万历九年，居正五十七岁。酷热的天气，将近六十的年龄，重大的责任，在这一年夏天居正病倒了。居正有时也想退休，但是环境不容许，他只能拖着沉重的步伐，向前面挣扎。九年夏间，他有信给王之诰说起：
贱日猥辱垂念，贶以厚仪，不敢例辞，辄用登领，谢谢。年来贱体，日就衰惫，望六之龄，理固宜尔。兼之力微任重，譬马力已竭，强策鞭于修途，诚不知其所终矣。缅怀高蹈逸踪，岂胜叹羡。老母仗庇粗安，虽时有小疾，疗摄旋愈，但日夜念归，每谈及太老夫人，福履遐龄，庭闱乐聚，啧啧欣慕，恨仆不如公之孝养深笃也。贱眷小儿，四月抵都，小孙重润，近觉稍壮，但力弱，尚未能行立耳。远辱垂念，深荷雅情，使旋，附谢。（书牍十三《答王西石》）
重润是居正四子简修之子，王之诰底外孙，所以居正特别提出。
居正记得当初的大政方针吧！他昌言不讳地承认他底目标只是富国强兵。为什么要富国？富国就是在当时历史条件下给强兵建立一个良好的经济基础。为什么要强兵？强兵才可以抵抗外侮。居正成长在嘉靖年间，他亲眼看见北京几度戒严，四围的鞑靼武士，和汹涌的怒涛一样，正在并力吞噬这一座孤岛。居正掌握政权以后，他期望为国家解除威胁，这是居正一生的大事因缘。经过十年以来的努力，整个的局势转变了。领导鞑靼向北边进攻的俺答，现在领导他们向朝廷投诚。青台吉底弟弟满五大向北边进犯，青台吉自认处罚，但是居正利用俺答底领导地位，要和他商量，这是九年上半年的事。居正屡次在信中说起：
辱示夷情，具悉。青酋既自认罚处，因而收之，甚善。但顺义亦宜与之会议，盖彼为诸部之长，虽老，而众心归之。若彼以我为外之，从而陰陽其间，或至差池。但密许青酋以收其心，而仍令归结，则两得之矣。（书牍十三《答宣府张巡抚》）
马王大二酋横索事，（马王大即满五大之讹）前偶有闻，即以奉询，兹承示，始知其详。中言自甘处罚云云，此不服顺义、青酋钤束也。然青酋乃一枝之长，顺义又诸部之长；青酋则兄弟，顺义亲则叔也，尊则王也，可不受命乎？朝廷驭下，以大制小，以尊临卑，若与其卑小者交关行事，则尊大者无权，不能领众，天下日益多事，而朝廷体统，亦甚亵矣。华、夷一体，宁可乱乎？愿公熟计之。（同卷《答总督张崌崃计虏酋钤束其支属》。按题衔误。）
承询各酋贡马，既陆续俱至，即宜照节年事例进贡。□□（应作满酋）一枝，须候顺义罚处明白，请旨赦宥，然后许其补贡，庶不失中国之体。番僧原无贡马事例，贡市既完，量行赏赉，以示羁縻，出自特恩，未可遂为年例也。摆酋另敕，事理亦可从者。上谷夷情，与云中稍异。盖虏款之初，西部求贡甚恳，惟老把都陰持两端，其妻哈屯主事，其子青把都为长，当事者不免委曲迁就，以成贡事，偏手之说，信有之也。时□酋（应作满酋。清时传刻《张文忠公全集》讳满字，故满五大或作马王大，或作□□其实与满洲无涉，不必讳也。）尚幼，不与其事，今见其兄独专厚利，故比例横索耳。然今昔异时，我所以应之，亦当随机观变。昔贡市未定，虏情叵测，用间投饵，有不得不然者。今势已大定，又当谨守韬钤，为长久计，不宜苟幸目前而已。承示谓训练镇兵，振扬声势，最为自治长策。昔环洲（吴兑）在镇时，仆即以此告之，不意至今尚未成军也。愿公乘暇留神，疆場幸甚。（同卷《答宣大巡抚郑范溪》。按题衔误。）
居正对于俺答，只是一味羁縻，但是决不曲从。万历九年，俺答筑城，请求朝廷给与人夫、车辆、物料。本来鞑靼底威力，全在迁徙无常，追踪不易，所以随时采取攻势，没有被围底可能，因此常处有利的局势。现在俺答筑城，便是一个失着。居正说起：“在称虏之难制者，以其迁徙鸟举，居处饮食，不与人同也。今乃服吾服，食吾食，城郭以居，是自敝之道也。”（书牍十三《答宣大巡抚》）这里透露居正底高兴；对于俺答底请求，他断然地说道，“夫、车决不可从，或量助以物料，以稍慰其意可也。”事实上他对于俺答，有时不免有些幸灾乐祸的意境。在居正底眼光里，俺答只是他对付鞑靼的一项工具。
居正对于辽东，还是不断地筹划边防。九年三月，辽陽副总兵曹簠在长安堡打了一个败仗，部下死亡三百十七人。败报奏闻以后，曹簠狱。四月吴兑由兵部左侍郎改蓟辽总督，居正和他说：
