元祐元年三月，以吏部侍郎李常为户部尚书；以中书舍人胡宗愈为给事中；以苏轼接替胡宗愈的遗缺，特诏：免试为中书舍人。
宋朝的政制，以二府——中书省和枢密院及计省三司使为中枢政治的中心，直接隶属于皇帝。枢密院主管天下军马，计省三司使掌理全国财政，除此以外的一切庶政，全部集中于中书省，而中书省又设于禁中。所以中书舍人的职责非常重要，宋朝官制大抵沿袭盛唐，《唐百官志》：
中书舍人参议表章，百官奏议、考课皆预裁焉。
宋代亦然。凡事先经给事中书读，并经中书舍人书行者，才将原本留省，录黄过尚书省给札施行。不过唐制只有给事中始得封驳，而宋朝则中书舍人认为不可行时，亦可不书而执奏，称为“缴驳”，实际上，具有除军马财经外的全国政务之审核的权力，所以宋有俗谚说：“不到中书不是官。”
苏轼在还朝三四个月的时间内，扶摇直上，一再升迁，这事即使他本人勇于自用，不怕权高责重，但也不能不凛于官场中树大招风的忌讳，所以颇为踧踖不安，立即具状恳辞，有曰：
起知登州，到任五日而召以省郎，半月而擢为右史。……今又冒荣直授，躐等骤迁，非唯其人既难以处，不试而用，尤非所安。
中书舍人这一职务，不但是宰相的属官，而且例兼“知制诰”，代拟王言。所以按照宋朝的定制，“知制诰”必先考试而后任命。宋朝开国百余年来，免试任命者，只有陈尧佐、杨亿、欧阳修三人而已，现在苏轼也得特旨免试而用，使他十分不安，同时更畏惧政治圈子里的时忌。（梧桐细雨文学网注：欧阳修《归田录》：“国朝之制，知制诰必先试而后命，有国以来百年，不试而命者，陈尧佐、杨亿及修忝预其一耳。”）
但是他辞不掉，只得拜表就任，仍改赐章服。上表谢曰：“右史记言，已尘高选；西垣视草，复玷近班。皆儒者之至荣，岂平生之所望。”
中书舍人这职务，最难的是写作“外制”。自唐至宋，有个惯例，中书舍人承受词头后，就须在省中起草付吏，一直到写成告命，从不耽搁到第二天。担任这个工作的人，自非具有“捷才”不可。（梧桐细雨文学网注：洪迈《容斋随笔》“外制之难”云：“中书舍人所承受词头，自唐至本朝，皆只就省中起草付吏，逮于告命之成，皆未尝越日，故其职为难。”）苏轼纵然笔快，但文件太多，仍是苦事。到后来白天来不及写时，也只好开夜车把“词头”留到灯下来写，常常写到半夜才睡。这时期，曾布（子宣）托他作篇塔记，他复信诉苦道：
塔记非敢慢，盖供职数日，职事如麻，归即为词头所迫，卒以夜半乃息。五更复起，实未有余暇。乞限一月，所敢食言者有如河。愿公一笑而恕之。
四月，以吕公著为尚书右仆射兼中书侍郎。诏起元老文彦博平章军国重事，班列宰相之上，以辅助多病的司马光。
新任御史吕陶上章弹劾司农少卿范子渊，元丰时提举河工，靡费巨万，而所筑护堤崩塌，溺死无算，堤工卒无所成，乞行废放。多少年来，中枢实施错误的治河方法，浪费国帑，牺牲民命，是苏轼一再激烈反对的政策之一，看了吕陶的弹章，对于这种漠视人民生命财产的官僚，激起了如火的愤怒。他挥笔作《范子渊改知峡州敕》，有曰：
汝以有限之财，兴必不可成之役；驱无辜之民，置诸必死之地。横费之财，犹可以力补；而既死之民，不可以复生。
痛快淋漓，成为传诵一时的名言。
