元祐二年（1087）八月，朝廷得到一件莫大的喜讯。
边臣游师雄以种谊军入洮州，生擒吐蕃首领青宜结鬼章，余均降抚。捷报到京，这是宋朝立国以来，受尽边境寇患，第一次获逮元凶的胜利，人心振奋，大家计划拜表称贺。
西蕃部落中，以唃厮啰最称强大，朝廷封他西平王，用为屏藩。唃厮啰死，其子董毡非常桀黠。神宗朝，建昌军司理王韶献平戎策，建议利用他们家族间夺权的混乱，进兵剿治，虽然收复了若干城池，但是董毡的主力未动，而董的别将青宜结鬼章，就经常前来骚扰河州，岁为边患。神宗曾命李宪悬巨额赏金，购买他的头颅，十年不得。
这一次鬼章有意收复该族前失的故土，与西夏结合，约于事成后共分其地，遂引兵攻南川，城洮州，又派人鬻马于汉界，要结合属羌做他的内应。种谊得到情报，知道鬼章所驻洮州城内，兵力单薄，而西夏兵又远水不救近火。于是，种谊便与边将游师雄和熙河经略刘舜卿合议，分兵两路，一直追到洮州把城包围起来，乘有一天大雾，种谊亲自指挥攻城，雾散，城也破了，鬼章坐在佛寺中，束手被擒。
但是，鬼章虽然被擒，而西蕃的主力阿里骨退走青塘，这一路兵打得怎样，还没有消息。苏轼在满朝官僚们一片阿谀声中，独以为“偏师独克，固亦可庆”，但是阿里骨的巢穴未破，称贺不免太早。而且他更认为“捷奏朝至，举朝夕贺”，适足以助长边军将骄卒惰的风气。这样的议论，恰给众人热烘烘的兴头上，泼上一桶冷水，百官朝贺照样举行，他则不免为人侧目。
西夏接应鬼章的军队，行至半途，听说鬼章已经被擒，急忙回头，沿途抢掠而去，一面却又遣使请和，执政当局有意接受西夏的要求。苏轼再上第二道札子，他说，猖狂之后，不能任其有求必获，我们虽然以和平为国策，但是“为国不可以生事，既生事不可以畏事，今欲遽纳夏使，是病未除而先止药”。这意见显然和执政当局发生冲突，然而他则“我言我见”，不顾一切。
同月下旬，他又三上札子，反对边将贪功生事，请求朝廷节制进取。他更反对留质或杀戮鬼章，以为势必激使他的旧臣与阿里骨会合，北交西夏，合力报仇，“进窥熙河，其患甚大”。所以，他又四上建议：利用鬼章号召他的旧部来讨伐阿里骨，事成，许以生还！此正所谓“以夷制夷”之计。
被擒的青宜结鬼章，于同年十一月槛送阙下，献于崇政殿，谕以听招其子及其部属归附以自赎。鬼章表示服从，赦之，赐职陪戎校尉，遗居泰州。至于西夏的求和，执政当局还是接受了。
接着来的是礼部郎中叶祖洽改官案，这本来是件细事，但给事中赵君锡偏偏要把这十八年前的旧事牵扯出来，认为叶祖洽改官不当，予以封驳，理由是他当年进士廷试的对策，有讪及宗庙之语云云。叶祖洽应进士试，殿试对策，一意投合执政当道的意思，说：“祖宗以来至于今，纪纲法度苟简因循而不举者，诚不为少，陛下即位，革而新之。”接下去则颂扬王安石、吕惠卿辈为忠智豪杰之臣。当时的初考官即是吕惠卿，定祖洽为第三等，中在甲科，且置于第一名及第；覆考官宋敏求定为第五等，应该黜落。苏轼时任编排官，认为用诋毁祖宗来颂扬今上，竟可大魁天下，何以端正风气，也奏请黜落，并且自拟一道“答进士策”献呈神宗，神宗拿给王安石看，安石说苏轼“所学不正”，遂无下文。