辱示虏情，一一领悉。辽左黠夷横索，法不可纵，须熟计而审图之。昔年王杲事，动出万全，故至今虏众帖服。昨得周巡抚书，（辽东巡抚周咏）其言迂缓而无当，幸密投李帅计处。前辽陽事，损吾士马甚众，今亟宜措画以备秋防，若曹簠之轻躁寡谋，免死为幸，亦宜重惩，勿事姑息也。（书牍十三《答蓟辽吴环洲》）
王杲被杀是万历二年的事。万历元年建州都指挥王杲寇边，一个鞑靼的羁縻官，反复无常，本来不是意外。辽东总兵李成梁随即出兵讨伐，经过一年有余的战争，王杲失败，逃匿阿哈纳寨，恰巧曹簠时为参将，勒兵追击，最后王杲被执斩首。居正提起这件事，触动了吴兑底心事。他正在布置局面相同的一幕。
中枢方面，万历八年以后，没有什么更动。内阁除了居正以外，还是张四维、申时行。六部一概照旧，只有礼部尚书潘晟在八年十二月致仕，由刑部侍郎徐学谟继任，礼部尚书久已成为翰林官进身之阶，学谟偏偏不是翰林，当时不免引起一些惊讶，不久也平息下去。九年四月兵部尚书方逢时致仕，由蓟辽总督梁梦龙继任，遵守本兵、边镇互调的原则。
不幸在各方协调的中间，居正病了。这是万历九年九月的事。神宗听到，特遣御医诊视。居正上疏谢恩，并请给假调理。他说：
臣自入夏以来，因体弱过劳，内伤气血，外冒盛暑，以致积热伏于肠胃，流为下部热症，又多服凉药，反令脾胃受伤，饮食减少，四肢无力，立秋以后，转更增剧。自以身当重任，一向勉强支持，又恐惊动圣心，未敢具奏调理，乃蒙宸衷曲轸，特遣御医诊视，传奉温纶，饮以良剂。念臣狗马微躯，不自爱慎，以上贻君父之忧，沐此鸿恩，捐糜难报。但臣自察病原，似非药饵能疗，惟澄心息虑，谢事静摄，庶或可痊，仍乞圣慈垂悯，特赐旬月假限，暂解阁务，俾得专意调理。倘获就痊，臣即勉赴供职，不敢久旷，臣不胜感激恳祈之至。（奏疏十《患病谢遣医并乞假调理疏》）
神宗得疏以后，一面派文书官太监孙斌，到居正私宅视疾，并赐鲜猪一口、鲜羊一腔、甜酱瓜、茄、白米二石、酒十瓶：一面又下圣旨，“宜慎加调摄，不妨兼理阁务，痊可即出，副朕眷怀。”所谓“不妨兼理阁务”，指在宅办公而言，居正这一次小病，固是如此，后来大病的时候，还是如此。直到居正昏沉的当中，他始终没有放弃政权。
居正病势稍退，皇上底手谕到了：
谕张少师：朕数日不见先生，闻调理将痊可，兹赐银八十两、蟒衣一袭，用示眷念，先生其钦承之。月初新凉，可进阁矣。（见奏疏十《谢圣谕存问并赐银两等物疏》）
居正复疏自言，“仰惟天光荐被，宸眷郅隆，非臣捐躯陨首，所能报答，亦非敝楮殚毫，所能宣谢，惟有镂之肺腑，传之子孙，期世为犬马，图效驱驰而已。”经过几天调摄以后，居正还没有销假，神宗再派文书官邱得用视疾，促其进见，又赐银八宝四十两、甜食、干点心各一盒。居正续假五、六日，又说：“臣养疴旅邸，倏已再旬，虽违远天颜，旷离官守，而犬马依恋之心，无时无刻，不在皇上左右。”（同卷《谢遣中使趣召并赐银八宝等物》）
居正对于神宗，固然在奏疏中，充满依恋的感情，但是居正委实愿意退休，五十七岁的人了，体力逐日衰耗，国事已经到了可以放手的阶段，为什么要恋位？居正也曾论到赵广汉、盖宽饶、韩延寿、杨恽这一群人底命运：
赵、盖、韩、杨之死，史以为汉宣寡恩，然四子实有取祸之道。盖坤道贵顺，文王有庇民之大德，有事君之小心，故日“为人臣，止于敬也。”四臣者，论其行能，可为绝异，而皆刚傲无礼，好气凌上，使人主积不能堪，杀身之祸，实其自取。以伯鲧之才，惟傲狠方命，虽舜之至德，亦不能容，况汉宣乎？易日：“坤道其顺乎。”承天而时行，毕志竭力，以济公家之事，而不敢有一毫矜己德上之心，顺也。险夷闲剧，惟上之命，而不敢有一毫拣择趋避之意，顺也。内有转移之巧，而外无匡救之名，顺也。怨讟任之于己，美名归之于上，顺也。功盖宇宙，而下节愈恭，顺也。身都宠极，而执卑自牧，顺也。然是道也，事明主易，事中主难；事长君易，事幼君难。（文集十一《杂著》）
