万历六年六月居正回京以后，这是大功告成的时期了。内阁方面，七月吕调阳致仕，十月马自强病卒，只剩居正和张四维、申时行三人；四维、时行一切唯唯听命，大权只在居正手中。六部方面，五年十月吏部尚书张瀚免职，王国光继任，六年六月户部尚书殷正茂致仕，张学颜继任；六年六月礼部尚书马自强入阁，潘晟继任；五年十月兵部尚书王崇古致仕，方逢时继任；五年八月刑部尚书刘应节致仕，吴百朋继任；六年五月百朋病卒，严清继任；五年十一月工部尚书郭朝宾致仕，李幼孜继任。都察院方面，五年十月左都御史陈瓒病免，陈炌继任。六部和都察院的首长，除了严清以外，都和居正有私人关系，在这个局面之下，政治方面的发展，当然不会有任何的障碍。
第一件要实行的，还是清丈的事，这是一件有关当时国计民生的大事，自从五年提议以后，到六年才实行，又因为原案有限三载竣事的规定，清丈的大事，在不慌不忙的状态中继续前进；大家对于实行开始的时间，反而有些茫昧了。居正死后，敬修作《文忠公行实》说起在劳堪为福建巡抚实行度田以后，居正才和张四维、申时行、张学颜等上疏提议清丈。其实这是错的。清丈固然从福建开始，但是在耿定向的时期，不在劳堪的时期。六年定向为福建巡抚，八年始去，劳堪继任，中间便差了两年。居正曾和定向说起：
丈田一事，按之人情，必云不便，但此中未闻有阻议者，或有之，亦不敢闻之于仆耳。“苟利社稷，死生以之，”仆比来唯守此二言，虽以此蒙垢致怨，而于国家实为少裨，愿公之自信，而无畏于浮言也。（书牍十一《答福建巡抚耿楚侗谈王霸之辩》）
同卷又与定向言及“丈地亩，清浮粮，为闽人立经久计，须详细精核，不宜草草。”（答福建巡抚耿楚侗》）这是万历七年之事。
到万历九年，限期将满，照例给事中可以按限彻查，指名提劾；但是居正还是吩咐各省慎重将事，一面叮嘱科臣从缓提劾。他屡次说起：
清丈之议，在小民实被其惠，而于官豪之家，殊为未便。况齐俗最称顽梗，今仗公威重，业已就绪，但恐代者，或意见不同，摇于众论，则良法终不可行，有初鲜终，殊可惜也。今虽借重冬曹，愿公少需，以毕此举，慰主上子惠元元之心。（书牍十三《答山东巡抚何来山》）
清丈事，实百年旷举，宜及仆在位，务为一了百当，若但草草了事，可惜此时徒为虚文耳。已属该部、科有违限者，俱不查参，使诸公得便宜从事。昨杨二山公书，谓此事只宜论当否，不必论迟速，诚格言也。（同卷《答山东巡抚何来山》）
临川丈田事，偶有闻，即以告，今事己竣，法无阻滞，则其人亦不必深究矣。此举实均天下大政，然积弊丛冠之余，非精核详审，末能妥当。诸公宜及仆在位，做个一了百当，不宜草草速完也。前已属该科老成查参，将此件不必入参，正欲其从容求精耳。江右事已就理，独五县未完，谅数月之内，即可了结，俟通完之后，具奏未晚。人旋，贱恙尚未全愈，力此草草，统惟鉴存。（同卷《答江西巡抚王又池》）
万历九年九月，居正抱病，答王宗载（即王又池）书，大致在九月以后，江西全省清丈通完具奏，大致已在十年之初，不及半年，居正即逝世了。居正对于清丈之事，屡称宜及自己在位，做个一了百当，这里流露他对于此事的热心，同时也流露内阁其他诸人对此的缺乏认识。当他把考成法搁置，吩咐科臣不必提参的时候，我们很可看出他对于此事寄与最大的期望。
孟子说过，“夫仁政必自经界始”，在田亩没有清丈以前，人民底负担不能公允，便是最大的不平。居正认为“小民实被其惠”，认为“慰主上子惠元元之心”，确是不错，但是这一次的清丈，和弘治十五年的清丈一样，还是一次失败。
居正对于清丈，曾经发动政治力量，但是结果没有成功，最大的原因，还是当时的官吏，对于政治的认识不够。有的主张只和旧额一样，无须多报；有的看到清丈条例对于田地，有分列上、中、下三等的规定，索性一例填报下田，认为清丈是一种爱民的政策，不当填报上田，以致加重民众的负担。（息县知县鹿久徵事，见《明纪》卷四十）这些官吏在当时都认为是爱民的好官，而居正所得的声名是“掊克”，是“以溢额为功”，再加以嘉靖间计算数字底错误，于是误认弘治十五年清丈只有四百余万顷，万历六年清丈，得七百零一万三千九百七十六顷，三百万顷底增加，证实居正底掊克。数字的错误，更增加他底罪状。
其实这一年比弘治十五年的数字，只增加八十一万顷，而比之洪武二十六年清丈的数字，即连后开的云南、贵州在内，尚差一百四十九万顷，这又算什么“掊克”呢？民间的田地，逐年集中到勋爵、官吏和大地主底手里，大地主又倚仗他们的社会地位，对于国家逃避赋税的负担，以致造成国穷民困的现象。居正原有的计划，是要大地主同样尽国民底义务，他自认“于官豪之家，殊多未便，”其故在此。
假如我们把万历六年清丈的成绩，加以分析，我们更可看出这里没有什么“掊克”底气息。万历六年的数字，比之弘治十五年的数字，在总数上，固然增加了，但是十三省中，增加的只有七省，减少的也有六省；南、北两京直隶二十八府、州之中，增加的只有十六府、州，如故的两州，减少的也有十府、州：可见居正没有“以溢额为功”的成见，否则在他大权在握的时候，决没有这许多敢和居正抵抗的地方长官。其次如福建巡抚耿定向、劳堪，江西巡抚王宗载，算是和居正接近的了，居正对于福建、江西两省的清丈，也显见特别关心，但是这一次清丈底结果，福建从十三万五千余顷，减到十三万四千余顷，江西从四十万二千余顷，减至四十万一千余顷，差额固然是很小，但是差额究竟是差额，证实居正没有“掊克”的存心。至如苏州田土从一十五万五千余顷，减至九万二千余顷；更是很大的差额。
这次清丈之后，田额增加最大的是北京府、州，河南和山东三处；全国增加八十一万顷，单这三处，便增加五十一万余顷。弘治十五年，清丈北京十府、州，共计田土二十六万九千余顷，现在是四十九万三千余顷；河南旧系四十一万六千余顷，现在是七十四万一千余顷；山东旧系五十四万二千余顷，现在是六十一万七千余顷。除这三处以外，广东旧系七万二千余顷，现在增至二十五万六千余顷，也是一个很大的数字，在百分比上更加显著。
广东方面，主要的还是“治安”问题。中央力量加强，地方秩序良好，担负赋税的民众和田土，当然会逐渐增加，事情本来简单。北京、山东、河南，都是畿辅之地，除去建文年间，曾经发生一度的内战，以及长城一带，偶然遭受敌人底破坏以外，从开国以来，始终保持良好的秩序，现在的增加，当然与“治安”无关。那么这是怎样的呢？
北京、山东、河南都是辎辅，三处的田土，不断地被勋戚、权贵吸收了，一经集中以后，他们提出许多似是而非的理由，躲避纳税的义务。居正底政策，是要打击他们底特权，使他们对于国家，有同样的负担。陽武侯便是一个好例。成祖时代，薛禄从征有功封侯，传到万历年间，已是第七代了，除了公田以外，还有自置田土，是否应当纳税，这是一个问题。居正决然地说：
承询陽武优免事，查律、功臣家除拨赐公田外。但有田土，尽数报官，纳粮当差。是功臣田土，系钦赐者，粮且不纳，而况于差？锡之土田，恩数已渥，岂文武官论品优免者可比？若自置田土，自当与齐民一体办纳粮差，不在优免之数也。近据南直隶册开诸勋臣地土，除赐田外，其余尽数查出，不准优免，似与律意相合。幸惟尊裁。（书牍十三《答山东巡抚杨本庵》）
万历六年清丈，除云南、贵州因系新辟地方本应增加，及陕西、四川和南京所属八府、州所加无多，不待研讨外，其余河南、山东、广东三省，和北京所属八府，共增七十万顷，占去增加额的百分之八十九。居正从政令不易贯彻的广东，夺获担负国税的田土，这一点也许人还了解；但是他从勋贵盘据的畿辅，夺回担负国税的田土，便引起莫大的物议。他们不说他得罪勋贵，而说他掊克小民；正和他在沙汰生员的时候，一般人不说他整顿学政，而怀疑他得罪圣贤一样。孟子说：“为政不难，不得罪于巨室：巨室之所慕，一国慕之；一国之所慕，天下慕之。”在一般人民觉悟没有提高的时候，他们对于大地主阶级的危害，认识不够，甚至还会受到大地主阶级的利用。张居正主张清丈，和大地主阶级的利益，直接发生冲突，他在身后，招致不少的诋毁，也许这也是一个原因。但是居正说过，“得失毁誉关头若打不破，天下事无一可为者。”（书牍十二《答南学院李公》）居正对于一般的毁誉，根本不曾放在心上。
居正抱定“苟利社稷，死生以之”；这一次的清丈，无意中代表一个政治上的基本要求，——全国人民，对于国家的义务，要求公允的负担。但是事实上的成绩还是很小，畿辅的田土，比之弘治十五年，固然增加不少，但是比之洪武二十六年的清丈，北平五十八万二千余顷，山东七十二万四千余顷，河南一百四十四万九千余顷，其实只剩百分之六十七。其余的百分之三十三，依然在勋戚权贵手里，居正无如之何。二百年来积累的政治势力，在当时不是片时可以铲除的事物。
万历六年十二月，命纂宗藩事例。明朝的宗室滋生太繁，成为国家底大害。嘉靖四十四年，纂定《宗藩条例》，对于宗室，大加裁损，减少国家支出，当然是一种补偏救弊的方策。但是减削太甚，立法太严，出乎情理之外的条例，徒然增加执行的困难，于事实无所裨益。居正列举九条未妥的地方，他说：
夫令所以布信，数易则疑，法所以防奸，二、三则玩。现今该部处置宗藩事情，悉用此为准，因时救弊，似亦未为大害，但欲勒成简册，昭示将来，则必考求国体，审察人情，上不亏展亲睦族之仁，下不失酌盈剂虚之术，使情法允协，裒益适宜，乃足为经常可久之规，垂万世不刊之典。（奏疏八《请裁定宗藩事例疏》）
万历七年正月诏毁天下书院，自应天府已下，凡六十四处，明朝讲学的风气甚盛，上自达官贵人，下至诸生布衣，到处召集徒众，号称讲学。所讲的最初是圣经贤传，以后转到明心见性，这还是好的；有的成为一哄之市，书院讲学只增加号召徒众的机会；最下的甚至借此敛财，斯文扫地。居正在万历六年就说：“若今之谈学者，则利而已矣，乌足道哉？”（书牍十《答郑藩伯》）这里已经透露他鄙视讲学的意见。次年他又说起：
吾所恶者，恶紫之夺朱也，莠之乱苗也，郑声之乱雅也，作伪之乱学也。夫学乃吾人本分内事，不可须臾离者。言喜道学者妄也；言不喜者亦妄也；于中横计去取，言不宜有不喜道学者之名，又妄之妄也。以指喻指之非指，不若以非指喻指之非指也；以马喻马之非马，不若以非马喻马之非马也。言不宜不喜道学之为学，不若离是非，绝取舍，而直认本真之为学也。孔子自言，人不如己之好学。三千之徒，日闻其论说，而独以好学归之颜子。今不谷亦妄自称曰，凡今之人，不如正之实好学者矣。承教，敢直吐其愚，幸惟鉴亮。（书牍十一《答宪长周友山讲学》）
同卷居正又有《与友山论学书》自称“不谷生平，于学未有闻，惟是信心任真，求本元一念，则诚自信而不疑者。”居正论学，直认本真，这是在陽明学派的空气中所得的认识，但是居正不爱空谈，欲求实际。他说：“今人妄谓孤不喜讲学者，实为大诬。孤今所以上佐明主者，何有一语一事，背于尧、舜、周、孔之道？但孤所为，皆欲身体力行，以是虚谈者无容耳。”（书牍十《答宪长周友山明讲学》）在这个情形之下，居正对于讲学，当然只觉得空言无补，徒资叫嚣。万历七年罢天下书院，是从这一点出发的。