现在事隔十八年，赵君锡再把这件旧案牵扯出来，三省同奉圣旨，令翰林学士、中书舍人、谏议大夫共同参定。苏轼今日的看法，则已与当时不同，苏轼现在认为，政治社会中，士人为谋求出身，谀附权势，是平常之至的现象，不必深究，倒是言语罗织，正是目前官僚群惯使的武器，为害政风甚大，为消灭赵君锡辈阴谋建立“语言罪人”的事例，复奏曰：“臣愚今详君锡所驳，极为未允。臣取祖洽印本试策寻究，即无讥讪之言，不知君锡何以见其讥讪？”
后来，祖洽也上章承认“苟简”二字是说错的，“减落”出为淮西提刑。
十二月又试馆职，苏轼撰“策问”题：
……请借汉而论之，西汉十二世而有道之君六，虽成、哀失德，祸不及民，宜其立国之势，强固不拔，而王莽以斗筲穿窬之才，谈笑而取之。东汉自安、顺以降，日趋于衰乱，而桓、灵之虐，甚于三季，其势宜易动，而董、吕、二袁，皆以绝人之姿，欲取而不敢。曹操功盖天下，其才百倍王莽，尽其智力，终身莫能得。夫治乱相绝，而安危之效，相反如此。愿考其政，察其俗，悉陈其所以然者。
这次考试，苏轼得一安州廖正一（明略），榜下，除秘书省正字。苏门四学士外，苏轼非常看重明略。
台谏官们并不放过这个机会，监察御史杨康国言：
学士院撰到召试廖正一馆职策题，王莽曹操所以攘夺天下难易，莫不惊骇相视。撰题者，苏轼也。
又监察御史赵挺之奏：
苏轼举自代，荐黄庭坚，庭坚罪恶尤大，尚列史局。按轼学术，本出《战国策》苏秦、张仪纵横揣摩之说，近日学士院策试廖正一馆职，乃以王莽、袁绍、董卓、曹操篡汉之术为问，公然欺罔二圣之聪明而无所畏惮，考其设心，罪不可赦。
赵挺之此奏，辞连黄庭坚，盖此苏轼当众对他恶评，系得之于庭坚，仍然是公报私仇那一套，不足为奇。
翌年正月，王觌奏：
苏轼长于辞华，而暗于理义。若使久在朝廷，则必立异妄作。宜且与一郡，稍为轻浮躁竞之戒。
这些奏疏，太皇太后看厌了，“留中不报”，但是苏轼本人不会完全不知道。赵挺之说“使轼得志，将无所不为”；王觌说“轻浮躁进，宜且与一郡”。苏轼忍着这一切侮辱，不愿辩白。《答刘贡父》述其此时心境曰：
某江湖之人，久留辇下，如在樊笼，岂复有佳思也。人情责望百端，而衰病不能应副，动是罪戾。故人知我，想复见怜耶？
这年冬天，他的眼病忽又复发，时间迈入元祐三年的正月，朝廷又诏苏轼权知是年礼部的贡举。宋人习称“省试”，从全国的举人中考选进士和明经，这是全国高等文官考试，规模与馆职试大大不同。嘉祐二年（1057），礼部侍郎兼翰林侍读学士欧阳修知贡举，选拔了苏氏兄弟，事隔三十一年，苏轼也于元祐三年（1088）正月二十一日领礼部贡举事了。玉尺抡才，是儒臣荣显的任务，苏轼全心全力要把这件工作做好。
上年冬末，汴京大雪成灾，方圆数千里内，农夫失业，商旅不行。到开春以后，天气还是很坏，不但雨雪交作，而且酷寒逾常。古人相信这是上天所示的警告，所以朝廷照例诏求直言。
苏轼为了争议役法，得罪过当朝宰相司马光，仍然改行差役。差役不好，人人知道，台谏官们之所以不说，在当时是为逢迎相意。司马逝世后，他们以为太后一定要维持司马生前的旧政，仍不敢说。苏轼对于此事，耿耿于怀，也曾屡与执政大臣们提起，虽都接受他的意见，但以纷更为不便，并无结果，现在朝廷诏求直言，他就决然上了《大雪论差役不便札子》。
苏轼此札，虽然无用，但是伤了台谏的权威，且使司马门人更加把他当做“叛徒”看待了。