居正《杂著》隐指时事的不止一篇，这是指的什么？是指他自己么？居正事君当然不是赵、盖、韩、杨底刚狠，但是居正威权震主，也不是赵、盖、韩、杨可以同日而语。赵、盖、韩、杨不过是态度底不逊，居正便是权势底冲突。坤道其顺，居正列举六端，相信自己已经做到，但是“事中主难”，“事幼君难”，居正对于自己底困难，又何尝不清楚？从万历八年起，他决定致仕，但是当时的环境，不容致仕。最痛心的，是造成这个环境的，只是居正自己。“人之生也，固若是芒乎！”以庄子·齐物论》）这才是人生底悲剧。
在书牍中，居正也留下几封信，透露他底心境：
贱体入夏即病，荏苒数月，殊觉委顿。今虽眠食稍复，然病根未除，缘弱质谫才，久负重任，筋力既竭，而鞭策不已，遂致颠蹶耳。顷欲借此乞骸，而主上先觉此意，频遣中使，荐赐宠问，又促令早出视事，使仆无所启齿。不得已，黾勉趋朝，拟俟来年皇储诞庆，当果此愿耳。（书牍十三《答司马王鉴川言抱恙勉留》）
贱体以劳致病，入夏至今，尚末全愈，乞归不得，益觉委顿，拟来岁皇储诞后，当决计乞骸，或得与公相从于衡湘烟水间也。（同卷《答耿楚侗》）
贱体近日，始觉稍愈。十年之间，昼作夜思，从少至今，所为食聚贮积者，日张施于外，遂成贫子。要欲及今齿发尚健，早弃人间事，从吾初服，非自爱幻躯，盖盈虚消息，天道固宜尔也。（同卷《答广西宪副吴道南》）
万历九年十月，居正历官一品，除去在京守制的日期，已经十二年，考满，照例自陈，请求解职。神宗诏令复职，随遣司礼监太监张诚恭颁手敕，赐银二百两、坐蟒、蟒衣各一袭、岁加禄米二百石。除此以外，神宗又著吏部、礼部，议拟恩例，在两部复疏以后，神宗传旨：
卿等说的是。元辅受先帝遗命，辅朕十年，精忠大功，冠于先后，兹实历一品，已及十五年，恩数委当优异，著支伯爵禄，加上柱国、太傅，兼官照旧，给与应得诰命，还写敕奖励，赐宴礼部，荫一子，与做尚宝司司丞，用见朕崇奖元勋至意。（见奏疏十一《考满谢恩命疏》）
居正奉命以后，上疏再辞，第二疏词更痛切，他说：
臣闾巷韦布之士耳，非有硕德鸿才，可以庶几古人之万一。幸逢英主在上，臣得以谫劣，佐下风，效启沃，十年之间，志同道合，言听计从，主德昭宣，圣化旁洽，伊尹之所愿见者，臣亲见之，其所愧耻者，臣幸无之，即千万世而下，颂我皇上圣德神功为尧舜之主，臣亦得以窃附于尧舜之佐矣。此之荣遇，虽万钟之亭，百朋之锡，岂足以拟之哉！故臣向者每被恩命，辄控辞而不已者，良以所庆幸者大，而爵禄非其所计也。乃若诏禄、诏爵，虽朝廷所以驭臣之典，亦宜稍加节制，而不至横溢，乃足为劝。三公穹阶，五等厚禄，上柱崇勋，在先朝名德，咸不敢当，乃一朝悉举而畀之于臣，所谓溢恩滥赏也。至于符节世赏，部宴大烹，臣前九年考满，皆已冒叨，兹又岂可重领？反复思惟，如坠渊谷，故不避烦渎，再控于君父之前。伏望圣慈，谅臣之衷，素无矫饰，矜其愚而俞允焉。碎首陨躯，不敢忘报。（奏疏十一《再辞恩命疏》）
神宗得疏，特准辞免伯禄、上柱国、部宴。居正晋太傅。明朝太师、太傅、太保皆为死后赠官，文臣生加三公的，自居正始，以前是没有的。
万历十年的春天，寒风尚在塞外逗留的时候，这一位从嘉靖初年即向大同进攻，其后屡困北京而终于投降朝廷，接受封爵的顺义王俺答死了。俺答一死，对于居正是一个忧虑。西部鞑靼底领导权，属于哪一个？会不会因为俺答之死，全部重新接受土蛮底领导，和朝廷作战？会不会再起一次分裂？分裂也许对于朝廷有利，但是一经分裂，更易促成土蛮扩展底成功，便对于朝廷有害。居正想起俺答底后妻三娘子。十二年以前的事了，因为俺答对于三娘子的迷恋，才有把汉那吉底投降，以后引起封贡底成功，北边底安定；饮水思源，当居正想起国家底坚强和自己底事业，他能忘去三娘子么？三娘子是一根绳索，有了三娘子便可以约束俺答，约束鞑靼。在吴兑总督宣大的时候，三娘子入关进贡，吴兑赠她八宝冠，百凤云衣，红骨朵云裙。真好看！这一套绣花的衣裙，把三娘子迷恋了；究竟还是吴太师好！以后，在朝廷和鞑靼交涉的当中，朝廷底第一个友人便是三娘子。
居正在俺答身死的前后，几次和边镇督、抚谈起：