万历六、七年间，藏僧锁南坚错致书居正，居正答谢；在对藏交通上，是一件有兴趣的文件。此事的关节，却在俺答。万历六年，俺答纠合青把都一部，大队西行，当时盛传土蛮部下，同时出发，声势浩大。北边顿时感觉紧张。居正一面吩咐宣大总督吴兑劝导俺答，早日回巢，一面吩咐三边总督郜光先，甘肃巡抚侯东莱，妥为布置。俺答到了甘肃境外，遇到瓦刺部下，吃了一个败仗，但是依然直到青海，见过活佛。在这次遇面以后，俺答上书，请求中国代为建寺供佛，御赐名额；同时又代西藏僧人，请求补贡。“补贡”二宇，当然只是译文底好看，其实是请求增加对藏贸易额，俾西藏得到需要的资源。时间已经是万历七年了。居正底策略，是在可能的情形下面，酌量许可，但是决不给他要挟的机会。建寺供佛，是可以的，但是朝廷只能资助物料，谈不到代为兴建。居正对于鞑靼的控制，始终不曾疏忽。
六年十二月，甘肃巡抚侯东莱，差人把锁南坚错底书信寄来了，原书是西藏文，译文如次：
释迦摩尼比丘锁南坚错贤吉祥，合掌顶礼朝廷钦封干大国事阁下张：知道你的名显如日月。天下皆知有你，身体甚好。我保祐循皇上，昼夜念经。有甘州二堂地方上，我到城中，为地方事，先与朝廷进本。马匹物件到了，我和阐化王执事赏赐，乞照以前好例与我。与皇上和大臣昼夜念经，祝赞天下太平，是我的好心。压书礼物：四臂观世音一尊、氆氇二段、金刚结子一方。有阁下分付顺义王早早回家，我就分付他回去。虎年十二月初头写。（见奏疏八《番夷求贡疏》）
这封书到达以后，居正具奏，已经是万历七年了。他说：
臣看得乌思藏僧人锁南坚错，即虏酋俺答所称活佛者也。去年虏酋西行，以迎见活佛为名，实欲西抢瓦刺。比时臣窃料虏酋此行必致败衄，待其既败而后抚之，则彼之感德愈深，而款贡乃可坚久，乃授策边臣，使之随宜操纵，因机劝诱，陰修内治，以待其变。今闻套虏连遭丧败，俺答部下番夷悉皆离叛，势甚穷蹙，遂托言活佛教以作善戒杀，阻其西掠，劝之回巢；又因而连合西僧向风慕义，交臂请贡，献琛来王。自此虏款必当益坚，边患可以永息，此皆天地祖宗洪庇，皇上威德所及，而臣以浅薄，谬当枢轴，躬逢太平有道之盛，诚不胜欣庆，不胜仰戴。（奏疏八《番夷求贡疏》）
疏中又称锁南坚错所致礼物，不敢私受，“仰乞圣明俯赐裁夺，敕下臣愚遵行，庶不孤远夷归向之诚，亦以见人臣不敢自专之义。”随奉圣旨：
卿轴理勋献，宣播遐迩，戎狄咸宾，朕得以垂拱受成，深用嘉悦。览奏，具见忠慎，宜勉纳所馈，以慰远人向风慕义之诚。（《见前疏》）
据敬修《文忠公行实》，锁南坚错即阐化王答赖剌麻。敬修以阐化王与达赖喇嘛，并为一人，这是观念的混淆，居正本人对于其中的分别，看得清楚。《明史·西域传》记锁南坚错事，又言“由是中国亦知有活佛，此僧有异术，能服人，诸番莫不从其教。即大宝法王及阐化诸王，亦皆俯首称弟子，自是西方止知奉此僧，诸番王徒拥虚位，不复能施其号令矣。”大致作者认定锁南坚错即达赖喇嘛，亦知其与阐化王为二人。
居正虽知锁南坚错非阐化王，但是对于他在宗教上的地位，似乎不很清楚。他所注意的，只是锁南坚错底政治作用。他和侯东莱说：
虏王乞番僧追贡事，已属本兵议处。渠既系乌思藏一种，自难却谢，但止可照西番阐化诸王例，若欲如北虏贡马，则不可许也。顺义前在宣大，亦曾馈孤以马匹、弓、矢，彼时止托督、抚诸公，以书谢之，量与回答；盖孤职在密迩，义不得与外夷相通。今承寄渠书，亦如宣大例，烦公为孤作一书答之，中间略说渠西行劳苦，既得见佛，宜遵守其训，学好戒杀，竭忠尽力，为朝廷谨守疆場，享寿考太平之福，不宜听后生妄为，自生烦恼。所言番人追贡事，此种僧人，久失朝贡，本当绝之，兹因渠之请乞，特为允许，但止可照西番例，从陕西入贡，若欲如虏王诸部落贡马等项，则不可也；明春可即回巢住牧，自渠行后，西边部落，俱兢兢奉法，惟青把都一种，稍觉参差，以是渠宜早回，约束诸部，坚守约束，以终前功，亦不辜区区数年怀柔抚绥之意也。渠每年赏赐段匹等物，内库俱一一送与孤看过，然后发行，渠安得知之，书中亦可略及此意。外仍希处蟒衣二匹，纻丝二匹，茶百斤，米面下程一分，以犒劳之，见渠书已到也。（书牍十《答甘肃巡抚侯掖川》）
这还是六年年底的事，次年，居正又屡次提起此事：
藏僧求贡事，诚制驭虏酋之一机。承示即入告主上，已荷俞允，其回赐诸物，皆命内库送不谷阅过乃发，圣德柔远之仁，可谓并包无外矣。阐化求封一节，礼部谓彼中见有阐化王，嘉、隆间皆曾入贡，与复封之说相左，恐有诈冒，不得不一行查，可遣使同顺义一人至藏中一查之，当得其要领也。其所遗不谷者，虽不可峻拒，宜奏知圣主而后受之，托掖川公量为酬答，以慰其意。仍希以鄙意传喻顺义，促之早归。建寺一节，似亦可从，俟宣大军门有疏，即为请行。此酋归，则贡市愈坚，而西镇可安枕矣。若将宾兔一枝，携之来归，尤妙，不知彼肯从否？（书牍十一《答贵州巡抚何莱山》按莱山即起鸣，后调山东巡抚。在贵州时无从预闻俺答事，疑标题有误。）
答藏僧锁南坚错遍金纻丝二端、银纻丝二端，此外仍加茶百斤、及细布等物，或再欲从厚，则加一数念珠子。去人不便多费，烦即于抚赏银内处给，可入查盘也。仍乞代为传示，谢其远意。通贡一节，已奏知主上俞允，今且先授禅师之号，后若化虏有功，次第加进，决不吝借。此后中华番虏，合为一家，永享太平，垂名万世矣。其顺义先已传谕，今不审当再谕否？望公以便宜行之。如欲遗以食物，亦即抚赏内处给亦可。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
《明史·鞑靼传》称宾兔为俺答之子：“俺答常远处青山，二子：日宾兔，居松山，直兰州之北；日丙兔，居西海，直河州之西；并求互市，多桀骜，俺答谕之，亦渐驯。”俺答诸子，自黄台吉以下，凡有数人：在西边的只有宾兔、丙兔。居正底计划，要俺答把宾兔带到宣大塞外，甘肃便可得到暂时的安宁。总之，对付锁南坚错，无论何如，居正底目光，始终落在鞑靼身上。七年他又说起：
藏僧通贡授官给赏事，前启已悉，僧衣图书等项，俱付差人费上矣。俺酋折北于西伐，从此能卷锐以俟再举，策之上也。乃逞忿报复，以致部众离心，势穷力蹙，必致一败涂地而后已，此天将亡虏之征也。请和西番，断不可许。回巢建寺一节，亦只可量助物料，工完，赐以名额。岂有堂堂天朝特为建寺而劝之回巢者乎？凡此皆挟中国以为重，而示威于瓦刺，不可从也。自今劝令回巢之言，亦不必太急。彼既丧败，势不得归，然亦必归。今在西海，不免为贵镇扰，公且耐烦处之。抚赏费用，已属本兵议处，谅彼亦自不能久也。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
万历七年二月，神宗发疹。慈圣太后看着病势严重，下令僧侣开坛，设法度众。一个四十岁左右的妇女，认为做些功德，可以“保祐”皇上早日痊愈，本来是一件可笑的事。居正随即疏称“戒坛奉皇祖之命禁止至今，以当时僧众数万，恐生变败俗也。今岂宜又开此端？圣躬违豫，惟告谢郊庙、社稷，斯名正言顺，神人胥悦，何必开戒坛而后为福哉？”（原疏不见《张文忠公全集》，略见《明史纪事本未》卷六十一。）经过这一度驳回以后，戒坛只有停止。三月初，神宗病体大愈，礼部奉旨择于初九日请皇上视朝。初八日，文书官到内阁，对居正口传圣旨：
联明日早朝，切欲与先生一见，奈先生前有旨，不在朝参之列。明日未朝之时，先于平台召见，说与先生知之。
初九日黎明，居正至文华殿伺候。神宗召见，居正叩头称贺道：“恭惟圣躬康豫，福寿无疆，臣犬马微衷，不胜欣庆。”
神宗说：“朕久未视朝，国家事多，劳先生费心。”
“臣久不睹圣颜，朝夕仰念，今蒙特赐召见，下情无任欢忻，但圣体虽安，还宜保重。至于国家事务，臣当尽忠干理，皇上免劳挂怀。”
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说，一面吩咐赐银五十两、彩币六表里、烧割一分、酒饭一桌。
居正俯服在下面叩头。
神宗又说：“先生近前，看朕容色。”
居正奉命，在晨光嘉微的中间，向前挪了几步，又跪下了。神宗握着居正的手，居正这才抬头仰看，见得神宗气色甚好，声调也很清亮，心里不由地感觉快乐。
“朕日进膳四次，每次俱两碗，但不用荤，”神宗告诉他。
“病后加餐，诚为可喜，但元气初复，亦宜节调，过多恐伤脾胃，”居正说。这位老臣底态度越发严肃了，他郑重地说，“然不但饮食宜节，臣前奏‘疹后最患风寒与房事’，尤望圣明加慎。”
“今圣母朝夕视朕起居，未尝暂离，”神宗说，“三宫俱未宣召。先生忠爱，朕悉知。”
殿上又是一度沉寂。
神宗吩咐道，“十二日经筵，其日讲且待五月初旬行。”居正叩头以后，退出。（奏疏八《召见纪事》。对话用原文。）
神宗和居正的关系，真是密切。居正是皇上底臣仆，同时也是皇上底监护人。平时对于年轻的朋友和晚辈所不便说的话，居正都说了。“先生忠爱，朕悉知，”这七个字出口的时候，神宗也是十分地感动。君臣间这样深切的情感，谁会想到还有变动的一日！
万历七年，宫中的用度，又开始增加。本来宫中金花银，按年由户部送进一百万两，自六年起，已经增为一百二十万了，七年以后，神宗又开始需索。居正看到户部尚书张学颜感觉困难，便毅然地把责任负起，疏称：
臣等看得国家财赋正供之数，总计一岁输之太仓银库者，不过四百三十余万两，而细至吏承纳班，僧道度牒等项，毫厘丝忽，皆在其中矣。嘉、隆之间，海内虚耗，公私贮蓄，可为寒心。自皇上临御以来，躬行俭德，核实考成，有司催征以待，逋负者少；奸贪犯赃之人，严治不贷；加以北虏款贡，边费省减，又适有天幸，岁比丰登，故得仓库积贮，稍有赢余，然闾阎之间，已不胜其诛求之扰矣。臣等方欲俟国用少裕，请皇上特下蠲租之诏，以慰安元元之心。今查万历五年，岁入四百三十五万九千四百余两，而六年所入，仅三百五十五万九千八百余两，是比旧少进八十余万两矣。五年岁出，三百四十九万四千二百余两，而六年所出，乃至三百八十八万八千四百余两，是比旧多用四十万余矣。问之该部云，“因各处奏留蠲免数多，及节年追赃人犯，财产已尽，无可完纳，故入数顿少，又两次奉旨取用，及凑补金花拖欠银两，计三十余万，皆额外之需，故出数反多也。”夫古者王制，以岁终计国用，量入以为出。计三年所入，必积有一年之余，而后可以待非常之事，无匮乏之虞。乃今一岁所出，反多于所入，如此年复一年，旧积者日渐销磨，新收者日渐短少，目前支持已觉费力，脱一旦有四方水旱之灾，疆場意外之变，何以给之？此皆事之不可知，而势之所必至者也。比时欲取之于官，则仓廪所在皆虚，无可措处；欲取之于民，则百姓膏血已竭，难以复支：而民穷势蹙，计乃无聊，天下之患，有不可胜讳者，此臣等所深优也！夫天地生财，止有此数，设法巧取，不能增多，惟加意撙节，则其用自足。伏望皇上将该部所进揭帖，置之座隅，时赐省览。总计内外用度，一切无益之费，可省者省之，无功之赏，可罢者罢之，务使岁入之数，常多于所出，以渐复祖宗之旧，庶国用可裕，而民力亦赖以少宽也。鄙谚云，“常将有日思无日，莫待无时想有时。”此言虽小，可以喻大，伏惟圣明留意。（奏疏八《看详户部进呈揭帖疏》）
万历六年还朝以后，居正在对内对外方面，都有相当的把握。北边的敌人分散了，俺答只是一个降王，替明朝约束鞑靼的部落。东北边也许还有一点问题，但是仗着李成梁底朝气，和辽东十几万大军，一切都有办法。整个的内政，已上轨道，只待清丈完毕，把人民底负担，重新调整。内外的困难已经没有，但是居正底困难，正在不知不觉地加强。问题只在神宗身上。
做父母的常说：“小的子女好养，大的子女难教。”为什么？小的时候，子女底个性还没有发展，原谈不上独立生存的能力，因此他们听从父母底指挥，驯伏得和羔羊一样，引起父母的怜爱。等到大了以后，他们底个性发展了，他们开始发现自己，在生活上，也许需要父母底维持，但是他们尽有独力生存的能力，为了这一点维持的力量，当然不愿接受太大的委屈。于是家庭之内，父母底意志和子女底意志并存，有时从并存进到对立，甚至从对立进到斗争。假如一家之中，父母底意志不一致，子女又不只一人，小小的家庭，无形中会成为多角形的战场。