苏辙初任右司谏，以为自王安石变法以来，台谏官过分嚣张，朝士们“一言被及”，马上就逐出中枢，政风因此大败。他倡言朝廷应加约束，使台谏们亦知自律。
苏辙开始行动，首上《乞选用执政状》，同时弹劾左右二相，指左仆射蔡确出身狱吏，“??佞刻薄”；论右仆射韩缜，“识暗性暴，才疏行污”；再论张璪、李清臣、安焘，说他们都是斗筲之人，“持禄固位，安能有为”。
凡七状攻下右相韩缜，五月，再上状《乞诛窜吕惠卿》，指他诡变多端，见利忘义。
朝命吕惠卿降官光禄卿，分司南京，苏州居住。大多数朝臣认为这样处分太轻，苏辙、王岩叟、朱光庭、王觌、刘挚等交章痛劾，苏辙且把吕惠卿举发王安石私书的丑事，也揭发出来，对这种卑鄙的小人行径，施以无情的挞伐。
于是，吕惠卿再行责降为建宁军节度副使，建州安置。词头始下中书，据说，按照轮值次序，此供该由刘攽（贡父）草制。
苏轼大嚷道：“贡父平生做刽子手，今日才得斩人。”
贡父知道苏轼有一肚皮积愤，非吐不快，所以推说身体不舒服，乘间溜走，苏轼就把这件公事接过手来，痛快淋漓地历数吕惠卿的罪恶。（〔宋〕朱弁：《曲洧旧闻》。）撰“责词”曰：
吕惠卿以斗筲之才，穿窬之智，谄事宰辅，同升庙堂。乐祸贪功，好兵喜杀。以聚敛为仁义，以法律为诗书。首建青苗，次行助役、均输之政，自同商贾；手实之祸，下及鸡豚。苛可蠹国害民，率皆攘臂称首。
先皇帝求贤如不及，从善若转圜。始以帝尧之仁，姑试伯鲧；终焉孔子之圣，不信宰予。发其宿奸，谪之辅郡；尚疑改过，稍畀重权。复陈罔上之言，继有砀山之贬。反复教戒，恶心不悛；躁轻矫诬，德音犹在。
始与知己，共为欺君。喜则摩足以相欢，怒则反目以相噬。连起大狱，发其私书。党与交攻，几半天下。奸赃狼藉，横被江东。
至其复用之年，始创西戎之隙。妄出新意，变乱旧章。力引狂生之谋，驯至永乐之祸。兴言及此，流涕何追。迨予践祚之初，首发安边之诏。假我号令，成汝诈谋。不图涣汗之文，止为款贼之具。迷国不道，从古罕闻。尚宽两观之诛，薄示三危之窜。国有常典，朕不敢私。
苏轼这篇责词，固然写得大为快意，而读者也觉得“利如并剪”，天下传诵。但就个人的利害而言，则其后果，无异于在自己前途上，遍插荆棘，从此以后，终生都在荆棘丛中行路了。只有像苏轼这样的人才会做如此傻事，官僚决不肯为。
苏轼为谏官，勇猛更如出山之虎，一鼓作气，扫荡群奸。他对王觌说：“张璪天资邪佞，易以为奸，宜除去。”连章攻击，至七月，张璪遂遭罢斥。张璪于诗狱案时，为知谏院兼侍御史知杂事，同时受命与李定、何正臣、舒亶共为杂治该案的四凶之一。
再说李定，本已降责：“李定备位侍从，终不言母为谁氏，强颜匿志，冒荣自欺。落龙图阁直学士，守本官分司南京，许于扬州居住。”苏轼不服，缴进词头，与同官范百禄状奏曰：
臣等看详李定所犯，朝廷勘会得实，而使无母不孝之人，犹得以通议大夫分司南京，即是朝廷亦许如此等类得据高位，伤败风教，为害不浅。所有告命，臣等未敢撰词。（梧桐细雨文学网注：王明清《挥麈录》：“吕吉父（惠卿)守延安，过阙，乞与枢密院同奏事。上亲批：‘弼臣议政，自请造前，轻躁矫诬，深骇朕听，免朝辞，疾速之任。’已而落职知单州。”苏轼行制本此。）