承示，虏王病笃，今番恐不能起矣。顷报套虏西抢者，知虏王病，亦皆汹汹；况板升之人，素依老酋为主，老酋死，把吉弱，不能抚其众，加以荒旱，诸夷思乱，虏中自此多事矣。那吉忿老酋之分其众，即欲西牧，其智略可知矣。此虏初降，吾抚之甚厚，今当急收之，使与哈酋同心协力，一应贡市事宜，悉如老酋在时行。黄酋病不死，必且诪张为患，公宜乘时厉兵秣马，厚抚战士，为自固之计。老酋若死，虏中有变，随机应策，在我自有余力矣。（书牍十三《答三边总督郑范溪》。按郑洛时为宣大总督，题衔误。）
奉翰示，料度虏情，一一中的，敬服。今日之事，惟当镇静处之，随机应之，勿过为张皇，轻意举动，致令惶惑，兴起事端也。昨督抚欲条议，仆即力止之。俺酋未死数年之前，仆已逆虑及此。诸公但审侦虏情，亟以见教，圣明在上，自有主断也。虏中无主，方畏我之闭关拒绝，而敢有他变！但争王争印，必有一番扰乱，在我惟当沈机处静，以俟其自定。有来控者，悉抚以好语，使人人皆以孟尝君为亲己，然后视其胜者，因而与之，不宜强自主持，致滋仇怨也。（同卷《答大同巡抚贾春宇计俺酋死言边事》）
哈酋与诸部，议论不合，虏中亦须有此情状，乃可施吾操纵之术，今且不可合解之。至于虏妇守孝三年之说，此必不能行者，俟诸酋既集，议论已定，彼一妇人，终当为强者所得耳，何能为乎？顺义恤典，下部议复，仍当从旨中加厚，以示天恩。（同卷《答大同巡抚贾春宇》）
袭王之事，大都属之黄酋，但须将今年贡市事，早早料理，以见表诚悃，而后可为之请封。谚云，“若将容易得，便作等闲看。”务令大柄在我，使之觊望恳切，而后得之，乃可经久。然虏情多变，亦难预设。闻近日哈酋与虏妇及诸酋议论不合，颇为失欢，若果有此，且任其参差变态，乃可施吾操纵之术也。（同卷《答三边总督郑范溪计顺义袭封事》）
安兔吉无知，戕我旗牌，掠我头畜，此等事在亦常有，但此虏王新殁，在我当申严旧约之时，而彼酋乃敢咆哮如此，不一惩之，衅端起矣。既黄酋之子，宜即责黄酋处之。彼方觊承封爵，若其子不能制，他日安能统大众乎？此亦制驭之一端也，幸惟审图之。（同卷《答巡抚萧云峰》。按即陕西巡抚萧廪。）
居正对于鞑靼方面，全是因应。俺答初死，他似有支持把汉那吉的意念。看见那吉底威望不够，他便吩咐沿边督抚静以待动，对于各个候补者，分别给予应得的好感。最后黄台吉继立底形势已成，他不妨支持黄台吉，但是他要黄台吉对于朝廷表示恭顺。册封底权力在朝廷，要服从朝廷，才得到顺义王底尊号。三娘子要守孝三年，也许是穿着百凤云衣的日子多了，汉化底程度加强，所以有这个主张。但是居正所期望于三娘子的，不是她底汉化，而是她底再嫁鞑靼领袖，继续替朝廷做一个控制鞑靼的工具。黄台吉袭封以后，三娘子带着部众走了。黄台吉认定这是父亲底遗产，自己当然有继承的权利，带着部队向西跟逐。宣大总督认定三娘子是一个得力的工具，假如她和黄台吉脱离，失去应有的作用，对于朝廷，便是一种损害，连忙派人和三娘子说：“夫人能和顺义王同居，朝廷底恩赐当然继续不绝，否则只是塞上一个鞑靼妇人，说不上恩赏了。”三娘子这才停下来，重新回到顺义王底怀抱；在明朝人看来，究竟有一些诧异，但是三娘子生活在另外一个环境里，原谈不上这些。
北边的问题解决，东北的问题又来了。万历九年，士蛮和朝廷打过几次仗，但是现在又求和了。居正只要鞑靼继续在分裂的状态里，决不轻易言和，所以和辽东巡抚周流说起：
承示，土酋求贡，谅无诈伪。彼盖艳于西虏贡市之利，乘俺酋死，故申前请耳。但辽左地形事势，钱粮、虏情，俱与宣大不同。且俺酋自嘉靖中季，连年求贡，彼时庙谟靡定，迄未之许，至隆庆间，会有那吉来降之事，而彼又执我叛人，遵我约束，因而许之。彼既惬其素志，又啗我厚利，故奉命惟谨。今以土酋之事揆之，其情异矣，遽尔许之，和必不久，徒弛我边备。俟一二年后，观其事机何如，乃可处之。（同卷《答辽东巡抚周乐轩》）