不过亲子之间，究竟有亲子之间的天性，而且经过几千百年以来的礼教，子女或多或少地总觉得在父母面前有屈服的必要。尽管家庭之中，有不断的斗争，但是亲子之间，不一定会决裂，这是一个理由。
但是居正和神宗的关系，究竟不是亲子的关系。在十岁的时候，小小的神宗，对于居正，只看到一位长须玉立的大臣，这是自己底监护人和老师。神宗觉得他可敬，有时不免有点畏惧，但是在大半的时候，居然觉得他可爱。天热了，看见老师在讲书的时候，汗流满面，神宗吩咐太监们替他掌扇；天冷了，看见老师立在文华殿的方砖上，寒气森肃，神宗便吩咐太监们拿毡片把方砖遮上，免得老师受寒。有一次，居正在上直的时候，忽然发寒热，神宗赶忙自己凋好椒汤，送给老师。神宗是一个好孩子，待老师真是非常殷勤。
然而现在他已经十七岁了，在早熟的环境里，他已经娶了亲，而且不久以后，他便要做父亲。他久已是皇帝，现在更开始发现自己。他有他底意志，这个意志，必然地有和居正底意志斗争的一日。关于这一点，姑且不论，而且因为居正垂死的时候，神宗底意志，还没有达到十分坚强的程度，他们两人，没有经过实际斗争的阶段，所以也可置之不论。但是在神宗发现自己以后，他底意志已经存在，不久以后，逐渐形成和居正对立的地位。这个神宗没有觉到，居正没有觉到，但是两个意志底形成对立，是无法否认的现实。
从明太祖到神宗，这一个血脉里，充满偏执和高傲，这是无可讳言的。孝宗有一些柔和，武宗有一些妄诞，但是这一枝中断，皇位落在世宗手里。世宗还是偏执，高傲；中年以后，有些颓废，不过颓废的中间，常时露出高傲的本色。穆宗看到父亲底模范，更加颓废，不过他还有些高傲。到了神宗，又在这高傲的血液里，增加新的成分。他底母亲是山西一个小农底女儿。小农有那一股贪利务得的气息，在一升麦种下土以后，他长日巴巴地在那里计算要长成一斛，一石又硬又好的小麦。成日的精神，集中在这一点上面。经过几世几年的熏陶，小农底气息养成了。慈圣皇太后把这一股气息带进北京皇宫里面，再把这成斛成石的观念，灌输到神宗底血液里。明朝底皇帝，只有神宗嗜利，出于天性，也许只可这样地解释。以后传到熹宗、思宗，嗜利的血液，经过几度的冲淡，已经不十分显著，但是国事已到不可收拾的地步，加上熹宗底昏愦，思宗底操切，明朝底覆亡，成为必然的形势，而一切的祸根，都在神宗好利的时期，已经种下。神宗中年以后，大理寺评事雒于仁疏献酒、色、财、气四箴，曾说：
竞彼镠镣，锱铢必尽，公帑称盈，私家悬馨。武散鹿台，八百归心，隋炀剥利，天命难谌。进药陛下，货贿勿侵。（财箴）
御史马经纶也曾上疏神宗，直言“陛下好货成癖”。万历三十年的时候，神宗病重，看看死日已近，这才下诏把自己发明的那些剥削人民，无补国用的商税、矿税，一概取消，召首辅沈一贯入宫，亲自把手诏交付他。一贯出宫以后，大臣们一面悲痛皇上底病危，一面也不免庆幸民生底复苏。第二天神宗突然好了，还是舍不得这一大注民财，再派太监们到内阁追还圣旨。大学士方在设法挣扎，太监们来了一个又一个，最后连来二十位，拼命坐索。神宗派司礼太监田义去，田义不肯，神宗从床上爬起来，拿刀子戳上去。内阁里这二十位太监，磕头恳求，额角都磕破了，血流满面，沈一贯无法，只有把圣旨缴进，一切矿税、商税照旧征收，银两不断地向宫中流进，才能满足这位小农底外孙。
在万历七年的时候，这粒嗜利的种子，虽然没有成长，但已经在那里萌芽。金花银增加了，这是一笔收入。其余的需索，经过张居正、张学颜底谏阻，受到一些挫折。不要紧，神宗底心灵，想到办法了。他吩咐文书官姚秀到内阁传谕拟旨，着户部铸钱，供给内库使用。谁能禁止皇帝使钱呢？明朝的货币制度，本是一言难尽的事。大体讲来，银两是当时的本位硬币，铜钱是辅币，钞是纸币。从洪武以来，新钞不断地增发，纸币和硬币久已脱离联系，成为不换纸币，只有在颁赏的时候，数量激增，成为意外的壮观。铜钱和银两，虽然多少有些本位币和辅币底关系，但是中间并没有固定的兑换率，钱少了，钱和银两的比率便提高，钱多了，钱和银两的比率便降低。所以实际上钱和银两的关系，不是辅币和本位币的关系。洪武年间，每钱千文换银一两；到了嘉靖年间，钱太多了，且私铸盛行，形式薄劣，落到六、七千文换银一两。在钱法既坏已后，于是通令对于钱的行使，分出等级来；嘉靖钱七百文换银一两，洪武以来诸朝的钱千文换银一两，古钱三千文换银一两，一切滥恶小钱禁止行使。法律虽然有了明文的规定，市场上还是无从整顿。钱法混乱，事态已经非常严重。偏偏神宗传旨铸钱行使，他看到化费工部底工本，而增加内库底储藏，真是一件便宜的事。但是他却没有晓得通货的滥发，只能增加市场的混乱。四月十九日居正上疏道；
臣等查得万历四年二月，奉圣旨：“万历通宝制钱，著铸二万锭，与嘉靖、隆庆等钱相兼行使，户、工二部知道。钦此。”本月又该工部题铸造事宜，节奉圣旨：“钱式照嘉靖通宝，铸金背一万四千锭，火漆六千锭，著以一千万文进库使用。钦此。”万历五年二月内，该户部进新铸制钱，又奉圣旨：“这钱锭还查原定二万之数，以一半进内库应用，一半收贮太仓。钦此。”及查工部题议，制钱二万锭，该钱一万万文，用工本银十四万九千两，大半取之太仓银库，此奉旨铸钱之大略也。臣等看得先朝铸造制钱，原以通货便民，用存一代之制，铸成之后，量进少许呈样，非以进供上用者也。今若以赏用缺钱，径行铸造进用，则是以外府之储，取充内库，大失旧制矣。且京师民间，嘉靖钱最多，自铸行万历制钱之后，愚民讹言，便谓止行万历新钱，不行嘉靖旧钱，小民甚以为苦。近该五城榜示晓谕，民情少定。今若又广铸新钱，则嘉靖等项旧钱，必致阻滞不行，于小民甚为不便。又与原奉圣旨，与嘉靖、隆庆等钱，相兼行使之意相背。臣等措度事体，似为未便。伏望圣明裁审，暂停铸造进用之旨，待二、三年后，如果民间钱少，再行铸造，亦未为晚。仍乞皇上曲纳臣等节次所陈狂愚之言，敦尚俭德，撙节财用，诸凡无益之费，无名之赏，一切裁省，庶国用可充，民生有赖。不然，以有限之财，供无穷之用，将来必有大可忧者。臣等备员，敢不尽其愚，伏惟圣明亮察。（奏疏八《请停止输钱内库供赏疏》）
神宗得疏以后，传旨停铸。是月，居正上雝肃殿箴：
北极紫宫，惟皇宅中，身为民表，心与天通。斯须不和则乖戾起，斯须不敬则傲慢丛，念常生于所忽，祸乃发于无穷。是以圣人事心，天命是敕；钦厥止，日谨万几；处深宫，心周八极；不以嗜欲滑和，不以逸豫灭德。无作好，无作恶，蔼蔼熙熙，如春斯煦；无荒色，无荒禽，兢兢惕惕，如渊斯临。勿谓燕间，人莫与观？一喜一怒，作人燠寒。弦急者绝，器平者安，优优和衷，为君实难。勿谓宥密，人莫与弼？一动一言，恒为度律，危惧则存，骄泰则失，昭昭神明，相在尔室。在昔成周，宇内太和，由雝雝其在宫，友琴瑟而不颇。亦曰懿恭，小民怀保，由肃肃其在庙，克对扬于祖考。我皇睿哲，是谓智临，匪高明之不足，贵育德于静深。我皇抚运，是谓开泰，匪丰亨之丕臻，惧此心之或佚。乐以平其情，虽钟簴不设，而若闻希声，然后心和气和而天下平。礼以饬其志，虽升降未施，而若持重器，斯谓无逸乃逸而天下治。故曰，冲和者养威，淡泊者养禄，惕励者养安，优勤者养乐。以古为师，于何不仪？平平周道，惟皇建之。以心为鉴，于何不见？穆穆文王，惟皇所宪。朽索在手，勿谓无伤！覆车在睫，奈何弗防？和不可流，敬不可忘，慎终如始，万寿无疆。（文集二）
万历七年四五月间，发生两次封爵的问题：一次是皇亲王伟封永年伯，（《明史·外戚恩泽侯表》作万历五年封，误）一次是辽东总兵李成梁封宁远伯。王伟是王皇后底父亲，神宗底岳父。神宗大婚，授王伟都督同知，现在命文书官邱得用，口传圣旨，王伟著进封怕爵，吩咐内阁拟旨。神宗连正德二年，武宗岳父夏儒封爵，嘉靖二年，世宗岳父陈万言封爵的故事，都送来了。居正无从拒绝，他说：“但既有正德以后事例，王伟系中宫至亲，臣等不敢抗违。”但是他也指出：
臣等恭照圣祖定制，公、侯、伯爵非有军功，不得滥封。国初如魏、定两公；自以佐命元勋，连姻帝室，彭城、惠安，虽托籍戚里，然亦半有军功，昨上剖符，皆无容议。宣德中季，始有恩泽之封，宏治以来，遂为故事，然实非高皇帝之旧制也。（奏疏八《论外戚封爵疏》）
他又提到嘉靖八年，世宗曾诏各府、部衙门会议封拜事体的结果，彼时诸臣公疏：
祖宗之制，非军功不封。夫爵赏者天下之爵赏，人主所待以励世之具也。今使椒房之属，与有大勋劳之人，并享茅土，非所以昭有功，劝有德也。今除已封见任者，姑准终身外，此后凡皇亲、驸马，俱要查照祖宗旧制，不许夤缘请封。其有出自特恩，一时赏赉者，亦止照祖宗朝故事，量授指挥、千百户等官，以荣终身。敢有违例奏请，希图恩泽，妄引洪熙以后事例比乞者，听本部及科、道官，即时举劾，以为贪冒不知止足者之戒。（同前）
嘉靖八年奉旨批准。以后嘉靖、隆庆两朝外戚封爵，只能及身为止，不准世袭，便是嘉靖八年会议的结果。现在居正重新提出，对于王伟的封爵，给与应有的限制。直到居正身后，这个限制才行撤消。
但是居正对于边功，便是另外一个看法。万历六年三月长定堡之捷，固然是一幕闹剧，但是十二月东昌堡之捷，却是一个大胜。这一次泰宁部长速把亥、炒花、连同土蛮、黄台吉、暖兔拱兔、大小委正、卜儿亥、慌忽台等，带领三万余扬规武士向辽东东昌堡进攻，前锋一直打到耀州。辽东总兵李成梁一面吩咐诸将各守要害，一面带领兵马，出寨二百余里，直捣圜山，在这一个战役里，一共杀去九名官长，八百四十名武士，虏获一千二百匹战马；其余的鞑靼武士，一齐退却。东边的捷报到了，神宗告谢郊庙，在皇极门大会百官，宣布大捷。
居正得到捷报以后，和辽东巡抚周咏说起：
李帅用奇出擣，使贼狼狈而返，乃孙膑走大梁之计，比前长定之捷，杀降以要功者不侔矣。功懋懋赏，国家自有彝典，诸公运筹决胜，功岂容泯？少选，当请旨加恩，不敢蔽也。但李帅去年曾馈我以厚礼，虽当即谢却，然恐鳞翼或有差池，且不肖于渠，奖提爱护，意固不为不厚，然以为国家，非敢有所一毫市德望报之心也。渠诚以国士自待，唯当殚忠竭力，以报国家，即所以酬知己，不在礼文交际之间也。渠不知鄙意，以为有所疏外，会间幸一譬晓之，以安其心，坚其志。便中草草。（书牍十《答辽东周巡抚》）
万历七年，居正提议成梁封爵。他说，“成梁屡立战功，忠勇为一时冠，惟有封爵，才可以鼓励将士。”五月，成梁封宁远伯。成梁派家人到居正宅中送礼，居正坚决地拒绝，他说：“你底主人身经百战，封爵是他底本分；我受他底礼物，便是得罪太祖高皇帝在天之灵。”
七年七月，礼科左给事中顾九思，工科都给事中王道成请罢苏松及应天织造。本来织造是由皇帝派遣内监到江南一带主持的。他们颁发北京带来的样子，要民间如式织作，经费有一部分出于内库，也有一部分出于盐税；但是事实上经过几次周折以后，民间所得有限，皇宫派人定货，只成为意内的需索。恰恰这一年江南水灾，所以苏松督造的太监孙隆，更比应天督造的许坤，容易引起民众底怨苦。在两位给事中上疏，交给工部查复以后，神宗派文书官到内阁传谕道：
御用袍服紧急，若如部议取回内臣，改属抚、按有司，则织造不精，谁任其责？且见有钱粮，不必加派。先生每拟票来。
显然神宗拒绝召回内臣。第二天居正和张四维、申时行入宫，行礼以后，居正奏道：
