苏轼等过岭诸人的祸患，似乎还未“到此止步”。
继公开谪责之后，章惇辈“必欲置之死地”的魔掌，就偷偷伸出来了。
绍圣五年二月，章惇、蔡京议派吕升卿、董必察访岭南。这升卿是吕惠卿之弟，他家兄弟与苏氏昆仲有刻骨深仇，一旦落入其手，岂有生理？董必本为荆湖南路常平，在衡州按查孔平仲，连毙三命，更是著名的刽子手。章惇起用吕、董二人按察两广，意欲尽杀流人，则已显而易见。
幸而曾布天良未泯，一日，朝罢独留，对皇上进言道：
“闻遣升卿辈按问，岂免锻炼？况升卿兄弟与轼、辙乃切骨仇雠，轼、辙闻其来，岂得不震恐？万一望风引决（自杀），岂不有伤仁政？升卿凶焰，天下所畏，又济之以董必，必在湖南按孔平仲殊不当，今仍选为察访，众论所不平。”
又左司谏陈次升也于奏事毕，进前言曰：“元祐臣僚，今乃欲杀之耶？”皇上答曰：“并无杀人的意思。”次升才续奏道：“升卿乃惠卿弟，今使指于元祐臣僚迁谪之地，理无全者。”
于是，哲宗对章惇等谕曰：“朕遵祖宗遗志，未尝杀戮大臣，其释勿治。”
吕升卿广南东路察访之命，遂此罢行，而董必则由东路改使西路。北宋将全国分十五路行政区域，广南西路辖属雷、琼、儋、崖四州。董必使西路，其将为祸轼、辙则已无可避免。
随后，中书舍人蹇序辰上疏说：“司马光等从前所为，变乱典刑，改废法度，讪黩宗庙，睥睨两宫等罪恶，着于当时的章疏案牍，散在各个有司衙署。今若不加汇辑，日久必难查考。请全部检讨奸臣们的所言所行，选官类编，人为一帙，置之二府，以示天下后世，俾昭大戒。”于是，就命蹇序辰、徐铎负责编辑，元祐群臣的施行文书，章疏书牍，自元丰八年四月至元祐九年四月十二日止十年间的旧案，纤屑不遗，皆被搜集，汇为一百四十三帙。由是按图索骥，前朝缙绅之士几乎没有一人得能脱祸了。
四月，蔡京等上宝玺，名曰“天授传国受命宝”。五月，御殿受玺，行朝会，减罪囚，紫宸殿大宴群臣，朝堂里一片洋洋喜气。诏告天下，自绍圣五年六月戊寅朔起，改元为元符元年。
元符元年（1098）七月，再诏范祖禹徙化州（即今广东化州市），刘安世徙梅州（即今广东梅州市），苏辙徙循州（东江上游、惠州之东北）——这是董必到岭南来按问的结果。
祖禹于同年十月十日死于贬所，年仅五十八岁。元祐后期，苏轼在朝中志同道合的同官，只有祖禹一人，今在儋州闻其讣告，不觉号恸痛哭，给祖禹的长子范冲（元长）函道：“闻讣恸绝，天之丧予，一至于是，生意尽矣。”又曰：“流离僵仆，九死之余，又闻淳夫先公倾逝，痛毒之深，不可云论。”
祖禹、安世等本人遭难之外，诸子并皆勒停（免官），永不收叙。所以，苏轼后又长函范冲，劝他“先公已矣，惟望昆仲（次子范温，为秦观之婿）自立，不坠门户。……与先公相照，谁复如某者，此非苟相劝勉而已，切深体此意”。
范冲求苏轼为父作传，轼沉痛作答曰：“所论传，初不待君言，心许吾亡友久矣。平生不作负心事，未死要不食言。然今则不可，九死之余，忧患百端，想蒙矜察。”又暗示道：“海外粗闻新政，有识感涕。”范冲此请，本欠老成，在这个样子的黑暗时期，要苏轼为祖禹作传，祸随笔起，怎能着手！
