元祐元年（1086）四月癸巳，王安石薨于金陵。
是年闰二月司马光拜相时，安石已经卧病在床。他的弟弟安礼带了朝报来看他，安石在病床上展读，他只慨然说了一句：“司马十二作相矣。”别的什么也没说。
后来陆续听到朝廷在频频废止他所创建的新法，他也夷然不以为意，从不说话。直到听到罢免役、复差役事时，他才愕然失声道：“连这个也罢了。”停顿好久，又缓缓接着道：“此法终究是不该罢废的。某与先帝反反复复讨论了两年，才付诸实行，此中利害，讲求无不曲尽，此法终不可罢。”
安石去世的噩耗传至京师时，司马光也在病中，他怕政治上的投机分子，乘势诋毁这位国家元老，赶忙在病床上倚枕作书给吕公著说：
介甫文章节义，过人处甚多。但性不晓事而喜遂非，致忠直疏远，谗佞辐辏，败壤百度，以至于此。
今方矫其失，革其弊，不幸介甫谢世，反复之徒，必诋毁百端。光意以为朝廷特宜优加厚礼，以振起浮薄之风。苟有所得，辄以上闻。不识晦叔以为何如？更不烦答以笔札，扆前力言，则全仗晦叔也。
朝廷追赠太傅，苏轼撰敕，竭诚推美。如言：
将有非常之大事，必生希世之异人。使其名高一时，学贯千载，智足以达其道，辩足以行其言，瑰玮之文足以藻饰万物，卓绝之行足以风动四方。用能于期岁之间，靡然变天下之俗。
又称其学术造诣曰：
少学孔孟，晚师瞿聃。网罗六艺之遗文，断以己意；糠粃百家之陈迹，作新斯人。
称朝廷对他的眷悼，则曰：
朕方临御之初，哀疚罔极。乃眷三朝之老，邈在大江之南。究观规模，想见风采。岂谓告终之问，在余谅暗之中。胡不百年，为之一涕。
安石薨逝之日，正是政治上极端的反对派当权之时，满朝尽是当年被他排挤的人物，饰终论典，何尝没有人不想乘机打一场死老虎！幸而司马光识得大体，苏轼也善代王言，元祐朝士胸襟气度的宽宏阔大，真不可及。
司马温公自与王荆公议政不合，退出中枢，居住洛阳，一十五年，邀约门人在独乐园里，专心著作《资治通鉴》，脱稿未久，就受宣仁太后的征召还朝，时已六七高龄，身体一向不好，拜相后工作繁剧，于是百病丛生。但他上则感激太后倚任之重，下则凛惧人民望治之切，无法顾及自己的病体，日夜孜孜，唯恐不及。他的门人弟子举诸葛亮“食少事繁，其能久乎”的故事来劝他，他则淡然说道：“死生，命也。”依然终日营营，不肯稍息。
太皇太后知道司马光力疾从公的情形，立即下诏免他朝参，准在禁城中乘轿，三日一入省。司马光认为“不敢当”，又说：“不见君，不可视事。”于是太后只好诏令：由他儿子司马康扶掖入对。这样的情形，何能持久，终于到了真正撑持不住的一天，他只好写信给吕公著说：
光以身付医，以家事付子，惟国事未有所托，今以属公。
遗憾的是病体拖延已经太久，继久疾之后，死亡便悄悄来到。
元祐元年（1086）九月初一，宋尚书左仆射司马光薨于位，享年六十八岁。还朝主政，为时不过一年，距王荆公之薨于金陵，亦只差迟四个多月而已。
温公薨日，皇帝方领大臣举行明堂祀典，朝臣以致斋，不能趋奠，至礼成降赦毕，参与祀典的三省官亟欲赶往司马相邸吊唁时，不料时任崇政殿说书的程颐，拦着众官道：
“《论语》：子于是日哭，则不歌。岂可贺赦才了，便去吊丧。”这时候旁边有人诘难道：“孔子说：‘哭则不歌。’没有说歌则不哭。”
苏轼平常就很讨厌这位拘泥古礼、不近人情的道学先生，这时再也按捺不住，便嘲笑程颐道：“此乃枉死市叔孙通所制的礼。”众官大笑。（〔宋〕彭百川：《太平治迹统类》。）
其时苏轼已受任翰林学士，作了祭文，不顾程颐的反对，和两制官一同前往祭奠。程颐看拦阻众人不住，便去跟司马家的孝子说：“不得受悼。”大家去碰了一个壁，很是生气。
苏轼又说：“可谓鏖糟陂里叔孙通。”（梧桐细雨文学网注：刘延世《孙公谈圃》“鏖糟陂里叔孙通”，考“鏖糟陂”为汴京城外地名，见吕希哲《吕氏杂记》。又东坡与王定国书有“欲自号鏖糟陂里陶靖节”语，可知此三字为东坡口头语，后人不知其由地名，又不解其意，妄改为“燠曹鄙俚”，应予订正。）