“近日苏、松等处，水灾重大，据抚、按官奏报，及臣等所闻，百姓困苦流离，朝不谋夕，有群聚劫夺者。地方钱粮，委难措处。且自前年星变时，亲奉明旨停止织造，着孙隆回京。至今尚未完报，是诏令不信，而德泽不宣也。臣等谓宜从该部所请，以彰皇上敬天恤民至意。民惟邦本，愿少加圣心。”
“朕未尝不爱借百姓，但彼处织造，不久当完，远不过来春尔，”神宗疲赖地说。
居正追紧一步说：“皇上德意，臣民无不欣仰，即孙隆在彼，亦能仰体圣心，安静行事。但地方多一事则有一事之扰，宽一分则受一分之赐。今彼中织完，十未四、五，物料、钱、粮，尚有未尽征完者，灾地疲民，不堪催督，愿皇上且取回孙隆，其应天被灾稍轻，许坤仍旧可也。”
居正说话，追紧一步以后，随即放松一步。神宗有了回旋的余地，同时他也提出内库发出银五千两，不完全仰给江南钱粮。他说：“近降去花样，皆御前发出银两，并不加派扰民。此一件还着织完回京，其余则皆停罢可也。”
三位大学士叩头谢恩，神宗这才把工部复疏交给居正，他说：“先生将去票来。”说过以后，神宗看着三位大学士说：“君臣一体，今有司通不奉行，百姓安得受惠？”
居正代表内阁说：“诚如圣谕，臣等今日，亦无非推广皇上德意而已。愿皇上重惜民生，保固邦本，则百万生灵，仰戴至仁，实社稷灵长之庆。”（奏疏九（罢织造内臣》。对话用原文。）
叩头以后，三位大学士退至内阁拟票，取回孙隆。
事情算是有了一点头绪，但是没有结束。承运库太监孔成上奏，赏赐夷人，缺乏段匹，请行南京、苏松、浙江等处增织，又将上用袍服等项，并请织造，共该七万三千匹。奉圣旨：“工部知道。”工科都给事中王道成一看，知道情形严重，上疏请求酌减增造段匹。工科底奏疏发下拟票，居正才晓得从中又起了变化。“皇上为什么又要织造呢？”居正想。他看到现在只有再求酌减。在奏疏中，他提出祖宗朝一岁所造，原有定率；嘉靖年间，才有添织，但是只可偶一为之，说不得是常例。以后他更说到：
今查万历三年，该库已称缺乏，请于岁造之外，添织九万有余，其时以大婚礼重，赏赐浩繁，该部不得已，钦遵明旨，设法措处，然闻之各地方库藏，搜括已尽，经今四年，方得织完，而添造之旨又下。计该库所开数目，度其所费，非得银四、五十万，不能办此。索之库藏，则库藏已竭，加派小民，则民力已疲。况今岁南直隶、浙江一带，皆有水灾，顷蒙特恩，破格蠲振，又取回织造太监，疲困之民，方得更生，乃又重复加派，子惠之恩未洽，诛求之令即施，非圣慈所以爱养元元，培植邦本之意也。民穷财尽，赋重役繁，将来隐忧，诚有不可胜讳者。科臣所奏，宜留圣心。臣等看得该库偶因三卫夷人，缺少虎、豹一样服色，及近年北虏俺答款贡，岁增赏赉，溢于旧数，故题请添织，以上二项，委不可已。至于上供御用等项，则近年南京太监许坤，苏杭太监孙隆，织进御前者，已自足用，不必又取办于岁造矣。臣等愚见，伏乞圣明再谕该库查北虏俺答一宗赏赐，一岁约该几何，及三卫夷人虎豹服色缺少几何，照数行该地方添织，即作岁造之数，其余皆可停止。惟冀俯从科臣之言，一概减半织造，其支费银两，敕下户工二部酌处，免复加派小民，庶近日规恤之旨，不为虚文，罢极之民，少得苏息也。（奏疏九《请酌减增造段匹疏》
疏上以后，神宗准如所请，但是事实上还是增造，神宗依然得到心理的满足。
万历七年十月，蓟辽总督梁梦龙得到消息，土蛮带领四万余骑，向辽东进攻，立即告急。东北方的边防，突然紧张起来。本来居正对付鞑靼的政策，是使他们从内部分裂走向对立的局势。俺答通贡，封顺义王，成为明朝的藩属；但是土蛮仍然倔强，屡次要求“贡市”，——其实只是通商，——但是居正认为在土蛮没有屈服以前，谈不到“贡市”。事情成了僵局，土蛮屡次引兵进攻，想用武力强迫中国通商，蓟辽方面的防务，永远不能松懈，其故在此。神宗在居正把辽东警报奏进以后，立刻吩咐内阁拟旨，谕兵部议进剿之策。居正面奏道：
“九月初间，有北虏俺答部下头目恰台吉，差人于土蛮营中，侦知土蛮欲纠众向辽，讲求贡市，臣即驰语总督梁梦龙，令其再侦的实，多方设备；传示辽东总兵李成梁，巡抚周詠，虏若纠大众至，勿轻与战，但坚壁清野，使之野无所掠，虏气自挫。又使梁梦龙亲率师东行，发劲兵二枝，为辽东声援。令蓟镇总兵戚继光，选精锐，乘间出塞，或擣其巢，或邀其归以挠之。今据报各官具如臣指：梁梦龙已东驻山海，遣参将许汝栗、杨继，出关截杀；戚继光移驻一片石，伺间邀击，辽东收保已毕。虏以十月初二日，至宁前向中所地方，此中地狭人稀，虏众无所掠，势不能久，旦夕必已退遁。今敕本兵姑议驱剿，以后相机别议。且彼中戒备颇严，谅无疏失，伏惟皇上少宽圣怀。”
在这一大片叙述里，居正把辽东的布置，完全说明。
神宗点头道：“先生费心处置，朕知道了。”（奏疏十一《送起居馆论边情记事》。对话用原文。）
经过这番布置以后，土蛮底军队退去了；后来土蛮和速把亥同驻红土城，分兵进攻锦州、义州，成梁出塞二百余里，直抵红土城，杀去四百七十余名鞑靼武士，这是所谓红土城之捷。
万历七年十月，总理河漕都御史潘季驯，漕运侍郎江一麟奏报河工告成。自从六年正月以来，居正把河、漕事务，完全交付吴桂芳，不幸就在正月，桂芳病殁。二月，居正起用潘季驯总理河、漕。四月，季驯疏辞总理河、漕事务，上谕不许。季驯这才放手做事，六月上疏条陈六事：“一曰塞决口以挽正河，二曰筑堤防以杜溃决，三曰复闸坝以防外河，四曰创滚水坝以固堤岸，五曰止浚海工程以免糜费，六曰寝老黄河之议以仍利涉。”
季驯看清河工全无掣肘之虞，居正也看清惟有季驯才是治河之人，所以拟旨：“治河事宜，既经河、漕诸臣会议停当，著他实行。各该经委分任官员，如有玩愒推诿、虚费财力者，不时拿问参治。”季驯得到这一重保障，八月间弹劾淮安水利道河南佥事杨化隆，淮安府通判王宏化治河无状，上谕杨化隆、王宏化“都著革职，送吏部拟处，毋得概拟复职以致轻纵。”（《明神宗实录》）在这些处分后面，看出居正对于季驯的大力支持。但异议还是不断地发生。季驯主张塞崔镇决口，御史林碧潭提议崔镇不当塞；季驯主张筑遥堤，林御史提议遥堤不当筑。异议在居正面前提出了。倘使居正是一个河工专家，也许他可以给一个解决，但是他不是专家，而且工部尚书李幼滋也不是。居正无法，只能把两条提议间接和季驯提出，希望得一个解决。他说：
夫避下而趋虚者，水之性也。闻河身已高，势若建瓴，今欲以数丈之堤束之，万一有蚁穴之漏，数寸之瑕，一处溃决，则数百里之堤，皆属无用，所谓攻瑕则坚者瑕矣，此其可虑者一也。异时河强淮弱，故淮避而溢于高、宝，决于黄浦。自崔镇决后，河势少杀，淮乃得以安流，高家堰乃可修筑。今老河之议既寝，崔镇又欲议塞，将恐河势复强，直冲淮口，天妃闸以南，复有横决之患，而高堰亦终不可保，此其可虑者二也。……不肖有此二端，不得于心，谨此奉闻，幸虚心详议见教，果皆无足虑，言者云云，皆无足采，则坚执前议可也。若将来之患，未可逆睹，捐此八十万之费，而无益于利害之数，则及今亦宜慎图之。如嫌于自变其说，但密以见教，俟台谏建言可也。遄望留神以便措画。（书牍十《答河道巡抚潘印川计淮黄开塞策》）
居正这一封书，完全是商榷的语气，但是季驯看得很清楚，他认为崔镇决口必须塞，遥堤必当筑。他在条陈六事里，曾经说过：“窃惟河水旁决则正流自微，水势既微则沙淤自积，民生昏垫，运道梗阻，皆由此也。”他又说：“照得堤以防决，堤弗筑则决不已，故堤欲坚，坚则可守而水不能攻，堤欲远，远则有容而水不能溢。累年事筑堤者，既无真土，类多卑薄，已非制矣，且夹河束水，窄狭尤甚，是速之使决耳。”季驯对于河工的经验多了。嘉靖四十四年，隆庆四年，他曾经两次总理河道，现在是第三次了。他感激居正再给他一个机会，让他把自己底经验和学识报答国家，但是他也认定自己底主张，没有修正底余地。接到居正去信以后，他重新再说一番。这一来果然把居正折服了。居正说：
前奉书，以河事请问，辱翰示，条析事理，明白洞悉，鄙心乃无所惑。然筹画固贵预定，兴作当有次第，今俟潦落之时，且急筑高堰以拯淮、扬之溺，徐观淮流入海之势，乃议塞崔镇。至于萧县以北，上流之工，又当俟河、淮安流，乃可举事。盖此大事，不独措理经费之难，且兴动大众，频年不解，其中亦有隐忧，元季之事，可为大鉴。今之进言者，喜生事而无远图，又每持此以归咎庙堂坐视民患，不为拯救，不知当轴者之苦心深虑也。百凡幸惟慎重审处，以副鄙愿。（同卷答潘印川）
林碧潭底提议推翻了，居正一切听从季驯的主张。后人称居正为偏执，倘使认识居正对于河工的处理，也许不至认为偏执吧！经过这一度论定以后，季驯对于工事，著著进展，万历七年秋后，大功完成，季驯致函居正，推功当轴。居正复书道：
比闻黄浦已塞，堤工渐竣，自南来者，皆极称工坚费省，数年沮洳，一旦膏壤，公之功不在禹下矣。仰睇南云，曷胜欣跃。追忆庀事之初，言者蜂起，妒功幸败者，旁摇陰煽，盖不啻筑室道谋而已。仰赖圣明英断，俯纳瞽言，一举而裁河道，使事权不分，再举而逮王、杨，使冥顽褫魄，三举而詘林道之妄言，仆异议之赤帜，使无稽之徒，无所关其说，然后公得以展其宏猷，底于成绩，皆主上明断，属任忠贤之所致也。公乃举而归之不谷之功，惶愧。（书牍十一《答河道潘印川论河道就功》）
季驯于河工告成以后，上疏神宗，这是一篇洋洋洒洒的大文，最后他说起：
臣等乃思欲疏下流，先固上源，欲遏旁支，先防正道，遂决意塞决以挽其趋，筑遥堤以防其决，筑减水坝以杀其势而保其堤。一岁之间，两河归正，沙刷水深，海口大辟，田庐尽复，流移归业，禾黍颇登，国计无阻，而民生亦有赖矣。盖筑塞似为阻水，而不知力不专则沙不刷，阻之者乃所以疏之也：合流者似为益水，而不知力不弘则沙不涤，益之者乃所以杀之也。旁溢则水散而浅，返正则水束而深：水行沙面，则见其高；水行河底，则见其卑；此既治之后，与未治之先，光景大相悬绝也。每岁修防不失，即此便为永图，借水攻沙，以水治水，臣等愚昧之见，如此而已。至于复闸坝，严启闭，疏浚扬河之浅，亦皆寻绎先臣陈瑄故业，原无奇谋秘策，骇人观听者。偶幸成功，殊非人力。实皆仰赖我皇上仁孝格天，中和建极，诚敬潜孚而祗灵助顺，恩威并运而黎献倾心；念转输乃足国之资，轸昏垫切儆予之虑，宵旰靡皇，丝纶屡饬：其始也，并河、漕以一事权，假便宜以任展布，故臣等得效刍荛之言；其既也，逮偷惰以警冥顽，折淆言以定国是，故臣等得尽胼胝之力：俯从改折之议，国计与民困咸纾，特颁赏赉之仁，臣工与夫役竞劝；致兹无兢之功，遂成一岁之内。今两河蒸黎，歌帝德而祝圣寿者，且洋溢乎寰宇矣，臣等何敢贪天功以为己力哉！
季驯上疏以后，工科给事中尹瑾奉命踏勘。万历八年二月，勘毕奏报，降旨加季驯太子太保，升工部尚书兼都察院左副都御史。季驯对于居正的感激，真是彻底，直到居正身后，全家被祸的时候，他还冒着神宗盛怒，上疏请求降恩有释，终于季驯也得到革职为民的处分。这是季驯党庇居正吗？不是。他认识，倘使在万历六、七年间，没有居正底支持，他便没有完成河工，报效国家的机会。
万历五年九月十三日，居正底父亲逝世，到万历七年十二月，已经二十七个月了。神宗询问吏部，居正何时服满；吏部复称扣至万历七年十二月二十四日期满。明代，亲丧守制二十七个月，自闻讣日起算，不计闰月。居正九月二十五日闻讣，所以扣至是日期满。十二月二十三日，神宗派文书官孙斌捧手谕到居正私宅，内称：