万历十年二月，居正疏请蠲除宿逋，完成一件宿愿。自万历之初，考成法实行以来，赋税方面，经过切实的整顿，国家财政，有了良好的基础，现在已是休养生息的时候了。事先，应天巡抚孙光祜上疏请求相除，居正复信说：“蠲除宿逋，责完新赋，仆久有此意，拟俟皇储大庆，罩恩海内，今皇女生，则事不果矣。大疏即属所司议处，亦可推之各省也。”（书牍十三《答应天巡抚孙小溪》）这时居正只准备从各省推行，还没有整个的计划。十年之初，陕西巡抚萧廪具函居正，再请豁免带征，居正复信说：“承示，带征逋赋，苦累有司，仆亦久知之，目下方欲面奏，请恩蠲豁，不必具疏矣。”（同卷《答谏议萧公廪》）二月间，居正疏称：
窃闻致理之要，惟在于安民，安民之道，在察其疾苦而已。迩年以来，仰荷圣慈，轸念元元，加意周恤，查驿传，减徭编，省冗员，惩贪墨：顷又特下明诏，清丈田亩，查革冒免，海内欣欣，如获更生矣。然尚有一事为民病者，带征钱粮是也。所谓带征者，将累年拖欠，搭配分数，与同见年钱粮，一并催征也。夫百姓财力有限，即一岁丰收，一年之所入，仅足以供当年之数，不幸遇荒歉之岁，父母冻饿，妻子流离，见年钱粮尚不能办，岂复有余力完累岁之积逋哉！有司规避罪责，往往将见年所征，那作带征之数，名为完旧欠，实则减新收也。今岁之所减，即为明年之拖欠，见在之所欠，又是将来之带征。如此连年，诛求无已，杼轴空而民不堪命矣。况头绪繁多，年分混杂，征票四出，呼役沓至，愚民竭脂膏以供输，未知结新旧之课，里骨指交纳以欺瞒，适足增豁壑之欲；甚至不才官吏，因而猎取侵渔者，亦往往有之。夫与其敲扑穷民，朘其膏血，以实奸贪之囊橐，孰若施旷荡之恩，蠲与小民，而使其皆戴上之仁哉？昨查户部，自隆庆元年起，至万历七年止，各直省未完带征钱粮一百余万，兵、工二部，马价、料价等项不与焉。而苏、松两府，拖欠至七十余万，盖以彼处税粮原重，故逋负独多，其间固有豪右奸猾，恃顽不纳者，然穷民小户，不能办者亦有之，而有司之令但能行于小民，不能行于豪右，故催科之苦，小民独当之。昨该应天巡抚孙光祜具奏请用，户部以干系国计，未敢擅便议复。臣等窃谓布德施惠，当出自朝廷，若令地方官请而得之，则恩归于下，怨归于上矣。臣等愚见，合无特谕户部，会同兵、工二部，查万历七年以前，节年逋负几何，除金花银两，系供上用，例不议免外，其余悉行蠲免：止将见年正供之数，责令尽数完纳，有仍前拖欠者，将管粮官员，比旧例倍加降罚。夫以当年之所入，完当年之所供，在百姓易于办纳，在有司易于催征，闾阎兔诛求之烦，贪吏省侵渔之弊，是官民两利也。况今考成法行，公私积贮，颇有盈余，即蠲此积逋，于国赋初无所损，而令膏泽洽乎黎庶，颂声溢于寰宇，民心固结，邦本辑宁，久安长治之道，计无便于此者，伏乞圣裁施行。（奏疏十一《请蠲积逋以安民生疏》）
居正《蠲除积逋疏》，使人悠悠地想起万历初年的情势。万历四五年间户科都给事中萧彦疏称“察吏之道，不宜视催科为殿最。昨隆庆五年，诏征赋不及八分者，停有司俸；至万历四年，则又以九分为及格，仍令带征宿负二分，是民岁输十分以上也。有司惮考成，必重以敲扑，民力不胜，则流亡随之。”（《明史》卷二二七《萧彦传》）主张岁输十分以上的是居正，疏请蠲除积逋的也是居正。是自相矛盾吗，还是心理变化？其实居正只是一贯的居正，在国家财政基础尚未稳定以前，当然严追旧欠；到了已经稳定以后，不妨蠲除积逋。量出为人，正是居正在财政方面的作风。这里还得看到支出的情形。在整顿国防，安定民生的项下，国家增加支出，人民增加负担，本来无可逃避。及至鞑靼的威胁已经解除，黄河、运河的工程已经完成，乃至驿递已经整顿，冗官已经废除，人民底负担便应当减轻，所以居正随即疏请减轻。这是万历十年的一件好事。不久以后，居正死了，国库逐渐空虚，商税、矿税，加征、加派，从此财政扰乱，成为明朝复亡底主因。
万历十年二月间，浙江发生兵变。事情是这样的：浙江巡抚吴善言奉诏裁减东、西二营兵士月饷，兵土闹起来了，马文英、刘廷用为首，捉住巡抚痛打一顿。居正看定只有张佳胤可以平定这次的变故，佳胤已经内调兵部右侍郎，随即奏请改调浙江巡抚。匆匆中佳胤到浙江去了，在路上又听到杭州“民变”底消灭。佳胤和来人说：
“变兵和变民已经联合吗？”
“还没有，”来人说。