程颐为温公主办丧事，一切都遵古礼。用锦绸做囊，把遗体装在囊中为敛。
苏轼实在看不过去，便指着锦囊道：“还欠一物，当写信物一角，送上阎罗大王。”（〔宋〕张端义：《贵耳集》。）
伊川程子是个道貌岸然的人，面色淡黄，目有棱角，颧骨微收，一脸结实刚劲的神气，短短的白须在颊上如欲飞动，刚方庄重，凛然不可侵犯。（〔明〕宋濂：《宋九贤遗像记》。）苏轼却那样笑谑了他，这不但伤害了程颐的尊严，而且开罪了视程颐为圣人的一班洛学弟子，遗下后来无穷的后患。
程颐是司马光、吕公著两人会同荐举的河南处士。他十五六岁时，与其兄程颢从周濂溪学，为承袭宋学的代表人物，人称“二程子”，居学术界的领导地位。英宗、神宗两朝，大臣屡次推荐，他都拒不出任。元祐初，他因少年皇帝的教育，关系国家未来隆替，所以，以五十之年才出山来，要以成就君德为己任。初诏为西京国子监教授，力辞不就，元年二月再召为秘书省校书郎，入对称旨，改崇政殿说书。宋制：经筵讲官，地位高者为侍讲、侍读，秩卑资浅者为说书。程颐起于处士，故叙官仅得“说书”，他也不以为意。只是照他理想，动辄诵说三代古礼，言则必称尧舜孔孟，这迂夫子的样子在官场中却很惹人厌恶。苏轼和他同样不适于做官，但却相反，处处以精神自由为重的人，心里非常鄙薄程颐的矫揉造作，视之为伪君子；程颐看苏轼，则是一个浮薄文人，彼此都很瞧不起对方。
程颐在经筵为皇帝讲书，中间有段休息时间，移坐殿旁小轩。哲宗当时还是一个十一岁的孩子，闲着，靠在窗槛上，随手折了一条柳枝来玩。这本是平常小事，不料程颐便拉长了脸告诫起来，说什么时当春和，万物发生，不可无故折柳，致伤天地和气等，噜噜苏苏一大套，说得少年皇帝很不高兴，把那条柳枝恨恨地掷在地上。司马光听得这个报告，便很感慨地对门人批评道：“使人主不愿亲近儒生，正因为有这等样人的缘故。”（〔宋〕沈作喆：《寓简》。）
其实，一般人都有同样的观念，所谓道学家，上焉者自立崖岸，高不可攀；下焉者，冬烘猥琐，不过供人讪笑。程颐的作风，远不如他的老哥程颢通达，他那种僵硬顽固的态度，即使同是研治天人性命之学的洛学泰斗邵雍（康节），也认为伊川已经钻入牛角尖里，救拔甚不容易。
相传，邵康节病亟将殁，程颐赶去向他问“道”，康节笑道：“正叔，你这人可谓生在姜树头上，将来亦必死于姜树上。”
“此话怎解？”程颐没能听懂。康节张开两手示意，他还是不解。康节说：“面前路径须令宽，路窄时，自身且无着处，何能使别人行？”
然而，他自立朝以来，所言所行，却仍然是最狭窄的路径，生姜树头的三代古礼。
程门弟子认为苏轼侮辱了老师，就诬言苏轼欲主办温公的丧事，为程颐所得，因此生了妒嫉之心。这是卑劣的人身攻击，苏轼也不必以主办丞相的丧事来增高自己的身价。另有一种批评：
“子瞻，温公门下士也，闻其捐馆，不见有惨切之容，悼惜之语，而轻浮谑笑，无异平时。”（〔宋〕李秀岩：《道命录》。又方鹏《责备余谈》。）
不论苏轼对程颐的谑笑，原系极端鄙薄的变形发泄，然而，身临丧家，态度总欠庄敬，这还不失是一种合理的批评。
司马光饰终之典，非常隆重，太皇太后和皇上都亲临吊奠，同时辍朝三日志哀。赠太师温国公，予谥“文正”，襚以一品礼服，赐龙脑水银棺敛，赙赠银三千两，绢四千匹，派员护丧，归葬于他的故乡——陕州夏县之涑水乡。
司马既逝，朝中大事裨倚右相吕公著，再以吕大防为中书侍郎，刘挚为尚书右丞，辅佐公著。
吕大防，字微仲，原籍汲郡，生长在京兆蓝田，是个朴实厚重的北方人。身长七尺，眉目英秀，说话声若洪钟，每日朝会，在殿廷趋跄进退，威仪翼翼，神宗往往目送其退。
大防为人，态度严肃，过市，从不左顾右盼，平时家居，终日如对宾客。在执政中，不免有人以私事干请，他便正身危坐，只听不答，不论多久，绝对不发一言，所以，他有个绰号叫“铁蛤蜊”。（〔明〕黄宗羲：《宋元学案》。）
苏轼与大防向来交好。后来，苏辙在朝，与大防合作得更是非常密切，刘挚则成为逆派的领袖，与苏氏兄弟完全对立了。