谕元辅张少师先生：在京守制，忠、孝两全，今当服满，朕心忻慰，特赐玉带一条、大红坐蟒、蟒衣各一袭、金执壶一把、金台盏一副，用示眷知。念五日早朝毕，候朕于平台召见，以后朝参经筵，俱照旧行，先生钦承之。（见奏疏九服阕谢降敕召见赐衣带金器疏》）
居正复疏中言：“臣敢不益摅丹悃，仰答隆施！倘筋力之未疲，远道宁忘于驱策；如发肤之可效，微生何爱于捐糜？”一切指明这是他那“以其身为荐蓐，使人寝处其上”的志愿。
二十五日早朝以后，居正到文华殿，听候召见。他叩头谢恩以后，跪奏道：“臣前奉钦依，在京守制，服满朝见。”
“先生全忠尽孝，万古留名，”神宗说。
居正重新叩头道：“臣蒙皇上天恩，委曲体悉，故得以少尽臣子之情，不胜感戴。”谢恩已毕，居正又叩头道：“昨蒙圣恩，特降手敕，恩赉殊常，尤不胜感戴。”两度叩谢以后，居正奏称：“昨奉敕谕，着臣以后照旧朝参，臣即当钦遵。但年前数日，尚在三年之内，余哀未忘，仍望皇上俯容，再宽数日，免令朝参陪论，候元旦庆贺后，照旧朝参供职。”
神宗计算年前只剩几天，因此吩咐道；“先生元旦出来也罢。”居正叩头遵旨。
神宗吩咐内监道：“与先生酒饭吃。”居正叩头道谢。
居正又奏道：“臣在制中，屡荷两宫圣母慈恩，赐赉稠叠。今服满，欲诣各宫门外，叩头称谢，未敢擅便，请旨。”
神宗说：“是。着张宏引进。”
居正跟随太监张宏先到慈庆宫外叩头。仁圣皇太后遣内监传旨道：“先生忠、孝两全了，宜益尽心辅佐。”仁圣太后赐银五十两、纻丝四表里。
张宏再领居正到慈宁宫。张宏进去，居正在外面叩头。慈圣皇太后是神宗生母，因此说话更觉亲切。她着张宏传旨：“皇帝冲年，凡事多赖先生辅佐，天下太平。今服制已满，忠、孝都全了，宜益尽心处置国事。”慈圣太后吩咐张宏管待居正三杯酒，另外特赐膳九品、金执壶一把、金台盏一副、金镶牙著一双、银五十两、彩段四表里、荤素食八盒、甜食四盒、酒十瓶。（见奏疏九《召见平台记事》，对话用原文。）
万历六年大婚，群臣一概加恩，居正因守制未预，至是吏部题请加恩。神宗降谕，加太傅，岁加禄米一百石，原荫武职伊男，升一级世袭。居正再疏辞免恩命，最后神宗准如所请，完成居正功成不居的志愿。在再辞恩命疏中，（奏疏九）居正提起神宗在日讲时候的谈话：
先生功大，朕无可为酬，只是看顾先生子、孙便了。
他接受武荫进级的恩赉，但仍辞太傅加禄。他说：
夫施及于己身者，其恩犹浅，施及于子、孙者，其思为深；戴德于一时者，其报有尽，戴德于后世者，其报无穷。今蒙圣恩，怜念臣男，擢之卫司，延以世赏，藐焉弱息，荷此殊荣，斯盖前谕所谓看顾臣子、孙惓惓之意也。臣不胜感激，不胜顶戴，谨拜手祗领，仍嘱臣后嗣，世效犬、马，仰报生成。（奏疏九《再辞恩命疏》。）
万历八年正月，吏部因居正任一品官，已满九年，例应考满加恩，居正具疏力辞，更提出万历五年在京守制的心境，他说：
臣出则综理国事，尽在公之义，入则守其苴绖，执居丧之礼，是臣之不去者，报君恩也，守制者，报亲恩也。士大夫有识者，咸谓皇上之所以处臣，与臣之所以自处，于君臣、父于之情，庶几两全而无害矣。然身虽属于公家，事实殊于见任，今乃又计算前后月、日，通作实历，积日累劳，循例考满，则事同见任，礼旷居丧，君、臣之义虽全，父、子之情则缺矣。皇上昔日之所以处臣，与臣之所以自处者，岂不两失之乎？……盖事必揆诸天理之当，即乎人心之安，乃无歉恨，所谓“求仁而得仁”者。今臣自审，于理欠当，于心未安，故不得不仰控圣明，冀申情款，惟求协夫事理之中而已，非畏人之议己，而故为是喋喋也。伏望圣慈俯鉴愚诚，特停恩命，敕下吏部免臣给由，庶臣得以安心供职，而皇上曲全之仁，与微臣自处之义，终为完善，无所亏缺矣。（同卷《辞考满加恩疏》）
经过居正尽情剖白以后，神宗传旨道：
卿昔为朕勉留，夙夜在公，忠勤弥笃，殊勋茂绩，中外所知。该部题请考满加恩，委系彝典。兹览卿奏，辞俸守制，与夺情起复不同，朕心更觉洞然。卿之所处，实为恩、义两尽，足以垂范万世，特允所辞，以全忠、孝大节。至于卿之勋劳，简在朕心，当别有酬眷。（见上）
万历八年二月，神宗亲耕耤田；三月奉两宫皇太后至天寿山谒陵。居正认定现在是归政的时期了，在扈从谒陵回京以后，随即上疏乞休。他说：
臣一介草茅，行能浅薄，不自意遭际先皇，拔之侍从之班，畀以论思之任，壬申之事，又亲扬末命，以皇上为托。臣受事以来，夙夜兢惧，恒恐付托不效，有累先帝之明。又不自意，特荷圣慈，眷礼隆崇，信任专笃，臣亦遂忘其愚陋，毕智竭力，图报国恩，嫌怨有所弗避，劳瘁有所弗辞，盖九年于兹矣。每自思惟，高位不可以久窃，大权不可以久居，然不敢遽尔乞身者，以时未可尔。今赖天地祖宗洪佑，中外安宁，大礼大婚，耕耤陵祀，鸿仪巨典，一一修举，圣志已定，圣德日新，朝廷之上，忠贤济济。以皇上之明圣，令诸臣得佐下风，以致升平，保鸿业，无难也。臣于是乃敢拜手稽首而归政焉。且臣禀赋素弱，比年又以任重力微，积劳过虑，形神顿惫，血气早衰，逾五之龄，须发变白，自兹已往，聪明智虑，当日就昏蒙，若不早自陈力，以致折足复餗，将使王事不终，前功尽弃，此又臣之所大恐也。伏望皇上特出睿断，亲综万几，博简忠贤，俾参化理，赐臣骸骨，生还故乡，庶臣节得以终全，驾力兔于中蹶。臣未竭丹衷，当令后之子孙，世世为犬马以图报效也。（同卷《归政乞休疏》）
居正归政乞休，本来是一种谋定而动的办法，但是完全出于神宗和其他诸臣底意料，大众都有些茫然。神宗立即下旨慰留：
卿受遗先帝，为朕元辅，忠勤匪懈，勋绩日隆，朕垂拱受成，倚毗正切，岂得一日离朕？如何遽以归政乞休为请，使朕恻然不宁。卿宜仰思先帝丁宁顾托之意，以社稷为重，永图襄赞，用慰朕怀，慎无再辞。（见上）
居正奉旨以后，再上第二疏。这一次他决定不再往内阁办事了，疏中备言：
念臣发迹寒单，赋才谫劣，仰承先帝顾托之重，祗荷皇上眷遇之隆，分当捐身，庶以仰酬高厚之万一，岂敢辄求引退，图遂私怀。但臣葵藿之志虽殷，而犬马之力已竭，一自壬申受事，以至于今，惴惴之心，无一日不临于渊谷，中遭家难，南北奔驰，神敝于思虑之烦，力疲于担负之重，以致心血耗损，筋力虺隤，外若勉强支持，中实衰惫已甚，餐荼茹堇，苦自知之，恒恐一日颠仆，有负重托，欲乞身于圣明之前，非一日矣。独念国事未定，大礼未完，口嚅嚅而不忍言，心依依而未能舍。今赖皇上神圣，臣得以少效愚衷，中外乂安，国家无事，诸大典礼，皆已完就，乃敢一言其私，盖亦度其时可以去而去耳。昔颜回有言，东野毕之马将败矣，步骤驰骋，朝礼毕矣，历险致远，马力尽矣，而犹求马不已。无何而东野毕之马果败。故舜不穷其民力，造父不穷其马力，是以舜无失臣，造父无失马。今臣之乞去，亦非敢为决计长往也，但乞数年之间，暂停鞭策，少休足力；倘未即填沟壑，国家或有大事，皇上幸而召臣，朝发命而夕就道，虽执殳荷戈，效死疆場，亦所弗避。是臣之爱身，亦所以爱国也。（同卷《再乞休致疏》）
但是神宗坚持不许，圣旨说：
连日不见卿出，朕心若有所失。如何又有此奏！今诸大典礼，虽已奉行，不过礼文之事。机务繁重，赖卿辅理甚切，未便是卿闲逸之时。古之元老大臣，耄耋之年，在朝辅理者不少，卿方逾五十，岂得便自称衰老，忍于言去。宜遵前旨即出，永肩一德，用成始终大忠。著鸿胪寺官，往谕朕意。（见上）
除由内阁拟旨，著鸿胪寺官传谕以外，神宗另颁龙笺手敕，著司礼监太监孙秀，文书房官邱得用，捧到居正私宅。神宗说：
谕元辅少师张先生：朕面奉圣母慈谕云，“与张先生说，各大典礼，虽是修举，内外一应政务，尔尚未能裁决，边事尤为紧要。张先生亲受先帝付托，岂忍言去！待辅尔到三十岁，那时再作商量。先生今后，再不必兴此念。”朕恭录以示先生，务仰体圣母与朕惓惓倚毗至意，以终先帝凭几顾命，方全臣节大义，先生其钦承之。故谕。（见同卷《谢圣谕疏》）
慈圣太后和神宗底谕旨来了，鸿胪寺官、司礼太监、文书房官都在那里奉旨催促供职。在君臣大义的标准下面，居正没有徘徊底余地。他只有提出扈驾山陵，触冒风寒，和近闻三弟居易讣音，感伤致病的理由，请求给假数日，容其调理，少可以后，即行供职。这一次神宗俞允了，数日以后，居正仍回内阁办事。
居正书牍中，屡次提到归政乞休的故事。他说：
仆久握大柄，天道忌盈，理须退休，以明臣节。况当典礼告成之日，正息肩税驾之时，抗疏乞休，甚非得已。乃圣恩留谕再三，未忍固求私便，辄复就列，徐俟再图。（书牍十二《答贾春宇》）
正少无世韵，宿有道缘，不意为时羁绁，遭遇明主，备位台司，十余年间，负重剖繁，备极辛楚，然遵道之志，未敢少衰也。顷者赖天之灵，中外乂安，国家无事，乃稽首归政，恳疏乞骸，亦欲逖慕留侯，庶几得弃人间事矣。乃蒙圣谕谆切，朝议恳留，不得已，辄复视事，以俟徐图，但恐世缠日锢，归宿无期，觖怅觖怅。（同卷《寄有道李中溪言求归未遂》）
弟德薄享厚，日夕栗栗，惧颠跻之遄及耳。顷者乞归，实揣分虞危，万非得已，且欲因而启主上以新政，期君臣于有终，乃不克如愿，而委任愈笃，负戴愈重，僝弱之躯，终不知所税驾矣。奈何，奈何！（同卷《答司寇王西石》）
去秋及今，四奉台教，以公私多故，久稽裁候。中间以典成乞休，关出处大节，且妄心诐陋，师心独任，不请先生长者之明训，率尔行之，罪死罪死。正膺重任，九年于兹，恒恐不保首领，以辱国家。兹幸主德日清，内外宁谧，诸大典礼，皆已竣事，乃以其间，乞不肖之身，归伏垅亩，以明进退之节，不得已也。重蒙主上暨圣母诲谕谆谆，恩礼申笃，正诚迫于大义，不敢自爱其死，复黽勉就列，然自是羁绁愈坚，忧危愈重矣。吾师何以教之？（书牍十四《答上师相徐存斋二十八》）
弟以谫劣，谬膺重任，恒恐中道颠蹶，有负夙昔期许之心。兹幸主德日新，国家无事，弟乃以其间乞身而归，未蒙俞允，付嘱愈重，早夜兢兢，诚不知死所矣。翁素怜我，何以策之，俾获全于末路乎？（书牍十二《答石麓李相公》）
贾春宇名应元，时为大同巡抚，大致和居正关系不深，因此居正对他底话有些闪铄。王之诰、徐阶、李春芳和居正关系较深，这几封信，值得仔细寻味。尤其王之诰是居正底亲家，所以说话更切实。
从居正以上，高拱、徐阶、严嵩、夏言，凡是当过国家大权的，最后都支付了最大的代价。有的被杀，有的儿子被杀；即使幸而不死，也常有被杀的危险。这一个传统太危险了，时时给居正以威胁。万历五年，居正没有去位，实际也不免有些惧祸的意思。他说：“恒恐不保首领以辱国家。”知道这一个时期实际政治情形的人，一定明白居正不是乱说。从五年到八年，居正底政治地位更加巩固，然而居正底危险也更加扩大。一切的危险都发生在神宗身上。
明朝的政治情形，有一点和前后不同的地方，便是没有摄政的制度。英宗九岁即位，世宗十六岁即位，神宗十岁即位，嘉宗十六岁即位，都没有摄政或是太后垂帘听政的传统。在这一群皇帝中间，世宗最能干，即位不久，大权随即到手，嘉宗是一个白痴，大权始终旁落：英宗、神宗即位时的年龄更小，当然谈不到亲政，英宗初期的杨士奇、杨荣、杨溥，和神宗初期的高拱、张居正，名为内阁大学士，其实是摄政大臣，这是无可否认的史实。三杨始终维持一个合作的局面。高拱、张居正当穆宗在位的时候，在最后的阶段里，已经不能并存，神宗即位以后，居正利用政治机会，撇开高拱，成为实际的独裁者，这也是无可否认的史实。以后居正逐渐巩固既得的政权，内而内阁、六部、都察院，外而各省督、抚，没有一个不是居正推荐的人，言官之中，御史、给事中也几乎没有一个不听居正底指挥。在神宗尚幼的时候，这个正和《古文尚书·伊训篇》所说的“百官总已以听冢宰”，《伪孔传》“伊尹刮百官，以三公摄冢宰”相合。但是现在神宗年已十八，久已超过应当亲政的时期。居正当国，便等于神宗失位，成为不能并立的形势。在这一个情态之下，居正头脑糊涂一点，便可以做王莽；气魄大一点，也可以做曹操。但是居正不是王莽、曹操，而且在那个提倡忠孝的环境之下，也不容许王莽、曹操的产生。居正以忠孝自负，而忠孝自负的主张，又和专权当国的现实，不能融洽，心理遂陷于极端的矛盾状态。