章惇必欲致范、刘于死地，叫蔡京设法除此二人。安世到了梅州贬所，蔡京就派人跟着南下杀刘。陈衍劝说使者不如胁逼安世自裁的好，安世却不为所动。蔡京又特意觅了一个当地的土豪，将他擢为转运判官，命往杀刘。判官受命疾驰，梅守又派人来劝安世自己作个了断。判官将至，刘家阖门号泣，安世却饮食起居如平时，不愧是个铮铮铁汉。不料是夜，这个土豪忽然急病呕血而死，安世因此获免。真是“命好”！
苏辙在雷州，因为政令不许占住官屋，所以张逢帮他租借太庙斋郎吴国鉴的宅子居住。不到半年，便被段讽检举，说他“强夺民居”。绍圣五年三月，董必到了雷州，按察此事，要追民究治，幸而苏辙拿得出租赁契约，才没话说。董必就奏劾雷守张逢于苏氏兄弟到时，同本州官吏至门首迎接，招待轼、辙在监司行衙安泊，次日送酒筵去接风，后来又帮苏辙租屋，每月一两次地送酒馔到辙处管待，差役七人供事等等；海康县令陈谔差杂役工匠为苏辙租住的宅子大事装修，又勒令附近居民拆除篱脚，开阔小巷，通行人马，以便回避苏辙所居门巷等等。
结果是诏移苏辙循州安置，雷守张逢被勒停（免职），海康令陈谔特冲替（改调）。本路提刑梁子美与苏辙是儿女亲家，不申明回避与其余监司以失察的罪名，各罚铜三十斤。
果然，雷州按察事告一段落，董必立即要遣官过海，查治昌化军使张中修伦江驿事。从这件案子，当然就可以把苏轼牵扯出来。用土豪做转运判官谋杀刘安世的手段，已有先例，人人要为苏轼捏一把冷汗。
董必的魔掌将及苏轼，幸而出现了一个救星。据说董必的随员中，有一潭州人彭子民，甚得董必亲信。当董必要派人过海，彻治张中案时，彭对董流着眼泪劝道：“人人家都有子孙！”（〔宋〕王巩：《甲申杂记》。）
董必醒悟过来，只派一个小使臣过海。章惇的政府有流人不许占住官屋的命令，所以小使臣就根据这道行政命令，将苏轼父子逐出官舍，尚无其他诛求。
被逐出屋后，父子二人无地可居，偃息于城南南污池侧，桄榔林下者数日。东坡偃息桄榔林中，则曰：“尚有此身，付与造物，听其运转，流行坎止，无不可者。”（《答程秀才（天侔）书》。）其超然自得，了无愠色如此。
后来，就在那儿买了一块空地，自己造屋。
朋友中特别是黎子云和符林两家子弟十余人，都来帮他运甓畚土；王介石更出全力相助。《与郑靖老书》说：“起屋一行，介石躬其劳辱，甚于家隶，然无丝发之求也。”
军使张中来观，也卷起袖子来帮做畚锸的工作。次月（五月），坐落城南的一栋简单的住屋就造好了。五间平房，一个龟头。苏轼名之曰“桄榔庵”，摘叶书铭，以记其处。
《与郑靖老书》述造屋事曰：
初赁官屋数间居之，既不可住，又不欲与官员相交涉。近买地起屋五间、一龟头，在南污池之侧，茂木之下，亦萧然可以杜门面壁少休也。但劳费窘迫耳。
又《与程儒（天侔子）书》云：
赖十数学生助工作，躬泥水之役。愧之，不可言也。
搬进新屋去后，家用器物皆无，邻里黎、符两家都从自己家中用的分点出来送给他们。苏轼《和陶和刘柴桑》诗说：
万劫互起灭，百年一踟躇。
漂流四十年，今乃言卜居。
且喜天壤间，一席亦吾庐。
……
苏轼这一席之庐，据他与程秀才书简说：
新居在军城南，极湫隘，粗有竹树，烟雨濛晦，真蜑坞獠洞也。
新居墙之东北，有一树老楮，枝叶旺长，遮挡眼界。苏轼有意将它伐去，细思“孤根信微陋，生理有倚伏”（诗：《宥老楮》），终于不忍砍此大自然中的同一生物。