于是，再被谪放滁州。这件事，很易被人误会是苏轼报复诗狱的仇怨，实则未必尽然。宋是盛倡以孝道治天下的时代，苏轼深沐儒学教化，对于悖伦常者，疾视如仇，是其基本观念，并非只对李定如此。同时有旨贬谪虐母的张诚一提举江州太平观案，苏轼一样反对，认为像这种“恶逆不道之人，虽肆诸市朝，犹不为过”，不肯撰告。反之，如程遵彦事母至孝，他便据此状请擢用。这都是“孝治之极，天下顺之”的时代里，一种维护伦理道德的行动，并不完全出于私人的恩怨。
七八月间，司马光告病在假，范纯仁因为国库空虚，支应匮乏，奏请再立常平钱谷给敛出息办法，俾沾国用。
其实，这办法即是恢复已废的青苗法，不过换个名目，遮人耳目而已。章上，台谏刘奏、上官均、王觌、苏辙交章反对。
司马光在病中，未经详细考较，也曾札奏赞成纯仁此议，至案下中书省，苏轼即上《乞不给散青苗钱斛状》，揭穿纯仁“偷天换日”的把戏，略曰：
熙宁之法，本不许抑配，而其害至此，今虽复禁其抑配，其害故在也。农民之家，量入为出，缩衣节食，虽贫亦足。若令分外得钱，则费用自广，何所不至。许人情愿，未免设法罔民，使快一时非理之用，而不虑后日催纳之患。
他举述当年从政地方，亲眼目睹的经验说，不肖官吏，每趁放款时期，必令酒务设鼓乐倡优，或关朴卖酒牌子，诱惑借到青苗贷款的农家子弟，前来玩乐，那些农民不明利害，常有将贷款花光，徒手而归者，作为非理之用的事证。又曰：“每放青苗，酒课暴增。臣所亲见，二十年间，因欠青苗至卖田宅、鬻妻女、投水自缢者，不可胜数。”所以他请求不要再贷放青苗钱，盘剥老百姓，留下的旧欠，也请准于每届丰熟收成时，分五年归还，他们这许多年来，付出的利息已经很多，所以，对于四等以下贫户，应该一律放免。
其时，台谏们也一再上章乞罢此议，事情闹大，司马光才注意到事不可行，力疾请对，在太后帘前奏道：“是何奸邪，劝陛下复行此事？”
范纯仁也在殿上，心想这个建议是经你同意札奏的，现在却说这样的话，心里很是愤怒，但在天子之前，执笏却立，不敢说话。太皇太后从议，诏复常平旧法，青苗钱更不支俵。
司马光当朝，凡是王安石、吕惠卿所建立的新法，无不铲除务尽，对于熙宁年间执行新法的大臣，也抱着彻底清除的成见。程颐对他说：“作新人才难，变化人才易。现在这些都是可用之才，而且人岂甘心为小人？若宰相用之为君子，谁不为君子？此等事欲他们自做，未必不胜如吾曹。”
范纯仁也主张：“消合党类，兼收并用。”
然而，司马相公的成见牢不可破，他是“泾渭分明，不稍假借”。当时的朝士如曾子开、侯仲良等事后都说，假如程颐、范纯仁的意思，得被温公采纳，必无后来绍圣年间的报复之祸。
这一时期种下的另一恶因，则为对少年嗣君（哲宗）的忽视。皇帝已渐长大了，但朝事一切进止，但向太皇太后取决，非但不征皇帝同意，甚至皇帝指着问了，大臣也不具对。苏颂看到这种情形，觉得很危险，尝对诸大老说：“不要这样纷纭多变，到皇帝长大时，谁任其咎呢？”这话，哲宗似亦微有所闻，所以后来亲政时，便说：“朝臣中只有苏颂最知君臣之礼。”论及太皇太后垂帘时期的政事时，哲宗说：“朕只见臀背。”（〔宋〕蔡绦：《铁围山丛谈》。）可见这青年皇帝的心里，藏怒宿愤，早已种因此时。