矛盾的心理，惧祸的心理，最后驱使居正走上归政乞休的路线。以威福奉还主上，也许神宗不至于不容自己优游林下吧！他甚至说不敢决计从此一去不返，只要稍许休息，日后在必要的时机，仍然“朝闻命而夕就道，效死疆場，亦所弗避”。（见《再乞休致疏》）这是委婉的说法，只想神宗给他一个脱身的机会。居正不是没有机权的人，但是这一次的乞休，确是出于至诚。摄政的皇帝做过八、九年，明代开国以来，四个在位的皇帝，时期都没有这样长，居正还不应当满足吗？对内对外，整个的国家上了轨道，自己去位以后，内阁里面张四维、申时行，都是自己引进的人，谅意不至于反噬。江陵的家产虽然不大，但是总算富厚了，那里有五十几岁的老妻，有儿子，还有最近新添的三、四个孙子，门庭以内，充满快乐的空气，为什么不回去？居正又曾说过：“不谷比者抗疏乞归，’群情惊惑，不知鄙意固有在也。夫不得决去于宅忧之时，而乃乞骸于即吉之后，此岂寻常大臣所为进、退者耶？顾此意不敢以告人，而世亦无知我者。兹承华翰，深获我心，但奖借过情，深用为愧耳。”（书牍十二《答宪长徐中台》）徐中台怎样“深获我心”，我们无从知道，但是从居正和他的关系而论，中台还够不上深谈，居正之言，只是一种机权。假如我们记得居正宅忧之时，神宗年十五岁；乞骸之时，神宗年十八岁：那么我们不难深获居正底用心。
一切都看在那个小农之女底目光里。是因为她从民间出身，接近大地，所以赋有特殊的智慧，惊人的常识吗？我们不敢说。但是她能了解居正，她对神宗说：“待辅尔到三十岁，那时再作商量。”“这是一位随时督责，随时罚跪的母亲，连外祖父武清侯李伟都畏惧她，有一次外祖父做错事，圣母把他召进宫内，切实训戒，（见《明史》卷三〇〇《外戚传》）何况自己？”神宗又在沉思了。龙笺手敕提到圣母慈谕，实际是把居正摄政的时期，再延长十二年；也就是神宗底失位，再延长十二年。神宗说过：“朕垂拱受成，倚毗正切，”这九个字，值得仔细玩味。在虚君政治制度没有确实成立以前，这一种办法，必然会造成皇帝和首辅的决斗。残忍的女人啊！一位毛妃，造成居正和辽王宪【火节】的决斗；一位李太后，造成居正和神宗的决斗。这才是人生的不幸。居正自言“自是羁绁愈坚，忧危愈重矣”；又言“付嘱愈重，早夜兢兢，诚不知死所矣”。这些话都是事实。但是他现在竟没有自全之策。‘凤毛丛劲节，只上尽头竿，”尽头竿究竟不是一个安全的地位。
就在八年三月，居正得到一件大喜的事，他底第三子懋修中了殿试第一人。这一次主考是内阁申时行、侍郎余有丁。在当时的情状下，首辅底儿子当然会高中的，何况懋修在兄弟中，才具较高呢？主考阅卷，拟定懋修第三，进呈御览。神宗看过以后，改为第一。这一科，居正长子敬修也成进士。居正六子：敬修、嗣修、懋修，至此都成进士，第四子简修，加恩授南镇抚司佥书管事。
八年闰四月两广总督刘尧诲奏报讨平八寨。两广的吏治，向来是一个问题：吏治不清，地方不安，人民起义，和少数民族的暴动，成为相应而来的事实。八寨在广西桂林、平乐两府，本来是僮人群居的场所。隆庆年间，殷正茂进兵古田的时候，八寨先降，于是并龙哈、咘咳为十寨，立长官司。万历六年，曾经有一次动乱，两广总督凌云翼随即进兵。云翼去职以后，尧诲继任，八寨又来一次动乱。居正和尧诲讨论过几次：
广右议征八寨，此或不容已者，已属本兵从其请矣。（书牍十一《答两广刘凝斋》）
八寨之征，在两镇似不容已，本兵已复从其请。（同卷《答两广刘凝斋论严取与》）
这都是万历七年的事。第二年八寨敉平，居正谈到两广的情况。
八寨兵已奏捷，谅此时竣事矣。武弁游民，私买贼级，乃广中沈锢之病，今得力祛此弊，则功赏皆实。但先年有旨，凡大举征剿，皆宪臣亲临纪功，今不知纪功是何司、道官。纪功得人，积弊乃可革也。黄总戎颇有志向，不安下流，但微负气。将官负气，正可驾驭而用之，固愈于颓靡、懦熟，剥削以事结纳者也。俟到任信至，如尊谕戒谕之。（书牍十二《答刘凝斋》）
八年二月，河工勘报完成，潘季驯升工部尚书兼副都御史；这是一个崇衔，其实用不到管事。明朝有添注官，在实缺官以外，临时添设，本来是一种酬劳的意义。但是季驯在河工已久，委实需要休息了，居正想起前任两广总督凌云翼，现任南京兵部尚书，只是一个闲曹，决定派云翼总督漕运，以为代潘的地步，同时再调潘代凌，成为潘、凌对调。他分别和两人说起：
两承翰教，领悉。比者平成奏绩，公之肤功，固不待言，然亦借督、漕同心之助，况河、漕归并，已有成命，则今之代江（漕运侍郎江一麟）者，亦即以代公，不可不慎也。反复思之，莫如洋山（云翼）公为宜。此公虚豁洞达，昔在广中，仆妄有指授，渠一一取其意而行之，动有成功，则今日必能因袭旧画，以终公之功，一善也。官尊权重，足以镇压，二善也。留京参赞（南京兵部尚书兼参赞南京军务）重任也，朝廷加意河、漕，特遣重臣以行，则在事诸臣，谁不奋厉？三善也。南中道近，闻命即行，不烦候代，则漕事不致妨废，且得数月与公周旋，同心计处，何事不办，四善也。公即旦夕回京，亦不过添注管事，骈枝闰位，何所用之？不如即代洋山，是身不离南中，可以镇异议，属人心，此中八座虚席，一转移间，又无妨于他日之柄用，于公亦有利，五善也。有此五善，虑之已熟，故违部议而请上行之。恐公不达鄙意，敢布腹心。（书牍十二《答河道潘印川》）
向承教，粤中经理，不辞再劳，具见公忘身徇国，不胜敬仰。后思彼中事体，近已略定，好议喜事者知鄙意有在，亦自敛戢，而不敢复兴事端，今若无故易置，反觉多事；且瘴病之乡，亦不忍再烦也。河、漕虚席，因忆公鸿猷伟略，优游留省，无以骋才，而河、漕重任，比之东粤，尤为紧要，先朝尝特遣重臣经理；且二三年间，仆力主印川公治河之策，幸有成功，今仍须素有威望者继之，庶可以行仆之意而终潘之功。博求中外，无如公者，故暂借经理。他日此中八座或虚，一转移间，其事又甚易也。恐公不达所以借重之意，而有外于左右，故略布区区，万望鉴谅。（同卷《答南兵兼河道凌洋山》）
居正在政治方面的成绩，逐日进展，但是对于居正不满的呼声，仍然不断。八年三月，南京兵部主事赵世卿奏匡时五要，请广取士之额，宽驿传之禁，省大辟，缓催科；最后提出言路当开。他说：
近者台谏习为脂韦以希世取宠，事关军国，卷舌无声，徒摭不急之务，姑塞言责，延及数年，居然高踞卿、贰，夸耀士林矣。然此诸人岂尽奊诟无节，忍负陛下哉？亦有所惩而不敢尔！如往岁傅应祯、艾穆、沈思孝、邹元标，皆以建言远窜，至今与戍卒伍，此中才之士所以内自顾恤。宁自同于寒蝉也。宜特发德音，放还诸人，使天下晓然知圣天子无恶直言之意，则士皆慕意输诚，效忠于陛下矣。
世卿此疏直指居正，当然引起居正底激怒。因此吏部尚书王国光改世卿为楚府右长史。明代王府官不易升调，一入王府，实际成为禁锢，世卿这一次调任，其实是一个严重的处分。
八年八月间，刑部侍郎刘一儒致书居正，讨论时政。一儒，夷陵人，是居正底亲家，居正底女儿嫁给一儒之子戡之。在新妇进门的时候，一儒看到妆奁中的珠玉锦段，盈箱满筐，连忙吩咐另行封锁，一概不许动。一儒当然有他底计算，儿妇谈不到反对。居正在政治上的地位，正在不断亢进，一儒和他说：
窃闻论治功者贵精明，论治体者尚浑厚。自明公辅政，立省成之典，复久任之规，申考宪之条，严迟限之罚，大小臣工，鳃鳃奉职，治功既精明矣。愚所过虑者，政严则苛，法密则扰，今综核既详，弊端剔尽，而督责复急，人情不堪，非所以培元气而养敦浑之体也。昔皋陶以宽简赞帝舜，姬公以惇大告成王，沦洽当代，矩矱后世，愿明公法之。（《明史纪事本末》卷六十一）
假如居正接受一儒底忠告，定然可以收回大部分的人心，但是居正接受这个忠告，便不是居正了。万历初年的政局，终于留下精明有余，浑厚不足的印象。
朝廷大政，一切有居正负责，十八岁的神宗，闲得没有事做，四书五经无须再读了，他便慢慢地寻求消遣的方法。皇上所住的是乾清宫，宫里的内监大、小不等，管事的称为牌子太监。乾清宫牌子太监孙海、客用，既然负责伺候皇上，他们便逐渐引导神宗寻求娱乐。有时皇上带同太监们，短衣窄袖，一同出宫，值游竟日。怕什么？手上带的是刀杖，根本不怕什么意外。一次神宗到西城，正在喝过酒以后，醉眼蒙胧地吩咐小内监唱曲子。也许是小内监撒娇吧，偏不肯唱。这是欺君之罪，还了得！皇上有的是刀子，哗喇一声，刀子出鞘，吓得小内监直抖，旁边的人求情，经过使劲鞭挞以后，这才平了神宗之怒，但是到底还把小内监底头发割下，实行割发代首的故事。真有趣，整个的人生都戏剧化了。神宗仍在兵杖簇拥的中间，带醉回到乾清宫。
神宗酒醒以后，冯保久已奏明慈圣太后了。慈宁宫的太监正在催促神宗前去。没奈何，去罢！慈圣太后看见神宗，喝声跪下。神宗长跪在那里，听圣母底训导。慈圣太后把神宗底过失，一五一十地数说一番。神宗无从辩护，眼泪簌簌地落下，最后他只有请求慈圣太后给他一个改过的机会。慈圣这才吩咐神宗检出一本书来。重行长跪以后，皇帝打开书本一看，正是《汉书》卷六十八《霍光传》，他读到“光即与群臣俱见，白太后，具陈昌邑王不可以承宗庙状”，眼泪从眼眶里直流，想不到一晚的狂欢，得到这样严重的后果。（令取《霍光传》入览事，见《明史纪事本末》卷六十一。）
现在的霍光是张居正。但是居正恳请慈圣太后准予神宗改过，他提出这只是一时的糊涂，究竟和昌邑王不同。慈圣太后意转以后，才吩咐居正代神宗下罪己手诏，一份给太监们，一份给内阁。罪己的语句，着实委屈神宗，但是不是这样，挽回不了圣母底盛怒。居正竟写下了。（令居正草帝罪己手诏事，见《明纪》卷四十。《明史·冯保传》作保属居正草帝罪己手诏。）
孙海、客用凡事引诱，无所不为，著降作小火者，发去孝陵种菜。尔等司礼监，并管事牌子，既受朝廷爵禄，我一时昏迷，以致有错，尔等就该力谏乃可。尔等图我一时欢喜不言，我今奉圣母教诲我，我今改过，奸邪已去。今后但有奸邪的小人，尔等司礼监并管事牌子，一同举名来奏，该衙门知道。（见奏疏九《请处治邪佞内臣疏》）
昨朕有御笔帖子，先生看来未曾？孙海、客用，朕越思越恼，朕今又降做小火者，发去南京孝陵种菜。先生等既为辅臣，辅弼朕躬，宗庙社稷，所系非轻，焉忍坐视不言？先生等既知此事，就该谏朕，教朕为尧舜之君，先生等也为尧舜之臣。朕今奉圣母圣谕教诲，朕悔过，迸去奸邪，先生等各要尽心辅朕。（见同卷《请汰近习疏》）
居正和冯保商议以后，觉得孙海、客用处分嫌轻，立即上疏再求加重，充做净军，神宗当然照准。其次冯保提出司礼监太监孙德秀、温泰，兵仗局掌印周海，都有应得之罪，其他内监一概责令自陈，切实整顿。这次居正上疏，在神宗和居正的关系上，留下重大的影响：