“赶快走，”佳胤忻然说，“也许还来得及把他们分开。”
匆忙的当中，新任巡抚不动声色地到了杭州。“乱民”正在城中放火抢掠，入夜以后，火光照满全城。佳胤吩咐游击将军徐景星和东、西二营说：“要赎罪，便先把‘乱民’平下来。”兵士们痛打吴巡抚以后，心绪惶惶的，不晓得张巡抚来怎样处治。得到这个消息，他们高兴极了，营门一开，刀槍齐举，乌合的群众，哪里是他们底对手，一共捉了一百五十人，送到巡抚行门。佳胤下令杀去三分之一，一面召马文英、刘廷用等领赏。他们来了一共九个，都是上次“事变”的首领，这次“平乱”的功臣。文英们高兴地来了，不提防徐景星把他们捉住，一刀一个，顷刻之间，“民变”“兵变”完全解决，张佳胤不动声色地把浙江镇压下来。这是佳胤底辣手，也是统治者居正底要求。
辽东方面的关系更大了。三月间泰宁部长速把亥和兄弟炒花，儿子卜言免，率领部下进攻义州。二十年来，速把亥是辽东底祸魁，有时单独进攻，有时纠合土蛮进攻，在朝廷军队进讨的时候，他跑走了，但是朝廷军队回营以后，他又不断地犯边。这次辽东总兵李成梁率领军队在镇夷堡伺候他。速把亥领导部下杀上来了，参将李平胡伏兵半途，一枝箭射过去，恰巧射中速把亥。扑答一声，速把亥掉在地下，护着胁间的创伤。李平胡底家奴李有名抢步上前，举刀一砍，进犯辽东的首领割下。鞑靼武士退却了。朝廷一共杀去一百余人，连带一个速把亥。炒花恸哭一场，结束这一次的战局。
万历十年二月中，居正病了，最初只觉得委顿，但是断不定是什么病，后来才认定是痔，从割治方面着手。居正在书续和奏疏中都有记载：
贱恙实痔也，一向不以痔治之，蹉跎至今。近得贵府医官赵裕治之，果拔其根。但衰老之人，痔根虽去，元气大损，脾胃虚弱，不能饮食，几于不起。日来渐次平复，今秋定为乞骸计矣。门墙夙爱，敢告向往。（书牍十四《答上师相徐存斋三十四》）
臣自去秋，患下部热病，仰荷圣慈垂悯，赐假调理，虽标症少减，而病根未除，缠绵至今，医药罔效。近访得一医人，自家乡来，自言能疗此疾，屡经试验，其术颇精，但须静养半月、二十日，乃得除根。臣伏自念，年迫衰迟，久婴疾患，比者恭侍讲读，皇上见臣肌体羸瘦，询问左右，察臣所苦，是犬马贱躯，盖未尝不仰屋圣念也。今幸得此医人，专意疗治，窃冀痊复有日，足以仰慰君父眷念之怀，故敢不避烦渎，仰祈圣慈，俯赐宽假二旬、一月，暂免朝参、侍讲，至于阁中事务、票拟、题奏等项，容臣于私寓办理，免其出入趋走之劳，庶几医药静专，奏效可觊。痊可之日，即趋走阙庭供事，不敢久旷也。臣诚怙恃恩眷，仰渎宸严，不胜惶惊战栗之至。（奏疏十一《给假治疾疏》）
在家居养病的当中，居正想起徐阶来了。隆庆六年秋间徐阶七十岁，居正曾有一篇《少师存斋徐相公寿序》（文集七）作文的时候，高拱已经去位，居正当国，序中曾经说起：“后来者遵公约束，庶几画一之治，窃比于宋元祐耆硕者，公何啻君实，顾余于吕晦叔何如耳。” 元祐时代，司马光以国事交付吕公著；隆庆时代，徐阶以国事交付自己。居正在十年前，原有很大的抱负，现在他知道抱负不但已经一一实现，而且在许多方面，超过当日的预期。“这总算对得起老师了，”居正想。他知道老师的生日在九月二十日，时期还早，但是准备总得早一点。居正上疏请求优礼耆硕，派遣行人存问，量加赏赉，他称述徐阶底功劳道：
臣等看得原任少师大学士徐阶，当世宗时，承严氏乱政之后，能矫枉以正，澄浊为清，惩贪墨以安民生，定经制以核边费，扶植公论，奖引才贤，一时朝政修明，官常振肃，海宇称为治平，皆其力也。（奏疏十一《乞优礼耆硕以光圣治疏》）
神宗得疏以后，随即派行人存问，仍赐银五十两、大红纻丝蟒衣一袭、彩缎四表里，赉去敕谕一道，略言：
卿才优王佐，学擅儒宗，早驰誉于清华，历试功于盘错。简知皇祖，晋院台司，履忠顺以事一人，持廉靖而先百辟。当检壬之既黜，更治化以维新，惩贪墨而仕路肃清，奖忠直而真才汇进。申明典制，多安边裕国之筹，默运枢机，有尊主庇民之略。定邦本于危疑之际，宣上德于弥留之中。翼我先皇，嗣基图而抚方夏，保予冲子，升储贰以奉宗祧。方倚重于黄扉，遂乞闲于绿野。后先多绩，朝廷资其典刑，终始完名，寰宇想其风采。（见前疏）