住定后，又雇了三个蓬头的当地人，整治出一个菜园来，自己种些韮菜、黄菘；西边掘个粪坑，储积水肥；东边开个水源，用以浇菜。苏轼说：“人间无正味，美好出艰难。”亲手种出来的东西，总是好吃的。不过，自种蔬菜，眼看它慢慢长大起来，“未忍便烹煮，绕观日百回”，又舍不得割来吃了。（《和陶西田获旱稻》及《和陶下潠田舍获》诗）
七月，苏轼才知道老弟再徙循州的消息。循距惠州七百里，荒僻寥落，言语不通，饮食无有，而且从惠州到龙川的那条水路非常狭隘，艰涩难行。这条路，苏迈、苏过都曾走过，所以苏轼立刻设法通知苏迈，令苏辙一家路过惠州时，挽留他家眷口就在白鹤山庄住下，一切有迈可以照顾。
苏辙于六月间自海康启程，冒大暑水陆行数百里，困惫不堪，就接受老兄的安排，将家眷留在惠州，独携幼子苏远，葛衫布被，乘一叶小舟，秋八月到了循州贬所，住于龙川城东之圣寿僧舍。
也许由于新来乍到，找不到信使之便，直到九月十五，苏轼还得不到老弟一点讯息，心里忧虑不堪，只好端策问卦，用揲蓍古法，卜得“遇涣之内”：三爻初六变为中孚，兑上巽下，信发于中，谓之中孚；中孚之九二变为益，震下巽上，损上益下，故谓之益；益之六三变为家人，离下巽上，正一家而天下定。中孚有至诚之意；益卦虽是风雷动象，示播迁不宁，但有增足之益；家人卦有天伦安和之意。苏轼取文辞为断，自信对于此卦，研考精详，决不会错，心里大为安定。（本集：《书筮》。）
但是，朝中大局如此，兄弟两人，各困一隅，杀机四伏，皆是听凭宰割的命运，岂是经历一场播迁就能安然无事的？苏轼“粗闻新政”，不能不心如挂钩之鱼，惶恐不安。九月底，往游天庆观，谒拜北极真圣，祈神指示余生的吉凶祸福，求了一支签，签词曰：
道以信为合，法以智为先。
三者不相离，寿命已得延。
苏轼细绎签词的意思，“悚然若有所得”（本集：《书北极灵签》）。
苏轼这时候的惶恐，并非无端而至。因为蹇序辰等编纂的有关元祐朝臣的章奏文书，经过搜集和悬赏征求，甚少遗漏，共成一百四十三帙；形式上呈经皇帝过目后，他们正在一篇一篇地审阅，凡是涉及更改熙丰法制或文字可以罗织者，立即加以惩处，因此得罪的人，已有数千之多。
在此十年间，以文章报国的二苏，汇集的专卷一定最厚，随便抽出一篇来，任意加点解释，就可叫他们死有余辜。苏轼能不忧心忡忡？
到了元符二年（1099）九月，这个政治报复的血腥运动，更成立了专职机构——诉理局，有计划、有组织地大肆诛求罗织起来。事由安惇进言：
陛下未亲政时，奸臣置诉理所。凡得罪熙丰之间者，咸为除雪。归怨先朝，收恩私室。乞取公按，看详从初加罪之意，得依断施行。
这是很明显地要尽复十年前熙宁、元丰年间的旧案，包括已经赦免或昭雪的在内。蔡卞劝章惇专设这个诉理局，搜索检查一切旧档，命蹇序辰、安惇看详。因此，重新得罪者八百三十家，士大夫虽远在千里，也被官司会同逮捕、严刑侦讯，竟有很多人因清算而受钉足、剥皮、拔舌之苦。
政治这东西，一朝变成个人权力时，就没有不被滥用，亦几乎没有不血腥满地的。实际政治像头十分饥饿的怪兽，永远要吃掉其他任何东西，无休无止。