臣等恭诵纶音，不胜钦仰，不胜惶愧。仰惟皇上天挺圣资，幼而聪颖，自临御以来，讲学勤政，圣德日新，臣等每自庆幸，以为亲逢尧舜之主，庶几复见唐虞之治矣。乃数月之间，仰窥圣意所向，稍不如前，微闻宫中起居，颇失常度，臣等心切忧惶，但身隔外廷，不知内事，即有所闻，未敢轻信，而朝廷庶政，未见有阙，故不敢妄有所言。然前者恭侍日讲，亦曾举孔子益者三乐，损者三乐，并益者三友，损者三友两章书，请皇上加意省览，盖亦陰寓讽谏之意。又数日前，曾问文书官云：“臣闻皇上夜间游行，左右近习皆持短棍兵器，此何为者？”乃文书官回说：“并无此事。”臣等亦遂以所闻为妄，不敢复言。连日因睹御笔帖子，处治孙海、客用两人，因而询访，始知此两人者，每日引诱皇上燕闲，游宴别宫，释去法服，身著窄袖小衣，长街走马，挟持刀仗，又数进奇巧戏玩之物，蛊惑上心，希图宠幸。臣等连日寝食不宁，神爽飞越，可借天生圣主，被这几个奸佞小人，引诱蛊惑，一至于此，拟俟日讲时，面奏谏劝，以尽愚忠；乃蒙圣母谆谆教戒，皇上幡然改悔，迸去奸邪，引咎自责，又宣谕臣等，尽心辅导，此盖九庙列圣之灵，默启我圣母之心，形之谴责，陰佑我皇上之心，自悔前非也。夫人孰无过，惟过而能改，则复于无过。自兹以往，皇上依然为尧舜之主，臣等亦庶几可勉为尧舜之臣矣。宗社生灵，易胜庆幸！但古语云：“树德务滋，除恶务尽。”臣等窃闻近日引诱之人，在孙海、客用，固为尤甚，而其中谄佞希宠，放肆无忌者，尚不止此二人。如司礼监太监孙德秀、温泰，兵仗局掌印周海者，皆不良之人，其罪亦不在孙海、客用之下。今皇上既将此二人，置之于法，以示悔过自新之意，则孙德秀等，亦不宜姑容在内，以为圣德之累。伏望皇上大奋乾断，将孙德秀等一体降黜，以彰日月之明。其司礼监管事等官，平日为忠为佞，谅莫逃于圣鉴，合无俱令自陈，请自圣断：老成廉谨者，照旧管事；谄佞放肆者，悉加汰黜。且近日皇穹垂象，彗芒扫宦者之星，亦宜大行扫除，以应天变，以光圣德，此皇上修德改过之实政也。臣等又闻汉臣诸葛亮云：“宫中府中，俱为一体，陟罚臧否，不宜异同。”臣等待罪辅弼，宫中之事，皆宜预闻。臣居正又亲承先帝遗命，辅保圣躬，比之二臣，责任尤重，今乃徒避内外之嫌，不行直言匡救，以致皇上有此过举，孤负先帝付托之言，万死不足以自赎，除痛自省励以图报称外，既蒙皇上明发德音，昭示圣意，臣等此后亦不敢复以外臣自限，几皇上起居及宫壸内事，但有所闻，即竭忠敷奏，及左右近习有邪佞不忠，如孙海、客用者，亦不避嫌怨，必举祖宗之法，奏请处治，仍望俯允施行。皇上亦宜仰遵圣母慈训，痛自改悔，戒游宴以重起居，专精神以广民嗣，节赏赉以省浮费，却珍玩以端好尚，亲万几以明庶政，勤讲学以资治理，庶今日之悔过不为虚言，将来之圣德愈为光显矣。臣等无任沥血哀恳之至，伏惟圣慈鉴宥。（奏疏九《请清汰近习疏》）
神宗得疏以后，御批“览卿所奏，具见忠爱，依拟行”。同时孙德秀、温泰、周海奉旨降三级，私家闲住，永不叙用，其司礼监及管事牌子等都着自陈。
这一次是一个小小的斗争。在这个斗争里，神宗在一边，李太后、冯保、张居正在一边。斗争底结果，神宗失败了，罪己手诏，只能增加失败者底惭愤，成为日后报复底张本。冯保利用自陈底机会，在宫廷内可以逐渐排斥异己。居正直言干涉皇上宫壸起居等事，权限非常扩大，久已超越大学士票拟谕旨的本分。一切的政局，正在转变的当中，直到万历十年居正死后，再来一次清算。
居正《清汰近习疏》底精神，完全是诸葛亮《出师表》底再现。居正底标准人物是伊尹、周公、诸葛亮。他当国十年的成绩，也处处摸拟三人，但是居正忘去了神宗不是太甲、成王、后主。关于太甲、成王的故事，因为古史方面的问题纠缠太多，姑不置论。后主底个性，在历史上留下不可磨灭的印象。他是一个平庸到无可奈何的人物，但是他知道自己平庸，一切都听诸葛亮指挥。诸葛亮死了，他秉承诸葛亮底遗言，用蒋琬、费祎、姜维。他没有主张，因此他也不作主张。蜀汉以全未开发的一隅之地，和中原抗衡四十年，委实不能说不是后主知人善任的成绩。神宗是另外一个形态的人物。神宗聪明，有主张，有决断，但是同时也是颓废，好利，不知上进。居正当国的时候，国势蒸蒸日上，但是居正殁后，神宗不能再用第一流的人物，申时行底才具，不是没有，但是在那个环境之下，只能优柔便辟，采取明哲保身的途径。后来明朝亡国之祸，其实都在神宗时代撒下种子。居正把神宗当后主看，这是居正认识的错误。我们把诸葛瞻底任用，和张敬修底自杀相比而论，便会知道认识错误，真是一个可怕的事件。
神宗罪己手诏既下以后，居正意识到他底放荡，完全是闲极无聊的结果，所以利用反省的时机，请求敷陈谟烈。他说：
先该臣等面奏，皇上春秋鼎盛，宜省览章奏，讲究治理，于字书、小学，不必求工，以后日讲，请暂免进字，容臣等将诸司题奏，紧要事情，至御前讲解，面请裁决。伏奉谕旨，臣等钦遵举行外，但数月以来，应奏事件，与日讲之期，多不相值，或系常行细务，又不敢烦凟圣聪，即恭侍讲读，须臾而毕，拱默而退，不得供奉燕闲，从容陈说，虽欲竭悃款之愚，效献替之益，其道无繇，非臣等面请奏事之初意也。顷奉圣谕，责臣等以尽心辅导，臣等夙夜思惟，图所以仰承德意，启沃圣心者，窃以为远稽古训，不若近事之可征，上嘉先王，不如家法之易守。昔伊尹、周公，矢漠作诰，撮其大指，不过两言：曰“明言烈祖之成德”，曰“觐扬文武之光烈”而已。唐宪宗读《贞观政要》竦慕不能终卷，宋仁宗命侍臣读《三朝宝训》及《祖宗圣政录》：前史书之，皆为盛事，良以羹墙如见，自不忘继志之事，耳目既真，又足为持循之地，守成业而致圣治，莫要于此。仰惟我二祖开创洪业，列圣纂绍丕图，奎章睿谟，则载之宝训，神功骏烈，则纪之实录，其意义精深，规模宏远，枢机周慎，品式详明，足以迈三、五之登闳，垂万亿之统绪，此正近事之可征，家法之易守者也。夫皇上所践者祖宗之宝位，所临者祖宗之臣民，所抚驭者祖宗之舆图，所凭借者祖宗之威德，则今日之保泰持盈，兴化致理，岂必他有所慕，称上古久远之事哉？惟在皇上监于成宪，能自得师而已矣。（奏疏九《请敷陈谟烈以裨圣学疏》）
居正吩咐翰林院诸臣，就列朝宝训、实录，撰为《谟训类编》。共分四十款，排日进讲。他底心理还是隆庆六年十二月进《帝鉴图说》的心理。疏中又言“但使工夫接续，时日从容，自可以开发聪明，亦因以练习政事。伏望皇上留神听览，黾勉力行，视训录之在前，如祖宗之在上，念念警惕，事事率由，且诵法有常，缉熙无间，即燕息深宫之日，犹出御讲幄之时，则圣德愈进于高明，圣治益跻于光大，而臣等区区芹曝之忠，亦庶几少效万分之一矣’。
万历九年正月初五日，神宗在文华殿斋宿，这一天大风来了，黄尘蔽天，神宗吩咐文书官和居正说：“今日风气不详，恐有边事，与先生说，可申饬边臣，加意警备。”居正听到以后，立刻传谕边镇，准备应付。
一直到现在，北方的边事还时时萦绕君臣的怀抱。比较松一点的是河套。在那里的鞑靼已经衰弱，正如居正在万历八年和三边总督郜光先所说的“精兵健马，消耗过半，东借助于顺义不获，西修怨于瓦刺不能，其衰弱无能为之状亦见矣”。（书牍四《答三边总督》）
最成为威胁的是土蛮。土蛮向东可以进攻辽东，向南可以进攻蓟州，所以双方都时时在警戒的当中。辽东的李成梁，和土蛮交战几次，在战事方面有相当的把握。蓟州的戚继光，正以威名太大，土蛮远去，因此没有立功的机会。万历八年秋间，传闻土蛮南下，居正连忙去信说起：
前顺义部下酋长，密报土蛮入犯消息，即驰语蓟辽军门戒备，数日以来，警息沓至，西虏所报不虚矣。不谷料此贼必窥滦东。今日之事，但当以拒守为主，贼不得入，即为上功，蓟门无事，则足下之事已毕，援辽非其所急也。贼若得入，则合诸路之兵坚壁以待之，毋轻与战。我兵不动，贼亦不敢开营散抢，待之数日，贼气衰堕，然后微示利以诱之，乘其乱而击之，庶万全而有功。足下经营蓟事十年，今乃得一当单于，勉之勉之。辱示以破虏为己任，具见许国之忠，但古之论战者，亦不全恃甲兵精锐，尤贵将士辑和，和则一可当百，不和虽有众弗能用也。窃闻北人积谈于南兵久矣，今见敌则必推之使先，胜则欲分其功，败则必不相救，则足下之士，能战者无几耳。军情乖离，人自为心，鼓之而弗进，禁之而弗止，虽有严刑峻法，将安所施？羊羹之事，可为明戒，足下宜深思之！时时查军情向背，布大公，昭大信，毋信谗言，毋徇私情，毋以喜行赏，毋以怒用罚，部署诸将，宜以食多而养厚者当先，毋令失职怨望者当剧处。虚心受善，慎毋偏听，察军中如有隐郁，亟与宣达。平日号令，如有未妥，不妨改图。士卒毋分南北，一体煦育而拊循之，与最下者同甘苦，务使指臂相使，万众一心，知爱护主将如卫头目，则不待两军相遇，而决胜之机在我矣。如是，乃可以一战望成功也。惟足下豫图之。不谷平生料事，往往幸中，凡所与足下言者，须句句体认，不可忽也。（书牍十二《答总兵戚南塘授击土蛮之策》）
鞑靼诸部之中，势力最大的当然是俺答。自从俺答封为顺义壬以后，实际上成为朝廷底附庸，接受朝廷底命令，约束部下。但是俺答对于部下，时时感觉不易驾驭。俺答底长子黄台吉，便是一个不易驾驭的人。大致是万历八年吧，黄台吉看见土蛮出兵虏掠，羡慕的了不得。他坦白地和父亲说，自己准备向朝廷开战。
“宣大是我买卖地方，汝不可胡做，别处我亦不管，”俺答说。除黄台吉外，其次是青台吉。他是老把都底儿于，俺答底侄儿。青台吉和土蛮取得联络，因此在北边成为威胁，居正对他，永远不能放心。
在俺答精力充沛的时候，当然他可以统制一切，但是现在俺答病了，黄台吉、青台吉这两位同堂兄弟，益发不受约束。居正还忧虑到俺答身后，部下分裂，固然不易统制，倘使完全为土蛮吸收，更成为朝廷底大害。八年、九年之间，来往于居正胸中的便是这许多问题。在书牍中一一可指。
辱示虏情，一一领悉。顺义病既狼狈，岂能复起？土蛮素无远略，且与西部不睦，岂肯为之勤兵报怨？切尽（即切尽台吉、俺答侄孙。）之请，亦必不能成，虏势穷蹙可见矣。顺义一故，变态百出，顾吾所以应之何如？此事当劳公经画，然拓土开疆，安边服远，亦在于此。今宜事事设备，预为之图，以待其变可也。（同卷《答宣府总督郑范溪》。按即郑洛。）
近得西部消息，言顺义病已沈锢，部下酋长，各自为心。此酋死，虏中当大乱，恐土酋将乘其敝，诸制御方略，愿公预图之，预练兵积食，密于自治，以待其变耳。（同卷《答宣府张巡抚》。按即张佳胤。）
黄酋桀骜，殊为可恶，然闻此酋素狂躁无礼，倏忽喜怒。彼见其父病中，与之修好，遂炰烋妄言，然非有谋画素定也，但安静以驭之，严备以待之，毋轻徇其请，毋激致其怒，彼计沮气衰，将自敛矣。近闻已就羁绁，入市有日，未知究竟何如。（同卷《答大同巡抚贾春宇》）
两奉华翰，一言顺义求讨，一言黄酋桀骜，详观来文与公回谕，悉与鄙见悬合，敬服。黄酋狂躁，反复不常，乃其故态，其言作反，未必实有此谋，但虚吓耳。惟安静以处之，严备以待之，久之计沮气衰，伎俩已尽，自当入苙矣。彼不来市，我亦省费，不必责其来补，但移书顺义责以负约，使屈在彼。彼敢来犯，即简锐击之，若不来犯，亦不必往讨也。（同卷《答宣大巡抚郑范溪》。按题衔误。）
黄酋孤穷之虏，无马可市，但肆言恐吓，欲白骗耳。今既稍有所获，来市恐未有期。其市不市，亦无足为轻重，不必固要之，中彼要挟之计。然此虏轻躁寡谋，骄盈已极，若以计图之，亦可获也。（同卷《答大同巡抚贾春宇》）
黄酋近闻已赴西市，惟镇静以处之。彼之伎俩有尽，终当入苙也。差人回，渠有何说？若只寻常进赏之言，惟付之不问耳。上酋已入辽左，蓟门亦甚戒严，西酋诸部，皆有随行者。闻顺义夙疾又发，冬春之间，恐难起也。（同卷《答蓟辽总督张崌崃》。按崌崃即佳胤，题衔误。）
以上都是万历九年正月以前的事。经过正月初五神宗传诏警戒以后，各边巡视更加吃紧，郑洛在边界上获到黄台吉部众，居正立即和郑洛说：
