作色起来。苏轼也很气恼，反转来诘责他的态度：
“从前韩魏公（琦）创议于陕西路刺义勇，家有三丁者刺一丁，民情惊惧，军纪也受影响。当时公为谏官，极言不便，魏公怒形于色，公亦不顾，略无一言假借，这是苏轼以前听公亲口告知的。莫非公今做相，就不容苏轼尽言了吗？”（梧桐细雨文学网注：苏辙《东坡先生墓志铭》《龙川别志》记司马当时反对韩魏公的经过曰：“当时，司马光亦持札子至政事堂面诤，魏公曰：‘吾在此，君毋忧。’司马曰：‘光终不敢奉信，恐相公亦不敢自信耳。’魏公怒曰：‘君何相轻之甚耶！’司马曰：‘相公常在此座可也，万一他人在此，如何？’魏公默然，竟不为止。”）
表面上，司马相公只好强笑表示歉意，心里不免存了芥蒂。
司马温公面黄貌癯，而枯瘦自如，目光炯炯峻厉，鼻梁挺直，稀稀朗朗的胡子已经花白了，两只耳朵的耳轮，阔厚外向（〔明〕宋濂：《宋九贤遗像记》。），使他整个神态，显得坚强而有劲力，很少有人敢于在他面前争论，争亦无用。
役法，在宋代政治制度中，是件大事，朝廷为了详定役法，设了一个专门机构的役局，负责研讨役法的改订，苏轼也是被诏派参加的一员。在会议中，他屡与局中官员如孙永、傅尧俞辈激烈辩论，感情弄得很坏。至政事堂说司马丞相失败后，他就以与大臣主张不同为理由，乞罢此一兼差，状言：“臣既不同，决难随众签书，乞早赐罢免，俾议论归一。”虽然表露了他的硬汉作风，但也从此得罪了“相门”。
政事堂的争论，司马相公的脸色，是众目所共见的，负气请辞役局的差使，更加造成双方关系的恶化。
雇役法终于依照司马光的主张，明令罢废了，而且，命令限期五日之内，恢复已经停废了十六年的“差役”。一般朝臣看到这个命令，都觉得限期那么迫促，实在不合情理，独有开封府尹蔡京，居然如期报办。司马光大喜，嘉奖他道：“使人人能奉法如君，何不可行之有！”
谋自己出，适便小人逢迎，不幸而为范纯仁所言中。更不幸的是古往今来，凡是拥有权势的大人物，几乎很少有人伟大到能够排斥小人的阿谀奉承，贤如司马温公，亦属不免，可为浩叹。
苏轼喜欢戏谑，朝中公卿，一个一个都给起了诨号，独于司马光，一向敬服，不敢造次。这次争论役法，碰了一个大钉子，心里非常气愤，争罢回家，一面卸巾弛带，一面恨恨地连声呼叫：“司马牛！司马牛！”（〔宋〕蔡绦：《铁围山丛谈》。）
据说，还有一次，苏轼与司马光论事不协，轼说：“相公此论，故为鳖厮踢。”司马听不懂他说什么，还问：“鳖何能厮踢？”
“是之谓鳖厮踢！”苏轼冷冷作答。（〔明〕王世贞：《调谑编》。）