在此黑暗时代，民有二蔡（蔡卞、蔡京）二惇（章惇、安惇）之谣。二蔡二惇固然罪可通天，但是哲宗惑于女宠，将权力授于豺虎，而昏愦不省，终是不可原谅的。
在这一次再起的大风波中，原已编管横州的秦观，再徙雷州。少游凄怆作诗曰：“南土四时都热，愁人日夜俱长。安得此身如石，一时忘了家乡。”（〔宋〕释惠洪：《冷斋夜话》。）语极酸楚。张耒和晁补之都坐降为监当官。
吕升卿按察广南的任命，虽被曾布等拦住了，不能直接施毒于二苏。但是他的弟弟温卿，为浙江运使，便专捡与苏轼亲厚的人来下手，以泄私愤。先起钱世雄（济明）狱，又举发廖明略事，二人皆被废斥。后来有个僧人，与参寥有点嫌隙，举发参寥冒名使用度牒，其实他本名昙潜，是苏轼替他改名道潜。经查，果与度牒不符，径即判令还俗，编管兖州。（〔宋〕张邦基：《墨庄漫录》。）
此事发生之前，参寥原本打算带了他的徒弟颖沙弥度岭过海，到昌化来看望苏轼的。苏轼得书，连忙复书劝阻，书中言渡海当时的危险，是他来时亲身的经验。如云：
……转海相访，一段奇事。但闻海舶遇风，如在高山上坠深谷中，非愚无知与至人，皆不可处。胥靡遗生，恐吾辈不可学。若是至人无一事，冒此险做甚么？千万勿萌此意。颍师喜于得预乘桴之游，所谓无所取裁者，其言切不可听。相知之深，不可不尽道其实尔。自揣余生，必须相见，但记此言也。
在千年前交通困难的情况下，要从浙江杭州到海南岛来探望一个落难的朋友，这种风义，简直难以想象。苏过也深为感动，作诗附寄曰：“……道人航海曾何劳，久将身世轻鸿毛。只恐西湖六桥月，无人主此诗与骚。”（《斜川集》）
此函发后，参寥已经被迫还俗，编管兖州，当然也不能来了。钱世雄本来代为照顾苏轼宜兴的家属，被祸前，还寄“异士太清中丹”来给苏轼服用，现在，却都失去音讯了。
上年董必纠举昌化军使张中，派兵以修缮伦江驿就房店为名，实与别驾苏轼居住一案。元符二年二月，朝廷处分下来，张中被“冲替”（免职、另候任用），权知广南西路都钤辖程节、户部员外郎谭棪、提点广南路刑狱梁子美皆坐失察罪，各遭降级处分。
张中将去，轼作《和陶与殷晋安别》赠其行。人在孤苦中，同伴骤别，不比寻常，真有摧肝裂胆之痛，苏轼此诗，也非常凄怆。如曰：
孤生知永弃，末路嗟长勤。
久安儋耳陋，日与雕题亲。
海国此奇士，官居我东邻。
卯酒无虚日，夜棋有达晨。
小瓮多自酿，一瓢时见分。
仍将对床梦，伴我五更春。
暂聚水上萍，忽散风中云。
恐无再见日，笑谈来生因。
空吟清诗送，不救归装贫。
初送张中诗，虽记往来事迹，但仍透着无比的凄凉。
谁知张中这个性情中人，不忍抛撇苏轼父子，从三月初挨到是年十二月，一直逗留了十个月，迟迟其行。到此真已迫得非走不可时，才来辞行。这天他就在苏家坐了一个通宵，所以苏轼再送张中诗《和陶王抚军座送客》，反而安慰这个行者：“汝去莫相怜，我生本无依。”“莫作往来相，而生爱见悲。”张中坐到天亮，苏轼别绪依依地说：“悬知冬夜长，恨不晨光迟。”
《和陶答庞参军三送张中》诗，则是老人一片慈心的诤言。张中少学兵法，甚好谈兵，才智非不如人，功名却无缘分。苏轼认为徒然愤懑，无补于事，该趁年富力强之日，果断去边疆治兵，学以致用的好。
张中此去，不久即以病死传闻。苏轼初送诗中，有“恐无再见日”的话，真个一语成谶。