定邦本两句，上联指徐阶拥立裕王，下联指世宗遗诏，说得非常得体。郭朴、高拱认为徐阶擅传遗诏，现在由神宗给他们一个具体的答复。这道敕谕，大致惟有居正，才能拟得如此真切。
徐阶底生日近了，居正吩咐懋修请吏部侍郎许国代拟寿序。序成以后，居正不满意，在病中挣扎着自己做一篇。他说：
居正尝谓士君子所为尊主庇民，定经制，安社稷，有自以其身致之者，有不必身亲为之，而其道自行于天下，其泽自被于苍生者。窃以为此两者，惟吾师兼焉。当嘉靖季年，墨臣柄国，吾师所为矫枉以正，激浊而清者，幸及耳目，其概载在国史，志在搢绅，里巷耇长，尚能道焉，此以身致治者也。比成功而归老也，则挚其生平所为经纶蓄积者，尽以属之居正。居正读书中秘时，既熟吾师教指，兹受成画，眼行唯谨。万历以来，主圣时清，吏治廉勤，民生康阜，纪纲振肃，风俗朴淳，粒陈于度，贯朽于府，烟火万里，露积相望，岭海之间，氛廓波恬，漠北骄虏，来享来王，咸愿保塞，永为外臣，一时海内，号称熙洽。人咸谓居正能，而不知盖有所受之也。此不必身亲为之者也。故此两者，惟吾师兼焉。（文集七《少师存斋徐相公八十寿序》）
徐阶做寿的时候，读到这篇寿序，应当庆幸当日认识正确，付托得人吧，但是当他想起这个学生，他知道已经没有见面的可能了。短短的几个月，在人生的道途上，划下不可逾越的界限！
十年三月以后，居正请假在宅票拟。痔根割去了，但是精神还是委顿。长子敬修不在面前，随侍的只有嗣修、懋修、简修。允修已回江陵，准备乡试，静修还小。居正病势不算严重，但是用药敷治，不能行动。神宗屡次派太监慰问；一次是司礼太监张鲸，一次是文书官吴忠；赏赐也不断地颁下，白银、银八宝、蟒衣、甜食、干点心、烧割，一切都有。据说有一次神宗因为居正久病，甚至掉下眼泪，饭都不想吃。居正只有申述病况，再请给假。他说：
缘臣宿患虽徐，而血气大损，数日以来，脾胃虚弱，不思饮食，四肢无力，寸步难移，须再假二十余日，息静休摄，庶可望痊，盖文书官所亲见，非敢托故也。（奏疏十一《恭谢赐问疏》）
从血气亏损，转到脾胃衰弱，居正病状，日渐沉重。神宗正在盼望他从速销假；居正何尝不愿入阁办事？可是期望愈急，病势愈重。蒙眬中，居正梦见神宗派遣自己往把女神。女神是谁啊？他连忙派儿子往泰山祀神，一面和山东巡抚说起：
残恙一向不以痔治，迁延十有余年，故病日深。近访得一明医，仰蒙圣恩，赐假治疗，乃得拔去病根。今病虽除，而血气亏损已甚，脾胃虚弱，不思饮食，四肢无力，寸步难移，按之生理，尚属艰难。前梦皇上使仆持双节往祀一女神，盖欲吁神以祈祐云。窃思女神之贵者，莫如泰安之仙妃，今遣小儿赉香帛往祀焉。恐执事不知其由，敢敬以闻。（书牍十三《寄山东巡抚杨本庵》。按杨俊民九年三月为山东巡抚，十月去位，继任者为陆树德题名误。）
三、四月的天气渐渐回暖，陽光照满北京的郊野，前去泰安的人回来了，但是居正底病势日见沉重。仙妃底保祐，只是一个幻梦，剩给居正的是重大的负担和缠绵的病躯。内阁中还有张四维、申时行，但是稍为重要的公事，四维不敢专拟，一切送到居正病榻面前，听候处分。
六月初一日食，初四以后，彗星在天空出现，苍白的光芒，象一匹练，由西北直指五车星座。居正本来准备秋间退休，现在决定退休了，疏称：
臣自思病以来，静摄调治，日望平复，乃今三月，元气愈觉虚弱，卧起皆赖人扶，肌体羸疲，仅存皮骨，傍人见之，亦皆为臣悲悼，及今若不早求休退，必然不得生还！且古有灾异，则策免三公，今廷臣之中，无居三公之位者，独臣叨窃此官。顷者苍彗出于西方，日食午陽之旦。（按《明史·神宗本纪》言十年六月丁亥朔日食，《天文志》言“四月丙辰彗星见西北”，敬修《文忠公行实》言六月丁亥朔，日又食之。朔三日，彗出五车口柱星以南。敬修之作值居正初殁，不应有误，与居正此疏亦合。《天文志》之言不尽足信。）伏思厥咎，惟在于臣，正宜罢免以应天变。伏望慈圣垂悯，谅臣素无矫饰，知臣情非获已，早赐骸骨，生还乡里，倘不即填沟壑，犹可效用于将来。臣不胜哀鸣恳切，战栗陨越之至。（奏疏十一《乞骸归里疏》）