类此的忠告，也有人对司马光当面说过：
“熙丰旧臣，多憸巧小人，将来若是有人以父子之义离间皇上和太后时，则大祸起矣。”
然而司马丞相只是危身正色答道：“天若祚宋，必无此事。”
以道德文章而论，司马光固是天下第一流人物，但以政治能力来说，则不无疑问，如三朝名臣韩琦便批评过他：“司马君实才偏量窄。”程颢也说：“君实自谓如人参甘草，病未甚时可用，病甚则非所能及。”（〔宋〕朱熹：《二程语录》。）
而宋至元祐，内忧外患，病已甚深，司马光实在不是一个救时的国手。
至于苏轼之为中书舍人，也很难适应严格的官僚制度。从来文人都不适于从政，搞政治的人，首重实际利害，而文人只管发挥自己的理想。做官的人要用传统的典常来约束一切，而文人则重视自由意志的考虑，不屑规例。苏轼生有极为坚强的个性，其不适于从政，尤其如操持中书省这样需要最高幕僚技术的实际政务，就处处露出破绽来了。
苏轼初至中书，当时的执政当局，因为中书省的公事常有泄漏，所以要在舍人厅的后面，筑一道露篱，禁与同省其他部门往来。这本来是一件必要的保密措施，但他看不惯这种作风，便说：
诸公应须简要清通，何必栽篱插棘。
这个篱笆虽然暂时停工，但至明年还是筑了，他还大发牢骚，说《白乐天集》有这样一段话：“西省北院，新构小亭，种竹开窗，东通骑省，与李常侍窗下饮酒作诗。”可见唐朝时，可以西掖开窗以通东省，而现在则本省之内都不能自由往来，觉得可叹——由这件小事，可见他实在不通实际政务。（〔宋〕苏轼：《东坡志林》。）
古时的成文法，不如现代完备，所以幕僚业务的法宝，是遵循典故，援引成例。但是苏轼认为世事复杂多变，不能以典常成例当作永远不变的金科玉律，天下没有任何标准，足以适应万事万物。所以他要运用聪明来随机应变，觉得没有思想内容的典常则例，只是妨碍以自由意志来裁量庶政的一种束缚。
苏轼在中书与司马门人刘安世（器之）共事，安世是一个熟谙典章的官僚，每遇苏轼处事逾越分寸时，他必非常冷静地搬出典故来约束他，苏轼当时很生气，背后骂道：“何处把上曳得一个刘正言来，知得许多典故！”
把上，是农人乘以耕田的工具，相当于现在骂人为土包子的意思。安世听得此话，慨然道：“子瞻是怕典故的，但如任他但凭才气而变乱故常，总不可以。”
中国幅员太大，政治上向来有南北的地方成见。王安石领导的新党，都是南人，如蔡确、吕惠卿是福建晋江人，章惇是浦城人，曾布是江西南丰人，等等；而元祐的主干，自司马光、吕公著以至吕大防、刘挚等，几乎尽是北方人，因此，对南人不免歧视。当时，朝士间流传一句骂人的俗谚：“闽蜀同风，腹中有虫。”这句话不但骂了福建仔，也骂了四川佬。苏轼听了，遽然作色道：“书称立贤无方，何得乃尔！”
大名人刘安世冷冷地接口道：“我先前未曾听说过这句话，不过立贤无方，须是贤者才可以；如是中人以下者，安得不受土地风俗的影响。”
苏轼默不作声，心里则很不喜欢这个北方籍的乡下佬。（〔宋〕邵博：《闻见后录》。）
这个故事，充分说明文人从政与职业官僚的处事态度，根本不同。