黄酋部众作贼，我所擒者，系被至亲，谅所欲得者，且勿轻与之，待顺义罚处如约，另立誓词，将往年横索等项，一一改图，然后遣之。前奉圣谕，方以边事为念，会华翰至，即封上御览，以见公筹边之功。此后如有重大虏情，密示于仆者，宜具衔禀报，当即以原帖奉奏也。（同卷《答宣大巡抚郑范溪传备边》。按题衔误．）
青台吉对于中国表示服从，但是其弟满五大仍和土蛮勾结，土蛮入犯辽东的队伍中，时时有青台吉底部属。因此居正对青台吉，不能放心，但是他主张交付俺答，增加俺答底责任，便是增加朝廷底威信。居正和张佳胤屡次说过：
来谕谓战可恃而后和可坚，最为得策。惟公著实行之，不徒为目前支吾之计，边圉幸甚。青酋东行祭神，亦往年常事，但载甲以行，委属可疑，已行该镇防备。（同卷《答蓟辽总督张崌崃》。按题衔误。）
青酋既认二弟东犯，亦见畏顺，俟其回巢，罚处为当。然此酋与东虏合从，不独今岁为然，今虽罚惩，恐亦不能终禁，此后但责令探得东虏作贼的耗，即飞报我知，使我得准备，亦足以明彼心迹。即去秋土蛮入辽左，其中亦岂无贡市之夷，幸大同、山西于市场上侦得消息，密以告仆，即夙戒蓟辽，整旅以待，故无大失，然亦未曾深究西虏也。（同前）
辱示，青酋既有罚处二弟之意，宜就机告于顺义处之。黄酋之不直东虏，岂是忠心？彼盖亦欲效东虏所为，顺义所制不得肆，见东虏东掠西市，两利并获，故不平于心耳。……公所谕其来使，词严义正，足以尊朝廷之体，消逆乱之萌，须著落顺义处之。彼虽老，素为诸部所畏也。鄙意初谓不必奏闻，后思其事关系颇重，似非诸公所能自了者，待计划已定，期于必遂，乃以上闻可也。然犬羊无信，惟利是趋，即经此处分，他日亦不能缚其手足。此后宜责令侦得东部约从消息，即飞报我知，在彼得陽明其心迹，在我得陰为之备。即今秋土蛮纠众犯辽，其中亦有西虏，幸贾大同、（大同巡抚贾应元，即春宇）高山西（山西巡抚高文荐）于贡市时，得些消息，走报于我，即夙儆该镇，预为之备，故虏虽众，而在我无失。比者宁前虏原不多，而在我反有损折，此其豫与不豫相远矣。近得郑公书，只云青酋部众东犯之事，未审虚的。此言过矣！夫虏犬羊也，能保其不变乎？蓟镇属夷，岁岁人贡，亦岁岁作贼，辽人不能归咎于蓟镇，岂能责望于宣大乎？夷情多变，推在随宜审处之耳。（同上）
九年正月，推行一条编法，同时下令裁减诸司冗官，及各省司、府、州、县官凡一百六十余员。居正在大政方面，还是著著不懈地进行。同时期里，神宗底心绪，也似乎安定下来了。居正奏请用翰林官更番侍直，他说：
臣等伏睹皇上近日以来，留神翰墨，一切嬉游无益之事，悉屏去不御，仰惟圣学该洽，睿志清明，臣等不胜庆忭。夫人主一心，乃万化从出之原，亦众欲交攻之会，必使常有所系，弗纳于邪，然后纵逸之念不萌，而引诱之奸不入。故虽笔札小技，非君德治道所关，而燕闲游息之时，借以调适性情，收敛心志，亦不悖于孔氏游艺博文之指，比之珍奇玩好，驰骋放佚之娱，则相去远甚，未必非皇上进德养心之一助也。但臣等窃见前代好文之主，皆有文学之臣，载笔操觚，奉侍清燕，如唐有天策、瀛洲之选，供奉、待诏之员，宋有秘阁待制、二馆著作，或承诏登答，或应制赓酬，皆于语言文字之中，微寓风劝箴规之益，即今之翰林官是也。国朝建置翰林，于一榜进士中，拔其英俊特异者，除授此官，固欲储养德望，以备启沃，任枢机，然文史词翰，撰述讨论，亦其本等职务，皇上即有任使，不必他求。如日讲诸臣，皆文学优赡，臣等慎选以充，见今记注起居，日逐在馆供事外，其余见任翰林各官，亦皆需次待用者。臣等拟令分番入直，每日轮该四员，与同日讲官，在馆祗候。皇上万几之暇，如披阅古文，欲有所采录，鉴赏名笔，欲有所题咏，即以属之诸臣，令其撰具草稿，送臣等看定，然后缮写，呈进圣览。或不时召至御前，面赐质问，令其发摅蕴抱，各见所长，因以观其才品之高下，他日量能擢才，自可断于圣衷；且诸臣因此，亦将自庆遭逢，益图称塞，争相淬励，以求见知于上，其于圣明辨材审官之道，亦默寓于中矣。臣等不胜惓惓愿忠之诚。（奏疏十《请用翰林官更番侍直疏》）
这是一篇很平常的奏疏，但是在这篇奏疏里，透出居正那番希望神宗亲贤臣，远小人的忠恳。
九年春间，重新提出外戚恩荫的问题。万历七年，神宗后父王伟封永年伯，居正提出嘉靖八年会议底结果，指明只能“以荣终身”，当时神宗没有注意。现在神宗派文书房官邱得用传谕内阁，将王伟弟王俊、男王栋、加恩授职，居正随即拟定奏复。邱得用又来了，口传圣谕道：“正德年间，皇亲夏助等，俱授锦衣卫指挥等官世袭，今何止授千户，又无世袭字样？”这是诘问，也有一些不满。居正很灵敏地把王俊底官阶提高，但是拒绝给予世袭字样。他说；“仰推皇上笃眷中宫，加恩外戚，此乃情理之至，臣等敢不仰承。”但是他随即指出理由，使神宗不能不接受。居正说：
臣等恭惟祖宗定制，武职非有军功，不得世袭。正德年间，政体紊乱，至世宗皇帝，以聪明至圣，入承大统，将以前敝政，一切改正，以复我祖宗之旧，正今日所当遵守者。当先帝龙飞之日，与皇上嗣统之初，加恩陈、李二家，例止于如此。今皇上虽欲优厚外戚，讵可逾于两宫皇太后之家乎？是臣等所拟，乃三朝见行事例，非敢擅为裁抑也。今奉圣谕令臣等改拟，臣等谨钦遵，斟酌近例，拟将王伟男王栋授锦衣卫指挥佥事，弟王俊授锦衣卫正千户，比之两宫皇太后之家，实为相等，至于世袭一节，则祖宗旧制，决不敢违越也。臣等又惟皇上与中宫圣寿万年，将来皇储兆庆，绳绳振振，推恩戚里，固未可量，似亦不在此一时也。伏望圣明俯鉴臣等愚诚，特赐俞允，不胜幸甚。（同卷《议外戚子弟恩荫疏）
这又是一个小小的胜利，四月十八日，他更直接揭出神宗底浪费，语气甚至波及慈圣太后。
十八日文华殿日讲官讲毕以后，神宗退到后殿。居正进来，先讲《谟训类编》，把列朝圣训实录讲过以后，随即进呈南京给事中传作舟底奏疏。
“今江北淮、凤，及江南苏、松等府，连被灾伤，民多乏食，徐、宿之间，至以树皮充饥，或相聚为盗，大有可忧，”居正说。
神宗问道：“淮、凤频年告灾，何也？”
淮是淮安府，凤是凤陽府，是现在江苏、安微两省淮河流域的地方。居正说，“此地从来多荒少熟，即如训录中所载，元末之乱，亦起于此。今当大破常格，急发赈济以安之。臣等拟令户部议处，动支各该州、县库银仓谷。不足，则南京见贮银米，尽有赢余，可以协济。民惟邦本，愿特加圣心。”
神宗慨然道：“依先生每议处。”
“皇上天性至仁，爱民如子，”居正说。“臣等每奏灾伤，皇上即恻然闵念，凡请蠲请赈，未尝不慨然赐允，而臣等愚陋，亦仰体圣衷，无日不以忧民为心，安民为事，四方奏乞蠲贷，拟旨允行者无月无之。”居正对于外省底不能奉公尽责，忧国忧民，非常愤激，他不断地指摘道：“而在外诸司，往往营私背公，剥民罔上，非惟不体皇上子惠困穷之德意，且不知臣等所以仰赞皇上之愚忠，殊可恨也！且人臣居官食禄者，皆有代君养民之责，故虞舜咨十有二牧，‘牧’者养也。今有司坐视民虞，痛痒不相关，如作舟疏云‘报灾’则曰‘不敢报’，此何不敢报之有！又云‘请赈’则日‘不敢请’，此何不敢请之有！不过推调支吾，归怨君上，何尝有忧民之心？即如积谷一事，屡奉旨申饬，竟成虚文。彼皆有自理赃赎，未尝佐公家之急，则将焉往？臣等不胜愤懑，窃以为此辈若遇圣祖，不知当以何法！”
神宗说：“有司为民害者，当著实重处。”
居正看到神宗怒形于色，当即说道：“今后有犯者，当如圣谕。”于是他又从容说：“近年以来，正赋不亏，府库充实，皆以考成法行，征解如期之故。今大江南北，荒歉如此，河南又有风灾，畿辅之地，雨泽愆期，二麦将槁，将来议蠲议赈，势不容已，赋税所入，必不能如往年，惟皇上量入为出，加意撙节，如宫中一切用度，及服御之类，可减者减之，赏来可裁者裁之。至如施舍一节，尤当禁止，与其惠缁黄之流，以求福利，孰若宽恤百姓，全活亿兆之命，其功德为尤大乎？”
“然，”神宗说。“今宫中用度，皆从节省，赏赐亦照常例，无所增加。”
“皇上所谓常例者，”居正说，“亦近年相沿，如今年暂行，明年即据为例，非祖宗旧例也。臣不暇远引，如嘉靖中，世宗皇帝用度最为浩繁，然内库银两，尚有余积，隆庆初年冬，余库尚余百余万。今每岁金花银百二十万，每按季预进，随取随用，常称缺乏。有限之财，安能当无穷之费乎？臣等职在辅导，为国家长久之虑，不敢不尽言，惟皇上留神省察。”（奏疏十《文华殿论奏》。对话用原文。）
居正这一次议论，从救灾到节用，论点不断地转移。但是不能节用，便谈不到盈余，没有盈余，当然说不上救灾，前后自有一贯的道理。在节用方面，居正指出两点，他希望节省服御赏赉，同时他也希望禁止施舍。神宗撇开禁止施舍一面，只谈服御赏赉，居正便从这一方面，和神宗起了一点小小的争执。神宗说这是旧例；居正说这只是神宗自己底旧例，不是祖宗底旧例。他证实神宗底挥霍，最后告以“有限之财安能当无穷之费？”但是关于施舍方面，神宗避免讨论，居正也不追问。为什么？因为这是慈圣太后之事，其实与神宗无涉。
慈圣太后究竟是一个婆婆。穆宗在位的时候，她就想起要做一些功德，福国裕民。万历元年，慈圣太后和神宗说，要建豚州胡良河、巨马河两条大桥。神宗对居正讲了，居正说道：
“时绌举赢，古人所戒：皇上即位之初，一切更当与民休息，建桥太劳民，且费巨，诚恐有司亦不能办。奈何？”
“圣母自己出钱募工，一钱不取于官，一夫不取于民，”神宗说。
“好极，”居正叩头说。
慈圣太后发内帑五万两，由工部派员监工，万历二年正月两桥成功，共费七万余两。桥工完成，慈圣太后又要在豚州建碧霞元君庙。碧霞元君据说是东岳大帝之女，更有些荒诞。太后底主张提出以后，工部尚书朱衡和工科给事中请求停工，无效。户科给事中赵参鲁疏言：“南北被寇，流害生民，兴役濬河，鬻及妻子，陛下发帑治桥建庙，已五万有奇，苟移赈贫民，植福当更大。”参鲁底话，还是无效。
自此以后，万历二年建承恩寺、海会寺，三年修东岳庙，四年建慈寿寺，五年建万寿寺：在这些功德方面，慈圣太后一步没有放松，但是居正也处处提出民生底困苦。他说：
夫林茂而鸟悦，洲深而鱼乐，鱼鸟之情，何期于林、渊哉，所寄在焉。故凡亿兆之命，悬于一人。天子明圣，则生人禔福，故亿兆之情，莫不愿人主之寿者，斯亦鱼鸟之愿归于茂林深渊也。然则，兹宇之建设，虽役民生之力，用天下之财，而可以祝圣母万寿者，臣民犹将乐趋焉，况役不民劳，费不公取，用以保国乂民，功德无量，为臣子者，其踊跃而赞颂之，讵能已耶？（文集四《敕建万寿寺碑文》
万历八九年间，慈圣太后又在五台山建大宝塔寺。施舍方面，还是不断进行，居正所说“与其惠缁黄之流，以求福利，孰若宽恤百姓，全活亿兆之命，其功德为尤大乎”？正是赵参鲁底主张。
万历九年五月，居正奏请尽卖民间种马，他底目的，当然还是解决当时民间的痛苦。本来明朝的马政，是一件非常复杂的制度。除了御马监、太仆寺、行太仆寺、苑马寺养马以外，还有民间孳牧，也属太仆寺管辖。从洪武年间到弘治六年，经过几度的立法，民间养马的额数确定了，种马由国家分发，草料由民间供给，孳生驹数也有法定的限额。在明初刍牧地广的时候，养马没有什么困难，以后耕地扩大，牧地缩小，养马便成为一种苛政，慢慢地走上买马纳马的路线。买马是向鞑靼买马以供军用，遇到朝廷和鞑靼发生战事的时候，这是一个全不可恃的来源：纳马是捐马授职的制度，正德、嘉靖年间，军事紧急的时候，都曾行过，当然也不是办法。隆庆二年，太常少卿武金主张尽卖种马，当时兵部议定养、卖各半，种马只剩六万余匹。到了万历九年，居正因为贡市已成，边马可用，这才决定尽卖种马的办法，解除民间养马的困苦。但是在苑马没有切实整顿以前，废止民间养马，从国防底立场看，不能不算是可虑的事件。