神宗见疏，下诏慰留：
朕久不见卿，朝夕殊念，方计日待出，如何遽有此奏！朕览之，惕然不宁，仍准给假调理。卿宜安心静摄，痊可即出辅理，用慰朕怀。（见前疏）
在上谕慰留中，居正病势毫无起色，他只是一意请求退休。十二日，辽东镇夷堡大捷，勘实复奏，上谕分别论功，进居正太师，加岁禄二百石，一子由锦衣卫指挥佥事进为世袭同知。以前遇到恩赐，居正照例三辞、四辞，认定人臣有先功后禄之义，同时也因为位高身危，究竟是一个可以戒惧惊惕的情势。现在他已经昏沉了，他说不敢接受，但是他也没有坚辞，不久以后，神宗底手敕来了，恭捧圣谕的司礼太监带来许多赏赐：银八宝四十两、甜食二盒、干点心二盒、烧割一分。手敕说：
谕太师张太嶽，朕自冲龄登极，赖先生启沃佐理，心无所不尽，迄今十载，四海升平，朕垂拱受成，先生真足以光先帝遗命，朕方切倚赖，先生乃屡以疾辞，忍离朕耶！朕知先生竭力国事，致此劳瘁，然不妨在京调理，阁务且总大纲，着次辅等办理。先生专养精神，省思虑，自然康复，庶慰朕朝夕惓惓之意。（同卷《恭谢手敕疏》）
居正复疏只称“臣病困之余，不能措辞，感谢之悰，言不能悉。”
十二日以后，居正病势更重，他勉强作一次挣扎，上疏再恳生还，说起：
缕缕之哀，未回天听，忧愁抑郁，病势转增。窃谓人之欲有为于世，全赖精神鼓舞，今日精力已竭，强留于此，不过行尸走肉耳，将焉用之！有如一旦溘先朝露，将令臣有客死之痛，而皇上亦亏保终之仁，此臣之所以跼蹐哀鸣而不能已于言也。伏望皇上怜臣十年拮据尽瘁之苦，早赐骸骨，生还乡里，如不即死，将来效用尚有日也。（同卷《再恳生还疏》）
垂死的哀鸣，役有打动神宗底心坎。上谕只说：
卿受皇考顾命，夙夜勤劳，朕方虚己仰承，眷倚甚切。卿何忍遽欲舍朕而去，又有此奏，览之动心。宜遵前旨，专心静摄，以俟痊日辅理，慎勿再有所陈。（见前疏）
从此以后，居正说不到退休，说不到生还，更说不到效用有日。六月十八日，神宗派司礼太监责手敕慰问居正。敕言“闻先生糜饮不进，朕心忧虑，国家大事，当为朕一一言之。”昏沉底当中，居正疏荐前礼部尚书潘晟、吏部左侍郎余有丁，神宗随即令潘晟为礼部尚书兼武英殿大学士，余有丁为礼部尚书兼文渊阁大学士。以后，居正再荐户部尚书张学颜、兵部尚书梁梦龙、礼部尚书徐学谟、工部尚书曾省吾、及侍郎许国、陈经邦、王篆，才可大用。人才太多了，内阁一时容不下，神宗把人名粘在御屏上，以备召用。居正昏迷了，大家眼见得这是唯一的机会，不肯放手。潘晟是冯保底老师，冯保勉强居正推荐；梁梦龙、曾省吾是居正底门生；王篆是居正长子敬修底亲家；徐学谟在居正归葬的时候，是抚治郧襄都御史，以后居正再三提拔，现在也名列御屏了。有能力的固当推举以备国家栋梁之选，有关系的也在这个庇廕之下，同时列名。居正昏迷之中，只得由他们去了。
六月十九日，居正病势已经非常严重。神宗再派太监慰问，便中询问身后的措置。在昏瞆迷惑的当中，居正说了几句不明不白的话。
第二天，六月二十日，居正舍弃十六年始终不放的政权、十年以来竭诚拥戴的皇帝、和六千余万中国的人民，（万历六年，人口总计六千六十九万二千八百五十六口）死在北京的寓所，遗下七十余岁的母亲、三十余年的伴侣，和六个儿子、六个孙子。神宗不曾和他说过吗？“先生功大，朕无可为酬，只是看顾先生的子孙便了。”居正已经把他底生命，贡献国家，在临死的时候，他用不到顾虑自己的子孙。
神宗得到居正病殁的消息，下诏罢朝数日。两宫皇太后、皇上、和皇弟潞王，赐赙银一千余两，司礼太监张诚监护丧事。一切饰终的典礼都完备了：赠上柱国、赐谥文忠、予一子尚宝司丞、赐祭十六坛。居正灵枢将发的时候，内阁张四维、申时行、余有丁疏请派员护送，随即派定太仆少卿于鲸，锦衣卫指挥佥事曹应奎护送回南。赵太夫人也在同时南回江陵，护送的是司礼太监陈政。江陵的山水无恙罢！三十六年以前，看到一位少年入京会试，成为新科的进士；三十六年以后，又看到这位进士回来，成为功业彪炳的张文忠公。